DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment SCN9A and Scn9a

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_001352465.1 Gene:SCN9A / 6335 HGNCID:10597 Length:1988 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_579823.1 Gene:Scn9a / 78956 RGDID:69368 Length:1984 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1988 Identity:1849/1988 - (93%)
Similarity:1916/1988 - (96%) Gaps:4/1988 - (0%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MAMLPPPGPQSFVHFTKQSLALIEQRIAERKSKEPKEEKKDDDEEAPKPSSDLEAGKQLPFIYGD 65
            |||||||||||||||||||||||||||:|.|:||.|:|||||:||.|||||||||||||||||||
  Rat     1 MAMLPPPGPQSFVHFTKQSLALIEQRISEEKAKEHKDEKKDDEEEGPKPSSDLEAGKQLPFIYGD 65

Human    66 IPPGMVSEPLEDLDPYYADKKTFIVLNKGKTIFRFNATPALYMLSPFSPLRRISIKILVHSLFSM 130
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat    66 IPPGMVSEPLEDLDPYYADKKTFIVLNKGKAIFRFNATPALYMLSPFSPLRRISIKILVHSLFSM 130

Human   131 LIMCTILTNCIFMTMNNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLVKILARGFCVGEFTFLRDPWNWLDFVV 195
            ||||||||||||||::|||:||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||
  Rat   131 LIMCTILTNCIFMTLSNPPEWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILARGFCVGEFTFLRDPWNWLDFVV 195

Human   196 IVFAYLTEFVNLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFA 260
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   196 IVFAYLTEFVNLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFA 260

Human   261 LIGLQLFMGNLKHKCFRNSLENNETLESIMNTLESEEDFRKYFYYLEGSKDALLCGFSTDSGQCP 325
            |||||||||||||||||..||.||||||||||.||||:.:|||||||||||||||||||||||||
  Rat   261 LIGLQLFMGNLKHKCFRKELEENETLESIMNTAESEEELKKYFYYLEGSKDALLCGFSTDSGQCP 325

Human   326 EGYTCVKIGRNPDYGYTSFDTFSWAFLALFRLMTQDYWENLYQQTLRAAGKTYMIFFVVVIFLGS 390
            |||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   326 EGYICVKAGRNPDYGYTSFDTFSWAFLALFRLMTQDYWENLYQQTLRAAGKTYMIFFVVVIFLGS 390

Human   391 FYLINLILAVVAMAYEEQNQANIEEAKQKELEFQQMLDRLKKEQEEAEAIAAAAAEYTSIRRSRI 455
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||.||||
  Rat   391 FYLINLILAVVAMAYEEQNQANIEEAKQKELEFQQMLDRLKKEQEEAEAIAAAAAEFTSIGRSRI 455

Human   456 MGLSESSSETSKLSSKSAKERRNRRKKKNQKKLSSGEEKGDAEKLSKSESEDSIRRKSFHLGVEG 520
            |||||||||||:||||||||||||||||.| |:||||||||.||||||.||:|||:|||||||||
  Rat   456 MGLSESSSETSRLSSKSAKERRNRRKKKKQ-KMSSGEEKGDDEKLSKSGSEESIRKKSFHLGVEG 519

Human   521 HRRAHEKRLSTPNQSPLSIRGSLFSARRSSRTSLFSFKGRGRDIGSETEFADDEHSIFGDNESRR 585
            |.|..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
  Rat   520 HHRTREKRLSTPNQSPLSIRGSLFSARRSSRTSLFSFKGRGRDLGSETEFADDEHSIFGDNESRR 584

Human   586 GSLFVPHRPQERRSSNISQASRSPPMLPVNGKMHSAVDCNGVVSLVDGRSALMLPNGQLLPEVII 650
            |||||||||:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
  Rat   585 GSLFVPHRPRERRSSNISQASRSPPVLPVNGKMHSAVDCNGVVSLVDGPSALMLPNGQLLPEVII 649

Human   651 DKATSDDSGTTNQIHKKRRCSSYLLSEDMLNDPNLRQRAMSRASILTNTVEELEESRQKCPPWWY 715
            |||||||||||||:.|||..|||.|||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   650 DKATSDDSGTTNQMRKKRLSSSYFLSEDMLNDPHLRQRAMSRASILTNTVEELEESRQKCPPWWY 714

