DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment PICALM and picalm

DIOPT Version :10

Sequence 1:XP_005274379.1 Gene:PICALM / 8301 HGNCID:15514 Length:686 Species:Homo sapiens
Sequence 2:XP_031751621.1 Gene:picalm / 100327242 XenbaseID:XB-GENE-5749321 Length:709 Species:Xenopus tropicalis


Alignment Length:715 Identity:579/715 - (80%)
Similarity:631/715 - (88%) Gaps:35/715 - (4%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MSGQSLTDRITAAQHSVTGSAVSKTVCKATTHEIMGPKKKHLDYLIQCTNEMNVNIPQLADSLFE 65
            |||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
 Frog     1 MSGQSITDRITAAQHSVTGSAVSKTVCKATTHEIMGPKKKHLDYLIQCTNEMNVNIPQLADTLFE 65

Human    66 RTTNSSWVVVFKSLITTHHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDMSTFIRRYSRY 130
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog    66 RTTNSSWVVVFKSLITTHHLMVYGNERFIQYLASRNTLFNLSNFLDKSGLQGYDMSTFIRRYSRY 130

Human   131 LNEKAVSYRQVAFDFTKVKRGADGVMRTMNTEKLLKTVPIIQNQMDALLDFNVNSNELTNGVINA 195
            |||||||||||||||||||||.|||||||:|||||||:||||||||||||||||:||||||||||
 Frog   131 LNEKAVSYRQVAFDFTKVKRGTDGVMRTMSTEKLLKTMPIIQNQMDALLDFNVNANELTNGVINA 195

Human   196 AFMLLFKDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKFLTRMTRISEFLKVAEQVGID 260
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   196 AFMLLFKDAIRLFAAYNEGIINLLEKYFDMKKNQCKEGLDIYKKFLTRMTRISEFLKVAEQVGID 260

Human   261 RGDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRATTLSNAVSSLASTGLSLTKVDEREKQ 325
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|.||||:|||||||
 Frog   261 RGDIPDLSQAPSSLLDALEQHLASLEGKKIKDSTAASRATTLSNAVSSLATTSLSLTRVDEREKQ 325

Human   326 AALEEEQARLKALKEQRLKELAKKPHTSLTTAASPVSTSAGGIMTAPAIDIFSTPSSSNSTSKLP 390
            |||||||||||||||||:|||:||||::.|||:||||::||.|.|..|||:|:||:|.|  |||.
 Frog   326 AALEEEQARLKALKEQRVKELSKKPHSTSTTASSPVSSTAGSINTTAAIDMFATPTSLN--SKLS 388

Human   391 NDLLDLQQPTFHPSVHPMSTASQVASTWGDPFSATVDAVDDAIPSLNPFLTKSSGDVHLS-ISSD 454
            |||||: ||||.|:|||:|...|||.:|.|||  |.:|.||:||||||||:|:|..|.|. :|:|
 Frog   389 NDLLDM-QPTFQPAVHPLSAVPQVAGSWADPF--TSEAADDSIPSLNPFLSKASEGVQLPVVSTD 450

Human   455 VSTFTTRTPTHEMFV---------------------------GFTPSPVAQPHPSAGLNVDFESV 492
            .:.:|.:||:||:|:                           |||||...||..|.||||||:||
 Frog   451 SANYTAKTPSHEIFIDSFCGPQGYPNPSHFRSEPSTVAGLYGGFTPSLAVQPQTSGGLNVDFDSV 515

Human   493 FGNKS-TNVIVDSGGFDELGGLLKPTVASQNQNLPVAKLPPSKLVSDDLDSSLANLVGNLGIGNG 556
            ||||| ::|.|||..||:|||||||||||.|||||..|.|.:|||||||||||||||||||||||
 Frog   516 FGNKSPSSVNVDSAAFDDLGGLLKPTVASLNQNLPSCKNPQNKLVSDDLDSSLANLVGNLGIGNG 580

Human   557 TTKNDVNWSQPGEKKLTGGSNWQPKVAPTTAWNAATMNGMHFPQYAPPVMAYPATTPTGMIGYGI 621
            |||||::||||||||||||:||||||||||.||.||:|||||||||||:||||||||||::|||:
 Frog   581 TTKNDIHWSQPGEKKLTGGTNWQPKVAPTTTWNPATLNGMHFPQYAPPIMAYPATTPTGIVGYGM 645

Human   622 PPQMGSVPVMTQPTLIYSQPVMRPPNPFGPVSGAQLSAASSPSSHSPHRASGKDPFAELSLEDFL 686
            || ||.|||:.||.|||:||||||||||||||||||.||.||||.|||||.|:|.:.:|||:|||
 Frog   646 PP-MGPVPVIQQPPLIYNQPVMRPPNPFGPVSGAQLPAAPSPSSQSPHRAPGEDRYPQLSLQDFL 709

Human   687  686
             Frog   710  709

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
PICALMXP_005274379.1 ANTH 24..282 CDD:400137 252/257 (98%)
picalmXP_031751621.1 ANTH 24..282 CDD:400137 252/257 (98%)
PHA03378 <601..>702 CDD:223065 81/101 (80%)

Return to query results.
Submit another query.