DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment TRPC1 and trpc1

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_001238774.1 Gene:TRPC1 / 7220 HGNCID:12333 Length:793 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_001185590.1 Gene:trpc1 / 570841 ZFINID:ZDB-GENE-070830-1 Length:796 Species:Danio rerio


Alignment Length:800 Identity:659/800 - (82%)
Similarity:733/800 - (91%) Gaps:23/800 - (2%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MMAALYPSTDLSGASSSSLPSSPSSSSPNEVMALKDVREVKEENTLNEKLFLLACDKGDYYMVKK 65
            :|||||..||              ||||::.:|||||||||||.||:||||||||:|||||||||
Zfish    13 IMAALYQGTD--------------SSSPDKYLALKDVREVKEETTLDEKLFLLACEKGDYYMVKK 63

Human    66 ILEENSSGDLNINCVDVLGRNAVTITIENENLDILQLLLDYGCQSADALLVAIDSEVVGAVDILL 130
            :|||...|:|||||||||||:||||:||||||||||||||:|||:.|||||||||||||||||||
Zfish    64 LLEEKRHGELNINCVDVLGRDAVTISIENENLDILQLLLDHGCQATDALLVAIDSEVVGAVDILL 128

Human   131 NHRPKRSSRPTIVKLMERIQNPEYSTTMDVAPVILAAHRNNYEILTMLLKQDVSLPKPHAVGCEC 195
            ||||:|||:|:|.||:::||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||:||||||||
Zfish   129 NHRPRRSSKPSIAKLIQKIQNPEYSTTMDVAPVILAAHRNNYEILTMLLKQDISLPRPHAVGCEC 193

Human   196 TLCSAKNKKDSLRHSRFRLDIYRCLASPALIMLTEEDPILRAFELSADLKELSLVEVEFRNDYEE 260
            |||:||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zfish   194 TLCNAKNKKDSLRHSRFRLDIYRCLASPSLIMLTEEDPILRAFELSADLKELSLVEVEFRNDYEE 258

Human   261 LARQCKMFAKDLLAQARNSRELEVILNHTSSDEPLDKRGLLEERMNLSRLKLAIKYNQKEFVSQS 325
            ||:|||||||||||.||||||||||||||||::.:||||.||||||||||||||||||||||:||
Zfish   259 LAKQCKMFAKDLLAHARNSRELEVILNHTSSEDHVDKRGFLEERMNLSRLKLAIKYNQKEFVAQS 323

Human   326 NCQQFLNTVWFGQMSGYRRKPTCKKIMTVLTVGIFWPVLSLCYLIAPKSQFGRIIHTPFMKFIIH 390
            ||||||||||||:|:.||||.||.||::||:|.:.||:||:|||:.|:|:.|::|||||:|||||
Zfish   324 NCQQFLNTVWFGEMASYRRKHTCLKIVSVLSVALLWPLLSICYLLGPRSRVGQVIHTPFIKFIIH 388

Human   391 GASYFTFLLLLNLYSLVYNEDKKNTMGPALERIDYLLILWIIGMIWSDIKRLWYEGLEDFLEESR 455
            .|||||||||||||||:|| |||| |.|||:.||||||||||||:|||:||||||||||||||||
Zfish   389 SASYFTFLLLLNLYSLIYN-DKKN-MAPALQFIDYLLILWIIGMVWSDVKRLWYEGLEDFLEESR 451

Human   456 NQLSFVMNSLYLATFALKVVAHNKFHDF---ADRKDWDAFHPTLVAEGLFAFANVLSYLRLFFMY 517
            ||||||||||||||||||:|||||:...   .:||:|||||||||||||||||.|||||||||||
Zfish   452 NQLSFVMNSLYLATFALKIVAHNKYSKIIKPEERKEWDAFHPTLVAEGLFAFAIVLSYLRLFFMY 516

Human   518 TTSSILGPLQISMGQMLQDFGKFLGMFLLVLFSFTIGLTQLY----DKGYTSKEQKDCVGIFCEQ 578
            ||||||||||||||||||:||||||:|||||.||||||||||    |...|..:.|||.||:|:|
Zfish   517 TTSSILGPLQISMGQMLQEFGKFLGLFLLVLISFTIGLTQLYGKDQDPSKTKDDNKDCEGIYCQQ 581

Human   579 QSNDTFHSFIGTCFALFWYIFSLAHVAIFVTRFSYGEELQSFVGAVIVGTYNVVVVIVLTKLLVA 643
            |||||||:|:|||:||||||||||||.:||||.||.|||:|||||:||||||:||||||||||||
Zfish   582 QSNDTFHTFMGTCYALFWYIFSLAHVNLFVTRISYTEELRSFVGALIVGTYNIVVVIVLTKLLVA 646

Human   644 MLHKSFQLIANHEDKEWKFARAKLWLSYFDDKCTLPPPFNIIPSPKTICYMISSLSKWICSHTSK 708
            ||||||:.||||||||||||||||||||||||||||||||::|||||:||::.|:|||||||||.
Zfish   647 MLHKSFRQIANHEDKEWKFARAKLWLSYFDDKCTLPPPFNVLPSPKTVCYLVISMSKWICSHTST 711

Human   709 GKVKRQNSLKEWRNLKQKRDENYQKVMCCLVHRYLTSMRQKMQSTDQATVENLNELRQDLSKFRN 773
            |||||||||:||.|||||||:||||:|||||||||||.||||||.|||||||||:||||||||||
Zfish   712 GKVKRQNSLREWTNLKQKRDQNYQKIMCCLVHRYLTSTRQKMQSMDQATVENLNDLRQDLSKFRN 776

Human   774 EIRDLLGFRTSKYAMFYPRN 793
            |:|||||||||||||||||:
Zfish   777 EMRDLLGFRTSKYAMFYPRS 796

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
TRPC1NP_001238774.1 Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1..30 11/28 (39%)
ANK 1. /evidence=ECO:0000269|PubMed:39478185, ECO:0007744|PDB:8WPL, ECO:0007744|PDB:8WPM 46..75 22/28 (79%)
TRPV 48..774 CDD:454755 616/732 (84%)
ANK 2. /evidence=ECO:0000269|PubMed:39478185, ECO:0007744|PDB:8WPL, ECO:0007744|PDB:8WPM 83..109 22/25 (88%)
ANK 3. /evidence=ECO:0000269|PubMed:39478185, ECO:0007744|PDB:8WPL, ECO:0007744|PDB:8WPM 111..156 36/44 (82%)
ANK 4. /evidence=ECO:0000269|PubMed:39478185, ECO:0007744|PDB:8WPL, ECO:0007744|PDB:8WPM 158..180 21/21 (100%)
trpc1NP_001185590.1 TRPV 46..777 CDD:454755 616/732 (84%)
ANK repeat 81..110 CDD:293786 24/28 (86%)

Return to query results.
Submit another query.