DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment SCN1A and Scn1a

DIOPT Version :8

Sequence 1:NP_001159435.1 Gene:SCN1A / 6323 HGNCID:10585 Length:2009 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_110502.1 Gene:Scn1a / 81574 RGDID:69364 Length:2009 Species:Rattus norvegicus

Alignment Length:2009 Identity:1972/2010 (98%)
Similarity:1996/2010 (99%) Gaps:0/2010 (0%)


Human     1 MEQTVLVPPGPDSFNFFTRESLAAIERRIAEEKAKNPKPDKKDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIY 65
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat     1 MEQTVLVPPGPDSFNFFTRESLAAIERRIAEEKAKNPKPDKKDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIY 65

Human    66 GDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF 130
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat    66 GDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF 130

Human   131 SMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDF 195
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   131 SMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDF 195

Human   196 TVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSV 260
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   196 TVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSV 260

Human   261 FALIGLQLFMGNLRNKCIQWPPTNASLEEHSIEKNITVNYNGTLINETVFEFDWKSYIQDSRYHY 325
            |||||||||||||||||:|||||||||||||||||:|.:|||||:||||||||||||||||||||
  Rat   261 FALIGLQLFMGNLRNKCVQWPPTNASLEEHSIEKNVTTDYNGTLVNETVFEFDWKSYIQDSRYHY 325

Human   326 FLEGFLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQL 390
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   326 FLEGVLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQL 390

Human   391 TLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMIEQLKKQQ 455
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||
  Rat   391 TLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKKQQ 455

Human   456 EAAQQAATATASEHSREPSAAGRLSDSSSEASKLSSKSAKERRNRRKKRKQKEQSGGEEKDEDEF 520
            |||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
  Rat   456 EAAQQAAAATASEHSREPSAAGRLSDSSSEASKLSSKSAKERRNRRKKRKQKEQSGGEEKDDDEF 520

Human   521 QKSESEDSIRRKGFRFSIEGNRLTYEKRYSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRTSLFSFRGRAKDVG 585
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   521 HKSESEDSIRRKGFRFSIEGNRLTYEKRYSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRTSLFSFRGRAKDVG 585

Human   586 SENDFADDEHSTFEDNESRRDSLFVPRRHGERRNSNLSQTSRSSRMLAVFPANGKMHSTVDCNGV 650
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||
  Rat   586 SENDFADDEHSTFEDNESRRDSLFVPRRHGERRNSNLSQTSRSSRMLAGLPANGKMHSTVDCNGV 650

Human   651 VSLVGGPSVPTSPVGQLLPEVIIDKPATDDNGTTTETEMRKRRSSSFHVSMDFLEDPSQRQRAMS 715
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   651 VSLVGGPSVPTSPVGQLLPEVIIDKPATDDNGTTTETEMRKRRSSSFHVSMDFLEDPSQRQRAMS 715

Human   716 IASILTNTVEELEESRQKCPPCWYKFSNIFLIWDCSPYWLKVKHVVNLVVMDPFVDLAITICIVL 780
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
  Rat   716 IASILTNTVEELEESRQKCPPCWYKFSNIFLIWDCSPYWLKVKHIVNLVVMDPFVDLAITICIVL 780

Human   781 NTLFMAMEHYPMTDHFNNVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLV 845
            |||||||||||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   781 NTLFMAMEHYPMTEHFNHVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLV 845

Human   846 ELGLANVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQ 910
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   846 ELGLANVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQ 910

Human   911 LFGKSYKDCVCKIASDCQLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLTVFMMV 975
            ||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   911 LFGKSYKDCVCKIATDCKLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLTVFMMV 975

Human   976 MVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFIR 1040
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
  Rat   976 MVIRNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFVR 1040

Human  1041 KQKILDEIKPLDDLNNKKDSCMSNHTAEIGKDLDYLKDVNGTTSGIGTGSSVEKYIIDESDYMSF 1105
            ||||||||||||||||:||:|.||||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1041 KQKILDEIKPLDDLNNRKDNCTSNHTTEIGKDLDCLKDVNGTTSGIGTGSSVEKYIIDESDYMSF 1105

Human  1106 INNPSLTVTVPIAVGESDFENLNTEDFSSESDLEESKEKLNESSSSSEGSTVDIGAPVEEQPVVE 1170
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||:|
  Rat  1106 INNPSLTVTVPIAVGESDFENLNTEDFSSESDLEESKEKLNESSSSSEGSTVDIGAPAEEQPVME 1170

