DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Polr2A and Polr2a

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_511124.1 Gene:Polr2A / 32100 FlyBaseID:FBgn0003277 Length:1887 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_001413970.1 Gene:Polr2a / 363633 RGDID:1587326 Length:1970 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1926 Identity:1403/1926 - (72%)
Similarity:1640/1926 - (85%) Gaps:54/1926 - (2%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     6 DSKAPLRQVKRVQFGILSPDEIRRMSVTEGGVQFAETMEGGRPKLGGLMDPRQGVIDRTSRCQTC 70
            ||..|||.:||||||:|||||::||||||||:::.||.||||||||||||||||||:||.|||||
  Rat    10 DSACPLRTIKRVQFGVLSPDELKRMSVTEGGIKYPETTEGGRPKLGGLMDPRQGVIERTGRCQTC 74

  Fly    71 AGNMTECPGHFGHIDLAKPVFHIGFITKTIKILRCVCFYCSKMLVSPHNPKIKEIVMKSRGQPRK 135
            ||||||||||||||:|||||||:||:.||:|:||||||:|||:||..:|||||:|:.||:|||:|
  Rat    75 AGNMTECPGHFGHIELAKPVFHVGFLVKTMKVLRCVCFFCSKLLVDSNNPKIKDILAKSKGQPKK 139

  Fly   136 RLAYVYDLCKGKTICEGGEDMDLTKENQQP----DPNKKPGHGGCGHYQPSIRRTGLDLTAEWKH 196
            ||.:||||||||.||||||:||.....:||    |..|:.||||||.|||.|||:||:|.|||||
  Rat   140 RLTHVYDLCKGKNICEGGEEMDNKFGVEQPEGDEDLTKEKGHGGCGRYQPRIRRSGLELYAEWKH 204

  Fly   197 QNEDSQEKKIVVSAERVWEILKHITDEECFILGMDPKYARPDWMIVTVLPVPPLAVRPAVVMFGA 261
            .|||||||||::|.|||.||.|.|:|||||:|||:|:||||:||||||||||||:|||||||.|:
  Rat   205 VNEDSQEKKILLSPERVHEIFKRISDEECFVLGMEPRYARPEWMIVTVLPVPPLSVRPAVVMQGS 269

  Fly   262 AKNQDDLTHKLSDIIKANNELRKNEASGAAAHVIQENIKMLQFHVATLVDNDMPGMPRAMQKSGK 326
            |:|||||||||:||:|.||:||:||.:|||||||.|::|:|||||||:|||::||:||||||||:
  Rat   270 ARNQDDLTHKLADIVKINNQLRRNEQNGAAAHVIAEDVKLLQFHVATMVDNELPGLPRAMQKSGR 334

  Fly   327 PLKAIKARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLRIDQVGVPRSIAQNLTFPELVTPFNI 391
            |||::|.||||||||:|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|:||.|:||||||
  Rat   335 PLKSLKQRLKGKEGRVRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLSIDQVGVPRSIAANMTFAEIVTPFNI 399

  Fly   392 DRMQELVRRGNSQYPGAKYIVRDNGERIDLRFHPKSSDLHLQCGYKVERHLRDDDLVIFNRQPTL 456
            ||:|||||||||||||||||:||||:|||||||||.||||||.|||||||:.|.|:|||||||||
  Rat   400 DRLQELVRRGNSQYPGAKYIIRDNGDRIDLRFHPKPSDLHLQTGYKVERHMCDGDIVIFNRQPTL 464

  Fly   457 HKMSMMGHRVKVLPWSTFRMNLSCTSPYNADFDGDEMNLHVPQSMETRAEVENIHITPRQIITPQ 521
            ||||||||||::|||||||:|||.|:||||||||||||||:|||:|||||::.:.:.||.|:|||
  Rat   465 HKMSMMGHRVRILPWSTFRLNLSVTTPYNADFDGDEMNLHLPQSLETRAEIQELAMVPRMIVTPQ 529

  Fly   522 ANKPVMGIVQDTLTAVRKMTKRDVFITREQVMNLLMFLPTWDAKMPQPCILKPRPLWTGKQIFSL 586
            :|:|||||||||||||||.||||||:.|.:||||||||.|||.|:|||.||||||||||||||||
  Rat   530 SNRPVMGIVQDTLTAVRKFTKRDVFLERGEVMNLLMFLSTWDGKVPQPAILKPRPLWTGKQIFSL 594

  Fly   587 IIPGNVNMIRTHSTHPDEEDEGPYKWISPGDTKVMVEHGELIMGILCKKSLGTSAGSLLHICFLE 651
            ||||::|.|||||||||:||.||||.||||||||:||:||||||||||||||||||||:||.:||
  Rat   595 IIPGHINCIRTHSTHPDDEDSGPYKHISPGDTKVVVENGELIMGILCKKSLGTSAGSLVHISYLE 659

