Protein Alignment Polr2A and polr1a

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_511124.1
• Gene: Polr2A / 32100
• FlyBaseID: FBgn0003277
• Length: 1887
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_001922839.3
• Gene: polr1a / 327078
• ZFINID: ZDB-GENE-030131-5286
• Length: 1693
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 1789
• Identity: 474/1789 - (26%)
• Similarity: 768/1789 - (42%)
• Gaps: 437/1789 - (24%)

  Fly     8 KAPLRQVKRVQFGILSPDEIRRMSV-TEGGVQFAETMEGGRPKLGGLMDPRQGVIDRTSRCQTCA 71
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Zfish     6 ETPWRRLEGMSFGLFSADETRKLSVKTITNPQLLDNV--GNAAANGLYDLALGPADNKEICSTCM 68

  Fly    72 GNMTECPGHFGHIDLAKPVFHIGFITKTIKILRCVCFYCSKMLVSPHNPKIKEIVMKSRGQPRKR 136
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Zfish    69 QDFSSCPGHFGHIELPLPVYNPLFFDKLYLLIRGSCLSCH--------------ILKC---PRAA 116

  Fly   137 LAYVYDLCKGKTICEG-----------------------GEDMDLT------------KENQQPD 166
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Zfish   117 IHLL--LCQLKLLDVGAMKEVFEIENVLNQFLESNPSPPGEEIQETLNDFVKPILETRKDKQHTD 179

  Fly   167 P-----NKKPG--------HGG------CGHYQPSIRR-------TGLDLTAEWKHQNEDSQEKK 205
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Zfish   180 PVKHICEKKSSLITSFWRIHMGPKKCQNCKANRMTVRKEHNSKLIVTQTLHKKASEQDDDSQLTK 244

  Fly   206 IV-----VSAE---RVWE----ILKHITDEECFILGMDPKYA----RPDWMIVTVLPVPPLAVRP 254
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Zfish   245 RIFLTPSVAREHIIKLWETEGFFLKHL------FSGFDMDNSDNGFNPEVFFLELLVVPPCRYRP 303

  Fly   255 -------------AVVMFGAAKN----QDDLT----HKLSDIIKANNELRKNEASGAAAHVIQEN 298
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Zfish   304 INRLGDQMFTNGQTVNMQAVLKDGLIIQKLLTLIADEKTKAIEGTQTELEQSSEAPKVTEIDQSF 368

  Fly   299 IKMLQ------------FHVATLV----DNDM--------PGMPRAMQKSGKPLKAIKARLKGKE 339
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Zfish   369 LTSIQGVTLTDKLYSTWIHLQSLVNIVFDSDMDKLITEKFPGVRQLLEK--------------KE 419

  Fly   340 GRIRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLRIDQVGVPRSIAQNLTFPELVTPFNIDRMQELVRRGNSQ 404
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Zfish   420 GLFRKHMMGKRVDYAARSVICPDMYIGTNEIGIPMVFATKLTYPQPVTPWNVKEMRQAVLNGPNI 484

  Fly   405 YPGAKYIVRDNGERIDL-------------RFHPKSSDLHLQCGYKVERHLRDDDLVIFNRQPTL 456
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Zfish   485 HPGATMVVNEDGSRTILSSTNQTQREAVAKQLLTPSTGQHRIPMKIVNRHIKNGDVLLLNRQPTL 549

  Fly   457 HKMSMMGHRVKVLPW-STFRMNLSCTSPYNADFDGDEMNLHVPQSMETRAEVENIHITPRQIITP 520
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Zfish   550 HRPSIQAHCARILPGEKVLRLHYANCKAYNADFDGDEMNAHFPQSELSRAEAYTLVSTDQQYLVP 614

  Fly   521 QANKPVMGIVQDTLTAVRKMTKRDVFITREQVMNLLMFLPTWD----AKMPQPCILKPRPLWTGK 581
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Zfish   615 KDGKPLAGLIQDHMVSGTSMTIRGCFFTRDQ-YTALVYRGLTDKIGRVKLLPPTLIKPVLLWTGK 678

  Fly   582 QIFSLIIPGNVNMIRTHSTHPDEEDEG--PYK-WIS------PG-------DTKVMVEHGELIMG 630
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Zfish   679 QVVSTLL---LNVIPENSIPLNLTGKAKIPGKAWVKESPRPVPGYVPESMCESQVVIRQGELLMG 740

  Fly   631 ILCKKSLGTSAGSLLHICFLELGHDIAGRFYGNIQTVINNWL-LFEGHSIGIGDTIADPQTYNEI 694
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Zfish   741 VLDKAHYGSSAYGLVHCCYELYGGETSGKLLSCLARLFTAYLQLYRGFTLGVEDILVKDGANKQR 805

  Fly   695 QQAIKKAKDDVINVIQKAHN------------------MELEPTPGNTLRQTFENKVNRILNDAR 741
            ::.|||:.......:|.|.|                  :.::....|.:...|:.:||::.|:..
Zfish   806 KKIIKKSVTCGSKALQAAFNLPASAEDTEARERWQDAHLNIDQRDFNMVDLKFKEEVNQVNNNIN 870

  Fly   742 D---KTGGSAKKSLTEYNNLKAMVVSGSKGSNINISQVIACVGQQNVEGKRIPYGFRKRTLPHFI 803
            .   ..|  ..:|..| |||:.||.||:|||.:|..|:...:||..:||:|.|.....::||.|.
Zfish   871 KVCMPLG--LHRSFPE-NNLQMMVQSGAKGSTVNTMQISCLLGQIELEGRRPPLMPSGKSLPCFQ 932