Human  1171 PEETLEPEACFTEGCVQRFKCCQINVEEGRGKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL 1235
            ||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1171 PEETLEPEACFTEGCVQRFKCCQISVEEGRGKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL 1235

Human  1236 AFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLT 1300
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1236 AFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLT 1300

Human  1301 ANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMG 1365
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1301 ANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMG 1365

Human  1366 VNLFAGKFYHCINTTTGDRFDIEDVNNHTDCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVAT 1430
            |||||||||||:||||||.|:|.:||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1366 VNLFAGKFYHCVNTTTGDTFEITEVNNHSDCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVAT 1430

Human  1431 FKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGG 1495
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1431 FKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGG 1495

Human  1496 QDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMV 1560
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1496 QDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMV 1560

Human  1561 ETDDQSEYVTTILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELI 1625
            ||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1561 ETDDQSDYVTSILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELI 1625

Human  1626 EKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMS 1690
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1626 EKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMS 1690

Human  1691 NFAYVKREVGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGD 1755
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1691 NFAYVKREVGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGD 1755

Human  1756 CGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDAT 1820
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1756 CGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDAT 1820

Human  1821 QFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDAL 1885
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1821 QFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDAL 1885

Human  1886 RIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTLKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKIKGG 1950
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
  Rat  1886 RIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTLKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKLKGG 1950

Human  1951 ANLLIKEDMIIDRINENSITEKTDLTMSTAACPPSYDRVTKPIVEKHEQEGKDEKAKGK 2009
            ||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1951 ANLLVKEDMIIDRINENSITEKTDLTMSTAACPPSYDRVTKPIVEKHEQEGKDEKAKGK 2009

Known Domains:


GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
SCN1ANP_001159435.1 I. {ECO:0000305} 110..454 337/344 (98%)
Ion_trans 127..433 CDD:306908 300/306 (98%)
Na_trans_cytopl 510..705 CDD:314757 191/195 (98%)
II. {ECO:0000305} 750..1022 266/272 (98%)
Ion_trans 767..980 CDD:306908 208/213 (98%)
Na_trans_assoc 1006..1213 CDD:310839 198/207 (96%)
III. {ECO:0000305} 1200..1514 308/314 (98%)
Ion_trans 1217..1492 CDD:306908 269/275 (98%)
Na_channel_gate 1484..1536 CDD:240441 52/52 (100%)
IV. {ECO:0000305} 1523..1821 296/298 (99%)
Ion_trans 1540..1796 CDD:306908 254/256 (99%)
S1-S2 loop of repeat IV. {ECO:0000250|UniProtKB:A2APX8} 1561..1571 9/10 (90%)
S3b-S4 loop of repeat IV. {ECO:0000250|UniProtKB:A2APX8} 1619..1636 17/17 (100%)
GPHH 1800..1863 CDD:318993 63/63 (100%)
Scn1aNP_110502.1 I. {ECO:0000305} 110..454 337/344 (98%)
Ion_trans 149..433 CDD:278921 278/284 (98%)
Na_trans_cytopl 510..627 CDD:288761 115/117 (98%)
II. {ECO:0000305} 750..1022 266/272 (98%)
Ion_trans 785..978 CDD:278921 189/193 (98%)
Na_trans_assoc 1006..1213 CDD:284034 198/207 (96%)
III. {ECO:0000305} 1200..1514 308/314 (98%)
Ion_trans 1235..1492 CDD:278921 251/257 (98%)
Na_channel_gate 1484..1536 CDD:240441 52/52 (100%)
IV. {ECO:0000305} 1523..1821 296/298 (99%)
Ion_trans 1558..1796 CDD:278921 236/238 (99%)
S1-S2 loop of repeat IV. {ECO:0000250|UniProtKB:A2APX8} 1561..1571 9/10 (90%)
S3b-S4 loop of repeat IV. {ECO:0000250|UniProtKB:A2APX8} 1619..1636 17/17 (100%)
GPHH 1808..1863 CDD:293510 55/55 (100%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 1 0.930 C369896178
eggNOG 00.000 Not matched by this tool.
HGNC 1 1.500
Hieranoid 1 1.000
Homologene 1 1.000 H21375
Inparanoid 1 1.050 3956 1.000 Inparanoid score I216
OMA 1 1.010
OrthoDB 1 1.010 D10241at32523
OrthoFinder 1 1.000 FOG0000322
OrthoInspector 1 1.000 T2470662
orthoMCL 00.000 Not matched by this tool.
Panther 1 1.100 LDO PTHR10037
Phylome 1 0.910 0.833 Consistency score
TreeFam 00.000 Not matched by this tool.
1111.510

Return to query results.
Submit another query.