DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment SMARCA5 and smarca5

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_003592.3 Gene:SMARCA5 / 8467 HGNCID:11101 Length:1052 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_001007993.1 Gene:smarca5 / 493355 XenbaseID:XB-GENE-494817 Length:1049 Species:Xenopus tropicalis


Alignment Length:1058 Identity:943/1058 - (89%)
Similarity:988/1058 - (93%) Gaps:15/1058 - (1%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MSSAAEPPPPPP-----PESAPSKPAASIASGGSNSSNKGGPEGVAAQAVASAASAGPADAEMEE 60
            ||:......|.|     .|...:|.|..:.:|.......|| :.|..:|:        .|.|::.
 Frog     1 MSAEGTEQQPAPDTVAKEEKGEAKEAMEVDTGDQAKQEPGG-DAVKEEAM--------EDYELDN 56

Human    61 IFDDASPGKQKEIQEPDPTYEEKMQTDRANRFEYLLKQTELFAHFIQPAAQKTPTSPLKMKPGRP 125
            ..||.|..|.||..|.||.||||.:|||:|||||||||||:||||||||||||||||||||||||
 Frog    57 EDDDDSLNKSKEGNEMDPAYEEKRKTDRSNRFEYLLKQTEVFAHFIQPAAQKTPTSPLKMKPGRP 121

Human   126 RIKKDEKQNLLSVGDYRHRRTEQEEDEELLTESSKATNVCTRFEDSPSYVKWGKLRDYQVRGLNW 190
            |:||||||:|||:||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|||||||||||
 Frog   122 RLKKDEKQDLLSMGDYRHRRTEQEEDEELLTESSKTTNVCTRFEDSPSYVKGGTLRDYQVRGLNW 186

Human   191 LISLYENGINGILADEMGLGKTLQTISLLGYMKHYRNIPGPHMVLVPKSTLHNWMSEFKRWVPTL 255
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||:|||||||:|
 Frog   187 LISLYENGINGILADEMGLGKTLQTISLLGYMKHYRSIPGPHMVLVPKSTLHNWMAEFKRWVPSL 251

Human   256 RSVCLIGDKEQRAAFVRDVLLPGEWDVCVTSYEMLIKEKSVFKKFNWRYLVIDEAHRIKNEKSKL 320
            .::||||||:.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   252 CAICLIGDKDHRAAFVRDVLLPGEWDVCVTSYEMLIKEKSVFKKFNWRYLVIDEAHRIKNEKSKL 316

Human   321 SEIVREFKTTNRLLLTGTPLQNNLHELWSLLNFLLPDVFNSADDFDSWFDTNNCLGDQKLVERLH 385
            ||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||:||||||||||||||||||||||
 Frog   317 SEIVREFKTTNRLLLTGTPLQNNLHELWALLNFLLPDVFNSAEDFDSWFDTNNCLGDQKLVERLH 381

Human   386 MVLRPFLLRRIKADVEKSLPPKKEVKIYVGLSKMQREWYTRILMKDIDILNSAGKMDKMRLLNIL 450
            |||:||||||||||||||||||||:|||||||||||||||:|||||||||||:||.|||||||||
 Frog   382 MVLKPFLLRRIKADVEKSLPPKKEIKIYVGLSKMQREWYTKILMKDIDILNSSGKTDKMRLLNIL 446

Human   451 MQLRKCCNHPYLFDGAEPGPPYTTDMHLVTNSGKMVVLDKLLPKLKEQGSRVLIFSQMTRVLDIL 515
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
 Frog   447 MQLRKCCNHPYLFDGAEPGPPYTTDMHLVTNSGKMVVLDKLLPRLKEQGSRVLIFSQMTRVLDIL 511

Human   516 EDYCMWRNYEYCRLDGQTPHDERQDSINAYNEPNSTKFVFMLSTRAGGLGINLATADVVILYDSD 580
            ||||||||||||||||||||:||||||.|||.|.|:||:|||||||||||||||||||||:||||
 Frog   512 EDYCMWRNYEYCRLDGQTPHEERQDSIIAYNAPGSSKFIFMLSTRAGGLGINLATADVVIIYDSD 576

Human   581 WNPQVDLQAMDRAHRIGQTKTVRVFRFITDNTVEERIVERAEMKLRLDSIVIQQGRLVDQNLNKI 645
            ||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||:
 Frog   577 WNPQVDLQAMDRAHRIGQTKTVRVFRYITDNTVEERIVERAEMKLRLDSIVIQQGRLVDQNLNKL 641

Human   646 GKDEMLQMIRHGATHVFASKESEITDEDIDGILERGAKKTAEMNEKLSKMGESSLRNFTMDTESS 710
            ||||||||||||||||||||:||||:|||:.|||||.|||||||||||.||||||||||:|.|||
 Frog   642 GKDEMLQMIRHGATHVFASKDSEITEEDINAILERGEKKTAEMNEKLSNMGESSLRNFTVDNESS 706

Human   711 VYNFEGEDYREKQKIAFTEWIEPPKRERKANYAVDAYFREALRVSEPKAPKAPRPPKQPNVQDFQ 775
            ||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
 Frog   707 VYNFEGEDYREKQKMAFTEWIEPPKRERKANYAVDAYFREALRVSEPKVPKAPRPPKQPNVQDFQ 771

Human   776 FFPPRLFELLEKEILFYRKTIGYKVPRNPELPNAAQAQKEEQLKIDEAESLNDEELEEKEKLLTQ 840
            |||||||||||||||:|||||||||||||:|||||||||||||||||||.|||||||||||||||
 Frog   772 FFPPRLFELLEKEILYYRKTIGYKVPRNPDLPNAAQAQKEEQLKIDEAEPLNDEELEEKEKLLTQ 836

Human   841 GFTNWNKRDFNQFIKANEKWGRDDIENIAREVEGKTPEEVIEYSAVFWERCNELQDIEKIMAQIE 905
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   837 GFTNWNKRDFNQFIKANEKWGRDDIENIAREVEGKTPEEVIEYSAVFWERCNELQDIEKIMAQIE 901

Human   906 RGEARIQRRISIKKALDTKIGRYKAPFHQLRISYGTNKGKNYTEEEDRFLICMLHKLGFDKENVY 970
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   902 RGEARIQRRISIKKALDTKIGRYKAPFHQLRISYGTNKGKNYTEEEDRFLICMLHKLGFDKENVY 966

Human   971 DELRQCIRNSPQFRFDWFLKSRTAMELQRRCNTLITLIERENMELEEKEKAEKKKRGPKPST-QK 1034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||:||: ||
 Frog   967 DELRQCIRNSPQFRFDWFLKSRTAMELQRRCNTLITLIERENLELEEKEKAEKKKRGPRPSSAQK 1031

Human  1035 RKMDGAPDGRGRKKKLKL 1052
            ||:||.||||||||||||
 Frog  1032 RKVDGTPDGRGRKKKLKL 1049

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
SMARCA5NP_003592.3 Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1..83 25/86 (29%)
PLN03142 69..1012 CDD:215601 889/942 (94%)
DEAH box 308..311 2/2 (100%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1015..1052 32/37 (86%)
smarca5NP_001007993.1 PLN03142 7..1004 CDD:215601 900/1005 (90%)

Return to query results.
Submit another query.