Protein Alignment Ptr and SCAP

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_610209.2
• Gene: Ptr / 35546
• FlyBaseID: FBgn0262867
• Length: 1169
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_788277.1
• Gene: SCAP / 35529
• FlyBaseID: FBgn0033052
• Length: 1276
• Species: Drosophila melanogaster
• Alignment Length: 1178
• Identity: 208/1178 - (17%)
• Similarity: 383/1178 - (32%)
• Gaps: 391/1178 - (33%)

  Fly   112 REVFQELRQLDNIIQNATTTYDGDTYTYKDNCARWENECFENDILNLDALMDDIEA---GQLNLT 173
            |....|:.:|..|::|         :...:|....|:.|..         :|:::.   |||:..
  Fly   193 RAPLHEVFKLLEIVRN---------HQSSENKRTLEHNCLH---------VDNVKRGTHGQLDQI 239

  Fly   174 FP----FMFNPV----------TWDAHLFPVFFGGTKLTEDNYVISVPAIQLVY-FVTADT--KR 221
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  Fly   240 FPEYGCLLLSPANLWTQNSQNFTRDTNILNTIFQYHNLQKS----KVSAAEMLFGLPMQDTGFKR 300

  Fly   222 QDAKGAEWEETFLRVVGNAENSGQF------KHISVSYFASRTLDHEL---------------EK 265
            ...:...      |::       |:      ||..:.|.  .||..:|               |.
  Fly   301 YPLRARS------RII-------QYALTLFLKHNDMEYL--DTLKEKLLRHYPPLPLASASAEEP 350

  Fly   266 NTKT------------VVPYFSSTFLLMGLFSIITCMMGDAVRSKPFLGLMGNVSAIMATLAAFG 318
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  Fly   351 TTITYIFYPGEYRMWELVPY-TVAFMLVFAYVYFSVRKIDVFRSRFLLALCSVITTAGSLAMSLG 414

  Fly   319 LAMYCGIEFIGINLAA----PFLMIGIGIDDTFVMLAGWRRTKAKMPVAE------RMGLMMSEA 373
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  Fly   415 LCFFFGLT---ISLQSKDIFPYLVILVGLENSLVI------TKSVVSMDETFDVKIRVAQALSKE 470

  Fly   374 AVSITITSVTDFISFLIGIISPFRSVRIFCTYSVFAVCFTFLWHITFFAACMAISGYR-----ER 433
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  Fly   471 GWHISKTLLTEITILTIGLATFVPVIQEFCIFAIVGLLSDFMLQMLLFSTILAMNIKRTEYTAEA 535

  Fly   434 KNL-HSIFGCRVQPMSVAIKEKRNFLYKAIMAGGIDANDPDNP---IDNKDHMLMAF-----FKD 489
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  Fly   536 KHLPKMLLSC---TQGAGRQDFRFF-------GAAPALPPFVPGTFQRSQSHPKLCFADPASVSD 590

  Fly   490 KMAAVINNKWCKAIIILAFASYLVGACYGITQIKEGLERR-KLSREDSYSVEFFDREDDYYREFP 553
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  Fly   591 R-TSLVN---------------------GHSSPEQRIPKRIKI-------VNFWARTRFFQRAFM 626

  Fly   554 YRMQVIIAGPLNYSDPLVQEQVENLTSTLEHTSYVTSRRYTESWLRSFLSFLERNNELLNVTVDD 618
            ..|.|.|...:..|..|  ||:.::.|....|:.:..:|..::...:..||.|....       |
  Fly   627 IWMIVWICSIVYNSGYL--EQLFSMQSNGTMTATLELQRRLQAGRGAVSSFFEGWQA-------D 682

  Fly   619 EQTFIDAVKEHWLFPGNPFSLDVRFNEDETQIIASRFLIQAVNITDTNHEKEMVRDLRQICKDSP 683
            .|....|..      |:.||..::             ...|::|.:|  .:||:| ||....|..
  Fly   683 GQRATSAPS------GSGFSTPIK-------------APLAIDINET--AEEMMR-LRYPSFDLN 725

