Protein Alignment rad50 and sbcC

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_726199.3
• Gene: rad50 / 37564
• FlyBaseID: FBgn0034728
• Length: 1318
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_414931.1
• Gene: sbcC / 949076
• ECOCYCID: EG10927
• Length: 1048
• Species: Escherichia coli
• Alignment Length: 1236
• Identity: 236/1236 - (19%)
• Similarity: 439/1236 - (35%)
• Gaps: 350/1236 - (28%)

  Fly     4 IESLSIQGIRSF-GTYADDLQSIKF-SSPVTLILGENGCGKTTVVECLKYALTGECPPGSDRGKS 66
            |.||.::.:.|. |.:..|.....| |:.:..|.|..|.||||:::.:..||..|.|..|:..:|
E. coli     3 ILSLRLKNLNSLKGEWKIDFTREPFASNGLFAITGPTGAGKTTLLDAICLALYHETPRLSNVSQS 67

  Fly    67 FVHDPKIFGLNEVLAQIKMQVRDRR---------------------GAQVSICRTMKVSKKRNKM 110
             .:|.......|.||:::.:|:...                     ..:::.|...|:...:.|.
E. coli    68 -QNDLMTRDTAECLAEVEFEVKGEAYRAFWSQNRARNQPDGNLQVPRVELARCADGKILADKVKD 131

  Fly   111 SFETMDSTINFLTGAGQSKREKQDSLSGRSVDIDVAISDFMGVSKAIINNVLFCHQEDSSWPLDE 175
            ..| :.:|   |||....:..:...||             .|...|.:|          :.|.:.
E. coli   132 KLE-LTAT---LTGLDYGRFTRSMLLS-------------QGQFAAFLN----------AKPKER 169

  Fly   176 SKKLKEKFDAIFGITEYNKALDKIIKLRKEAMEELKIKEANIKHVAYL----------------- 223
            ::.|:|    :.|...|.:....:.:..|.|..||:..:|....|..|
E. coli   170 AELLEE----LTGTEIYGQISAMVFEQHKSARTELEKLQAQASGVTLLTPEQVQSLTASLQVLTD 230

  Fly   224 -------KQEMEVKTLN--------LQKAQRKCDAIKAQCSECEEEMKPIEARL---VEIRNVE- 269
                   .|:.|.::||        .|:|.|:..|::...:| ||:.:|..|.|   ...||:.
E. coli   231 EEKQLITAQQQEQQSLNWLTRQDELQQEASRRQQALQQALAE-EEKAQPQLAALSLAQPARNLRP 294

  Fly   270 --FEIGKYQA-------QKVEMDTKHKNCKDQISTLTLKIKKPFR-------GTLDELDQEISNF 318
              ..|.::.|       |..|::|:.::        |:.::...|       ..|.:..|.::.:
E. coli   295 HWERIAEHSAALAHIRQQIEEVNTRLQS--------TMALRASIRHHAAKQSAELQQQQQSLNTW 351

  Fly   319 DQRMLEMRQKRTEVEGDLSQIKRSSVAEQEKLGTQDRKHCLAKQRHQSELACRAQLLKRVKEFCR 383
            .|.....||...|..|..:|..:.         |.||:|.   ::.|.:|....|.|..:    .
E. coli   352 LQEHDRFRQWNNEPAGWRAQFSQQ---------TSDREHL---RQWQQQLTHAEQKLNAL----A 400

  Fly   384 ELHIPIDCDLVEQPEKMGEVLRDIEAMIITKHCEITEIVEQNEKADRSRQVKIDELRIELTKSEQ 448
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E. coli   401 AITLTLTADEVATALAQHAEQRPLRQHLVALHGQIV-----------PQQKRLAQLQVAI----Q 450

  Fly   449 SVTAQEKQRESSKRESETLGVEIKKIETSMQDLKKLEKEINEVNELYESATKNIDQQAIKDAIAR 513
            :||.::.||.::                           :||:.:.|:..|     |.:.|.
E. coli   451 NVTQEQTQRNAA---------------------------LNEMRQRYKEKT-----QQLADV--- 480

  Fly   514 KKASIAENQIQFKKLDEQLTFL--GSMAKLVAECSLKQKELDKKNQEVHRVRSRHSDHFGKLFKE 576
              .:|.|.:.:.|.|:.|...|  |....|....|....|..:.                   .|
E. coli   481 --KTICEQEARIKTLEAQRAQLQAGQPCPLCGSTSHPAVEAYQA-------------------LE 524

