Protein Alignment SCN2A and Scn2a

DIOPT Version :8

• Sequence 1: NP_001035232.1
• Gene: SCN2A / 6326
• HGNCID: 10588
• Length: 2005
• Species: Homo sapiens
• Sequence 2: NP_036779.1
• Gene: Scn2a / 24766
• RGDID: 3632
• Length: 2005
• Species: Rattus norvegicus
• Alignment Length: 2006
• Identity: 1960/2007 (98%)
• Similarity: 1984/2007 (99%)
• Gaps: 2/2007 (0%)

Human     1 MAQSVLVPPGPDSFRFFTRESLAAIEQRIAEEKAKRPKQERKDEDDENGPKPNSDLEAGKSLPFI 65
            ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat     1 MARSVLVPPGPDSFRFFTRESLAAIEQRIAEEKAKRPKQERKDEDDENGPKPNSDLEAGKSLPFI 65

Human    66 YGDIPPEMVSVPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAISRFSATPALYILTPFNPIRKLAIKILVHSL 130
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
  Rat    66 YGDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAISRFSATSALYILTPFNPIRKLAIKILVHSL 130

Human   131 FNMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILARGFCLEDFTFLRDPWNWLD 195
            ||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||
  Rat   131 FNVLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILARGFCLEDFTFLRNPWNWLD 195

Human   196 FTVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLS 260
            |||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   196 FTVITFAYVTEFVNLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLS 260

Human   261 VFALIGLQLFMGNLRNKCLQWPPDNSSFEINITSFFNNSLDGNGTTFNRTVSIFNWDEYIEDKSH 325
            ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||.|||.|||||::||||||||||||
  Rat   261 VFALIGLQLFMGNLRNKCLQWPPDNSTFEINITSFFNNSLDWNGTAFNRTVNMFNWDEYIEDKSH 325

Human   326 FYFLEGQNDALLCGNSSDAGQCPEGYICVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLY 390
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   326 FYFLEGQNDALLCGNSSDAGQCPEGYICVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLY 390

Human   391 QLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKK 455
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   391 QLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKK 455

Human   456 QQEEAQAAAAAASAESRDFSGAGGIGVFSESSSVASKLSSKSEKELKNRRKKKKQKEQSGEEEKN 520
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||.
  Rat   456 QQEEAQAAAAAASAESRDFSGAGGIGVFSESSSVASKLSSKSEKELKNRRKKKKQKEQAGEEEKE 520

Human   521 DRVRKSESEDSIRRKGFRFSLEGSRLTYEKRFSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRASLFSFRGRAK 585
            |.||||.||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|:||.|
  Rat   521 DAVRKSASEDSIRKKGFQFSLEGSRLTYEKRFSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRASLFNFKGRVK 585

Human   586 DIGSENDFADDEHSTFEDNDSRRDSLFVPHRHGERRHSNVSQASRASRVLPILPMNGKMHSAVDC 650
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.:|.|||||||||||||
  Rat   586 DIGSENDFADDEHSTFEDNDSRRDSLFVPHRHGERRPSNVSQASRASRGIPTLPMNGKMHSAVDC 650

Human   651 NGVVSLVGGPSTLTS-AGQLLPEGTTTETEIRKRRSSSYHVSMDLLEDPTSRQRAMSIASILTNT 714
            |||||||||||.||| .|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||:|||||||
  Rat   651 NGVVSLVGGPSALTSPVGQLLPEGTTTETEIRKRRSSSYHVSMDLLEDP-SRQRAMSMASILTNT 714

Human   715 MEELEESRQKCPPCWYKFANMCLIWDCCKPWLKVKHLVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAME 779
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   715 MEELEESRQKCPPCWYKFANMCLIWDCCKPWLKVKHVVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAME 779

Human   780 HYPMTEQFSSVLSVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVSLSLMELGLANVE 844
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   780 HYPMTEQFSSVLSVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVSLSLMELGLANVE 844

Human   845 GLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKE 909
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   845 GLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKE 909

Human   910 CVCKISNDCELPRWHMHDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQTMCLTVFMMVMVIGNLVV 974
            |||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   910 CVCKISNDCELPRWHMHHFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQTMCLTVFMMVMVIGNLVV 974

Human   975 LNLFLALLLSSFSSDNLAATDDDNEMNNLQIAVGRMQKGIDFVKRKIREFIQKAFVRKQKALDEI 1039
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   975 LNLFLALLLSSFSSDNLAATDDDNEMNNLQIAVGRMQKGIDFVKRKIREFIQKAFVRKQKALDEI 1039

Human  1040 KPLEDLNNKKDSCISNHTTIEIGKDLNYLKDGNGTTSGIGSSVEKYVVDESDYMSFINNPSLTVT 1104
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1040 KPLEDLNNKKDSCISNHTTIEIGKDLNYLKDGNGTTSGIGSSVEKYVVDESDYMSFINNPSLTVT 1104

Human  1105 VPIAVGESDFENLNTEEFSSESDMEESKEKLNATSSSEGSTVDIGAPAEGEQPEVEPEESLEPEA 1169
            ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
  Rat  1105 VPIALGESDFENLNTEEFSSESDMEESKEKLNATSSSEGSTVDIGAPAEGEQPEAEPEESLEPEA 1169