Human   716 RFAHKFLIWNCSPYWIKFKKCIYFIVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHHPMTEEFKNVLAIGN 780
            ||||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||
  Rat   715 RFAHTFLIWNCSPYWIKFKKLIYFIVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHHPMTEEFKNVLAVGN 779

Human   781 LVFTGIFAAEMVLKLIAMDPYEYFQVGWNIFDSLIVTLSLVELFLADVEGLSVLRSFRLLRVFKL 845
            |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
  Rat   780 LIFTGIFAAEMVLKLIAMDPYEYFQVGWNIFDSLIVTLSLIELFLADVEGLSVLRSFRLLRVFKL 844

Human   846 AKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKECVCKINDDCTLPRWHM 910
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||
  Rat   845 AKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKECVCKINVDCKLPRWHM 909

Human   911 NDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLIVYMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSSDN 975
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   910 NDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQTMCLIVYMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSSDN 974

Human   976 LTAIEEDPDANNLQIAVTRIKKGINYVKQTLREFILKAFSKKPKISREIRQAEDLNTKKENYISN 1040
            |||||||.|||||||||.|||:|||||||||||||||:||||||.|::.::..|.|.||||||||
  Rat   975 LTAIEEDTDANNLQIAVARIKRGINYVKQTLREFILKSFSKKPKGSKDTKRTADPNNKKENYISN 1039

Human  1041 HTLAEMSKGHNFLKEKDKISGFGSSVDKHLMEDSDGQSFIHNPSLTVTVPIAPGESDLENMNAEE 1105
            .|||||||.||||||||:|||:|||:||..|:::|.|||||||||||||||||||||||.||.||
  Rat  1040 RTLAEMSKDHNFLKEKDRISGYGSSLDKSFMDENDYQSFIHNPSLTVTVPIAPGESDLEIMNTEE 1104

Human  1106 LSSDSDSEYSKVRLNRSSSSECSTVDNPLPGEGEEAEAEPMNSDEPEACFTDGCVWRFSCCQVNI 1170
            |||||||:|||.:.|||||||||||||||||| |||||||:|:||||||||||||.||.|||||:
  Rat  1105 LSSDSDSDYSKEKRNRSSSSECSTVDNPLPGE-EEAEAEPVNADEPEACFTDGCVRRFPCCQVNV 1168

Human  1171 ESGKGKIWWNIRKTCYKIVEHSWFESFIVLMILLSSGALAFEDIYIERKKTIKIILEYADKIFTY 1235
            :|||||:||.||||||:||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||
  Rat  1169 DSGKGKVWWTIRKTCYRIVEHSWFESFIVLMILLSSGALAFEDIYIEKKKTIKIILEYADKIFTY 1233

Human  1236 IFILEMLLKWIAYGYKTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVTLVANTLGYSDLGPIKSLRTLRALRPLRA 1300
            ||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1234 IFILEMLLKWVAYGYKTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVTLVANTLGYSDLGPIKSLRTLRALRPLRA 1298

Human  1301 LSRFEGMRVVVNALIGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYECINTTDGSRFPASQVP 1365
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||.|||.
  Rat  1299 LSRFEGMRVVVNALIGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYECVNTTDGSRFPTSQVA 1363

Human  1366 NRSECFALMNVSQNVRWKNLKVNFDNVGLGYLSLLQVATFKGWTIIMYAAVDSVNVDKQPKYEYS 1430
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||::|||||||
  Rat  1364 NRSECFALMNVSGNVRWKNLKVNFDNVGLGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSVNVNEQPKYEYS 1428

Human  1431 LYMYIYFVVFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKLGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQK 1495
            ||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1429 LYMYIYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKLGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQK 1493

Human  1496 PIPRPGNKIQGCIFDLVTNQAFDISIMVLICLNMVTMMVEKEGQSQHMTEVLYWINVVFIILFTG 1560
            ||||||||.|||||||||||||||:|||||||||||||||||||:::|..||:|||:||||||||
  Rat  1494 PIPRPGNKFQGCIFDLVTNQAFDITIMVLICLNMVTMMVEKEGQTEYMDYVLHWINMVFIILFTG 1558

