DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment SCN1A and Scn1a

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_001159435.1 Gene:SCN1A / 6323 HGNCID:10585 Length:2009 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_001300926.1 Gene:Scn1a / 20265 MGIID:98246 Length:2009 Species:Mus musculus


Alignment Length:2009 Identity:1972/2009 - (98%)
Similarity:2000/2009 - (99%) Gaps:0/2009 - (0%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MEQTVLVPPGPDSFNFFTRESLAAIERRIAEEKAKNPKPDKKDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIY 65
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse     1 MEQTVLVPPGPDSFNFFTRESLAAIERRIAEEKAKNPKPDKKDDDENGPKPNSDLEAGKNLPFIY 65

Human    66 GDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF 130
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse    66 GDIPPEMVSEPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAIFRFSATSALYILTPFNPLRKIAIKILVHSLF 130

Human   131 SMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDF 195
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   131 SMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKIIARGFCLEDFTFLRDPWNWLDF 195

Human   196 TVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSV 260
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   196 TVITFAYVTEFVDLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKTIVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSV 260

Human   261 FALIGLQLFMGNLRNKCIQWPPTNASLEEHSIEKNITVNYNGTLINETVFEFDWKSYIQDSRYHY 325
            |||||||||||||||||:|||||||||||||||||||::|||||:||||||||||||||||||||
Mouse   261 FALIGLQLFMGNLRNKCVQWPPTNASLEEHSIEKNITMDYNGTLVNETVFEFDWKSYIQDSRYHY 325

Human   326 FLEGFLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQL 390
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   326 FLEGVLDALLCGNSSDAGQCPEGYMCVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQL 390

Human   391 TLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMIEQLKKQQ 455
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||
Mouse   391 TLRAAGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKKQQ 455

Human   456 EAAQQAATATASEHSREPSAAGRLSDSSSEASKLSSKSAKERRNRRKKRKQKEQSGGEEKDEDEF 520
            |||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
Mouse   456 EAAQQAAATTASEHSREPSAAGRLSDSSSEASKLSSKSAKERRNRRKKRKQKEQSGGEEKDDDEF 520

Human   521 QKSESEDSIRRKGFRFSIEGNRLTYEKRYSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRTSLFSFRGRAKDVG 585
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   521 HKSESEDSIRRKGFRFSIEGNRLTYEKRYSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRTSLFSFRGRAKDVG 585

Human   586 SENDFADDEHSTFEDNESRRDSLFVPRRHGERRNSNLSQTSRSSRMLAVFPANGKMHSTVDCNGV 650
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   586 SENDFADDEHSTFEDNESRRDSLFVPRRHGERRNSNLSQTSRSSRMLAVFPANGKMHSTVDCNGV 650

Human   651 VSLVGGPSVPTSPVGQLLPEVIIDKPATDDNGTTTETEMRKRRSSSFHVSMDFLEDPSQRQRAMS 715
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   651 VSLVGGPSVPTSPVGQLLPEVIIDKPATDDNGTTTETEMRKRRSSSFHVSMDFLEDPSQRQRAMS 715

Human   716 IASILTNTVEELEESRQKCPPCWYKFSNIFLIWDCSPYWLKVKHVVNLVVMDPFVDLAITICIVL 780
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||
Mouse   716 IASILTNTVEELEESRQKCPPCWYKFSNIFLIWDCSPYWLKVKHIVNLVVMDPFVDLAITICIVL 780

Human   781 NTLFMAMEHYPMTDHFNNVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLV 845
            |||||||||||||:|||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   781 NTLFMAMEHYPMTEHFNHVLTVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPYYYFQEGWNIFDGFIVTLSLV 845

Human   846 ELGLANVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQ 910
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   846 ELGLANVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGNSVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQ 910

Human   911 LFGKSYKDCVCKIASDCQLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLTVFMMV 975
            ||||||||||||||:||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse   911 LFGKSYKDCVCKIATDCKLPRWHMNDFFHSFLIVFRVLCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLTVFMMV 975

Human   976 MVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGVAYVKRKIYEFIQQSFIR 1040
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||::
Mouse   976 MVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADNLAATDDDNEMNNLQIAVDRMHKGIAYVKRKIYEFIQQSFVK 1040

Human  1041 KQKILDEIKPLDDLNNKKDSCMSNHTAEIGKDLDYLKDVNGTTSGIGTGSSVEKYIIDESDYMSF 1105
            ||||||||||||||||:||:|:||||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1041 KQKILDEIKPLDDLNNRKDNCISNHTTEIGKDLDCLKDVNGTTSGIGTGSSVEKYIIDESDYMSF 1105

Human  1106 INNPSLTVTVPIAVGESDFENLNTEDFSSESDLEESKEKLNESSSSSEGSTVDIGAPVEEQPVVE 1170
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||:|
Mouse  1106 INNPSLTVTVPIAVGESDFENLNTEDFSSESDLEESKEKLNESSSSSEGSTVDIGAPAEEQPVIE 1170