  Fly   577 PITCNYRRSMQVVYEKLRREIQELNEKANTQKLKEQSYEIKRKNLISDISRMEKE---LKDSEEL 638
            | ..|..|.:     .|..|:::|.|:..|  |:.|...|.::     :.|.|.|   |:..|:.
E. coli   525 P-GVNQSRLL-----ALENEVKKLGEEGAT--LRGQLDAITKQ-----LQRDENEAQSLRQDEQA 576

  Fly   639 IYQKCRST---------PYDDLL---------ERSKTTISKLQFDHGALKSSEALYKKYIQKMDE 685
            :.|:.::.         |.||:.         ||....:|:.....|.:.:......:|.|::::
E. coli   577 LTQQWQAVTASLNITLQPLDDIQPWLDAQDEHERQLRLLSQRHELQGQIAAHNQQIIQYQQQIEQ 641

  Fly   686 EPSCPLCHHNMTSDEACDLTSELTDEIQKLPDN-------ITRAEKALKAEQIKYENLLQLKPTI 743
            ....              |.:.||.....||..       .||.::|...:| :...|..|:..|
E. coli   642 RQQL--------------LLTTLTGYALTLPQEDEEESWLATRQQEAQSWQQ-RQNELTALQNRI 691

  Fly   744 LKVKELKDSLPQKKEELKKVEE--LLGDSVSEYETLIALIGEPTHNMELANSMMGDMSLLDEALK 806
            .::..:.::||| .:||...||  :|.:....:|..:||     |:.:             :.|:
E. coli   692 QQLTPILETLPQ-SDELPHCEETVVLENWRQVHEQCLAL-----HSQQ-------------QTLQ 737

  Fly   807 DSARLTKDLDLQKGQLPASYDSSVS---MDDLQAEKSKVSKELE-TERKELESAQNAVQQQMDAL 867
            ....|... .|||.|  |.:|:::.   .||.||..:.:..|.. |:.::|:  ||...|:..|.
E. coli   738 QQDVLAAQ-SLQKAQ--AQFDTALQASVFDDQQAFLAALMDEQTLTQLEQLK--QNLENQRRQAQ 797

  Fly   868 NRLREKKNSLKDRQIHL-REGLQSLPQLKERLEKLNSFLTTVASEI-SELKAKIQPLKLNLRAAI 930
            ..:.:...:|...|.|. .:||.               ||....:| .||....|.|:.|..:..
E. coli   798 TLVTQTAETLAQHQQHRPDDGLA---------------LTVTVEQIQQELAQTHQKLRENTTSQG 847

  Fly   931 EEKERLKKSESEKLAQLNSKYNSYKSTDHDIQRLNKEAEDYAKLDL------RNEIKK------L 983
            |.:::||:....:..|        ::....|.::.::.||:..|:.      .::.:|      |
E. coli   848 EIRQQLKQDADNRQQQ--------QTLMQQIAQMTQQVEDWGYLNSLIGSKEGDKFRKFAQGLTL 904

  Fly   984 DEIIMASKDKLRKLEAEISLKTDELETIKTECSNQQTVERD-LKDNRELK-------------QL 1034
            |.::..:..:|.:|.....|:....|.::.|..:  |.:.| ::|.|.|.             .|
E. coli   905 DNLVHLANQQLTRLHGRYLLQRKASEALEVEVVD--TWQADAVRDTRTLSGGESFLVSLALALAL 967

  Fly  1035 EDKEA-KLRESCQVLDKQLGNLDFHSVSKEKVNLTKQRDKATVRKGELLGQLGEIHSQVNKLQRE 1098
            .|..: |.|.....||:..|.||     .|.::.......|....|:.:|.:..:.:...::..:
E. coli   968 SDLVSHKTRIDSLFLDEGFGTLD-----SETLDTALDALDALNASGKTIGVISHVEAMKERIPVQ 1027

  Fly  1099 I 1099
            |
E. coli  1028 I 1028

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
rad50	NP_726199.3	rad50	2..1295	CDD:129694	236/1236 (19%)
sbcC	NP_414931.1	PRK10246	1..1048	CDD:182330	236/1236 (19%)