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Protein Alignment SCN2A and Scn2a

DIOPT Version :9

Sequence 1:	NP_001035232.1	Gene:	SCN2A / 6326	HGNCID:	10588	Length:	2005	Species:	Homo sapiens
Sequence 2:	NP_001092768.1	Gene:	Scn2a / 110876	MGIID:	98248	Length:	2006	Species:	Mus musculus

Alignment Length:	2006	Identity:	1966/2006 - (98%)
Similarity:	1986/2006 - (99%)	Gaps:	1/2006 - (0%)

- Green bases have known domain annotations that are detailed below.

Human     1 MAQSVLVPPGPDSFRFFTRESLAAIEQRIAEEKAKRPKQERKDEDDENGPKPNSDLEAGKSLPFI 65
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse     1 MAQSVLVPPGPDSFRFFTRESLAAIEQRIAEEKAKRPKQERKDEDDENGPKPNSDLEAGKSLPFI 65

Human    66 YGDIPPEMVSVPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAISRFSATPALYILTPFNPIRKLAIKILVHSL 130
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Mouse    66 YGDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAISRFSATSALYILTPFNPIRKLAIKILVHSL 130

Human   131 FNMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILARGFCLEDFTFLRDPWNWLD 195
            ||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   131 FNVLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILARGFCLEDFTFLRDPWNWLD 195

Human   196 FTVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLS 260
            |||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   196 FTVITFAYVTEFVNLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLS 260

Human   261 VFALIGLQLFMGNLRNKCLQWPPDNSSFEINITSFFNNSLDGNGTTFNRTVSIFNWDEYIEDKSH 325
            ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||.|||.||||:::||||||||||||
Mouse   261 VFALIGLQLFMGNLRNKCLQWPPDNSTFEINITSFFNNSLDWNGTAFNRTMNMFNWDEYIEDKSH 325

Human   326 FYFLEGQNDALLCGNSSDAGQCPEGYICVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLY 390
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   326 FYFLEGQNDALLCGNSSDAGQCPEGYICVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLY 390

Human   391 QLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKK 455
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   391 QLTLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKK 455

Human   456 QQEEAQAAAAAASAESRDFSGAGGIGVFSESSSVASKLSSKSEKELKNRRKKKKQKEQSGEEEKN 520
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||.
Mouse   456 QQEEAQAAAAAASAESRDFSGAGGIGVFSESSSVASKLSSKSEKELKNRRKKKKQKEQAGEEEKE 520

Human   521 DRVRKSESEDSIRRKGFRFSLEGSRLTYEKRFSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRASLFSFRGRAK 585
            |.||||.||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||.|
Mouse   521 DAVRKSASEDSIRKKGFRFSLEGSRLTYEKRFSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRASLFSFKGRVK 585

Human   586 DIGSENDFADDEHSTFEDNDSRRDSLFVPHRHGERRHSNVSQASRASRVLPILPMNGKMHSAVDC 650
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.:|.|||||||||||||
Mouse   586 DIGSENDFADDEHSTFEDNDSRRDSLFVPHRHGERRPSNVSQASRASRGIPTLPMNGKMHSAVDC 650

Human   651 NGVVSLVGGPSTLTS-AGQLLPEGTTTETEIRKRRSSSYHVSMDLLEDPTSRQRAMSIASILTNT 714
            |||||||||||.||| .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||
Mouse   651 NGVVSLVGGPSALTSPVGQLLPEGTTTETEIRKRRSSSYHVSMDLLEDPTSRQRAMSMASILTNT 715

Human   715 MEELEESRQKCPPCWYKFANMCLIWDCCKPWLKVKHLVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAME 779
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   716 MEELEESRQKCPPCWYKFANMCLIWDCCKPWLKVKHVVNLVVMDPFVDLAITICIVLNTLFMAME 780

Human   780 HYPMTEQFSSVLSVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVSLSLMELGLANVE 844
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Mouse   781 HYPMTEQFSSVLSVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVSLSLMELGLANVE 845

Human   845 GLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKE 909
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Mouse   846 GLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKE 910

Human   910 CVCKISNDCELPRWHMHDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQTMCLTVFMMVMVIGNLVV 974
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Mouse   911 CVCKISNDCELPRWHMHDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQTMCLTVFMMVMVIGNLVV 975

