DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Sgs1 and dpy-6

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_523475.3 Gene:Sgs1 / 33701 FlyBaseID:FBgn0003372 Length:1286 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_509435.2 Gene:dpy-6 / 181099 WormBaseID:WBGene00001068 Length:1254 Species:Caenorhabditis elegans


Alignment Length:1102 Identity:345/1102 - (31%)
Similarity:464/1102 - (42%) Gaps:187/1102 - (16%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly   167 CTCSEESSTAIPSSPCIDTSTVIPTSPCTQETTTPT----PTCSTQGTQTTPCTCAQTTTTPRS- 226
            ||||.:.....||:| .|.||.|.:.........|:    ||.|:...:.......||..:..: 
 Worm    47 CTCSCKCVPDAPSNP-FDVSTTISSINNDNVDIGPSGDSNPTGSSWFQEIEATVGGQTVKSEHNI 110

  Fly   227 -TTTTSTSRPTTTTPRSTTTTTTSRPTTTTPRSTT---TTTTRRPTTTTPRCTTTTSTCAPTT-- 285
             ::.....:.||:|..|||...|:...:|||...|   ...::..:.|....|..::|.:|||  
 Worm   111 DSSVEVEKKVTTSTDASTTNAPTTGKDSTTPEIITGIVVINSKSESVTDMSTTRFSTTLSPTTEL 175

  Fly   286 -TTPRSTTTTTTSRPTTTTPRCTTTTSTCSPTRTT----PRSTTTTSTSRPTTTTPRCTTTPSTS 345
             |:|.:..:|.:|          |:|...||..||    |..|.||:.:..|:..|..:|..|..
 Worm   176 LTSPETLVSTDSS----------TSTEQTSPDNTTEIASPMETNTTTEATTTSVEPSVSTLASED 230

  Fly   346 RPTTTTPRSTTKTSTCAPTTTTPRPTTTPSTSRPTTTTPRSTT--TTSTSRPTTTTPRSTTTTTT 408
            ..|.|....:|.|.....:|||..||||..     :||.:|||  ..:|..||.||....|||..
 Worm   231 ETTVTAIAESTTTVIAEVSTTTEEPTTTAE-----STTKKSTTKAPATTEEPTPTTTEEVTTTEA 290

  Fly   409 RRPTTTTPRSTTTTSTSRPTTTTPRSTTTTTTSRPTTTTPRSTTTTCTCSPTT-TTPRSTTTTST 472
            ...|||    ::.|||.:|||    .......:.|.|..|.:|.     .|.| |||...|.|.|
 Worm   291 ETSTTT----SSETSTEKPTT----PLIDNKIAGPATGKPETTH-----FPVTGTTPNFDTATET 342

  Fly   473 SRPTTTTPRSTTTTSTSGPTTTTPRSTTTTTTSGPTTTTPRSTTTTCTCSPTTTTPRSTTTPSTS 537
              |.........|.|.:..|.||.:  ||..|.||...|.::.:...   |.||.|...||.:||
 Worm   343 --PFVAKSEDKMTLSKTAATETTQQ--TTEVTDGPEKETTKNVSIEI---PITTVPLVETTSTTS 400

  Fly   538 RPTTTTPRSTTTTCTCSPTTTTPRSTTTTSTSRPTTTTPRSTTTTTTSRPTTTTPRSTTTTSTSG 602
               |.:..|.....|.....||..|.:|.|.   ||..|.:..|||.|.   ..|:.|    ..|
 Worm   401 ---TASKESDGFHTTLKLKVTTADSDSTESA---TTVKPFNEETTTKSH---VVPKPT----KKG 452

  Fly   603 PTTTTPR-----STTTTSTSGPTTTTPRSTTTTSTSGPTTTTPRSTTTTSTSG--PTTTTPRSTT 660
            ....||:     ...|..|..|....||.||||:||..|||.....|..||:.  |||:...|||
 Worm   453 TVKVTPKLELSFDEPTEITKAPHPVKPRKTTTTTTSTTTTTEKPVITEGSTTNKQPTTSEHESTT 517

