DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment SREBF2 and Srebf2

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_004590.2 Gene:SREBF2 / 6721 HGNCID:11290 Length:1141 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_001028866.2 Gene:Srebf2 / 300095 RGDID:1307751 Length:1133 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1141 Identity:1053/1141 - (92%)
Similarity:1097/1141 - (96%) Gaps:8/1141 - (0%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MDDSGELGGLETMETLTELGDELTLGDIDEMLQFVSNQVGEFPDLFSEQLCSSFPGSGGSGSSSG 65
            ||::.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||   .||
  Rat     1 MDENSELGGLETMETLTELGDELTLGDIDEMLQFVSNQVGEFSDLFSEQLCSSFPGGGG---GSG 62

Human    66 SSGSSSSSSNGRGSSSGAVDPSVQRSFTQVTLPSFSPSAASPQAPTLQVKVSPTSVPTTPRATPI 130
            |.|:|::|| |||:|.||.||:|||||:||.|.:||||:.|||||.||||||    ||.|||||:
  Rat    63 SGGTSNNSS-GRGTSGGAADPAVQRSFSQVPLSTFSPSSTSPQAPALQVKVS----PTPPRATPV 122

Human   131 LQPRPQPQPQPQTQLQQQTVMITPTFSTTPQTRIIQQPLIYQNAATSFQVLQPQVQSLVTSSQVQ 195
            |||||||||||..|||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   123 LQPRPQPQPQPPAQLQQQTVMITPTFSTAPQTRIIQQPLIYQNAATSFQVLQPQVQSLVTSSQVQ 187

Human   196 PVTIQQQVQTVQAQRVLTQTANGTLQTLAPATVQTVAAPQVQQVPVLVQPQIIKTDSLVLTTLKT 260
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
  Rat   188 PVTIQQQVQTVQAQRVLTQTANGTLQTLAPATVQTVATPQVQQVPVLVQPQIIKTDSLVLTTLKT 252

Human   261 DGSPVMAAVQNPALTALTTPIQTAALQVPTLVGSSGTILTTMPVMMGQEKVPIKQVPGGVKQLEP 325
            ||||||||||||||||||.|||||||||||||||:|.||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   253 DGSPVMAAVQNPALTALTAPIQTAALQVPTLVGSNGAILTTMPVMMGQEKVPIKQVPGGVKQLEP 317

Human   326 PKEGERRTTHNIIEKRYRSSINDKIIELKDLVMGTDAKMHKSGVLRKAIDYIKYLQQVNHKLRQE 390
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   318 PKEGERRTTHNIIEKRYRSSINDKIIELKDLVMGTDAKMHKSGVLRKAIDYIKYLQQVNHKLRQE 382

Human   391 NMVLKLANQKNKLLKGIDLGSLVDNEVDLKIEDFNQNVLLMSPPASDSGSQAGFSPYSIDSEPGS 455
            ||||||||||||||||||||||||::|||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   383 NMVLKLANQKNKLLKGIDLGSLVDSDVDLKIDDFNQNVLLMSPPASDSGSQAGFSPYSIDSEPGS 447

Human   456 PLLDDAKVKDEPDSPPVALGMVDRSRILLCVLTFLCLSFNPLTSLLQWGGAHDSDQHPHSGSGRS 520
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||:.||||:|||||:
  Rat   448 PLLDDAKVKDEPDSPPVALGMVDRSRILLCVLTFLGLSFNPLTSLLQWGGAHNPDQHPYSGSGRN 512

Human   521 VLSFESGSGGWFDWMMPTLLLWLVNGVIVLSVFVKLLVHGEPVIRPHSRSSVTFWRHRKQADLDL 585
            |||.|||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   513 VLSLESGSGGWFDWMMPTLLLWLLNGVIVLSVFVKLLVHGEPVIRPHSRSSVTFWRHRKQADLDL 577

Human   586 ARGDFAAAAGNLQTCLAVLGRALPTSRLDLACSLSWNVIRYSLQKLRLVRWLLKKVFQCRRATPA 650
            |:|||||||.||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||
  Rat   578 AKGDFAAAAANLQTCLSVLGRALPTSRLDLACSLSWNVIRYSLQKLRLVRWLLKKVFQRWRATPA 642

