Protein Alignment Polr2A and ama-1

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_511124.1
• Gene: Polr2A / 32100
• FlyBaseID: FBgn0003277
• Length: 1887
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_500523.4
• Gene: ama-1 / 177190
• WormBaseID: WBGene00000123
• Length: 1856
• Species: Caenorhabditis elegans
• Alignment Length: 1907
• Identity: 1274/1907 - (66%)
• Similarity: 1551/1907 - (81%)
• Gaps: 89/1907 - (4%)

  Fly     6 DSKAPLRQVKRVQFGILSPDEIRRMSVTEGGVQFAETMEGGRPKLGGLMDPRQGVIDRTSRCQTC 70
            |.:||||.|.|||||||.|:||:||||..  |:|.|..|.|:||||||||||||||||..||.||
 Worm     7 DFQAPLRIVSRVQFGILGPEEIKRMSVAH--VEFPEVYENGKPKLGGLMDPRQGVIDRRGRCMTC 69

  Fly    71 AGNMTECPGHFGHIDLAKPVFHIGFITKTIKILRCVCFYCSKMLVSPHNPKIKEIVMKSRGQPRK 135
            |||:|:|||||||::||||||||||:|||:||||||||||.::|:....|::.||:.|:....:|
 Worm    70 AGNLTDCPGHFGHLELAKPVFHIGFLTKTLKILRCVCFYCGRLLIDKSAPRVLEILKKTGTNSKK 134

  Fly   136 RLAYVYDLCKGKTICEGGEDMDLTKENQQPDPNKKPGH------GGCGHYQPSIRRTGLDLTAEW 194
            ||..:|||||.|::|||..:    ||...||....|.:      ||||.||||.||.|:|:.|||
 Worm   135 RLTMIYDLCKAKSVCEGAAE----KEEGMPDDPDDPMNDGKKVAGGCGRYQPSYRRVGIDINAEW 195

  Fly   195 -KHQNEDSQEKKIVVSAERVWEILKHITDEECFILGMDPKYARPDWMIVTVLPVPPLAVRPAVVM 258
             |:.|||:||:||:::||||.|:.:.||||:..::||||::|||:|||.|||||||||||||||.
 Worm   196 KKNVNEDTQERKIMLTAERVLEVFQQITDEDILVIGMDPQFARPEWMICTVLPVPPLAVRPAVVT 260

  Fly   259 FGAAKNQDDLTHKLSDIIKANNELRKNEASGAAAHVIQENIKMLQFHVATLVDNDMPGMPRAMQK 323
            ||:||||||||||||||||.|.:|::|||:||||||:.:::::|||||||||||.:||:|.|.||
 Worm   261 FGSAKNQDDLTHKLSDIIKTNQQLQRNEANGAAAHVLTDDVRLLQFHVATLVDNCIPGLPTATQK 325

  Fly   324 SGKPLKAIKARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVITPDPNLRIDQVGVPRSIAQNLTFPELVTP 388
            .|:|||:||.|||||||||||||||||||||||||||.||||.||.|||||:|||||||||:|||
 Worm   326 GGRPLKSIKQRLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVITADPNLPIDTVGVPRTIAQNLTFPEIVTP 390

  Fly   389 FNIDRMQELVRRGNSQYPGAKYIVRDNGERIDLRFHPKSSDLHLQCGYKVERHLRDDDLVIFNRQ 453
            ||:|::||||.||::||||||||:|:||.|:|||:||:::|||||.||:||||::|.|:::||||
 Worm   391 FNVDKLQELVNRGDTQYPGAKYIIRENGARVDLRYHPRAADLHLQPGYRVERHMKDGDIIVFNRQ 455

  Fly   454 PTLHKMSMMGHRVKVLPWSTFRMNLSCTSPYNADFDGDEMNLHVPQSMETRAEVENIHITPRQII 518
            ||||||||||||||:|||||||||||.||||||||||||||||:|||:|||||:|.|.:.|||:|
 Worm   456 PTLHKMSMMGHRVKILPWSTFRMNLSVTSPYNADFDGDEMNLHLPQSLETRAEIEEIAMVPRQLI 520

  Fly   519 TPQANKPVMGIVQDTLTAVRKMTKRDVFITREQVMNLLMFLPTWDAKMPQPCILKPRPLWTGKQI 583
            ||||||||||||||||.|||.||||||||....:|:|||:|||||.|:|||.||||:|||||||:
 Worm   521 TPQANKPVMGIVQDTLCAVRMMTKRDVFIDWPFMMDLLMYLPTWDGKVPQPAILKPKPLWTGKQV 585

  Fly   584 FSLIIPGNVNMIRTHSTHPDEEDEGPYKWISPGDTKVMVEHGELIMGILCKKSLGTSAGSLLHIC 648
            ||||||||||::||||||||.||.|||||||||||||::|||||:.||:|.|::|.|||:|||:.
 Worm   586 FSLIIPGNVNVLRTHSTHPDSEDSGPYKWISPGDTKVIIEHGELLSGIVCSKTVGKSAGNLLHVV 650

