DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment SCN8A and scn8aa

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_055006.1 Gene:SCN8A / 6334 HGNCID:10596 Length:1980 Species:Homo sapiens
Sequence 2:XP_068072894.1 Gene:scn8aa / 58152 ZFINID:ZDB-GENE-000828-1 Length:1960 Species:Danio rerio


Alignment Length:1994 Identity:1630/1994 - (81%)
Similarity:1784/1994 - (89%) Gaps:50/1994 - (2%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MAARLLAPPGPDSFKPFTPESLANIERRIAESKLKKPPKADGSHREDDEDSKPKPNSDLEAGKSL 65
            |||.|||||||:|:|.||.|||..||:||.|.|.|.|||.|.|:|:||:::|||||.||||||||
Zfish     1 MAAPLLAPPGPNSYKYFTRESLREIEKRIEEEKAKPPPKPDNSYRDDDDENKPKPNGDLEAGKSL 65

Human    66 PFIYGDIPQGLVAVPLEDFDPYYLTQKTFVVLNRGKTLFRFSATPALYILSPFNLIRRIAIKILI 130
            ||||||||.|:||.|||||||:|:.||||||||:|||:||||||||||::|||||.|||||||||
Zfish    66 PFIYGDIPPGMVATPLEDFDPFYINQKTFVVLNKGKTIFRFSATPALYMISPFNLARRIAIKILI 130

Human   131 HSVFSMIIMCTILTNCVFMTFSNPPDWSKNVEYTFTGIYTFESLVKIIARGFCIDGFTFLRDPWN 195
            ||||||.||||||||||||||||||:|||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Zfish   131 HSVFSMFIMCTILTNCVFMTFSNPPEWSKQVEYTFTGIYTFESAVKIIARGFCIDGFTFLRDPWN 195

Human   196 WLDFSVIMMAYITEFVNLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVF 260
            ||||.||.|||:||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zfish   196 WLDFMVISMAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVF 260

Human   261 CLSVFALIGLQLFMGNLRNKCVVWPINFNESYLE-NGTKGFDWEEYINNKTNFYTVPGMLEPLLC 324
            ||||||||||||||||||.|||:||||..|.:.: ||::.|:|:|||.|:||||.:|..|:.|||
Zfish   261 CLSVFALIGLQLFMGNLRQKCVIWPINITEMFPDVNGSRAFNWDEYILNETNFYFLPDQLDALLC 325

Human   325 GNSSDAGQCPEGYQCMKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLALFRLMTQDYWENLYQLTLRAAGKTYMI 389
            |||||:|:|||||.||||||||||||||||:|.|||||||||||||:||||||||||||||||||
Zfish   326 GNSSDSGRCPEGYTCMKAGRNPNYGYTSFDSFGWAFLALFRLMTQDFWENLYQLTLRAAGKTYMI 390

Human   390 FFVLVIFVGSFYLVNLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFKAMLEQLKKQQEEAQAAAMATS 454
            ||||||||||||||||||||||||||||||||:||||:|||||||||||||||||:|||.|||||
Zfish   391 FFVLVIFVGSFYLVNLILAVVAMAYEEQNQATMEEAERKEAEFKAMLEQLKKQQEDAQANAMATS 455

Human   455 AGTVSEDAIEEEGEEGGGSPRSSSEISKLSSKSAKERRNRRKKRKQKELSEGEEKGDPEKVFKSE 519
            |||||||.:|::|:..|....||||:||||||||||||||:||.:|||  :.:||||.||..|||
Zfish   456 AGTVSEDVVEDDGDGEGNLSCSSSEMSKLSSKSAKERRNRKKKWRQKE--QDKEKGDSEKFVKSE 518

Human   520 SEDGMRRKAFRLPDNRIGRKFSIMNQSLLSIPGSPFLSRHNSKSSIFSFRGPGRFRDPGSENEFA 584
            |:||.||: ||.||||:||:.|||||||||||||||.||.||||||||     |.:|.|||||||
Zfish   519 SDDGSRRR-FRFPDNRLGRRSSIMNQSLLSIPGSPFPSRRNSKSSIFS-----RCKDGGSENEFA 577

Human   585 DDEHSTVEESEGRRDSLFIPIRARERRSSYSGYSGYSQGSRSSRIFPSLRRSVKRNSTVDCNGVV 649
            |||||||||.:.||||...|    :|||||:|:.|                  ||||||||||||
Zfish   578 DDEHSTVEEYDERRDSFLSP----QRRSSYTGFYG------------------KRNSTVDCNGVV 620

