DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Rab3-GEF and Madd

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_001259560.1 Gene:Rab3-GEF / 32442 FlyBaseID:FBgn0030613 Length:2154 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_063140821.1 Gene:Madd / 94193 RGDID:619922 Length:1666 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1891 Identity:731/1891 - (38%)
Similarity:981/1891 - (51%) Gaps:430/1891 - (22%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     4 QQKASLCPRLVDYMAIVGAHTTPPMPKGLQGLKAPPVQVPDLLRRYPPSDHADFPLPLDMVYFCQ 68
            |:|  .||||:||:.||||.  .|....:       .|.|:||||||..||.:||||.|:|:|||
  Rat     3 QKK--FCPRLLDYLVIVGAR--HPSSDSV-------AQTPELLRRYPLEDHPEFPLPPDVVFFCQ 56

  Fly    69 PEGCTSVGPRRTGSAIRDMTSFVFALTDKDSGKTRYGICVNFYRPIER--PSSAAGSAGAGNDRP 131
            ||||.||..||  .::||.|||||.|||||:|.|||||||||||..::  |...           
  Rat    57 PEGCLSVRQRR--MSLRDDTSFVFTLTDKDTGVTRYGICVNFYRSFQKRMPKEK----------- 108

  Fly   132 GNGGPGGHGGGAGGGAGGGGRGGRRSSAFRRESWRKSMERSSDSAFSSDYRSNVAPSDSDRELTS 196
                       |.||||..|:.|..:.....|:..:|.|..|.                      
  Rat   109 -----------AEGGAGPRGKEGAHAPCASEEAATESSESGST---------------------- 140

  Fly   197 RRDSDQQRLHSHHSHHQPHHPSASPAVPKLGLMAPSADSESGGSHSP-SPRASRKRTKLRNQSLT 260
                                           |..|||||....:.|| ..|.::...:.||.:||
  Rat   141 -------------------------------LQPPSADSTPDVNQSPRGKRRAKAGNRSRNSTLT 174

  Fly   261 SLCIISHHPFFTTFRECLFILKKLIDACNESSSPKRVGASQKINRDNVWTVLTGH-VSDATPSIV 324
            |||::||:|||:||||||:.||:|:|.|:|....|:.|..:.:.||.:|.:.||. :.:...|.:
  Rat   175 SLCVLSHYPFFSTFRECLYTLKRLVDCCSERLLGKKPGIPRGVQRDTMWRIFTGSLLVEEKSSAL 239

  Fly   325 LHDVREIETWILRLLSTPVPVPGSTRVEVEVLSPTVHEPLLFALPDHTRFSLVDFPLHLPLELLG 389
            |||:||||.||.|||.:||||.|..||::|||...|.:.|.|||||.:||:||||||||||||||
  Rat   240 LHDLREIEAWIYRLLRSPVPVSGQKRVDIEVLPQEVQQALTFALPDPSRFTLVDFPLHLPLELLG 304

  Fly   390 VETCLKVWTLIMQENKVLFQSRDYNALSMSVMAFVTMLYPLEYMFPVIPLLPTCLSCAEQLLLAP 454
            |:.||:|.|.|:.|:||:.||||||||||||||||.|:||||||||||||||||::.||||||||
  Rat   305 VDACLQVLTCILLEHKVVLQSRDYNALSMSVMAFVAMIYPLEYMFPVIPLLPTCMASAEQLLLAP 369

  Fly   455 TPFVIGVPASFLVYKKNFRLPDDIWVVDLDSTKLTPPTGGYEEIPPLPEPEGTILKNHLKQAMLL 519
            ||::|||||||.:||.:|::|||:|:|||||.::..||.. |.:|.|||||...||.||||    
  Rat   370 TPYIIGVPASFFLYKLDFKMPDDVWLVDLDSNRVIAPTNA-EVLPILPEPESLELKKHLKQ---- 429

  Fly   520 MDEAGLGALTSMTATNTAVSSQQLLPSVRDSLQEPPLLGVSQVRLPLQTPPHSAQASQRNSMSAQ 584
                   ||.||:.....:.:   |....:..:.|.|||                   |.|...|
  Rat   430 -------ALASMSLNTQPILN---LEKFHEGQETPLLLG-------------------RFSNDLQ 465

