DRSC - DRSC Integrative Ortholog Prediction Tool

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Protein Alignment SCN1A and Scn1a

DIOPT Version :9

Sequence 1:	NP_001159435.1	Gene:	SCN1A / 6323	HGNCID:	10585	Length:	2009	Species:	Homo sapiens
Sequence 2:	NP_110502.2	Gene:	Scn1a / 81574	RGDID:	69364	Length:	2009	Species:	Rattus norvegicus

Alignment Length:	2009	Identity:	1973/2009 - (98%)
Similarity:	1997/2009 - (99%)	Gaps:	0/2009 - (0%)

- Green bases have known domain annotations that are detailed below.

Human     1 MEQTVLVPPGPDSFNFFTRESLAAIERRIAEEKAKNPKPDKKDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIY 65
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  Rat     1 MEQTVLVPPGPDSFNFFTRESLAAIERRIAEEKAKNPKPDKKDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIY 65

Human    66 GDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF 130
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat    66 GDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF 130

Human   131 SMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDF 195
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   131 SMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDF 195

Human   196 TVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSV 260
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   196 TVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSV 260

Human   261 FALIGLQLFMGNLRNKCIQWPPTNASLEEHSIEKNITVNYNGTLINETVFEFDWKSYIQDSRYHY 325
            |||||||||||||||||:|||||||||||||||||:|.:|||||:||||||||||||||||||||
  Rat   261 FALIGLQLFMGNLRNKCVQWPPTNASLEEHSIEKNVTTDYNGTLVNETVFEFDWKSYIQDSRYHY 325

Human   326 FLEGFLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQL 390
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   326 FLEGVLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQL 390

Human   391 TLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMIEQLKKQQ 455
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  Rat   391 TLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKKQQ 455

Human   456 EAAQQAATATASEHSREPSAAGRLSDSSSEASKLSSKSAKERRNRRKKRKQKEQSGGEEKDEDEF 520
            |||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
  Rat   456 EAAQQAAAATASEHSREPSAAGRLSDSSSEASKLSSKSAKERRNRRKKRKQKEQSGGEEKDDDEF 520

Human   521 QKSESEDSIRRKGFRFSIEGNRLTYEKRYSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRTSLFSFRGRAKDVG 585
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   521 HKSESEDSIRRKGFRFSIEGNRLTYEKRYSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRTSLFSFRGRAKDVG 585

Human   586 SENDFADDEHSTFEDNESRRDSLFVPRRHGERRNSNLSQTSRSSRMLAVFPANGKMHSTVDCNGV 650
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||
  Rat   586 SENDFADDEHSTFEDNESRRDSLFVPRRHGERRNSNLSQTSRSSRMLAGLPANGKMHSTVDCNGV 650

Human   651 VSLVGGPSVPTSPVGQLLPEVIIDKPATDDNGTTTETEMRKRRSSSFHVSMDFLEDPSQRQRAMS 715
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  Rat   651 VSLVGGPSVPTSPVGQLLPEVIIDKPATDDNGTTTETEMRKRRSSSFHVSMDFLEDPSQRQRAMS 715

Human   716 IASILTNTVEELEESRQKCPPCWYKFSNIFLIWDCSPYWLKVKHVVNLVVMDPFVDLAITICIVL 780
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
  Rat   716 IASILTNTVEELEESRQKCPPCWYKFSNIFLIWDCSPYWLKVKHIVNLVVMDPFVDLAITICIVL 780

Human   781 NTLFMAMEHYPMTDHFNNVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLV 845
            |||||||||||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   781 NTLFMAMEHYPMTEHFNHVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLV 845

Human   846 ELGLANVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQ 910
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  Rat   846 ELGLANVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQ 910

Human   911 LFGKSYKDCVCKIASDCQLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLTVFMMV 975
            ||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   911 LFGKSYKDCVCKIATDCKLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLTVFMMV 975

Human   976 MVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFIR 1040
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|
  Rat   976 MVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFVR 1040

Human  1041 KQKILDEIKPLDDLNNKKDSCMSNHTAEIGKDLDYLKDVNGTTSGIGTGSSVEKYIIDESDYMSF 1105
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  Rat  1041 KQKILDEIKPLDDLNNRKDNCTSNHTTEIGKDLDCLKDVNGTTSGIGTGSSVEKYIIDESDYMSF 1105

Human  1106 INNPSLTVTVPIAVGESDFENLNTEDFSSESDLEESKEKLNESSSSSEGSTVDIGAPVEEQPVVE 1170
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||:|
  Rat  1106 INNPSLTVTVPIAVGESDFENLNTEDFSSESDLEESKEKLNESSSSSEGSTVDIGAPAEEQPVME 1170

Human  1171 PEETLEPEACFTEGCVQRFKCCQINVEEGRGKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL 1235
            ||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1171 PEETLEPEACFTEGCVQRFKCCQISVEEGRGKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL 1235

Human  1236 AFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLT 1300
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1236 AFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLT 1300

Human  1301 ANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMG 1365
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  Rat  1301 ANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMG 1365

Human  1366 VNLFAGKFYHCINTTTGDRFDIEDVNNHTDCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVAT 1430
            |||||||||||:||||||.|:|.:||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1366 VNLFAGKFYHCVNTTTGDTFEITEVNNHSDCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVAT 1430

Human  1431 FKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGG 1495
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1431 FKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGG 1495