Human  1561 ECVLKLISLRHYYFTVGWNIFDFVVVIISIVGMFLADLIETYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLVK 1625
            |||||||||||||||||||||||||||:||||||||::||.||||||||||||||||||||||:|
  Rat  1559 ECVLKLISLRHYYFTVGWNIFDFVVVILSIVGMFLAEMIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIK 1623

Human  1626 GAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKKEDGINDMFNFETFGNSMIC 1690
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
  Rat  1624 GAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKKEAGINDMFNFETFGNSMIC 1688

Human  1691 LFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPKKVHPGSSVEGDCGNPSVGIFYFVSYIIISFLVVVNMY 1755
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1689 LFQITTSAGWDGLLAPILNSAPPDCDPKKVHPGSSVEGDCGNPSVGIFYFVSYIIISFLVVVNMY 1753

Human  1756 IAVILENFSVATEESTEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFSKLSDFAAALDPPLLIAKPNK 1820
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
  Rat  1754 IAVILENFSVATEESTEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFCKLSDFAAALDPPLLIAKPNK 1818

Human  1821 VQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDSLRSQMEERFMSANPSKVSYEPITTTLK 1885
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1819 VQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGEGGEMDSLRSQMEERFMSANPSKVSYEPITTTLK 1883

Human  1886 RKQEDVSATVIQRAYRRYRLRQNVKNISSIYIKDGDRDDDLLNKKDMAFDNVNENSSPEKTDATS 1950
            ||||:||||:||||||||||||:||||||||||||||||||.||:|..||||||||||||||.|:
  Rat  1884 RKQEEVSATIIQRAYRRYRLRQHVKNISSIYIKDGDRDDDLPNKEDTVFDNVNENSSPEKTDVTA 1948

Human  1951 STTSPPSYDSVTKPDKEKYEQDRTEKEDKGKDSKESKK 1988
            ||.||||||||||||:||||.|:||||||.||  ||:|
  Rat  1949 STISPPSYDSVTKPDQEKYETDKTEKEDKEKD--ESRK 1984

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
SCN9ANP_001352465.1 Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 26..55 21/28 (75%)
I. /evidence=ECO:0000305 112..410 284/297 (96%)
Ion_trans 125..410 CDD:459842 271/284 (95%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 461..543 70/81 (86%)
Na_trans_cytopl 535..694 CDD:463401 148/158 (94%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 565..611 44/45 (98%)
II. /evidence=ECO:0000305 726..989 254/262 (97%)
Ion_trans 743..956 CDD:459842 206/212 (97%)
Na_trans_assoc 982..1187 CDD:461936 164/204 (80%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1102..1148 38/45 (84%)
III. /evidence=ECO:0000305 1180..1488 294/307 (96%)
Ion_trans 1191..1466 CDD:459842 263/274 (96%)
Na_channel_gate 1458..1510 CDD:240441 50/51 (98%)
IV. /evidence=ECO:0000305 1497..1795 281/297 (95%)
Ion_trans 1514..1770 CDD:459842 240/255 (94%)
GPHH 1782..1829 CDD:465306 45/46 (98%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1934..1988 44/53 (83%)
Scn9aNP_579823.1 Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 26..55 21/28 (75%)
I. /evidence=ECO:0000305 112..410 284/297 (96%)
Ion_trans 125..410 CDD:459842 271/284 (95%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 461..542 70/81 (86%)
Na_trans_cytopl 534..693 CDD:463401 148/158 (94%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 576..609 31/32 (97%)
II. /evidence=ECO:0000305 725..988 254/262 (97%)
Ion_trans 742..955 CDD:459842 206/212 (97%)
Na_trans_assoc 981..1185 CDD:461936 164/204 (80%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1015..1040 14/24 (58%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1103..1145 37/42 (88%)
III. /evidence=ECO:0000305 1178..1486 294/307 (96%)
Ion_trans 1189..1464 CDD:459842 263/274 (96%)
Na_channel_gate 1456..1508 CDD:240441 50/51 (98%)
IV. /evidence=ECO:0000305 1495..1793 281/297 (95%)
Ion_trans 1512..1768 CDD:459842 240/255 (94%)
IQ 1886..1908 CDD:197470 18/21 (86%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1916..1984 56/69 (81%)

Return to query results.
Submit another query.