  Fly   585 GTISSRQPSPMNSPALNPFVYGTDVDSVDVATRVAMVRFFNAQNTLANFAEHTRTLRLYPRPVVA 649
            .|.|:.         .||.:||.||||||||||||||||||:.|.|..|..|||||||:||||||
  Rat   466 STPSTE---------FNPLIYGNDVDSVDVATRVAMVRFFNSANVLQGFQMHTRTLRLFPRPVVA 521

  Fly   650 FQINSFLRSRPRASQFLNQFARTQAVEFLAEWSLTPTNVAFLRVQTGVMDPMQVGDKPKWFAHAL 714
            ||..|||.||||.:.|..:.|||||||:..||.|.|:|.||.|:.....||..:||||||:||.|
  Rat   522 FQAGSFLASRPRQTPFAEKLARTQAVEYFGEWILNPSNYAFQRIHNNTFDPALIGDKPKWYAHQL 586

  Fly   715 TPIRFSVWDDGSSLNGALR--SLKQLECQPTDESGSDSEGADSSSSSYSSLSDFVSEMASSDLSP 777
            .||.:.|:|..|.|..||.  ..:..|..|||:|||||...|.||||||||.||||||...|::.
  Rat   587 QPIHYRVYDSNSQLAEALSVPPERDSESDPTDDSGSDSMDYDDSSSSYSSLGDFVSEMMKCDING 651

  Fly   778 SLHDVFGSYNRPHVVPQTLSSNLDPALVYHPPSKLQYPEGIADAVASKEEEDEERADS------- 835
                     :.|:|.|.|.::..|.:            |...|.:..::|.:|...||       
  Rat   652 ---------DTPNVDPLTHAALGDAS------------EVEIDELQPQKEGEEPGPDSENSQENL 695

  Fly   836 PVSSSSSRSDLSSPSFNRDSEFDFQPKGGQTLGSTTVGSGAAAPSFELATPLAMRLEATIKMASI 900
            |:.||||.:..||||                    |:..||.:                      
  Rat   696 PLRSSSSTTASSSPS--------------------TIVHGAHS---------------------- 718

  Fly   901 EQESDTVSTATGKTIAAGSKLQRHPSDSESRPEKKIPPPLTPPVKQPGVSNILARTGSSGSSSSS 965
             :.:|  ||..|...|.|.          |:|    .||:.|.:.:..|......||     ..|
  Rat   719 -EPAD--STEVGDKAATGI----------SKP----LPPVPPSICKSTVDRRQTETG-----EGS 761

  Fly   966 PGRQSSQSSLFE-NFASHAKELVRETTRQSSQEGLLAHVDKFTLHAKKAAGEASKQALEVSKQAA 1029
            ..:::.....|| .:.|.|:|       ...::| .::..:|:.|   |:|..:::.|       
  Rat   762 VCQRTYDHPYFEPQYGSPAEE-------DDDEQG-ESYTPRFSQH---ASGSRAQKLL------- 808

  Fly  1030 GVSKNTLEDLTYVGKSTLGDLTKTAKEAATKKGIIKIEEHSAGGAGPPPKSPGSQLATHKQVQQS 1094
                                          :...:|:...|...:.....||.|.::.:    .:
  Rat   809 ------------------------------RPNSLKLASDSDAESDSRASSPNSTVSNN----ST 839

  Fly  1095 GGQGGGNNFFSAIGTDFNGLASSTSTMFS----GMFGKKSQQKQVPVQQKQPNVSAGKAKSGIN- 1154
            .|.||..:|.|:       |..:.||.||    .:..|.:::|..|.    |::..    .|:| 
  Rat   840 EGFGGIMSFASS-------LYRNHSTSFSLSNLTLPTKGAREKTTPF----PSLKV----FGLNT 889

  Fly  1155 -----FDPFPG-----RKGLV-ERTPLIKHSGPRQTQEELTRQQNQERSHSNAENQTFLKDVTNQ 1208
                 .:..||     |:.|| :::.:|||| |...:|.   ...|.||.:::|||.|||:|.:.
  Rat   890 LMEIVTEAGPGSGEGNRRALVDQKSSVIKHS-PTVKREP---PSPQGRSSNSSENQQFLKEVVHS 950

  Fly  1209 VLAGEGVGWLKLNRFKKLMEDESYRTLVLSKLNKTLDKK-IAPDDHIDDVCVTKPVWKGMLKCIQ 1272
            ||.|:|||||.:.:.::|:|.|..|..|||||::.:..: .|..|.|.||.:::.|:||||..::
  Rat   951 VLDGQGVGWLNMKKVRRLLESEQLRVFVLSKLSRAVQSEDDARQDVIQDVEISRKVYKGMLDLLK 1015

