DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment SCN9A and Scn9a

DIOPT Version :8

Sequence 1:NP_001352465.1 Gene:SCN9A / 6335 HGNCID:10597 Length:1988 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_579823.1 Gene:Scn9a / 78956 RGDID:69368 Length:1984 Species:Rattus norvegicus

Alignment Length:1988 Identity:1849/1989 (93%)
Similarity:1916/1989 (96%) Gaps:4/1989 (0%)


Human     1 MAMLPPPGPQSFVHFTKQSLALIEQRIAERKSKEPKEEKKDDDEEAPKPSSDLEAGKQLPFIYGD 65
            |||||||||||||||||||||||||||:|.|:||.|:|||||:||.|||||||||||||||||||
  Rat     1 MAMLPPPGPQSFVHFTKQSLALIEQRISEEKAKEHKDEKKDDEEEGPKPSSDLEAGKQLPFIYGD 65

Human    66 IPPGMVSEPLEDLDPYYADKKTFIVLNKGKTIFRFNATPALYMLSPFSPLRRISIKILVHSLFSM 130
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat    66 IPPGMVSEPLEDLDPYYADKKTFIVLNKGKAIFRFNATPALYMLSPFSPLRRISIKILVHSLFSM 130

Human   131 LIMCTILTNCIFMTMNNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLVKILARGFCVGEFTFLRDPWNWLDFVV 195
            ||||||||||||||::|||:||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||
  Rat   131 LIMCTILTNCIFMTLSNPPEWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILARGFCVGEFTFLRDPWNWLDFVV 195

Human   196 IVFAYLTEFVNLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFA 260
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   196 IVFAYLTEFVNLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFA 260

Human   261 LIGLQLFMGNLKHKCFRNSLENNETLESIMNTLESEEDFRKYFYYLEGSKDALLCGFSTDSGQCP 325
            |||||||||||||||||..||.||||||||||.||||:.:|||||||||||||||||||||||||
  Rat   261 LIGLQLFMGNLKHKCFRKELEENETLESIMNTAESEEELKKYFYYLEGSKDALLCGFSTDSGQCP 325

Human   326 EGYTCVKIGRNPDYGYTSFDTFSWAFLALFRLMTQDYWENLYQQTLRAAGKTYMIFFVVVIFLGS 390
            |||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   326 EGYICVKAGRNPDYGYTSFDTFSWAFLALFRLMTQDYWENLYQQTLRAAGKTYMIFFVVVIFLGS 390

Human   391 FYLINLILAVVAMAYEEQNQANIEEAKQKELEFQQMLDRLKKEQEEAEAIAAAAAEYTSIRRSRI 455
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||.||||
  Rat   391 FYLINLILAVVAMAYEEQNQANIEEAKQKELEFQQMLDRLKKEQEEAEAIAAAAAEFTSIGRSRI 455

Human   456 MGLSESSSETSKLSSKSAKERRNRRKKKNQKKLSSGEEKGDAEKLSKSESEDSIRRKSFHLGVEG 520
            |||||||||||:||||||||||||||||.| |:||||||||.||||||.||:|||:|||||||||
  Rat   456 MGLSESSSETSRLSSKSAKERRNRRKKKKQ-KMSSGEEKGDDEKLSKSGSEESIRKKSFHLGVEG 519

Human   521 HRRAHEKRLSTPNQSPLSIRGSLFSARRSSRTSLFSFKGRGRDIGSETEFADDEHSIFGDNESRR 585
            |.|..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
  Rat   520 HHRTREKRLSTPNQSPLSIRGSLFSARRSSRTSLFSFKGRGRDLGSETEFADDEHSIFGDNESRR 584

Human   586 GSLFVPHRPQERRSSNISQASRSPPMLPVNGKMHSAVDCNGVVSLVDGRSALMLPNGQLLPEVII 650
            |||||||||:|||||||||||||||:||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
  Rat   585 GSLFVPHRPRERRSSNISQASRSPPVLPVNGKMHSAVDCNGVVSLVDGPSALMLPNGQLLPEVII 649

Human   651 DKATSDDSGTTNQIHKKRRCSSYLLSEDMLNDPNLRQRAMSRASILTNTVEELEESRQKCPPWWY 715
            |||||||||||||:.|||..|||.|||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   650 DKATSDDSGTTNQMRKKRLSSSYFLSEDMLNDPHLRQRAMSRASILTNTVEELEESRQKCPPWWY 714