  Fly   661 --TTSTSGPTTTTPRSTT--TTSTSGPTTTTPRSTTTTSTSGPTTTTPRST-TTTSTSGPTTTTP 720
              .|:|..|||||.:..|  ..:|..||||...|||...|   ||..|.:| ...:|..||||..
 Worm   518 EVPTTTEEPTTTTGQHKTEKAITTEEPTTTEESSTTEEVT---TTEEPANTGNPPTTENPTTTEQ 579

  Fly   721 RSTTTTSTSGPTTTTPRSTTTTSTSGPTTTTPRSTTTTSTSGPTTTTPRSTTTTSTSGPTTTTPR 785
            .::|..||   ||..|.:|..|.|:...||..:||.|..    .|||..|.:|..||    ||.:
 Worm   580 PTSTAEST---TTALPFTTEQTVTTEEPTTAEKSTATQK----PTTTQESVSTEKTS----TTKK 633

  Fly   786 STTT---TSTSGPTTTTPRSTTTTSTSGPTTTTPRSTTTT----STSGPTTTTPRSTT---TTST 840
            ::||   |:|..|||||..|||..:|:...:||...||||    :|.|.|||...:||   ..::
 Worm   634 ASTTEEPTTTDEPTTTTESSTTGKATTPELSTTSEETTTTELKITTEGSTTTEEPTTTAIFAEAS 698

  Fly   841 SGPTTTTPRSTTTTSTSGPTTTTPR-----STTTTSTSGPTTTTPR------------------- 881
            :|..||...:|:||||:...|:|..     :.|.||.|...::|||                   
 Worm   699 TGIITTDEETTSTTSTTPEITSTKEIVTESAITQTSVSVVESSTPRQLPERWKAIVNKFKHNLEV 763

  Fly   882 ------------STTTTSTSGPTTTTP-----RSTTTTSTSGPTTTTPRSTTTTSTSCPTTTTPR 929
                        ||:||.:....|||.     ...|||.......|||.:|..::|...||||  
 Worm   764 LKEKKRLLKEKESTSTTGSDSSETTTVVAENIDEVTTTEKEKVVQTTPITTEKSTTQEETTTT-- 826

  Fly   930 STTTTCTSGPTTTTPRSTTTTCTSCPTTTTPRSTTTTCTSCPTTTTPRSTTTTCTSGPTTTTPRS 994
                      ||||.::|:.|.|..| ||:..:||.|.||.|:||   .:||..||..|      
 Worm   827 ----------TTTTEKTTSKTTTEKP-TTSESATTETTTSEPSTT---ESTTVDTSSAT------ 871

  Fly   995 TTKTSTCAPTTTTPRSTTTTSTSRP----TTTTPRSTTTTTTSRPTTTTPRSTTTPSTSR----- 1050
            |.::||.|.||||...|:.|:||..    |..:|.:|...::|:.:.....|...|...|     
 Worm   872 TEESSTAAETTTTSAETSETTTSESAAFITGESPENTALQSSSQKSEENESSAEKPGARRDFVPK 936

  Fly  1051 --PTTTTPRSTTTTSTSRPTTTTPRSTTKTSTCAPTTTTPRSTTTTTTSRPTTTTPRSTTTTTTS 1113
              .||..|..||:...:..|||.|.:||:.||...||.. .:||....:.|...|......||.:
 Worm   937 KHKTTVKPAETTSAVAASTTTTEPITTTEKSTTLETTPI-EATTLNEVTGPAFVTGAPVDETTIN 1000

  Fly  1114 RPTTTTPRSTTTPCTSRPTTTTPRSTTTTT--------TSRPTTTTPRSTTTPCPTTTPSAS 1167
            .....:..:.|.....:||..:.....::.        |..|...|..:||.....|...||
 Worm  1001 TLELLSKINNTQISQPKPTDISKTDALSSLISGLIGSFTKAPMAPTIHTTTDAAFVTATEAS 1062

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Sgs1NP_523475.3 None
dpy-6NP_509435.2 PRK12705 1025..>1224 CDD:237178 8/38 (21%)
TPH <1088..>1183 CDD:464007
Blue background indicates that the domain is not in the aligned region.

Return to query results.
Submit another query.