DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment MED13 and med13

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_005112.2 Gene:MED13 / 9969 HGNCID:22474 Length:2174 Species:Homo sapiens
Sequence 2:XP_004911678.1 Gene:med13 / 100490132 XenbaseID:XB-GENE-1000947 Length:2171 Species:Xenopus tropicalis


Alignment Length:2192 Identity:1752/2192 - (79%)
Similarity:1931/2192 - (88%) Gaps:39/2192 - (1%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MSASFVPNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKKYVWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADV 65
            ||:.||||||||||||.||||||||||||||:|:|||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog     1 MSSCFVPNGASLEDCHSNLFCLADLTGIKWKRYIWQGPTSAPILFPVTEEDPILSSFSRCLKADV 65

Human    66 LGVWRRDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRTLLFKAVHNLLERC 130
            |.|||||:||||||||||||||||:|||||||||::||||:|:||||||||||||||:|||||||
 Frog    66 LSVWRRDERPGRRELWIFWWGEDPNFADLIHHDLADEEDGIWDNGLSYECRTLLFKAIHNLLERC 130

Human   131 LMNRNFVRIGKWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTSVEINQHQPVYLLSEEHIT 195
            |||||||||||||||||||||||:||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||:|
 Frog   131 LMNRNFVRIGKWFVKPYEKDEKPVNKSEHLSCSFAFFLHGDSNVCTSVEINQHQPVYLLSEEHLT 195

Human   196 LAQQSNSPFQVILCPFGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWKQFYPISCCLKEMSEEKQEDMDWE 260
            |||||||||||||.|||||||||||:||||||:|||||||||||||||..:||.|||||||||||
 Frog   196 LAQQSNSPFQVILSPFGLNGTLTGQSFKMSDSSTKKLIGEWKQFYPISSSVKECSEEKQEDMDWE 260

Human   261 DDSLAAVEVLVAGVRMIYPACFVLVPQSDIPTPSPVGSTHCSSSCLGVHQVPASTRDPAMSSVTL 325
            ||||||||||||||||:||||||||||||:|..|.|||:|||::|||| |||||:||||||||||
 Frog   261 DDSLAAVEVLVAGVRMVYPACFVLVPQSDLPAASSVGSSHCSNTCLGV-QVPASSRDPAMSSVTL 324

Human   326 TPPTSPEEVQT--VDPQSVQKWVKFSSVSDGFNSDSTSHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRA 388
            |||||||||||  :|.||.||||||.:|||.|:||:||||||||||||||.||||||||||||||
 Frog   325 TPPTSPEEVQTGSIDAQSAQKWVKFPAVSDCFSSDTTSHHGGKIPRKLANQVVDRVWQECNMNRA 389

Human   389 QNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASWDFVEATQRTNCSCLRHKNLKSRNAGQQGQAPSLGQQQQIL 453
            ||||||| |:|.:||:.:..|.|||||||:||||.|.|.||||||.||..|.||..:...|||:.
 Frog   390 QNKRKYS-SNGVVCEDESPEKTASWDFVESTQRTTCVCSRHKNLKQRNLNQPGQPVTASTQQQVT 453

Human   454 PKHKTNEKQEKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDDVGMDADSASQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVAK 518
            .|||||:||||.:|||||||||||||.|:||||.::||||||||.|.:.|::.||||||||||||
 Frog   454 QKHKTNDKQEKGDKPQKRPLTPFHHRASISDDVNIEADSASQRLGIRSQDTRGRFSNIRTNDVAK 518

Human   519 TPQMHGTEMANSPQPPPLSPHPCDVVDEG--VTKTPSTPQSQHFYQMPTPDPLVPSKPMEDRIDS 581
            |||||..|||:||.|||||||||:|:|:|  ..|.||||.|||||||||||||:|.|.:::|||.
 Frog   519 TPQMHNNEMASSPPPPPLSPHPCEVMDDGGETMKNPSTPHSQHFYQMPTPDPLIPVKSIDERIDG 583

Human   582 LSQSFPPQYQEAVEPTVYVGTAVNLEEDEANIAWKYYKFPKKKDVEFLPPQLPSDKFKDDPVGPF 646
            |.|:|...:.|.:|||:|||.||.||..|.:.:|||||.||||:.||.|||||:||.::|..|.:
 Frog   584 LPQTFASAFPEVLEPTMYVGNAVRLEAGETDNSWKYYKVPKKKEAEFNPPQLPNDKLREDACGTY 648

Human   647 GQESVTSVTELMVQCKKPLKVSDELVQQYQIKNQCLSAIASDAEQEPKIDPYAFVEGDEEFLFPD 711
            |:|::.||||||||.|||||:|:||:.:||.|||.:.....|.:||.  |||.||:.|.||:|.|
 Frog   649 GKENIMSVTELMVQGKKPLKISEELLHKYQSKNQYIPTAVLDTDQES--DPYTFVDDDVEFIFSD 711