Human   650 SLIGGPGSHIGGRLLPEA-----------TTEVEIKKKGPGSLLVSMDQL-ASYGRKDRINSIMS 702
            ||| |||.  |||||||.           ||::|||||..|||:||::|| .|:|||:|.||:||
Zfish   621 SLI-GPGP--GGRLLPEVIIDKAATDDSPTTDLEIKKKLSGSLMVSVEQLNTSFGRKERANSVMS 682

Human   703 VVTNTLVEELEESQRKCPPCWYKFANTFLIWECHPYWIKLKEIVNLIVMDPFVDLAITICIVLNT 767
            .:|||||||||||||||||||||||||||||||.|.|:.:|||||||||||||||||||||||||
Zfish   683 ALTNTLVEELEESQRKCPPCWYKFANTFLIWECGPLWMSIKEIVNLIVMDPFVDLAITICIVLNT 747

Human   768 LFMAMEHHPMTPQFEHVLAVGNLVFTGIFTAEMFLKLIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVSLSLMEL 832
            |||||||:||||||||||:|||||||||||||||.||:|||||||||||||||||||||||||||
Zfish   748 LFMAMEHYPMTPQFEHVLSVGNLVFTGIFTAEMFAKLVAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVSLSLMEL 812

Human   833 SLADVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLF 897
            .||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zfish   813 GLANVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLF 877

Human   898 GKSYKECVCKINQDCELPRWHMHDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLIVFMMVMV 962
            |||||:|||||.||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zfish   878 GKSYKDCVCKIAQDCELPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLIVFMMVMV 942

Human   963 IGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDGEMNNLQISVIRIKKGVAWTKLKVHAFMQAHFKQRE 1027
            |||||||||||||||||||||||||:|||||||||||:|||||||:||.|.||...:.....::.
Zfish   943 IGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAASDDDGEMNNLQIAVIRIKKGIAWVKAKVRELVNIILGRKV 1007

Human  1028 ADEVKPLDELYEKKANCIANHTGADIHRNGDFQKNGNGTTSGIGSSVEKYIIDEDHMSFINNPNL 1092
            .||.||||::|::|.||||||||.||.|:.|:|||||||||||||||.||:||:||||||:||||
Zfish  1008 TDEAKPLDDMYDRKLNCIANHTGVDISRDLDYQKNGNGTTSGIGSSVGKYMIDDDHMSFIHNPNL 1072

Human  1093 TVRVPIAVGESDFENLNTEDVSSESDPEGSKDKLDDTSSSEGSTIDIKPEVEE-VPVEQPEEYLD 1156
            ||.|||||||||||||||||.||||:.||||: |||.|||||||||||||||| |.||..|||:|
Zfish  1073 TVCVPIAVGESDFENLNTEDFSSESEAEGSKE-LDDISSSEGSTIDIKPEVEEAVVVETVEEYVD 1136

Human  1157 PDACFTEGCVQRFKCCQVNIEEGLGKSWWILRKTCFLIVEHNWFETFIIFMILLSSGALAFEDIY 1221
            |:||:||.|:.|:|||.|.|.||.||:||.|||||:||||||||||.||||||||||||||||:|
Zfish  1137 PEACWTEACIARYKCCDVPITEGWGKNWWFLRKTCYLIVEHNWFETLIIFMILLSSGALAFEDVY 1201

Human  1222 IEQRKTIRTILEYADKVFTYIFILEMLLKWTAYGFVKFFTNAWCWLDFLIVAVSLVSLIANALGY 1286
            ||||||||.||||||.||||||||||||||.||||||:||||||||||.||.||:||||||||||
Zfish  1202 IEQRKTIRIILEYADMVFTYIFILEMLLKWVAYGFVKYFTNAWCWLDFFIVDVSIVSLIANALGY 1266

Human  1287 SELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAG 1351
            |:||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
Zfish  1267 SDLGPIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALVGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNMFAG 1331

Human  1352 KYHYCFNETSEIRFEIEDVNNKTECEKLMEGNNTEIRWKNVKINFDNVGAGYLALLQVATFKGWM 1416
            ||:||:|||.:..||::.||||:||..|:|.|.||:|||||||||||||||||||||||||||||
Zfish  1332 KYYYCYNETEKAYFELDVVNNKSECFALIEQNYTEVRWKNVKINFDNVGAGYLALLQVATFKGWM 1396

Human  1417 DIMYAAVDSRKPDEQPKYEDNIYMYIYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFM 1481
            ||||||||||:.::|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zfish  1397 DIMYAAVDSRRVEDQPKYEDNIYMYIYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFM 1461