Human   716 RFAHKFLIWNCSPYWIKFKKCIYFIVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHHPMTEEFKNVLAIGN 780
            ||||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||
  Rat   715 RFAHTFLIWNCSPYWIKFKKLIYFIVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHHPMTEEFKNVLAVGN 779

Human   781 LVFTGIFAAEMVLKLIAMDPYEYFQVGWNIFDSLIVTLSLVELFLADVEGLSVLRSFRLLRVFKL 845
            |:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
  Rat   780 LIFTGIFAAEMVLKLIAMDPYEYFQVGWNIFDSLIVTLSLIELFLADVEGLSVLRSFRLLRVFKL 844

Human   846 AKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKECVCKINDDCTLPRWHM 910
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||
  Rat   845 AKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKECVCKINVDCKLPRWHM 909

Human   911 NDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLIVYMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSSDN 975
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   910 NDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQTMCLIVYMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSSDN 974

Human   976 LTAIEEDPDANNLQIAVTRIKKGINYVKQTLREFILKAFSKKPKISREIRQAEDLNTKKENYISN 1040
            |||||||.|||||||||.|||:|||||||||||||||:||||||.|::.::..|.|.||||||||
  Rat   975 LTAIEEDTDANNLQIAVARIKRGINYVKQTLREFILKSFSKKPKGSKDTKRTADPNNKKENYISN 1039

Human  1041 HTLAEMSKGHNFLKEKDKISGFGSSVDKHLMEDSDGQSFIHNPSLTVTVPIAPGESDLENMNAEE 1105
            .|||||||.||||||||:|||:|||:||..|:::|.|||||||||||||||||||||||.||.||
  Rat  1040 RTLAEMSKDHNFLKEKDRISGYGSSLDKSFMDENDYQSFIHNPSLTVTVPIAPGESDLEIMNTEE 1104

Human  1106 LSSDSDSEYSKVRLNRSSSSECSTVDNPLPGEGEEAEAEPMNSDEPEACFTDGCVWRFSCCQVNI 1170
            |||||||:|||.:.|||||||||||||||||| |||||||:|:||||||||||||.||.|||||:
  Rat  1105 LSSDSDSDYSKEKRNRSSSSECSTVDNPLPGE-EEAEAEPVNADEPEACFTDGCVRRFPCCQVNV 1168

Human  1171 ESGKGKIWWNIRKTCYKIVEHSWFESFIVLMILLSSGALAFEDIYIERKKTIKIILEYADKIFTY 1235
            :|||||:||.||||||:||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||
  Rat  1169 DSGKGKVWWTIRKTCYRIVEHSWFESFIVLMILLSSGALAFEDIYIEKKKTIKIILEYADKIFTY 1233

Human  1236 IFILEMLLKWIAYGYKTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVTLVANTLGYSDLGPIKSLRTLRALRPLRA 1300
            ||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1234 IFILEMLLKWVAYGYKTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVTLVANTLGYSDLGPIKSLRTLRALRPLRA 1298

Human  1301 LSRFEGMRVVVNALIGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYECINTTDGSRFPASQVP 1365
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||.|||.
  Rat  1299 LSRFEGMRVVVNALIGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFYECVNTTDGSRFPTSQVA 1363

Human  1366 NRSECFALMNVSQNVRWKNLKVNFDNVGLGYLSLLQVATFKGWTIIMYAAVDSVNVDKQPKYEYS 1430
            ||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||::|||||||
  Rat  1364 NRSECFALMNVSGNVRWKNLKVNFDNVGLGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSVNVNEQPKYEYS 1428

Human  1431 LYMYIYFVVFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKLGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQK 1495
            ||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1429 LYMYIYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKLGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQK 1493

Human  1496 PIPRPGNKIQGCIFDLVTNQAFDISIMVLICLNMVTMMVEKEGQSQHMTEVLYWINVVFIILFTG 1560
            ||||||||.|||||||||||||||:|||||||||||||||||||:::|..||:|||:||||||||
  Rat  1494 PIPRPGNKFQGCIFDLVTNQAFDITIMVLICLNMVTMMVEKEGQTEYMDYVLHWINMVFIILFTG 1558