Human   651 TEAGFEDEAKTSARDAALAYHRLHQLHITGKLPAGSACSDVHMALCAVNLAECAEEKIPPSTLVE 715
            |.||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   643 TAAGFEDEAKSSARDAALAYHRLHQLHITGKLPAGSACSDVHMALCAVNLAECAEEKIPPSTLVE 707

Human   716 IHLTAAMGLKTRCGGKLGFLASYFLSRAQSLCGPEHSAVPDSLRWLCHPLGQKFFMERSWSVKSA 780
            |||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
  Rat   708 IHLTAAMGLKTRCGGKLGFLASYFLNRAQSLCGPEHSAVPDSLRWLCHPLGQKFFMERSWSIKSA 772

Human   781 AKESLYCAQRNPADPIAQVHQAFCKNLLERAIESLVKPQAKKKAGDQEEESCEFSSALEYLKLLH 845
            ||:||||||||||||||||||||||:|||||:|:||||||||||||:||||||||||||:|||||
  Rat   773 AKDSLYCAQRNPADPIAQVHQAFCKHLLERAVEALVKPQAKKKAGDREEESCEFSSALEFLKLLH 837

Human   846 SFVDSVGVMSPPLSRSSVLKSALGPDIICRWWTSAITVAISWLQGDDAAVRSHFTKVERIPKALE 910
            |||||||.::.|.|.||||:||||||::|||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||
  Rat   838 SFVDSVGFVASPFSSSSVLRSALGPDVVCRWWTSAITVAISWLQGDDAAVRSHFTEVERVPKALE 902

Human   911 VTESPLVKAIFHACRAMHASLPGKADGQQSSFCHCERASGHLWSSLNVSGATSDPALNHVVQLLT 975
            |||||||||:|:|||||||||.|||||||:||||||||||||||||||||.||||:|||||||.|
  Rat   903 VTESPLVKAVFYACRAMHASLSGKADGQQNSFCHCERASGHLWSSLNVSGTTSDPSLNHVVQLFT 967

Human   976 CDLLLSLRTALWQKQASASQAVGETYHASGAELAGFQRDLGSLRRLAHSFRPAYRKVFLHEATVR 1040
            |||||||||.||||||||||.:||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   968 CDLLLSLRTTLWQKQASASQLLGETYHASGTELAGFQRDLGSLRRLAHSFRPAYRKVFLHEATVR 1032

Human  1041 LMAGASPTRTHQLLEHSLRRRTTQSTKHGEVDAWPGQRERATAILLACRHLPLSFLSSPGQRAVL 1105
            ||||||||||||||||||||||||:|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1033 LMAGASPTRTHQLLEHSLRRRTTQNTKHGEVDTWPGQRERATAILLACRHLPLSFLSSPGQRAVL 1097

Human  1106 LAEAARTLEKVGDRRSCNDCQQMIVKLGGGTAIAAS 1141
            |||||||||||||||||:||||||||||||||||||
  Rat  1098 LAEAARTLEKVGDRRSCSDCQQMIVKLGGGTAIAAS 1133

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
SREBF2NP_004590.2 Transcriptional activation (acidic). /evidence=ECO:0000269|PubMed:35120642 1..50 44/48 (92%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 48..144 67/95 (71%)
Interaction with LMNA. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:Q3U1N2 237..491 247/253 (98%)
bHLHzip_SREBP2 326..402 CDD:381492 75/75 (100%)
Leucine-zipper 380..401 20/20 (100%)
Srebf2NP_001028866.2 Transcriptional activation (acidic). /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:P36956, ECO:0000250|UniProtKB:Q12772 1..50 44/48 (92%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 56..136 59/87 (68%)
Interaction with LMNA. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:Q3U1N2 229..483 247/253 (98%)
bHLHzip_SREBP2 318..394 CDD:381492 75/75 (100%)
Leucine-zipper 372..393 20/20 (100%)

Return to query results.
Submit another query.