Human  1496 QDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMV 1560
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1496 QDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMV 1560

Human  1561 ETDDQSEYVTTILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELI 1625
            ||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1561 ETDDQSDYVTSILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELI 1625

Human  1626 EKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMS 1690
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  Rat  1626 EKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMS 1690

Human  1691 NFAYVKREVGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGD 1755
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  Rat  1691 NFAYVKREVGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGD 1755

Human  1756 CGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDAT 1820
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  Rat  1756 CGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDAT 1820

Human  1821 QFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDAL 1885
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  Rat  1821 QFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDAL 1885

Human  1886 RIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTLKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKIKGG 1950
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  Rat  1886 RIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTLKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKLKGG 1950

Human  1951 ANLLIKEDMIIDRINENSITEKTDLTMSTAACPPSYDRVTKPIVEKHEQEGKDEKAKGK 2009
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  Rat  1951 ANLLVKEDMIIDRINENSITEKTDLTMSTAACPPSYDRVTKPIVEKHEQEGKDEKAKGK 2009

Known Domains:

Indicated by green bases in alignment.

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
SCN1A	NP_001159435.1	Disordered. /evidence=ECO:0000256\|SAM:MobiDB-lite	28..60		31/31 (100%)
		I. /evidence=ECO:0000305	110..454		336/343 (98%)
		Ion_trans	127..433	CDD:306908	299/305 (98%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256\|SAM:MobiDB-lite	455..529		70/73 (96%)
		Na_trans_cytopl	510..705	CDD:314757	190/194 (98%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256\|SAM:MobiDB-lite	584..627		42/42 (100%)
		II. /evidence=ECO:0000305	750..1022		266/271 (98%)
		Ion_trans	767..980	CDD:306908	208/212 (98%)
		Na_trans_assoc	1006..1213	CDD:310839	197/206 (96%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256\|SAM:MobiDB-lite	1129..1163		33/33 (100%)
		III. /evidence=ECO:0000305	1200..1514		307/313 (98%)
		Ion_trans	1217..1492	CDD:306908	268/274 (98%)
		Na_channel_gate	1484..1536	CDD:240441	51/51 (100%)
		IV. /evidence=ECO:0000305	1523..1821		295/297 (99%)
		Ion_trans	1540..1796	CDD:306908	253/255 (99%)
		S1-S2 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000250\|UniProtKB:A2APX8	1561..1571		8/9 (89%)
		S3b-S4 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000250\|UniProtKB:A2APX8	1619..1636		16/16 (100%)
		GPHH	1800..1863	CDD:318993	62/62 (100%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256\|SAM:MobiDB-lite	1986..2009		22/22 (100%)
Scn1a	NP_110502.2	Disordered. /evidence=ECO:0000256\|SAM:MobiDB-lite	28..60		31/31 (100%)
		I. /evidence=ECO:0000305	110..454		336/343 (98%)
		Ion_trans	127..433	CDD:395416	299/305 (98%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256\|SAM:MobiDB-lite	458..528		66/69 (96%)
		Na_trans_cytopl	510..718	CDD:403218	203/207 (98%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256\|SAM:MobiDB-lite	584..628		43/43 (100%)
		II. /evidence=ECO:0000305	750..1022		266/271 (98%)
		Ion_trans	767..980	CDD:395416	208/212 (98%)
		Na_trans_assoc	1006..1213	CDD:399489	197/206 (96%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256\|SAM:MobiDB-lite	1129..1163		33/33 (100%)
		III. /evidence=ECO:0000305	1200..1514		307/313 (98%)
		Ion_trans	1217..1492	CDD:395416	268/274 (98%)
		Na_channel_gate	1484..1536	CDD:240441	51/51 (100%)
		IV. /evidence=ECO:0000305	1523..1821		295/297 (99%)
		Ion_trans	1540..1796	CDD:395416	253/255 (99%)
		S1-S2 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000250\|UniProtKB:A2APX8	1561..1571		8/9 (89%)
		S3b-S4 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000250\|UniProtKB:A2APX8	1619..1636		16/16 (100%)
		GPHH	1808..1855	CDD:407139	46/46 (100%)
		Disordered. /evidence=ECO:0000256\|SAM:MobiDB-lite	1986..2009		22/22 (100%)

Information from Original Tools:

Tool	Simple Score	Weighted Score	Original Tool Information
Tool	Simple Score	Weighted Score	BLAST Result	Score	Score Type	Cluster ID
Compara	1	0.930	-	-		C83694716
Domainoid	1	1.000	621	1.000	Domainoid score	I4550
eggNOG	0	0.000	Not matched by this tool.
HGNC	1	1.500	-	-
Hieranoid	1	1.000	-	-
Homologene	1	1.000	-	-		H21375
Inparanoid	1	1.050	3951	1.000	Inparanoid score	I228
NCBI	0	0.000	Not matched by this tool.
OMA	1	1.010	-	-		QHG52281
OrthoDB	1	1.010	-	-		D10241at32523
OrthoFinder	1	1.000	-	-		FOG0000268
OrthoInspector	1	1.000	-	-		oto128660
orthoMCL	1	0.900	-	-		OOG6_100419
Panther	1	1.100	-	-	LDO	PTHR10037
Phylome	1	0.910	-	-
SonicParanoid	1	1.000	-	-		X214
SwiftOrtho	1	1.000	-	-
TreeFam	0	0.000	Not matched by this tool.
	15	15.410