  Fly   684 LNASIFHPYFVFFDQFELVRPVSLQAMVIGAIIMMIISFVFIPNILCSL------------WVAF 736
            ...|.|| :.....|:.    :||....:..:..:.:|....|.:...|            |.|
  Fly   726 YFLSNFH-WSTIMKQYN----ISLSGHYVTLLPTIRLSHAIAPELATLLRNPQEQLQQNFQWKA- 784

  Fly   737 SVISIELGVAGYMALWDVNLDSISMINLIMCIGFSVDFTAHICYTYMSSKKRSPKARVREALHSL 801
                    :|..:...|.|.|.:                          ::.||.....
  Fly   785 --------LAAALDPLDFNDDDV--------------------------RRESPMVMAE------ 809

  Fly   802 GLPIIQGSSSTILGIVALLLAQSYIFLVFFKMVFLVIFFGAMHGLFLLPVLLSLFGPGSCL---- 862
            |||::..|...|  ..|:||....||::.:.|   |:|:                   .|:
  Fly   810 GLPLVPKSPMEI--FFAILLCCISIFVLCYTM---VVFY-------------------RCICTRN 850

  Fly   863 ------TWTGKDDGSDAEVDDGLDDRQLEKPFSQS-------------YYMQYPSIGINGPYGSK 908
                  :|                 .:.|.|:.|:             :..:...:..:|.|...
  Fly   851 YAEWRSSW-----------------HESEAPYKQTEQILEGVPTQIAGHKHRIECLVSDGAYIIS 898

  Fly   909 GFLGAPYKAYGVDEKDLGLGTSGEDSSESSSSRSQHRQQAAATEEEVVVRE---SPTRRYDDGWR 970
            ..|....:.:.        ..|||..:..|.|..|..||  .|:.:.:||:   ||.      |.
  Fly   899 CCLKGQIRVWD--------ARSGEQLTSISRSDIQISQQ--RTDGQTLVRKLAVSPV------WC 947

  Fly   971 RSSYQNIYGQGAAQFQAQPDLYGKQVSATEWRQRLDTHEQQQRQRQRRSPFENYRQDVEIDMQKA 1035
            ...:.|:...|.|  ..:.:|:.......:..                     |::|       |
  Fly   948 LDYFDNLIAVGCA--NGRVELWESPAGLLKCA---------------------YQED-------A 982

  Fly  1036 RRNSHGDVIDLHGTPNSSVEERFRRRGEPFSAESGDDSSYRHQQIMAMPAAGSAPSAKRYHRRRS 1100
            :||.  .:..:|...:..:..|...|.:.:..|    :.|:.:||    ..|...:.:|.|.|..
  Fly   983 KRNQ--GITHIHLNGDRVIVARLNGRLDFYRLE----TYYKGKQI----DWGFTSAYRRTHVRTG 1037

  Fly  1101 SEDSTS---RHQRWPANIEERRAR-------RAYSPAHNRPETAL---TSYAYRSSSHHNL--YQ 1150
            |..|..   :.||......::..:       .....||.:|.|.:   ....:..|..|.|  |.
  Fly  1038 STGSLGLMLQQQRCQQEASQKTTKEEMKITLEGVRLAHQQPITCMQVVNDMVFTGSQDHTLKVYC 1102

  Fly  1151 PNGKSSKY 1158
            .|....:|
  Fly  1103 LNKSDVEY 1110

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Ptr	NP_610209.2	Patched	53..845	CDD:308203	152/822 (18%)
SCAP	NP_788277.1	Sterol-sensing	390..543	CDD:463544	33/161 (20%)
		WD40	878..1185	CDD:475233	51/289 (18%)
		WD40 repeat	887..942	CDD:293791	14/64 (22%)
		WD40 repeat	945..983	CDD:293791	7/73 (10%)
		WD40 repeat	989..1070	CDD:293791	15/88 (17%)
		WD40 repeat	1079..1114	CDD:293791	7/32 (22%)
		WD40 repeat	1120..1157	CDD:293791
		WD40 repeat	1162..1196	CDD:293791
		WD40 repeat	1201..1233	CDD:293791