  Fly   649 FLELGHDIAGRFYGNIQTVINNWLLFEGHSIGIGDTIADPQTYNEIQQAIKKAKDDVINVIQKAH 713
            .||||::||..||.:||||||.||:.|||:|||||||||..||.:||..|:|||.||::||:|||
 Worm   651 TLELGYEIAANFYSHIQTVINAWLIREGHTIGIGDTIADQATYLDIQNTIRKAKQDVVDVIEKAH 715

  Fly   714 NMELEPTPGNTLRQTFENKVNRILNDARDKTGGSAKKSLTEYNNLKAMVVSGSKGSNINISQVIA 778
            |.:||||||||||||||||||:|||||||:||.||:|||:|:||.|:|||||||||.||||||||
 Worm   716 NDDLEPTPGNTLRQTFENKVNQILNDARDRTGSSAQKSLSEFNNFKSMVVSGSKGSKINISQVIA 780

  Fly   779 CVGQQNVEGKRIPYGFRKRTLPHFIKDDYGPESRGFVENSYLAGLTPSEFYFHAMGGREGLIDTA 843
            |||||||||||||:|||.|||||||||||||||:||||||||||||||||:||||||||||||||
 Worm   781 CVGQQNVEGKRIPFGFRHRTLPHFIKDDYGPESKGFVENSYLAGLTPSEFFFHAMGGREGLIDTA 845

  Fly   844 VKTAETGYIQRRLIKAMESVMVNYDGTVRNSVGQLIQLRYGEDGLCGELVEFQNMPTVKLSNKSF 908
            |||||||||||||||||||||||||||||||:.|::|||||||||.|..||.|||||:|.:|..|
 Worm   846 VKTAETGYIQRRLIKAMESVMVNYDGTVRNSLAQMVQLRYGEDGLDGMWVENQNMPTMKPNNAVF 910

  Fly   909 EKRFKFDWSNERLMKKVFTDDVIKEMTDSSEAIQELEAEWDRLVSDRDSLRQIFPNGESKVVLPC 973
            |:.|:.|.::.:.::|.:::||::|:.:|.:.|..:|:||.:|..||..||:|||.|::|:||||
 Worm   911 ERDFRMDLTDNKFLRKNYSEDVVREIQESEDGISLVESEWSQLEEDRRLLRKIFPRGDAKIVLPC 975

  Fly   974 NLQRMIWNVQKIFHINKRLPTDLSPIRVIKGVKTLLERCVIVTGNDRISKQANENATLLFQCLIR 1038
            ||||:|||.||||.::.|.|.:|||:.||.||:.|.::.:||:|||.|||||..|||||...|:|
 Worm   976 NLQRLIWNAQKIFKVDLRKPVNLSPLHVISGVRELSKKLIIVSGNDEISKQAQYNATLLMNILLR 1040

  Fly  1039 STLCTKYVSEEFRLSTEAFEWLVGEIETRFQQAQANPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHFAG 1103
            ||||||.:..:.:|::|||:||:||||:|||||.|.||||||||||||||||||||||||||:||
 Worm  1041 STLCTKNMCTKSKLNSEAFDWLLGEIESRFQQAIAQPGEMVGALAAQSLGEPATQMTLNTFHYAG 1105

  Fly  1104 VSSKNVTLGVPRLKEIINISKKPKAPSLTVFLTGGAARDAEKAKNVLCRLEHTTLRKVTANTAIY 1168
            ||:|||||||||||||||:||..|.|||||||||.||:|.||||:|||:||||||:|||.|||||
 Worm  1106 VSAKNVTLGVPRLKEIINVSKTLKTPSLTVFLTGAAAKDPEKAKDVLCKLEHTTLKKVTCNTAIY 1170

  Fly  1169 YDPDPQRTVISEDQEFVNVYYEMPDFDPTRISPWLLRIELDRKRMTDKKLTMEQIAEKINVGFGE 1233
            |||||:.|||:||:|:|:::|||||.|.:|.||||||||||||||.|||||||.||::|:.|||.
 Worm  1171 YDPDPKNTVIAEDEEWVSIFYEMPDHDLSRTSPWLLRIELDRKRMVDKKLTMEMIADRIHGGFGN 1235

  Fly  1234 DLNCIFNDDNADKLVLRIRIMNNEENKFQDEDEAVDKMEDDMFLRCIEANMLSDMTLQGIEAIGK 1298
            |::.|:.||||:|||.|:||..  |:|.:.::|.|||||||:||||||||||||:|||||.||.|
 Worm  1236 DVHTIYTDDNAEKLVFRLRIAG--EDKGEAQEEQVDKMEDDVFLRCIEANMLSDLTLQGIPAISK 1298

  Fly  1299 VYMHLPQTDSKKRIVITETGEFKAIGEWLLETDGTSMMKVLSERDVDPIRTSSNDICEIFQVLGI 1363
            |||:.|.||.||||:||..|.||::.:|:||||||::::|||||.:||:||:||||||||:||||
 Worm  1299 VYMNQPNTDDKKRIIITPEGGFKSVADWILETDGTALLRVLSERQIDPVRTTSNDICEIFEVLGI 1363

