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Protein Alignment SCN2A and Scn2a

DIOPT Version :9

Sequence 1:	NP_001035232.1	Gene:	SCN2A / 6326	HGNCID:	10588	Length:	2005	Species:	Homo sapiens
Sequence 2:	NP_036779.2	Gene:	Scn2a / 24766	RGDID:	3632	Length:	2005	Species:	Rattus norvegicus

Alignment Length:	2006	Identity:	1964/2006 - (97%)
Similarity:	1985/2006 - (98%)	Gaps:	2/2006 - (0%)

- Green bases have known domain annotations that are detailed below.

Human     1 MAQSVLVPPGPDSFRFFTRESLAAIEQRIAEEKAKRPKQERKDEDDENGPKPNSDLEAGKSLPFI 65
            ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat     1 MARSVLVPPGPDSFRFFTRESLAAIEQRIAEEKAKRPKQERKDEDDENGPKPNSDLEAGKSLPFI 65

Human    66 YGDIPPEMVSVPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAISRFSATPALYILTPFNPIRKLAIKILVHSL 130
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
  Rat    66 YGDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAISRFSATSALYILTPFNPIRKLAIKILVHSL 130

Human   131 FNMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILARGFCLEDFTFLRDPWNWLD 195
            ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   131 FNVLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILARGFCLEDFTFLRDPWNWLD 195

Human   196 FTVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLS 260
            |||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   196 FTVITFAYVTEFVNLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLS 260

Human   261 VFALIGLQLFMGNLRNKCLQWPPDNSSFEINITSFFNNSLDGNGTTFNRTVSIFNWDEYIEDKSH 325
            ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||.|||.|||||::||||||||||||
  Rat   261 VFALIGLQLFMGNLRNKCLQWPPDNSTFEINITSFFNNSLDWNGTAFNRTVNMFNWDEYIEDKSH 325

Human   326 FYFLEGQNDALLCGNSSDAGQCPEGYICVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLY 390
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  Rat   326 FYFLEGQNDALLCGNSSDAGQCPEGYICVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLY 390

Human   391 QLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKK 455
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   391 QLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKK 455

Human   456 QQEEAQAAAAAASAESRDFSGAGGIGVFSESSSVASKLSSKSEKELKNRRKKKKQKEQSGEEEKN 520
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||.
  Rat   456 QQEEAQAAAAAASAESRDFSGAGGIGVFSESSSVASKLSSKSEKELKNRRKKKKQKEQAGEEEKE 520

Human   521 DRVRKSESEDSIRRKGFRFSLEGSRLTYEKRFSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRASLFSFRGRAK 585
            |.||||.||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||.|
  Rat   521 DAVRKSASEDSIRKKGFRFSLEGSRLTYEKRFSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRASLFSFKGRVK 585

Human   586 DIGSENDFADDEHSTFEDNDSRRDSLFVPHRHGERRHSNVSQASRASRVLPILPMNGKMHSAVDC 650
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.:|.|||||||||||||
  Rat   586 DIGSENDFADDEHSTFEDNDSRRDSLFVPHRHGERRPSNVSQASRASRGIPTLPMNGKMHSAVDC 650

Human   651 NGVVSLVGGPSTLTS-AGQLLPEGTTTETEIRKRRSSSYHVSMDLLEDPTSRQRAMSIASILTNT 714
            |||||||||||.||| .|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||:|||||||
  Rat   651 NGVVSLVGGPSALTSPVGQLLPEGTTTETEIRKRRSSSYHVSMDLLEDP-SRQRAMSMASILTNT 714

Human   715 MEELEESRQKCPPCWYKFANMCLIWDCCKPWLKVKHLVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAME 779
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   715 MEELEESRQKCPPCWYKFANMCLIWDCCKPWLKVKHVVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAME 779

Human   780 HYPMTEQFSSVLSVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVSLSLMELGLANVE 844
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  Rat   780 HYPMTEQFSSVLSVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVSLSLMELGLANVE 844

Human   845 GLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKE 909
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  Rat   845 GLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKE 909

Human   910 CVCKISNDCELPRWHMHDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQTMCLTVFMMVMVIGNLVV 974
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  Rat   910 CVCKISNDCELPRWHMHDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQTMCLTVFMMVMVIGNLVV 974

Human   975 LNLFLALLLSSFSSDNLAATDDDNEMNNLQIAVGRMQKGIDFVKRKIREFIQKAFVRKQKALDEI 1039
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   975 LNLFLALLLSSFSSDNLAATDDDNEMNNLQIAVGRMQKGIDFVKRKIREFIQKAFVRKQKALDEI 1039

Human  1040 KPLEDLNNKKDSCISNHTTIEIGKDLNYLKDGNGTTSGIGSSVEKYVVDESDYMSFINNPSLTVT 1104
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  Rat  1040 KPLEDLNNKKDSCISNHTTIEIGKDLNYLKDGNGTTSGIGSSVEKYVVDESDYMSFINNPSLTVT 1104

Human  1105 VPIAVGESDFENLNTEEFSSESDMEESKEKLNATSSSEGSTVDIGAPAEGEQPEVEPEESLEPEA 1169
            ||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
  Rat  1105 VPIALGESDFENLNTEEFSSESDMEESKEKLNATSSSEGSTVDIGAPAEGEQPEAEPEESLEPEA 1169

Human  1170 CFTEDCVRKFKCCQISIEEGKGKLWWNLRKTCYKIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIEQ 1234
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  Rat  1170 CFTEDCVRKFKCCQISIEEGKGKLWWNLRKTCYKIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIEQ 1234

Human  1235 RKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGFQVYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLTANALGYSEL 1299
            |||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1235 RKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGFQMYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLTANALGYSEL 1299

Human  1300 GAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFY 1364
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  Rat  1300 GAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFY 1364

Human  1365 HCINYTTGEMFDVSVVNNYSECKALIESNQTARWKNVKVNFDNVGLGYLSLLQVATFKGWMDIMY 1429
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  Rat  1365 HCINYTTGEMFDVSVVNNYSECQALIESNQTARWKNVKVNFDNVGLGYLSLLQVATFKGWMDIMY 1429

Human  1430 AAVDSRNVELQPKYEDNLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQ 1494
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  Rat  1430 AAVDSRNVELQPKYEDNLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQ 1494

Human  1495 KKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPANKFQGMVFDFVTKQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSQEM 1559
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  Rat  1495 KKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPANKFQGMVFDFVTKQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSQEM 1559

Human  1560 TNILYWINLVFIVLFTGECVLKLISLRYYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTL 1624
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  Rat  1560 TNILYWINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTL 1624

Human  1625 FRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREV 1689
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  Rat  1625 FRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREV 1689

Human  1690 GIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSGPPDCDPDKDHPGSSVKGDCGNPSVGIF 1754
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  Rat  1690 GIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSGPPDCDPEKDHPGSSVKGDCGNPSVGIF 1754

Human  1755 FFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFAKLS 1819
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  Rat  1755 FFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFCKLS 1819

Human  1820 DFADALDPPLLIAKPNKVQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFM 1884
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  Rat  1820 DFAAALDPPLLIAKPNKVQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFM 1884

Human  1885 ASNPSKVSYEPITTTLKRKQEEVSAIIIQRAYRRYLLKQKVKKVSSIYKKDKGKECDGTPIKEDT 1949
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  Rat  1885 ASNPSKVSYEPITTTLKRKQEEVSAIVIQRAYRRYLLKQKVKKVSSIYKKDKGKEDEGTPIKEDI 1949

Human  1950 LIDKLNENSTPEKTDMTPSTTSPPSYDSVTKPEKEKFEKDKSEKEDKGKDIRESKK 2005
            :.|||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1950 ITDKLNENSTPEKTDVTPSTTSPPSYDSVTKPEKEKFEKDKSEKEDKGKDIRESKK 2005

Known Domains:

Indicated by green bases in alignment.

Software error:

Illegal division by zero at /www/www.flyrnai.org/docroot/cgi-bin/DRSC_prot_align.pl line 591.

For help, please send mail to the webmaster (ritg@hms.harvard.edu), giving this error message and the time and date of the error.