DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment stmA and efr-3

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_001014513.1 Gene:stmA / 35865 FlyBaseID:FBgn0086784 Length:834 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_495269.1 Gene:efr-3 / 174042 WormBaseID:WBGene00016311 Length:859 Species:Caenorhabditis elegans


Alignment Length:879 Identity:325/879 - (36%)
Similarity:473/879 - (53%) Gaps:98/879 - (11%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    29 CCCGCCSALRPRYKRLVDNIFPVNPEDGLVKSNMEKLTFYSLSSPDKLDRIGEYLYQKATKDINR 93
            |||..|   :|||:||||:|:|....|||:.|||:|||||::|.|:||:||||||..:..:|::|
 Worm     5 CCCTPC---KPRYRRLVDSIYPRAVTDGLLYSNMQKLTFYAISHPEKLERIGEYLVMRMVRDLSR 66

  Fly    94 KRYKLAEIAMEAMDLLLQACHAQTTLNLFVESFLRMVQKLLEDSNPNLKIMATNSFVKFANINED 158
            :|....:||:||||.||||||:..:|..|.|:.|||||:|||.:|..::.:||:|||.|:||.|.
 Worm    67 QRPVQVKIAVEAMDQLLQACHSSPSLPQFSENHLRMVQRLLESNNAKMEQLATDSFVTFSNIEES 131

  Fly   159 TPSYHRRYDFFISKFSSMCHSD-AASMRDSLRL---AGIKGLQGVIRKTVSDDLVENIWEAEHME 219
            :|||||:|||||.|||.|||:: .|:..|..||   ||::||:||:.|:|:|||..||||.:||:
 Worm   132 SPSYHRQYDFFIDKFSQMCHANPQAAYGDDFRLARCAGLRGLRGVVWKSVTDDLHPNIWEQQHMD 196

  Fly   220 KIVPSLLFNMQ--------FCVNVMFVKKNLLASGDLTP---VEDATNVTPPALAEEVLRELVGR 273
            |||||:|||:|        |..:.:....|..|  |.|.   |:|  ..||..|::..||||:|:
 Worm   197 KIVPSILFNLQEPDDSGKGFSSSQIPKFDNTFA--DSTQSHRVDD--EATPKVLSDRCLRELMGK 257

  Fly   274 ASFGHIRSVLKPLLTHLDRHELWV-PNTFAIHTFRIVMISIQPQYSYTVVETLMQHLDNNFKSSP 337
            ||||.:|:|::|:|.|:|.|:.|. |.:||||.||.::.|||.|.||.|::.|:.|||:...:..
 Worm   258 ASFGSLRAVIEPVLKHMDLHKRWTPPPSFAIHVFRAIIYSIQSQNSYFVIQELINHLDSMCSADA 322

  Fly   338 KTRTSLAVVLSKIIAIAAGESVGPSALDIINNLLTHLRTSV----STTSEITPEESQYQEALINA 398
            .||..:|.|||.|::| ||.|:||..|.|.|:||.||||||    |......|.|..||||||||
 Worm   323 STRIGIATVLSSIVSI-AGTSIGPLLLSIFNSLLKHLRTSVDFERSGKCSDQPAEKMYQEALINA 386

  Fly   399 LGEFANHHPDYQKIEIMLFIMNTVPDL-SKKSK-GDQMLQNILLKSLLKVGTQYSTVSFEKAFPA 461
            :|:|||..|||||:|:|:|.:..:|:| .:||| ||:.||::|:|:||||.|:|.|......|..
 Worm   387 MGDFANALPDYQKVEMMMFTVGNIPNLDERKSKQGDEFLQHVLVKTLLKVATKYRTAYLATVFTD 451

  Fly   462 SFLQPLLKMARAPHNPTRMVVMQILQALLDRHQN---------EQVLSSVSVKPYPALSQEPPSR 517
            |||..||.:|.......|:...||...|||||.|         |..:|.|.      |:.|..||
 Worm   452 SFLDTLLLLALVRDPQVRLATQQIFHTLLDRHDNAANLVHLGYELDVSDVQ------LTVEKCSR 510

  Fly   518 SDIIFTHKYGANIMQALIDSMALSDRVDALTSSFNTAALLIVEMSCNETVQEFLLFILGIQQVAC 582
            :|.:|..|:...|...|:.::||:|..|  .:....|.|..:.:.|.|::.|.....|.:||:|.
 Worm   511 ADQMFMRKHIGEITYMLLRAVALADEND--LNKHIDAVLCTMSLLCIESLIELFRLSLALQQLAL 573

  Fly   583 -TVDTLGNVHKCSLHAISIGLLVLISRVSGINNLLEYAQKIVDARREEASHFLPPLLEPK----- 641
             :.....:..:..:|.:....|.|.:::....:|.:..|.:|..|.:.....|..||..|     
 Worm   574 DSKQNFSDAKRNCIHNMVAKYLNLSAQLIANPSLCQQVQHVVSCRAQRGIPGLNLLLNVKDSPNN 638

  Fly   642 ------------KLAGKTFNLQLPHLAIDKLALGECLQNAGMDAQRLNTGAPYSLNQTDHPGHRH 694
                        .....|...:...|..:...:.|.|:.:|.||.||.....:::|...:.|...
 Worm   639 DDPLSSSALNSTSQGATTITEEDQTLLFNAEDIAESLKASGKDATRLFVPFNFNMNGRKNDGSGD 703

  Fly   695 SWVESVSN--QLTQRNS-SADLTVYNGDVD---SVSSSPGVCKK----------LLAPEFN---- 739
            .|.....|  ....|.| |...||...||.   ||..:|.|.:|          :..|:.|    
 Worm   704 QWQNDTPNFDSTDGRESPSGYKTVGIDDVSVDMSVDWTPPVSRKQSRRNTIFSIVNPPKLNASTV 768

  Fly   740 --FDAMKRALAEPTEAAKREQRERQMQIVRTFREGEFDDLMRRTEPKHDLIQNRLNELFNSLAVE 802
              ..|...|..:|.|..::| :|....|:...|..:|::.:...|.     .|..::|..|:|  
 Worm   769 DDLKAYANATFDPIEEGRKE-KELTGSILSEIRNTDFEERVNTNES-----LNEKSDLSKSIA-- 825

  Fly   803 RQITQSD--TKSSQL-QASNEKPIYETNFPELFY 833
            |.:.::.  |:...: :.:..|.::|...|...|
 Worm   826 RLLVRNGEMTRVRDIGRPAKPKNLFEIELPSFAY 859

Return to query results.
Submit another query.