Protein Alignment Sf3b3 and rik1

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_728546.1
• Gene: Sf3b3 / 38093
• FlyBaseID: FBgn0035162
• Length: 1227
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_588204.1
• Gene: rik1 / 2539050
• PomBaseID: SPCC11E10.08
• Length: 1040
• Species: Schizosaccharomyces pombe
• Alignment Length: 1314
• Identity: 247/1314 - (18%)
• Similarity: 434/1314 - (33%)
• Gaps: 410/1314 - (31%)

  Fly    11 ATGVTHAVHGNFSGGKQQEVLLSRGKSLELLRPDSNTGKVHTL---LSTEIFGCVRALMAFRLTG 72
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pombe    10 ATAVDTATSCHFISSENCLVLLQALKINIYL-----CSEVHGLQFFTSIPLFSTVKHIRPYRPPG 69

  Fly    73 GTKDY--IVVGSDS---------GRIVILEYNPSKNALEKVHQETF-----GKSGCRRIVPGQYF 121
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pombe    70 LDRDYLFVVLNDDTYFSIYWDEDYQKVIVDHPPVR------YRVTFPWNRNAKSYC--------- 119

  Fly   122 AIDPKGRAVMIGAVEKQKLAYIMNRDTQARLTISSPLEAHKSNTLTYHMVGVDVGFDNPMFACLE 186
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pombe   120 LVDLRMRAIFLSIDEISMIC----------IRILSAEERLKTGR------SIDSGF--PFSFPVH 166

  Fly   187 IDYEEADMDPSGDAAQRTQQTL---------TFYELDL---GLNHVVRKYSEPLEEHANFLVSVP 239
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pombe   167 LIY---DMCILNDSSTPTLVVLHSDGLDCYVTAFLLDLSSKSLGKGIR-----LFERVKPSMIMP 223

  Fly   240 GGNDGPSGVLICSENYLTYKNLGDQHDIRCPIPRRRNDLDDPERGM---IFICSATHRTKSMYFF 301
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pombe   224 FGK---RGLLVFESLFIHCMYRGNFVTINGPCTTYMH--WTPLKGQKMHYIVCDTNGYLFGVYSS 283

  Fly   302 LLQTEQGDIFKITLETDDDVVSEIKLKYFDTVPPATAMCVLKTGFLFVASEFGNHYLYQIAHLGD 366
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pombe   284 ILGKNKWSL----------VMERLPIPPFDFI---TSLNSIHEGLLFIGSKNSESKLINLSTLKD 335

  Fly   367 DDDEPEFSSAMPLEEGETFFFAPRALKNLVLVDELPSFAPIITSQVADL--ANEDTPQLYVLCGR 429
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pombe   336 -------------------------------VDSIPNLGPI-----HDLLVLKNDIEKSFLVCAG 364

  Fly   430 GPR-STLRVLRHGLEVSEMAVSELPGNPNAVWTVKKRADDEFDAY----IIVSFVNATLVLSIGE 489
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pombe   365 TPRNASLIYFQHALKLDILGQTKISGILRAM---------VLPSYPEHKLFLGFPSETVAFNIKE 420

  Fly   490 -----------TVEEV-----TDSGFLGTTPTLCCAALGDDA----LVQVYPDGIRHIRSDKRVN 534
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pombe   421 DFQLELDPSLSTKERTIALSGTNGEFVQVTSTFLC--IYDSAKRSRLVYI--------------- 468

  Fly   535 EWKAPGKKSITKCAVNQRQVVITLSGRELVYFEMDPTGELNEYTE--RSEMPAEIMCMALGTVPE 597
                   :.||..|..|....|.::|..|..|:.|        ||  |....:||.|:....
pombe   469 -------EKITNAACYQEYSAIVINGTALAIFKKD--------TEVARKVFESEISCLDFSA--- 515

  Fly   598 GEQRSWFLAVGLADNTVRILSLDPNNCLTPCSMQA-LPSPAESLCLVEMGHTESTTQG-GLDDDA 660
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pombe   516 ----QFQIGVGFWSKQVMILTFSDNSSIS-CAFQTNVPSLPRNIIL----------EGVGVDRNL 565