  Fly   652 LGHDIAGRFYGNIQTVINNWLLFEGHSIGIGDTIADPQTYNEIQQAIKKAKDDVINVIQKAHNME 716
            :|||:...||.|||||||||||.|||:|||||:|||.:||.:||..|||||.|||.||:||||.|
  Rat   660 MGHDVTRLFYSNIQTVINNWLLIEGHTIGIGDSIADSKTYQDIQNTIKKAKQDVIEVIEKAHNNE 724

  Fly   717 LEPTPGNTLRQTFENKVNRILNDARDKTGGSAKKSLTEYNNLKAMVVSGSKGSNINISQVIACVG 781
            |||||||||||||||:|||||||||||||.||:|||:||||.|:|||||:|||.||||||||.||
  Rat   725 LEPTPGNTLRQTFENQVNRILNDARDKTGSSAQKSLSEYNNFKSMVVSGAKGSKINISQVIAVVG 789

  Fly   782 QQNVEGKRIPYGFRKRTLPHFIKDDYGPESRGFVENSYLAGLTPSEFYFHAMGGREGLIDTAVKT 846
            ||||||||||:||:.|||||||||||||||||||||||||||||:||:|||||||||||||||||
  Rat   790 QQNVEGKRIPFGFKHRTLPHFIKDDYGPESRGFVENSYLAGLTPTEFFFHAMGGREGLIDTAVKT 854

  Fly   847 AETGYIQRRLIKAMESVMVNYDGTVRNSVGQLIQLRYGEDGLCGELVEFQNMPTVKLSNKSFEKR 911
            ||||||||||||:||||||.||.|||||:.|::|||||||||.||.|||||:.|:|.|||:|||:
  Rat   855 AETGYIQRRLIKSMESVMVKYDATVRNSINQVVQLRYGEDGLAGESVEFQNLATLKPSNKAFEKK 919

  Fly   912 FKFDWSNERLMKKVFTDDVIKEMTDSSEAIQELEAEWDRLVSDRDSLRQIFPNGESKVVLPCNLQ 976
            |:||::|||.:::...:|::|::..::....|||.|::|:..||:.||.|||.|:|||||||||.
  Rat   920 FRFDYTNERALRRTLQEDLVKDVLSNAHIQNELEREFERMREDREVLRVIFPTGDSKVVLPCNLL 984

  Fly   977 RMIWNVQKIFHINKRLPTDLSPIRVIKGVKTLLERCVIVTGNDRISKQANENATLLFQCLIRSTL 1041
            |||||.|||||||.|||:||.||:|::|||.|.::.|||.|:|.:|:||.|||||||...:||||
  Rat   985 RMIWNAQKIFHINPRLPSDLHPIKVVEGVKELSKKLVIVNGDDPLSRQAQENATLLFNIHLRSTL 1049

  Fly  1042 CTKYVSEEFRLSTEAFEWLVGEIETRFQQAQANPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHFAGVSS 1106
            |::.::||||||.|||:||:||||::|.||.|:||||||||||||||||||||||||||:||||:
  Rat  1050 CSRRMAEEFRLSGEAFDWLLGEIESKFNQAIAHPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHYAGVSA 1114

  Fly  1107 KNVTLGVPRLKEIINISKKPKAPSLTVFLTGGAARDAEKAKNVLCRLEHTTLRKVTANTAIYYDP 1171
            ||||||||||||:||||||||.|||||||.|.:|||||:||::||||||||||||||||||||||
  Rat  1115 KNVTLGVPRLKELINISKKPKTPSLTVFLLGQSARDAERAKDILCRLEHTTLRKVTANTAIYYDP 1179

  Fly  1172 DPQRTVISEDQEFVNVYYEMPDFDPTRISPWLLRIELDRKRMTDKKLTMEQIAEKINVGFGEDLN 1236
            :||.||::||||:|||||||||||..||||||||:|||||.|||:||||||||||||.|||:|||
  Rat  1180 NPQSTVVAEDQEWVNVYYEMPDFDVARISPWLLRVELDRKHMTDRKLTMEQIAEKINAGFGDDLN 1244

  Fly  1237 CIFNDDNADKLVLRIRIMNNEENKFQDEDEAVDKMEDDMFLRCIEANMLSDMTLQGIEAIGKVYM 1301
            ||||||||:||||||||||::|||.|:|:|.||||:||:||||||:|||:||||||||.|.||||
  Rat  1245 CIFNDDNAEKLVLRIRIMNSDENKMQEEEEVVDKMDDDVFLRCIESNMLTDMTLQGIEQISKVYM 1309