Human   975 LNLFLALLLSSFSSDNLAATDDDNEMNNLQIAVGRMQKGIDFVKRKIREFIQKAFVRKQKALDEI 1039
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   976 LNLFLALLLSSFSSDNLAATDDDNEMNNLQIAVGRMQKGIDFVKRKIREFIQKAFVRKQKALDEI 1040

Human  1040 KPLEDLNNKKDSCISNHTTIEIGKDLNYLKDGNGTTSGIGSSVEKYVVDESDYMSFINNPSLTVT 1104
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Mouse  1041 KPLEDLNNKKDSCISNHTTIEIGKDLNYLKDGNGTTSGIGSSVEKYVVDESDYMSFINNPSLTVT 1105

Human  1105 VPIAVGESDFENLNTEEFSSESDMEESKEKLNATSSSEGSTVDIGAPAEGEQPEVEPEESLEPEA 1169
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Mouse  1106 VPIAVGESDFENLNTEEFSSESDMEESKEKLNATSSSEGSTVDIGAPAEGEQPEAEPEESLEPEA 1170

Human  1170 CFTEDCVRKFKCCQISIEEGKGKLWWNLRKTCYKIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIEQ 1234
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Mouse  1171 CFTEDCVRKFKCCQISIEEGKGKLWWNLRKTCYKIVEHNWFETFIVFMILLSSGALAFEDIYIEQ 1235

Human  1235 RKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGFQVYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLTANALGYSEL 1299
            |||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1236 RKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGFQMYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLTANALGYSEL 1300

Human  1300 GAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFY 1364
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Mouse  1301 GAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMGVNLFAGKFY 1365

Human  1365 HCINYTTGEMFDVSVVNNYSECKALIESNQTARWKNVKVNFDNVGLGYLSLLQVATFKGWMDIMY 1429
            ||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1366 HCINYTTGEMFDVSVVNNYSECQALIESNQTARWKNVKVNFDNVGLGYLSLLQVATFKGWMDIMY 1430

Human  1430 AAVDSRNVELQPKYEDNLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQ 1494
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Mouse  1431 AAVDSRNVELQPKYEDNLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQ 1495

Human  1495 KKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPANKFQGMVFDFVTKQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSQEM 1559
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Mouse  1496 KKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPANKFQGMVFDFVTKQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSQEM 1560

Human  1560 TNILYWINLVFIVLFTGECVLKLISLRYYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTL 1624
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Mouse  1561 TNILYWINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTL 1625

Human  1625 FRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREV 1689
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Mouse  1626 FRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREV 1690

Human  1690 GIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSGPPDCDPDKDHPGSSVKGDCGNPSVGIF 1754
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
Mouse  1691 GIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSGPPDCDPEKDHPGSSVKGDCGNPSVGIF 1755

Human  1755 FFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFAKLS 1819
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Mouse  1756 FFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFCKLS 1820

Human  1820 DFADALDPPLLIAKPNKVQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFM 1884
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Mouse  1821 DFAAALDPPLLIAKPNKVQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFM 1885

Human  1885 ASNPSKVSYEPITTTLKRKQEEVSAIIIQRAYRRYLLKQKVKKVSSIYKKDKGKECDGTPIKEDT 1949
            ||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||.:|||||||.
Mouse  1886 ASNPSKVSYEPITTTLKRKQEEVSAIVIQRAYRRYLLKQKVKKVSSIYKKDKGKEDEGTPIKEDI 1950

Human  1950 LIDKLNENSTPEKTDMTPSTTSPPSYDSVTKPEKEKFEKDKSEKEDKGKDIRESKK 2005
            :.|||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1951 ITDKLNENSTPEKTDVTPSTTSPPSYDSVTKPEKEKFEKDKSEKEDKGKDIRESKK 2006

Known Domains:

Indicated by green bases in alignment.

Software error:

Illegal division by zero at /www/www.flyrnai.org/docroot/cgi-bin/DRSC_prot_align.pl line 591.

For help, please send mail to the webmaster (ritg@hms.harvard.edu), giving this error message and the time and date of the error.