  Fly  1364 EAVRKSVEKEMNAVLQFYGLYVNYRHLALLCDVMTAKGHLMAITRHGINRQDTGALMRCSFEETV 1428
            |||||::|:||:.|:.|.|.|||||||||||||||||||||||||||||||:.||||||||||||
 Worm  1364 EAVRKAIEREMDNVISFDGSYVNYRHLALLCDVMTAKGHLMAITRHGINRQEVGALMRCSFEETV 1428

  Fly  1429 DVLMDAAAHAETDPMRGVSENIIMGQLPKMGTGCFDLLLDAEKCRFGIEIPNTLGNSMLGGA--A 1491
            |:||:||.|||.||::||||||::|||.:.|||||||:||.|||::|:|||.   |.::||.  .
 Worm  1429 DILMEAAVHAEEDPVKGVSENIMLGQLARCGTGCFDLVLDVEKCKYGMEIPQ---NVVMGGGFYG 1490

  Fly  1492 MFIGGGSTPSMTPPMTPWANCNTPRY----FSPPGHVSAMTPGGPSFSPSAASDASGMSP----S 1548
            .|.|..|....:|..:||.:..||.|    :||.  ...|:||. .|||:..:| .|.||    .
 Worm  1491 SFAGSPSNREFSPAHSPWNSGVTPTYAGAAWSPT--TGGMSPGA-GFSPAGNTD-GGASPFNEGG 1551

  Fly  1549 WSPAHPGSSPSSPGPSMSPYFPASPSVSPS-YSPTSPNYTASSPGGASPNYSPSSPNYSPTSPLY 1612
            ||||.||    .|..::||..|:...:||. |||:||.::.:     ||:|||:||:||||||..
 Worm  1552 WSPASPG----DPLGALSPRTPSYGGMSPGVYSPSSPQFSMT-----SPHYSPTSPSYSPTSPAA 1607

  Fly  1613 ----ASPRYASTTPNFNPQSTGYSPSSSGYSPTSPVYSPTVQFQSSPSFAGSGSNIYSPGNAYSP 1673
                .||.|:.|:|:::|.|..|||:|..||||||.||||     |||              |||
 Worm  1608 GQSPVSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPT-----SPS--------------YSP 1653

  Fly  1674 SSSNYSPNSPSYSPTSPSYSPSSPSYSPTSPCYSPTSPSYSPTSPNYTPVTPSYSPTSPNYSASP 1738
            :|.:|||:||||||:|||||||||.||||||.||||||:||||||.|:|.:|:||||||:|.:..
 Worm  1654 TSPSYSPSSPSYSPSSPSYSPSSPRYSPTSPTYSPTSPTYSPTSPTYSPTSPTYSPTSPSYESGG 1718

  Fly  1739 QYSPASPAYSQTGVKYSPTSPTYSPPSPSYDGSPGSPQYTPGSPQYSPASPKYSPTSPLYSPSSP 1803
            .|||:||       ||||:||||||.||||  ||.||||:|.||||||:||.|:|:||.|:|:||
 Worm  1719 GYSPSSP-------KYSPSSPTYSPTSPSY--SPTSPQYSPTSPQYSPSSPTYTPSSPTYNPTSP 1774

  Fly  1804 QHSPSNQYSPTGSTYSATSPRYSPNMSIYSPSSTKYSPTSPTYTP-------TARNYSPTSPMYS 1861
            :...|.|||||..|||.|||.       |:|||.:||||||||||       |:..||||||.||
 Worm  1775 RGFSSPQYSPTSPTYSPTSPS-------YTPSSPQYSPTSPTYTPSPSEQPGTSAQYSPTSPTYS 1832

  Fly  1862 PTAPSHYSPTSPAYSPSSPTFE 1883
            |::|: |||.||:|||||||::
 Worm  1833 PSSPT-YSPASPSYSPSSPTYD 1853

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Polr2A	NP_511124.1	RNAP_II_RPB1_N	15..868	CDD:259848	633/859 (74%)
		RNA_pol_Rpb1_6	890..1071	CDD:461511	94/180 (52%)
		RNAP_II_Rpb1_C	1050..1468	CDD:132720	308/417 (74%)
		Herpes_BLLF1	<1498..1862	CDD:282904	199/383 (52%)
		PTZ00449	<1707..1880	CDD:185628	109/179 (61%)
ama-1	NP_500523.4	RNAP_II_RPB1_N	17..870	CDD:259848	633/858 (74%)
		RNA_pol_Rpb1_6	890..1073	CDD:461511	95/182 (52%)
		RNAP_II_Rpb1_C	1053..1468	CDD:132720	308/416 (74%)
		CTD	1493..1584	CDD:215026	35/98 (36%)
		Herpes_BLLF1	<1687..>1837	CDD:282904	99/165 (60%)