Human  1561 ECVLKLISLRHYYFTVGWNIFDFVVVIISIVGMFLADLIETYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLVK 1625
            |||||||||||||||||||||||||||:||||||||::||.||||||||||||||||||||||:|
  Rat  1559 ECVLKLISLRHYYFTVGWNIFDFVVVILSIVGMFLAEMIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIK 1623

Human  1626 GAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKKEDGINDMFNFETFGNSMIC 1690
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
  Rat  1624 GAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKKEAGINDMFNFETFGNSMIC 1688

Human  1691 LFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPKKVHPGSSVEGDCGNPSVGIFYFVSYIIISFLVVVNMY 1755
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1689 LFQITTSAGWDGLLAPILNSAPPDCDPKKVHPGSSVEGDCGNPSVGIFYFVSYIIISFLVVVNMY 1753

Human  1756 IAVILENFSVATEESTEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFSKLSDFAAALDPPLLIAKPNK 1820
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
  Rat  1754 IAVILENFSVATEESTEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFCKLSDFAAALDPPLLIAKPNK 1818

Human  1821 VQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDSLRSQMEERFMSANPSKVSYEPITTTLK 1885
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1819 VQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGEGGEMDSLRSQMEERFMSANPSKVSYEPITTTLK 1883

Human  1886 RKQEDVSATVIQRAYRRYRLRQNVKNISSIYIKDGDRDDDLLNKKDMAFDNVNENSSPEKTDATS 1950
            ||||:||||:||||||||||||:||||||||||||||||||.||:|..||||||||||||||.|:
  Rat  1884 RKQEEVSATIIQRAYRRYRLRQHVKNISSIYIKDGDRDDDLPNKEDTVFDNVNENSSPEKTDVTA 1948

Human  1951 STTSPPSYDSVTKPDKEKYEQDRTEKEDKGKDSKESKK 1988
            ||.||||||||||||:||||.|:||||||.||  ||:|
  Rat  1949 STISPPSYDSVTKPDQEKYETDKTEKEDKEKD--ESRK 1984

Known Domains:


GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
SCN9ANP_001352465.1 I. {ECO:0000305} 112..410 285/298 (96%)
Ion_trans 125..410 CDD:306908 272/285 (95%)
Na_trans_cytopl 488..681 CDD:314757 176/193 (91%)
II. {ECO:0000305} 726..989 255/263 (97%)
Ion_trans 743..956 CDD:306908 207/213 (97%)
Na_trans_assoc 982..1187 CDD:310839 165/205 (80%)
III. {ECO:0000305} 1180..1488 295/308 (96%)
Ion_trans 1191..1466 CDD:306908 264/275 (96%)
Na_channel_gate 1458..1510 CDD:240441 51/52 (98%)
IV. {ECO:0000305} 1497..1795 282/298 (95%)
Ion_trans 1514..1770 CDD:306908 241/256 (94%)
GPHH 1774..1837 CDD:318993 62/63 (98%)
Scn9aNP_579823.1 I. {ECO:0000305} 112..410 285/298 (96%)
Ion_trans 147..410 CDD:278921 252/263 (96%)
Na_trans_cytopl 487..606 CDD:288761 109/119 (92%)
II. {ECO:0000305} 725..988 255/263 (97%)
Ion_trans 760..955 CDD:278921 189/195 (97%)
Na_trans_assoc 981..1185 CDD:284034 165/205 (80%)
III. {ECO:0000305} 1178..1486 295/308 (96%)
Ion_trans 1224..1464 CDD:278921 230/240 (96%)
Na_channel_gate 1456..1508 CDD:240441 51/52 (98%)
IV. {ECO:0000305} 1495..1793 282/298 (95%)
Ion_trans 1530..1768 CDD:278921 224/238 (94%)
GPHH 1780..1835 CDD:293510 54/55 (98%)
IQ 1886..1908 CDD:197470 19/22 (86%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 1 0.930 C334963157
eggNOG 1 0.900 E1_KOG2301
HGNC 1 1.500
Hieranoid 1 1.000
Homologene 1 1.000 H2237
Inparanoid 1 1.050 3698 1.000 Inparanoid score I273
OMA 1 1.010
OrthoDB 1 1.010 D13170at7742
OrthoFinder 1 1.000 FOG0000322
OrthoInspector 1 1.000 T2473293
orthoMCL 00.000 Not matched by this tool.
Panther 1 1.100 LDO PTHR10037
Phylome 1 0.910 0.800 Consistency score
TreeFam 1 0.960
1313.370

Return to query results.
Submit another query.