Protein Alignment SCN1A and Scn1a

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_001159435.1
• Gene: SCN1A / 6323
• HGNCID: 10585
• Length: 2009
• Species: Homo sapiens
• Sequence 2: NP_001300926.1
• Gene: Scn1a / 20265
• MGIID: 98246
• Length: 2009
• Species: Mus musculus
• Alignment Length: 2009
• Identity: 1972/2009 - (98%)
• Similarity: 2000/2009 - (99%)
• Gaps: 0/2009 - (0%)

Human     1 MEQTVLVPPGPDSFNFFTRESLAAIERRIAEEKAKNPKPDKKDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIY 65
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Mouse     1 MEQTVLVPPGPDSFNFFTRESLAAIERRIAEEKAKNPKPDKKDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIY 65

Human    66 GDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF 130
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Mouse    66 GDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF 130

Human   131 SMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDF 195
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Mouse   131 SMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDF 195

Human   196 TVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSV 260
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   196 TVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSV 260

Human   261 FALIGLQLFMGNLRNKCIQWPPTNASLEEHSIEKNITVNYNGTLINETVFEFDWKSYIQDSRYHY 325
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Mouse   261 FALIGLQLFMGNLRNKCVQWPPTNASLEEHSIEKNITMDYNGTLVNETVFEFDWKSYIQDSRYHY 325

Human   326 FLEGFLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQL 390
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Mouse   326 FLEGVLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQL 390

Human   391 TLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMIEQLKKQQ 455
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Mouse   391 TLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKKQQ 455

Human   456 EAAQQAATATASEHSREPSAAGRLSDSSSEASKLSSKSAKERRNRRKKRKQKEQSGGEEKDEDEF 520
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Mouse   456 EAAQQAAATTASEHSREPSAAGRLSDSSSEASKLSSKSAKERRNRRKKRKQKEQSGGEEKDDDEF 520

Human   521 QKSESEDSIRRKGFRFSIEGNRLTYEKRYSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRTSLFSFRGRAKDVG 585
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Mouse   521 HKSESEDSIRRKGFRFSIEGNRLTYEKRYSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRTSLFSFRGRAKDVG 585

Human   586 SENDFADDEHSTFEDNESRRDSLFVPRRHGERRNSNLSQTSRSSRMLAVFPANGKMHSTVDCNGV 650
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Mouse   586 SENDFADDEHSTFEDNESRRDSLFVPRRHGERRNSNLSQTSRSSRMLAVFPANGKMHSTVDCNGV 650

Human   651 VSLVGGPSVPTSPVGQLLPEVIIDKPATDDNGTTTETEMRKRRSSSFHVSMDFLEDPSQRQRAMS 715
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Mouse   651 VSLVGGPSVPTSPVGQLLPEVIIDKPATDDNGTTTETEMRKRRSSSFHVSMDFLEDPSQRQRAMS 715

Human   716 IASILTNTVEELEESRQKCPPCWYKFSNIFLIWDCSPYWLKVKHVVNLVVMDPFVDLAITICIVL 780
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Mouse   716 IASILTNTVEELEESRQKCPPCWYKFSNIFLIWDCSPYWLKVKHIVNLVVMDPFVDLAITICIVL 780

Human   781 NTLFMAMEHYPMTDHFNNVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLV 845
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Mouse   781 NTLFMAMEHYPMTEHFNHVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLV 845

Human   846 ELGLANVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQ 910
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Mouse   846 ELGLANVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQ 910

Human   911 LFGKSYKDCVCKIASDCQLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLTVFMMV 975
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Mouse   911 LFGKSYKDCVCKIATDCKLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLTVFMMV 975

Human   976 MVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFIR 1040
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||::
Mouse   976 MVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGIAYVKRKIYEFIQQSFVK 1040

Human  1041 KQKILDEIKPLDDLNNKKDSCMSNHTAEIGKDLDYLKDVNGTTSGIGTGSSVEKYIIDESDYMSF 1105
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Mouse  1041 KQKILDEIKPLDDLNNRKDNCISNHTTEIGKDLDCLKDVNGTTSGIGTGSSVEKYIIDESDYMSF 1105

Human  1106 INNPSLTVTVPIAVGESDFENLNTEDFSSESDLEESKEKLNESSSSSEGSTVDIGAPVEEQPVVE 1170
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Mouse  1106 INNPSLTVTVPIAVGESDFENLNTEDFSSESDLEESKEKLNESSSSSEGSTVDIGAPAEEQPVIE 1170

