Protein Alignment SMC2 and smc1a

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_610995.1
• Gene: SMC2 / 36653
• FlyBaseID: FBgn0027783
• Length: 1179
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001155103.1
• Gene: smc1a / 559665
• ZFINID: ZDB-GENE-090506-9
• Length: 1232
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 1285
• Identity: 293/1285 - (22%)
• Similarity: 578/1285 - (44%)
• Gaps: 191/1285 - (14%)

  Fly     2 YVKKLVLDGFKSYGRRTEIEGFDPEFTAITGLNGSGKSNILDSICFVLGISNLQNVRASALQDLV 66
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Zfish     3 YLKLIEIENFKSYKGRQIIGPFH-KFTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLA-EKTSNLRVKTLKDLI 65

  Fly    67 Y--KNGQAGITKATVTIVFDNTNPAQCPQGYEKCREISVTRQVVVGGKNKFLINGKLVQNKKVQD 129
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Zfish    66 HGAPVGKPAANRAFVSMVY-------CEDNGEEC---TFTR-AIIGSSSEYRINSKVVGLSDYSE 119

  Fly   130 FFCSIQLNVNNPNFLIMQGKIQQVLNMKPKEVLSMVEEAAGTSQYKTKRDATKTLIEKKETKV-- 192
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Zfish   120 ELEKLGILIKARNFLVFQGAVESIAMKNPKERTALFEEISRSGELAQEYDRRKKEMVKAEEDTQF 184

  Fly   193 ---RETKVLLDEEVLPKLVKLRQERSAYQEYQKICRDIDFLIRIHISAKYLKQCETLKTVEANEH 254
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Zfish   185 SYHRKKNIAAERK------EAKQEKEEAERYQRL---KDEVVRAHVQLQLFKLYHNEEEIE---- 236

  Fly   255 KIEDRIANCKATHAKNLAEVESIENSVKEMQQQIDAEMGGSIKNLETQLSAKRA-LEATATGSLK 318
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Zfish   237 KLNRELSQRNREIDKDRKKMDHVEEELKDKKKELGRMMRDQ-QNVEKEIKEKDAELNQKRPQYIK 300

  Fly   319 AAQGTIQQDEKKIRMASKNIEDDERALAKKEADMAKV---QGEFESLKEADARDSKAYEDAQKKL 380
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Zfish   301 AKENTAHK-IKKLEVARKSLQNAQKMYKKRKADIEELDREQGAVEMSRQ-------EFEERMEE- 356

  Fly   381 EAVSQG--LSTNEN-------------GEASTLQEQLIVAKEQFSEAQTT----IKTSEIELRHT 426
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Zfish   357 EAQSQGQDLTLEENQVKQYHRLKEEASKRAATLAQEL----EKFNRDQKADQDRLDLEERKKIET 417

  Fly   427 RGVLKQREGETQTNDAAYVKDKKLHDQLVVEIKNLERQLQSLDYEGGHFEKLKQRRNDLHMRKRD 491
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Zfish   418 EAKIKQKIREIEENQK---RIEKLEDYIATSRQSLDEQRRMEEELTEEVELAKRRIDEINM---E 476

  Fly   492 LKRELDRCNASRYDLQYQDPEPNFDRRK--------------VRGLVGKLFQVKDMQNSMALVQT 542
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Zfish   477 LNQVMEQLGDARIDRQ----ENSRQQRKAEIMESIKRLYPGSVYGRLIDLCQPTQKKYQIAVTKV 537

  Fly   543 AGGSLYSYVTDDDVTSKKIL-----QRGNLQRRVTLIPINKIQSGSLNRNVVEYAQNKVGAENVQ 602
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Zfish   538 LGKNMDAIIVDSEKTGRDCIQYIKEQRGEPE---TFLPLDYLE--------VKPTDEKL--RELR 589

  Fly   603 WAMSLIDYDRYYEP----VMKFCFGGTLICKDLIVAKQISYDPRINCRSVTLEGDVVDPHGTVSG 663
            .|..:||..||..|    .:::..|..|:|:::..|::|::......::|.|:|.:....|.:||
Zfish   590 GAKLVIDVIRYEPPHIKKALQYACGNALVCENVEDARRIAFGGPYRHKTVALDGTLFQKSGVISG 654