  Fly  1273 AIAGGLDVTFANFGLGGMASVFQLMEVAHTHYWSKEINEGSDMSSSLLSSHAASPMGSRENL--- 1334
            .....|:.::|:.|||||||:|.|:|:|.|||:|||    .|......:.:..:|:|....|   
  Rat  1016 CTVLSLEQSYAHAGLGGMASIFGLLEIAQTHYYSKE----PDKRKRSPTENVNTPVGKDPGLAGR 1076

  Fly  1335 ----------------RSPSSPNGSHSALGSE-------------WASPQESRKSST-------- 1362
                            |:||:.......|.:.             |...||.:|...        
  Rat  1077 GDPKAMAQLRVPQLGPRAPSATGRGPKELDTRSLKEENFVASVELWNKHQEVKKQKALEKQRPEV 1141

  Fly  1363 -----QLAHGGPGGSHSGAPINRRLSSA------DSQDGQSTTEMFKDMLSQKRSALKNMLTSFD 1416
                 .|.......|...|.....|:||      ||..|.|...|.:   |..:.:..:.:.|..
  Rat  1142 IKPVFDLGETEEKKSQISADSGVSLASASQRTDQDSVIGVSPAVMIR---SSSQDSEVSTVVSNS 1203

  Fly  1417 SDTTTSKDSKKS-----------SGNLWSGKSTLSAGFRYTG---------GHLINTSSSPSPD- 1460
            |..|...||..|           |.:|.|.::|||.....|.         .|.:.....|:.. 
  Rat  1204 SGETLGADSDLSSNAGDGPGGEGSAHLASSRATLSDSEIETNSATSTIFGKAHSLKPKEKPASSP 1268

  Fly  1461 -------SPRVYLFEGLLGKD---------------------RLNLWNQMQFWEDAFLDAVSQER 1497
                   |.||||:|||||:|                     |..||:|||||||||||||..||
  Rat  1269 VRSSEDVSQRVYLYEGLLGRDKGSMWDQLEDAAMETFSISKERSTLWDQMQFWEDAFLDAVMLER 1333

  Fly  1498 DMIGMDQGPIEMMERYKSLSESERKRLEHDEDRLLSTMLYNLTAILVMLNVAKDEIRRKIRRLLG 1562
            :.:||||||.||::||.||.|.:|||||.||||||:|:|:||.:.::::.|.|::||:|:|||:|
  Rat  1334 EGMGMDQGPQEMIDRYLSLGEHDRKRLEDDEDRLLATLLHNLISYMLLMKVNKNDIRKKVRRLMG 1398

  Fly  1563 KSHIGLVYSQEVHNVVDQINNLNGNDIDLKPLGSRLLHRQSFTVHQGTDVNGPLRFMEVRDDGLV 1627
            |||:||||||:::.|:||:.||||.|:.::..|||.:.:|:|.||.|||.||.:.||||.||.:|
  Rat  1399 KSHVGLVYSQQINEVLDQLTNLNGRDLSIRSSGSRHMKKQTFVVHAGTDTNGDIFFMEVCDDCVV 1463

  Fly  1628 LRSVDGTIVERWWYERLVNMTYSPKTKLLCLWRRNGGQTQLHKYYTRKCKELYNCIKEAMERGGT 1692
            |||..||:.||||||:|:||||.||||:||||||||.:|||:|:||:||:|||.|:|::|||...
  Rat  1464 LRSNIGTVYERWWYEKLINMTYCPKTKVLCLWRRNGSETQLNKFYTKKCRELYYCVKDSMERAAA 1528

  Fly  1693 PTNV----PELGGEFPVQDMNTGEGGLLQVCLEGVGLLFSNSKFFVRLDHIRKCFTQKGGIFVLE 1753
            ....    ||||||||||||.|||||||||.|||:.|.|.:::.|:.|:||:||.|.: |:||||
  Rat  1529 RQQSIKPGPELGGEFPVQDMKTGEGGLLQVTLEGINLKFMHNQVFIELNHIKKCNTVR-GVFVLE 1592

  Fly  1754 EYNPKT 1759
            |:...|
  Rat  1593 EFGNYT 1598

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Rab3-GEFNP_001259560.1 uDENN 10..111 CDD:214824 59/100 (59%)
DENN 260..486 CDD:214823 144/226 (64%)
dDENN 613..681 CDD:129037 46/67 (69%)
MaddXP_063140821.1 None

Return to query results.
Submit another query.