Human  1171 PEETLEPEACFTEGCVQRFKCCQINVEEGRGKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL 1235
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Mouse  1171 PEETLEPEACFTEGCVQRFKCCQISVEEGRGKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL 1235

Human  1236 AFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLT 1300
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Mouse  1236 AFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLT 1300

Human  1301 ANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMG 1365
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Mouse  1301 ANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMG 1365

Human  1366 VNLFAGKFYHCINTTTGDRFDIEDVNNHTDCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVAT 1430
            |||||||||||:||||||.|:|.:||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1366 VNLFAGKFYHCVNTTTGDIFEISEVNNHSDCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVAT 1430

Human  1431 FKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGG 1495
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Mouse  1431 FKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGG 1495

Human  1496 QDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMV 1560
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Mouse  1496 QDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMV 1560

Human  1561 ETDDQSEYVTTILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELI 1625
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Mouse  1561 ETDDQSDYVTSILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELI 1625

Human  1626 EKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMS 1690
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Mouse  1626 EKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMS 1690

Human  1691 NFAYVKREVGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGD 1755
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Mouse  1691 NFAYVKREVGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGD 1755

Human  1756 CGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDAT 1820
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Mouse  1756 CGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDAT 1820

Human  1821 QFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDAL 1885
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Mouse  1821 QFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDAL 1885

Human  1886 RIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTLKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKIKGG 1950
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Mouse  1886 RIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTLKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKLKGG 1950

Human  1951 ANLLIKEDMIIDRINENSITEKTDLTMSTAACPPSYDRVTKPIVEKHEQEGKDEKAKGK 2009
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Mouse  1951 ANLLVKEDMLIDRINENSITEKTDLTMSTAACPPSYDRVTKPIVEKHEQEGKDEKAKGK 2009

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
SCN1A	NP_001159435.1	Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite	28..60		31/31 (100%)
		I. /evidence=ECO:0000305	110..454		337/343 (98%)
		Ion_trans	127..433	CDD:459842	300/305 (98%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite	455..529		69/73 (95%)
		Na_trans_cytopl	555..718	CDD:463401	162/162 (100%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite	584..627		42/42 (100%)
		II. /evidence=ECO:0000305	750..1022		266/271 (98%)
		Ion_trans	767..980	CDD:459842	208/212 (98%)
		Na_trans_assoc	1006..1213	CDD:461936	195/206 (95%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite	1129..1163		33/33 (100%)
		III. /evidence=ECO:0000305	1200..1514		307/313 (98%)
		Ion_trans	1217..1492	CDD:459842	268/274 (98%)
		Na_channel_gate	1484..1536	CDD:240441	51/51 (100%)
		IV. /evidence=ECO:0000305	1523..1821		295/297 (99%)
		Ion_trans	1540..1796	CDD:459842	253/255 (99%)
		S1-S2 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:A2APX8	1561..1571		8/9 (89%)
		S3b-S4 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:A2APX8	1619..1636		16/16 (100%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite	1986..2009		22/22 (100%)
Scn1a	NP_001300926.1	Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite	28..60		31/31 (100%)
		I. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:P04774	110..454		337/343 (98%)
		Ion_trans	127..433	CDD:459842	300/305 (98%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite	455..528		68/72 (94%)
		Na_trans_cytopl	555..718	CDD:463401	162/162 (100%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite	584..627		42/42 (100%)
		II. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:P04774	750..1022		266/271 (98%)
		Ion_trans	767..980	CDD:459842	208/212 (98%)
		Na_trans_assoc	1006..1213	CDD:461936	195/206 (95%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite	1129..1163		33/33 (100%)
		III. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:P04774	1200..1514		307/313 (98%)
		Ion_trans	1217..1492	CDD:459842	268/274 (98%)
		Na_channel_gate	1484..1536	CDD:240441	51/51 (100%)
		IV. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:P04774	1523..1821		295/297 (99%)
		Ion_trans	1540..1796	CDD:459842	253/255 (99%)
		S1-S2 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000269|PubMed:27281198	1561..1571		8/9 (89%)
		S3b-S4 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000269|PubMed:27281198	1619..1636		16/16 (100%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite	1984..2009		24/24 (100%)