Human  1482 TEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPLNKIQGIVFDFVTQQAFDIVIMMLICLNMVTMMVETDTQ 1546
            ||||||||||||||||||||||||||.||:||:||||||||.|||.||:||||||||||||||.|
Zfish  1462 TEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPQNKLQGMVFDFVTQQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQ 1526

Human  1547 SKQMENILYWINLVFVIFFTCECVLKMFALRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLADIIEKYFV 1611
            |::.||||||||.:|::.||.|.|||:|||||||||.||||||.||||||||||||||:||||||
Zfish  1527 SQETENILYWINFIFIVAFTSEFVLKLFALRHYYFTNGWNIFDCVVVILSIVGMFLADLIEKYFV 1591

Human  1612 SPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIFSIFGMSNFAYV 1676
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zfish  1592 SPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIFSIFGMSNFAYV 1656

Human  1677 KHEAGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLLPILNRPPDCSLDKEHPGSGFKGDCGNPSV 1741
            |.|:|||||:|||||||||||||.|||||||||||.||||.||||...||:||:..||:||||||
Zfish  1657 KRESGIDDMYNFETFGNSMICLFMITTSAGWDGLLAPILNYPPDCEPTKENPGTSVKGNCGNPSV 1721

Human  1742 GIFFFVSYIIISFLIVVNMYIAIILENFSVATEESADPLSEDDFETFYEIWEKFDPDATQFIEYC 1806
            ||||||.|||:||||||||||||||||||||||||||||.|||||:||||||||||.|:|||.:.
Zfish  1722 GIFFFVMYIIVSFLIVVNMYIAIILENFSVATEESADPLCEDDFESFYEIWEKFDPTASQFITFA 1786

Human  1807 KLADFADALEHPLRVPKPNTIELIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGDSGELDILRQQMEE 1871
            ||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||::||||||
Zfish  1787 KLGDFADTLEHPLRVPKPNTIELIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGDSGDLDMMRQQMEE 1851

Human  1872 RFVASNPSKVSYEPITTTLRRKQEEVSAVVLQRAYRGHLARRGFICKK-TTSNKLENGGTHREKK 1935
            ||:|:||||||:||||||||||||.:||.|:|||:|.||.|:|||||: .:|::||||||:::||
Zfish  1852 RFIAANPSKVSFEPITTTLRRKQEHMSAGVIQRAFRAHLIRKGFICKRLLSSSRLENGGTNQDKK 1916

Human  1936 ESTPSTASLPSYDSVTKPEKEKQQRAEEGRRERAKRQKEVRESK 1979
            |.||||||||||||||||||||.:.: :.:.::.|.||:|:|||
Zfish  1917 EGTPSTASLPSYDSVTKPEKEKLEES-DSKGKKGKNQKDVKESK 1959

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
SCN8ANP_055006.1 Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1..20 14/18 (78%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 28..62 21/33 (64%)
I. /evidence=ECO:0000305 114..442 287/328 (88%)
Ion_trans 131..421 CDD:459842 254/290 (88%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 446..530 55/83 (66%)
Na_trans_cytopl 546..702 CDD:463401 96/167 (57%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 568..602 22/33 (67%)
II. /evidence=ECO:0000305 735..1007 255/271 (94%)
Ion_trans 752..965 CDD:459842 203/212 (96%)
Na_trans_assoc 991..1192 CDD:461936 145/201 (72%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1107..1148 34/41 (83%)
III. /evidence=ECO:0000305 1180..1495 278/314 (89%)
Ion_trans 1197..1473 CDD:459842 243/275 (88%)
Na_channel_gate 1465..1517 CDD:240441 48/51 (94%)
IV. /evidence=ECO:0000305 1504..1801 256/296 (86%)
Ion_trans 1522..1776 CDD:459842 219/253 (87%)
IQ 1894..1915 CDD:197470 12/20 (60%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1922..1980 37/58 (64%)
scn8aaXP_068072894.1 Ion_trans 131..423 CDD:459842 255/291 (88%)
ARGLU <416..>448 CDD:405931 28/31 (90%)
Na_trans_cytopl 544..682 CDD:463401 96/167 (57%)
Ion_trans 732..945 CDD:459842 203/212 (96%)
Na_trans_assoc 971..1172 CDD:461936 145/201 (72%)
Ion_trans 1177..1453 CDD:459842 243/275 (88%)
Na_channel_gate 1445..1497 CDD:240441 48/51 (94%)
Ion_trans 1502..1756 CDD:459842 219/253 (87%)

Return to query results.
Submit another query.