Human   712 -KKDRQNSEREAGKKHKVEDGTSSVTVLSHE-EDAMSLFSPSIKQDAPRPTSHARPPSTSLIYDS 774
             ||:||.::|:.|||||.||..||||||..| ||||||||||:|.||.|..:|||..||||.:::
 Frog   712 TKKERQITDRDVGKKHKAEDVMSSVTVLPQEGEDAMSLFSPSVKPDAQRSEAHARTASTSLFHET 776

Human   775 DLAVSYTDLDNLFNSDEDELTPGSKKSANGSDDKASCKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPS 839
            ||.||||||||||||||||||||||::.| .|:||:.||||.|||||||||||||||||||||||
 Frog   777 DLVVSYTDLDNLFNSDEDELTPGSKRALN-PDEKANSKESKPGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPS 840

Human   840 LEQHIMGFSPMNMNNKEYGSMDTTPGGTVLEGNSSSIGAQFKIEVDEGFCSPKPSEIKDFSYVYK 904
            ||||.|||||||||:|:||:|||||||::.:|::..|||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   841 LEQHFMGFSPMNMNSKDYGNMDTTPGGSLTDGSNFCIGAQFKIEVDEGFCSPKPSEIKDFSYVYK 905

Human   905 PENCQILVGCSMFAPLKTLPSQYLPPIKLPEECIYRQSWTVGKLELLSSGPSMPFIKEGD----G 965
            ||.||:||||||||||:|||||.||.|||||:||||.|||||||||:...|||||||:|:    |
 Frog   906 PETCQVLVGCSMFAPLRTLPSQCLPGIKLPEDCIYRPSWTVGKLELIPPVPSMPFIKDGNIPSVG 970

Human   966 SNMDQEYGTAYTPQTHTSFGMPPSSAPPSNSGAGILPSPSTPRF--PTPRTPRTPRTPRGAGGPA 1028
            |.|||:|...|||||||.||| .:||||||.||||||||:||||  ||||||||||||||.||||
 Frog   971 SAMDQDYVQTYTPQTHTPFGM-SNSAPPSNGGAGILPSPATPRFSAPTPRTPRTPRTPRGGGGPA 1034

Human  1029 SAQGSVKYENSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSESVMNLFKDCNFDSC 1093
            |.||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog  1035 SVQGSVKYDNSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVNLILSESVMNLFKDCNFDSC 1099

Human  1094 CICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYRCTCGFSAVMNRKFGNNSGLFLEDELDIIGRNTDCGKE 1158
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||:||.|||
 Frog  1100 CICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEVQYRCTCGFSAVMNRKFGNNSGLFLEDELDIIGRHTDSGKE 1164

Human  1159 AEKRFEALRATSAEHVNGGLKESEKLSDDLILLLQDQCTNLFSPFGAADQDPFPKSGVISNWVRV 1223
            .|||||||||...:|  |.|::.||:.|:|||||.|||||||||||..||:|..|:..:|...||
 Frog  1165 VEKRFEALRAAGGDH--GVLRDPEKMPDELILLLHDQCTNLFSPFGTLDQEPITKTSTVSYSARV 1227

Human  1224 EERDCCNDCYLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVKSSCLHPWSKRN--DVSMQCSQDILRMLLSLQ 1286
            ||:||||||||||||||||||||||||||||||||:|||.|||||  |.||||||||||||||||
 Frog  1228 EEQDCCNDCYLALEHGRQFMDNMSGGKVDEALVKSTCLHRWSKRNAVDASMQCSQDILRMLLSLQ 1292

Human  1287 PVLQDAIQKKRTVRPWGVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEPLPIPTFLLGYDYDYLVLSPFA 1351
            ||||||:|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||:|||||||
 Frog  1293 PVLQDAVQKKRTVRSWGVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEPLPIPTFLVGYDYDFLVLSPFA 1357

Human  1352 LPYWERLMLEPYGSQRDIAYVVLCPENEALLNGAKSFFRDLTAIYESCRLGQHRPVSRLLTDGIM 1416
            |||||||||||:||||||||||:||||||||||||||||||||:||||||||||.:|:.||||||
 Frog  1358 LPYWERLMLEPFGSQRDIAYVVVCPENEALLNGAKSFFRDLTAMYESCRLGQHRAISKQLTDGIM 1422

Human  1417 RVGSTASKKLSEKLVAEWFSQAADGNNEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASLPLDSSLLSQPNLVA 1481
            :|||||:||||||.||||||||.:||:||:|||:||||||||:|||||||.|||||||.||||.:
 Frog  1423 KVGSTAAKKLSEKPVAEWFSQAINGNSEAYSKLRLYAQVCRYELGPYLASQPLDSSLLCQPNLTS 1487