  Fly   804 KDDYGPESRGFVENSYLAGLTPSEFYFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLIKAMESVMVNYD 868
            ..:..|.|.|||...:|.|:.|.||:||.|.|||||:||||||:.:||:||.:||.:|.::|.||
Zfish   933 PYEPQPRSGGFVTGRFLTGIKPPEFFFHCMAGREGLVDTAVKTSRSGYLQRCVIKHLEGLVVQYD 997

  Fly   869 GTVRNSVGQLIQLRYGEDGLCGELVEFQNMPTVKLSNKSFEKRFKFDWSN-ERLMKKVFTDDVIK 932
            .|||:|.|.::|..||||||        ::|..:...   .::|.|...| |.:.|....|:|:.
Zfish   998 LTVRDSDGSVVQFLYGEDGL--------DIPKTQFLQ---PRQFPFIKDNYEVIRKSKCLDEVLA 1051

  Fly   933 EM-----TDSSEAIQELEAEWDRLVSDRDSLRQIFPNGESKVVLPCNLQRMIWNVQKIFHINKRL 992
            :|     .:..:||::.:|:.:. .|.||....:|...:        :.::...|:....:|.|
Zfish  1052 KMDPVAALNHFKAIKKWKAKHEH-ASPRDGAFLLFSQKK--------MSKLKAQVEGHELVNGR- 1106

  Fly   993 PTDLSPIRVIKGVKTLLERCVIVTGNDRISKQANE----------------NATLLFQCLIRSTL 1041
              :.:.:::|:..:.|.|     :|..|.||:.:.                :.:..|..::.|.|
Zfish  1107 --EEATLQLIERWRALDE-----SGRMRYSKKTSHCPEPCLGLYRPDISFGSVSETFDSIVESYL 1164

  Fly  1042 CTKYVSEEFRLSTEA--FEWLVGEIETRFQQAQANPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHFAGV 1104
            ....:.:||..|:|.  .:.|...::.::|:|..:|||.||.:||||:|||:||||||||||||.
Zfish  1165 NQFNIKQEFSASSETTDADRLRNLLQLKWQRALCDPGEAVGLVAAQSIGEPSTQMTLNTFHFAGR 1229

  Fly  1105 SSKNVTLGVPRLKEIINI-SKKPKAP--SLTVFLTGGAARDAEKAKNVLCRLEHTTLRKVTANTA 1166
            ...|||||:|||:||:.: |...|.|  |:.|.:...|.:..:           |..:|:|
Zfish  1230 GEMNVTLGIPRLREILLVASSNIKTPMMSIPVVMNKKALKQVK-----------TLRKKIT---- 1279

  Fly  1167 IYYDPDPQRTVISEDQEFVNVY--YEMPDFDPTRISPWLL--------RIELDRKRMTD------ 1215
                    |..:||....|||.  :.||..:..:...:.:        |.:.|:....|
Zfish  1280 --------RVCLSEVLHKVNVIESFRMPKKETLKSRVFKITFHFLPPERYQQDKLLNPDEILHYM 1336

  Fly  1216 ------------KKLTMEQIAEKINVGFGEDLNCIFND-------------DNADKLVLRIRIMN 1255
                        ||||.:..|    :...|......||             ||..:.....||::
Zfish  1337 EQTFFRMLLEAIKKLTAKLAA----ISLVETRRATVNDNDRDTSDGGADREDNGGEDAENERIVD 1397

  Fly  1256 NEENKFQDEDEAVD-----KMEDDMFLRCIEANMLSDM--------------------------- 1288
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Zfish  1398 DEAN--EGDADATDSKRKEKQEEEVDYESEEGEEGSDQEQEEVAEDQEASQEVSEEGSTESQQRV 1460

  Fly  1289 -------------------------------TLQG-------IEAIGKVYMHLP----------- 1304
                                           |.:|       :..|.||:..|.
Zfish  1461 NSEQPKGSSQGSVRINSVLQLSAAIEDYKYDTKKGLWCELTLVMPITKVHFDLTSVVVKQAQNAV 1525

  Fly  1305 --QTDSKKRIVITETGEFKAIGEWLLETDGTSMMKVLSERDV-DPIRTSSNDICEIFQVLGIEAV 1366
              :|....|.::.|........|.:|.|:|.::.::....|: |..|..||::..:....|||..
Zfish  1526 IMETKGITRCLLNEVTRKDGSKEMMLNTEGINIHEMFKYADILDLKRLYSNEVHAMASTYGIEVA 1590

  Fly  1367 RKSVEKEMNAVLQFYGLYVNYRHLALLCDVMTAKGHLMAITRHGINRQDTGALMRCSFEETVDVL 1431
            .:.:|||:..|...||:.|:.|||:|:.|.|..:|....:.|.|| :.::..|.:.:||.:...|
Zfish  1591 LRVIEKEIKDVFAVYGIEVDPRHLSLVADYMCFEGVYKPLNRFGI-QSNSSPLQQMTFETSFKFL 1654

  Fly  1432 MDAAAHAETDPMRGVSENIIMGQLPKMGTGCFDL 1465
            ..|......|.:...|..:::|::.|.|||.|||
Zfish  1655 KQATMLGSYDKLSSPSACLVVGKVVKGGTGIFDL 1688

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Polr2A	NP_511124.1	RNAP_II_RPB1_N	15..868	CDD:259848	294/1031 (29%)
		RNA_pol_Rpb1_6	890..1071	CDD:461511	35/204 (17%)
		RNAP_II_Rpb1_C	1050..1468	CDD:132720	134/546 (25%)
		Herpes_BLLF1	<1498..1862	CDD:282904
		PTZ00449	<1707..1880	CDD:185628
polr1a	XP_001922839.3	None