  Fly  1302 HLPQTDSKKRIVITETGEFKAIGEWLLETDGTSMMKVLSERDVDPIRTSSNDICEIFQVLGIEAV 1366
            ||||||:||:|:|||.|||||:.||:|||||.|:|:||||:||||:||:||||.|||.|||||||
  Rat  1310 HLPQTDNKKKIIITEDGEFKALQEWILETDGVSLMRVLSEKDVDPVRTTSNDIVEIFTVLGIEAV 1374

  Fly  1367 RKSVEKEMNAVLQFYGLYVNYRHLALLCDVMTAKGHLMAITRHGINRQDTGALMRCSFEETVDVL 1431
            ||::|:|:..|:.|.|.||||||||||||.||.:||||||||||:||||||.||:||||||||||
  Rat  1375 RKALERELYHVISFDGSYVNYRHLALLCDTMTCRGHLMAITRHGVNRQDTGPLMKCSFEETVDVL 1439

  Fly  1432 MDAAAHAETDPMRGVSENIIMGQLPKMGTGCFDLLLDAEKCRFGIEIP-NTLGNSMLGGAAMFIG 1495
            |:||||.|:|||:||||||::|||...||||||||||||||::|:||| |..|....|...||.|
  Rat  1440 MEAAAHGESDPMKGVSENIMLGQLAPAGTGCFDLLLDAEKCKYGMEIPTNIPGLGAAGPTGMFFG 1504

  Fly  1496 GGSTP--SMTPPMTPWANCNTPRYFS-PPGHVSAMTPGGPSFSPSAASDASGMSPSWSPA---HP 1554
            ...:|  .::|.||||....||.|.: .|...|.||||...|||||||||||.||.:|||   .|
  Rat  1505 SAPSPMGGISPAMTPWNQGATPAYGAWSPSVGSGMTPGAAGFSPSAASDASGFSPGYSPAWSPTP 1569

  Fly  1555 GSSPSSPGPSMSPYFPASP--SVSPSYSPTSPNYTASSPGG-----------------ASPNYSP 1600
            | ||.||||| |||.| ||  ::|||||||||.|...||||                 .||:|||
  Rat  1570 G-SPGSPGPS-SPYIP-SPGGAMSPSYSPTSPAYEPRSPGGYTPQSPSYSPTSPSYSPTSPSYSP 1631

  Fly  1601 SSPNYSPTSPLYA--SPRYASTTPNFNPQSTGYSPSSSGYSPTSPVYSPTVQFQS--SPSFAGSG 1661
            :|||||||||.|:  ||.|:.|:|:::|.|..|||:|..||||||.||||....|  |||::.: 
  Rat  1632 TSPNYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPT- 1695

  Fly  1662 SNIYSPGN-AYSPSSSNYSPNSPSYSPTSPSYSPSSPSYSPTSPCYSPTSPSYSPTSPNYTPVTP 1725
            |..|||.: :|||:|.:|||.|||||||||||||:|||||||||.||||||:||||||||||.:|
  Rat  1696 SPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPNYSPTSPNYTPTSP 1760

  Fly  1726 SYSPTSPNYS-ASPQYSPASPAYSQTGVKYSPTSPTYSPPSPSYDGS------------PGSPQY 1777
            |||||||:|| .||.|:|.||.||.|...||||||:|||.||||..|            |.||.|
  Rat  1761 SYSPTSPSYSPTSPNYTPTSPNYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPSSPRYTPQSPTYTPSSPSY 1825

  Fly  1778 TPGSPQYSPASPKYSPTSPLYSPSSPQHSP-SNQYSPTGSTYSATSPRYSPNMSIYSPSSTKYSP 1841
            :|.||.|||.||||:||||.||||||:::| |.:||||...||.|||:|||....|||::.||||
  Rat  1826 SPSSPSYSPTSPKYTPTSPSYSPSSPEYTPTSPKYSPTSPKYSPTSPKYSPTSPTYSPTTPKYSP 1890

  Fly  1842 TSPTYTPTARNYSPTSPMYSPTAPSHYSPTSPAYSPSSPTF 1882
            |||||:||:..|:||||.||||:|: ||||||.|||:|||:
  Rat  1891 TSPTYSPTSPVYTPTSPKYSPTSPT-YSPTSPKYSPTSPTY 1930

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
Polr2ANP_511124.1 RNAP_II_RPB1_N 15..868 CDD:259848 684/856 (80%)
RNA_pol_Rpb1_6 890..1071 CDD:461511 105/180 (58%)
RNAP_II_Rpb1_C 1050..1468 CDD:132720 334/417 (80%)
Herpes_BLLF1 <1498..1862 CDD:282904 240/407 (59%)
PTZ00449 <1707..1880 CDD:185628 119/186 (64%)
Polr2aNP_001413970.1 None

Return to query results.
Submit another query.