Human  1482 PTSQSLITPPQMTNT-GNANTPSATLASAASSTMTVTSGVAISTSVATANSTLTTASTSSSSSSN 1545
            ..||::...|...:| ||.:|||:..:|||:|:.||           |.|:....|:|.|:::||
 Frog  1488 SASQTVSVQPAAASTPGNPSTPSSLNSSAANSSSTV-----------TPNTLPQAAATGSAATSN 1541

Human  1546 LNSGVSSNKLPSFPPFGSMNSNAAGSMSTQANTVQSGQLGG---QQTSALQTAGISGESSSLPTQ 1607
            :..|:::||..||||:|::|| ...|:..|.|:|||.| ||   ||.:..|.:|:|.|.|:....
 Frog  1542 VAGGLTANKPTSFPPYGNINS-TPNSIPAQVNSVQSNQ-GGPQTQQQTLQQNSGMSSEQSAAAAA 1604

Human  1608 PHPDVSESTMDRDKVGIPTDGDSHAVTYPPAIVVYIIDPFTYENTDESTNSSSVWTLGLLRCFLE 1672
            ...:|:||||||||||:||||:||||||||||||||:||||||:.||.:||||||.|||||||||
 Frog  1605 AAAEVTESTMDRDKVGVPTDGESHAVTYPPAIVVYIVDPFTYESKDEDSNSSSVWMLGLLRCFLE 1669

Human  1673 MVQTLPPHIKSTVSVQIIPCQYLLQPVKHEDREIYPQHLKSLAFSAFTQCRRPLPTSTNVKTLTG 1737
            |:..||||:::||||||:||||.||||:.|||:||.|||||||||.|||||||||.|||||||||
 Frog  1670 MLHILPPHLRNTVSVQIVPCQYFLQPVRQEDRQIYTQHLKSLAFSVFTQCRRPLPASTNVKTLTG 1734

Human  1738 FGPGLAMETALRSPDRPECIRLYAPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRW 1802
            ||||||:|.||:||:||:|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog  1735 FGPGLAIENALKSPERPDCIRLYTPPFILAPVKDKQTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRW 1799

Human  1803 ILASCTDLYGELLETCIINIDVPNRARRKKSSARKFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGR 1867
            :|||||||||||||||||||||||||||||.|||:.|||||||||.|||||||:|||||||||||
 Frog  1800 LLASCTDLYGELLETCIINIDVPNRARRKKGSARRCGLQKLWEWCQGLVQMSSVPWRVVIGRLGR 1864

Human  1868 IGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVST 1932
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog  1865 IGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVST 1929

Human  1933 GSVFGRSTTLNMQTSQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTENLDLAFNPNNDGADGMGI 1997
            ||||||||||.:||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||.||||||||||
 Frog  1930 GSVFGRSTTLTIQTSQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTENIDLAFNTNNDGADGMGI 1994

Human  1998 FDLLDTGDDLDPDIINILPASPTGSPVHSPGSHYPHGGDAGKGQSTDRLLSTEPHEEVPNILQQP 2062
            ||||||||||||||||.||.|||||..|||||||||||||||||.||||||||.|:||.||||||
 Frog  1995 FDLLDTGDDLDPDIINNLPTSPTGSQGHSPGSHYPHGGDAGKGQGTDRLLSTESHDEVTNILQQP 2059

Human  2063 LALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASLHLHVPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTS 2127
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog  2060 LALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQNQCPLFLKASLHLHVPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTS 2124

Human  2128 DVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPIHFVVLNQLYNFIMNML 2174
            ||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||
 Frog  2125 DVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPVHFVVLNQLYNFIMNML 2171

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
MED13NP_005112.2 Med13_N 11..286 CDD:463303 252/274 (92%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 435..477 26/41 (63%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 709..735 15/26 (58%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 749..769 11/19 (58%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 787..816 20/28 (71%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 959..1054 78/100 (78%)
LXXLL motif 1 1188..1192 3/3 (100%)
LXXLL motif 2 1279..1283 3/3 (100%)
MID_MedPIWI 1367..1724 CDD:465699 233/360 (65%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1484..1505 9/21 (43%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1557..1617 26/62 (42%)
Med13_C 1760..2163 CDD:461879 381/402 (95%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 2015..2048 28/32 (88%)
med13XP_004911678.1 Med13_N 11..>219 CDD:463303 192/207 (93%)
MID_MedPIWI 1373..1721 CDD:465699 233/360 (65%)
Med13_C 1757..2160 CDD:461879 381/402 (95%)

Return to query results.
Submit another query.