  Fly   664 GAA----------PKGANVLEE-----LHAIKQIEKEYREIDSEIAQVEKQIASIE-----NQAL 708
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Zfish   655 GASDLKAKARRWDEKAVDKLKEKKEKLTEELKEQMKAKRK-EAELRQVQSQAHGLQMRLKYSQSD 718

  Fly   709 AFNKMKENLDLRQHELTMCENRLA---------QTTFQQNQAEIEEMRERVKTLEQQII------ 758
            .......:|.|...|.:..|:.||         :...|..:.:|.::|:|:..:|.::.
Zfish   719 LEQTKTRHLSLNMQEKSKLESELANFGPRINDIKRIIQSRERDITQLRDRMNLVEDEVFFEFCKE 783

  Fly   759 ----DSREKQKTSQAKIVDIEAKLADAKGYRER---ELNAATNEIKVTKQRAEKSRANWKKREQE 816
                :.||.::....:..:|..|..:.:..:.|   :|:...|::|..:::........||.|.|
Zfish   784 IGVRNIREFEEEKVKRQNEIAKKRLEFETQKTRLAIQLDYEKNQLKEDQEKVMMWEQTVKKDENE 848

  Fly   817 FETLQLE-------ITELQKSIETAKKQHQEMIDNLEKFKAELDALKVNSSSAASEVTELEQAIK 874
            .|.|:.|       |.|....::..|.||......:.....|::.::....||..|:|:|::.:.
Zfish   849 IERLKKEEHRHMKIIDETMAQLQDLKNQHLTKKGEVNDKNREMEEIRKKLGSANKELTQLQKEVT 913

  Fly   875 EQKDKLRDQNKEMRNQLVKKEKMLKENQEIELEVKK------KENEQKKISSDAKEAKKRMEALE 933
            ..:.|| :|.:..|:.|::..||    |:|:|.:|.      .:.|......||..:.|...::.
Zfish   914 AIETKL-EQKRSDRHNLLQACKM----QDIKLPLKSGTMDDISQGEGGSQVEDAISSPKASSSVH 973

  Fly   934 AKYPWIPEEKNCFGMKNTRYDYSKEDPHEAGNKLAKMQEKKDKMERTL------NMNAIMVLDRE 992
            ||...|  |.:...:.....|...||  |...::..:|::.::.:..|      ||.|:..|:..
Zfish   974 AKEALI--EIDYSNLNEDLKDALSED--EIKGEMNTLQQRLNEQQSILQRISAPNMKAMEKLESV 1034

  Fly   993 EENFKETERRRNIVAMDKEKIKKIIVKMDEEEQDQLNKAATEVNTNFSGIFSSLL--PGAEAKLN 1055
            .:.|:||...........:|.|:...::.:|..|:.|.....|.||...|:.:|.  ..|:|.|.
Zfish  1035 RDKFQETSDEFEAARKRAKKAKQAFEQIKKERFDRFNACFESVATNIDEIYKALSRNSSAQAFLG 1099

  Fly  1056 PVH-TNGCLTGLEIKVGFNGIWKESLGELSGGQKSLVALSLVLAMLKFSPAPLYILDEVDAALDM 1119
            |.: ....|.|:.......|.....:..||||:|::.||:|:.|:..:.|||.::|||:|||||.
Zfish  1100 PENPEEPYLDGINYNCVAPGKRFRPMDNLSGGEKTVAALALLFAIHSYKPAPFFVLDEIDAALDN 1164

  Fly  1120 SHTQNIGSMLK-QHFTNSQFLIVSLKDGLFNHANVLFRTLFEEGVSTITR 1168
            ::...:.:.:| |...|.|.:::|||:..:..|:.|.....|:|...|::
Zfish  1165 TNIGKVANYIKDQSVQNFQAIVISLKEEFYTKADSLIGVYPEQGDCVISK 1214

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
SMC2	NP_610995.1	SMC_N	2..1162	CDD:481474	291/1277 (23%)
smc1a	NP_001155103.1	SMC_N	3..1210	CDD:426784	292/1279 (23%)