  Fly   661 PAQRSGNNKGTIYLNIGLSNGVLLRTVLDPVSGDLADTRTRYLGSRPVKLFRIKMQGSEAVLAMS 725
            ....||:.:...|        ||.:       .:|..:.|::.|:.||...|..|.....::..:
pombe   566 LLVSSGSGEFKSY--------VLFK-------NNLVFSETKHFGTTPVSFRRFTMNIGTYIICNN 615

  Fly   726 SRTWLSYYHQNRFHLTPLSYETLEYASGFSSEQCSEGIVAISTNTLRILALEKLGAVFNQVAFPL 790
            ....:.|.........|||.........|......:.::::|...|:.|.|..|..:..:... |
pombe   616 DCPHMVYGFNGALCYMPLSMPQSYDVCQFRDNSGKDFLISVSLGGLKFLQLNPLPELTPRKVL-L 679

  Fly   791 QYTPRTFVIHPDTGRMLIAETDHNAYTEDTKSARKEQMAEEMRSAAGDE--------ERELAREM 847
            ::.|...:|..:   .|:..|..|.| ||.:| .||....|:..:..|.        |.|...::
pombe   680 EHVPLQAIIFQN---KLLLRTLENRY-EDYES-YKENYHLELVDSYDDNSFRVFSFTENERCEKV 739

  Fly   848 ANAFINE--------VLPEDVFSSPKAGLGL--WASQIRCLDAMHGQTMFSVPLTQNEAIMSMAM 902
            ..  |||        ::.:|........|.|  :..:::.|..:            :..::|.|:
pombe   740 LK--INESSLLVGTSIIEQDKLVPVNGRLILLEFEKELQSLKVV------------SSMVLSAAV 790

  Fly   903 LKFSIAADGRYYLAVG----IAK----DLQLNPRISQGGCIDIYKIDPTCSSLEFMHRTDIDEIP 959
            :...:..| ||.:|.|    |.|    .|.::.|||.|..:           |:.:
pombe   791 IDLGVYND-RYIVAFGQQVAIVKLTEERLMIDSRISLGSIV-----------LQLI--------- 834

  Fly   960 GALCGFQGRLLA---GCGRMLRIYDFGKKKMLRKCENKHIPYQIVNIQAMGHRVYVSDVQESVFF 1021
                 .:|..:|   ..||...:|                                .|.|:.:..
pombe   835 -----VEGNEIAIADSIGRFTIMY--------------------------------FDGQKFIVV 862

  Fly  1022 IRYRRAENQLIIFADDTHPRWVTATTLLDYDTIAIADKFGNLSIQRLPHSVTDDVDEDPTGTKSL 1086
            .||...||             :....|.:.....||...|.|.:.|        .::|   .|:.
pombe   863 ARYLFGEN-------------IVKAALYEGTVYIIATNSGLLKLLR--------YNKD---AKNF 903

  Fly  1087 WDRGLLSGASQKSENICS--FHVGEIIMSLQKATLIPGGS---EALIYATLSGTVGAFVPFTSRE 1146
            .||           .||.  :|:.:.:...|...:....|   ..:::||..|.:|:.|....:|
pombe   904 NDR-----------FICESVYHLHDKVSKFQNFPITNTNSFLEPKMLFATEIGAIGSIVSLKDKE 957

  Fly  1147 DYDFFQHLEMH------MRNENPPLCGRDHLSYRSSYYPVKNVLDGDLCEQYLSIEAAKQKSIAG 1205
                   ||:.      .:.:...|...|:.|..:........:||||.     |:..:..|  .
pombe   958 -------LELEELTRKIRKLKFSYLSSMDYESIEADLISPVPFIDGDLV-----IDVKRWAS--S 1008

  Fly  1206 DMFRTPNQICKKLE 1219
            ::||    :|:.:|
pombe  1009 ELFR----LCRSVE 1018

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Sf3b3	NP_728546.1	MMS1_N	76..592	CDD:463091	108/575 (19%)
		CPSF_A	872..1194	CDD:427182	57/343 (17%)
rik1	NP_588204.1	MMS1_N	73..512	CDD:463091	108/574 (19%)
		CPSF_A	712..999	CDD:427182	66/400 (17%)