Human  1170 CFTEDCVRKFKCCQISIEEGKGKLWWNLRKTCYKIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIEQ 1234
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1170 CFTEDCVRKFKCCQISIEEGKGKLWWNLRKTCYKIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIEQ 1234

Human  1235 RKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGFQVYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLTANALGYSEL 1299
            |||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1235 RKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGFQMYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLTANALGYSEL 1299

Human  1300 GAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFY 1364
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1300 GAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFY 1364

Human  1365 HCINYTTGEMFDVSVVNNYSECKALIESNQTARWKNVKVNFDNVGLGYLSLLQVATFKGWMDIMY 1429
            ||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1365 HCINYTTGEMFDVSVVNNYSECQALIESNQTARWKNVKVNFDNVGLGYLSLLQVATFKGWMDIMY 1429

Human  1430 AAVDSRNVELQPKYEDNLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQ 1494
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1430 AAVDSRNVELQPKYEDNLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQ 1494

Human  1495 KKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPANKFQGMVFDFVTKQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSQEM 1559
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1495 KKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPANKFQGMVFDFVTKQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSQEM 1559

Human  1560 TNILYWINLVFIVLFTGECVLKLISLRYYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTL 1624
            |||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1560 TNILYWINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTL 1624

Human  1625 FRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREV 1689
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1625 FRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREV 1689

Human  1690 GIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSGPPDCDPDKDHPGSSVKGDCGNPSVGIF 1754
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
  Rat  1690 GIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSGPPDCDPEKDHPGSSVKGDCGNPSVGIF 1754

Human  1755 FFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFAKLS 1819
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
  Rat  1755 FFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFCKLS 1819

Human  1820 DFADALDPPLLIAKPNKVQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFM 1884
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1820 DFAAALDPPLLIAKPNKVQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFM 1884

Human  1885 ASNPSKVSYEPITTTLKRKQEEVSAIIIQRAYRRYLLKQKVKKVSSIYKKDKGKECDGTPIKEDT 1949
            ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||.:|||||||.
  Rat  1885 ASNPSKVSYEPITTTLKRKQEEVSAIVIQRAYRRYLLKQKVKKVSSIYKKDKGKEDEGTPIKEDI 1949

Human  1950 LIDKLNENSTPEKTDMTPSTTSPPSYDSVTKPEKEKFEKDKSEKEDKGKDIRESKK 2005
            :.|||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1950 ITDKLNENSTPEKTDVTPSTTSPPSYDSVTKPEKEKFEKDKSEKEDKGKDIRESKK 2005

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
SCN2A	NP_001035232.1	I. {ECO:0000305}	111..456		337/345 (98%)
		Ion_trans	150..435	CDD:278921	278/285 (98%)
		Na_trans_cytopl	514..630	CDD:288761	106/116 (91%)
		II. {ECO:0000305}	741..1013		270/272 (99%)
		Ion_trans	776..971	CDD:278921	194/195 (99%)
		Na_trans_assoc	997..1203	CDD:284034	204/206 (99%)
		III. {ECO:0000305}	1190..1504		312/314 (99%)
		Ion_trans	1225..1482	CDD:278921	255/257 (99%)
		Na_channel_gate	1474..1526	CDD:240441	52/52 (100%)
		IV. {ECO:0000305}	1513..1811		296/298 (99%)
		Ion_trans	1548..1786	CDD:278921	236/238 (99%)
		GPHH	1798..1853	CDD:293510	53/55 (96%)
Scn2a	NP_036779.1	I. {ECO:0000305}	111..456		337/345 (98%)
		Ion_trans	150..435	CDD:278921	278/285 (98%)
		Na_trans_cytopl	515..630	CDD:288761	106/115 (92%)
		II. {ECO:0000305}	741..1013		270/272 (99%)
		Ion_trans	776..971	CDD:278921	194/195 (99%)
		Na_trans_assoc	997..1203	CDD:284034	204/206 (99%)
		III. {ECO:0000305}	1190..1504		312/314 (99%)
		Ion_trans	1225..1482	CDD:278921	255/257 (99%)
		Na_channel_gate	1474..1526	CDD:240441	52/52 (100%)
		IV. {ECO:0000305}	1513..1811		296/298 (99%)
		Ion_trans	1548..1786	CDD:278921	236/238 (99%)
		GPHH	1798..1853	CDD:293510	53/55 (96%)

Information from Original Tools

Tool	Simple Score	Weighted Score	Original Tool Information
			BLAST Result	Score	Score Type	Cluster ID
Compara	1	0.930				C370013070
eggNOG	0	0.000	Not matched by this tool.
HGNC	1	1.500
Hieranoid	1	1.000
Homologene	1	1.000				H75001
Inparanoid	1	1.050	3906	1.000	Inparanoid score	I230
OMA	1	1.010
OrthoDB	1	1.010				D10241at32523
OrthoFinder	1	1.000				FOG0000322
OrthoInspector	1	1.000				T2463117
orthoMCL	0	0.000	Not matched by this tool.
Panther	1	1.100			LDO	PTHR10037
Phylome	1	0.910		0.800	Consistency score
TreeFam	0	0.000	Not matched by this tool.
	11	11.510