Human  1171 PEETLEPEACFTEGCVQRFKCCQINVEEGRGKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL 1235
            ||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1171 PEETLEPEACFTEGCVQRFKCCQISVEEGRGKQWWNLRRTCFRIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL 1235

Human  1236 AFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLT 1300
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1236 AFEDIYIDQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGYQTYFTNAWCWLDFLIVDVSLVSLT 1300

Human  1301 ANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMG 1365
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1301 ANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCLIFWLIFSIMG 1365

Human  1366 VNLFAGKFYHCINTTTGDRFDIEDVNNHTDCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVAT 1430
            |||||||||||:||||||.|:|.:||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1366 VNLFAGKFYHCVNTTTGDIFEISEVNNHSDCLKLIERNETARWKNVKVNFDNVGFGYLSLLQVAT 1430

Human  1431 FKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGG 1495
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1431 FKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEESLYMYLYFVIFIIFGSFFTLNLFIGVIIDNFNQQKKKFGG 1495

Human  1496 QDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMV 1560
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1496 QDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPGNKFQGMVFDFVTRQVFDISIMILICLNMVTMMV 1560

Human  1561 ETDDQSEYVTTILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELI 1625
            ||||||:|||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1561 ETDDQSDYVTSILSRINLVFIVLFTGECVLKLISLRHYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELI 1625

Human  1626 EKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMS 1690
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1626 EKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKGIRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMS 1690

Human  1691 NFAYVKREVGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGD 1755
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1691 NFAYVKREVGIDDMFNFETFGNSMICLFQITTSAGWDGLLAPILNSKPPDCDPNKVNPGSSVKGD 1755

Human  1756 CGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDAT 1820
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1756 CGNPSVGIFFFVSYIIISFLVVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDAT 1820

Human  1821 QFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDAL 1885
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1821 QFMEFEKLSQFAAALEPPLNLPQPNKLQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDAL 1885

Human  1886 RIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTLKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKIKGG 1950
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||
Mouse  1886 RIQMEERFMASNPSKVSYQPITTTLKRKQEEVSAVIIQRAYRRHLLKRTVKQASFTYNKNKLKGG 1950

Human  1951 ANLLIKEDMIIDRINENSITEKTDLTMSTAACPPSYDRVTKPIVEKHEQEGKDEKAKGK 2009
            ||||:||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mouse  1951 ANLLVKEDMLIDRINENSITEKTDLTMSTAACPPSYDRVTKPIVEKHEQEGKDEKAKGK 2009

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
SCN1ANP_001159435.1 Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 28..60 31/31 (100%)
I. /evidence=ECO:0000305 110..454 337/343 (98%)
Ion_trans 127..433 CDD:306908 300/305 (98%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 455..529 69/73 (95%)
Na_trans_cytopl 510..705 CDD:314757 192/194 (99%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 584..627 42/42 (100%)
II. /evidence=ECO:0000305 750..1022 266/271 (98%)
Ion_trans 767..980 CDD:306908 208/212 (98%)
Na_trans_assoc 1006..1213 CDD:310839 195/206 (95%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1129..1163 33/33 (100%)
III. /evidence=ECO:0000305 1200..1514 307/313 (98%)
Ion_trans 1217..1492 CDD:306908 268/274 (98%)
Na_channel_gate 1484..1536 CDD:240441 51/51 (100%)
IV. /evidence=ECO:0000305 1523..1821 295/297 (99%)
Ion_trans 1540..1796 CDD:306908 253/255 (99%)
S1-S2 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:A2APX8 1561..1571 8/9 (89%)
S3b-S4 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:A2APX8 1619..1636 16/16 (100%)
GPHH 1800..1863 CDD:318993 62/62 (100%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1986..2009 22/22 (100%)
Scn1aNP_001300926.1 Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 28..60 31/31 (100%)
I. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:P04774 110..454 337/343 (98%)
Ion_trans 127..433 CDD:366146 300/305 (98%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 455..528 68/72 (94%)
Na_trans_cytopl 510..718 CDD:371806 205/207 (99%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 584..627 42/42 (100%)
II. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:P04774 750..1022 266/271 (98%)
Ion_trans 767..980 CDD:366146 208/212 (98%)
Na_trans_assoc 1006..1213 CDD:368948 195/206 (95%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1129..1163 33/33 (100%)
III. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:P04774 1200..1514 307/313 (98%)
Ion_trans 1217..1492 CDD:366146 268/274 (98%)
Na_channel_gate 1484..1536 CDD:240441 51/51 (100%)
IV. /evidence=ECO:0000250|UniProtKB:P04774 1523..1821 295/297 (99%)
Ion_trans 1540..1796 CDD:366146 253/255 (99%)
S1-S2 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000269|PubMed:27281198 1561..1571 8/9 (89%)
S3b-S4 loop of repeat IV. /evidence=ECO:0000269|PubMed:27281198 1619..1636 16/16 (100%)
GPHH 1808..1855 CDD:374878 46/46 (100%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1984..2009 24/24 (100%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 1 0.930 - - C83971410
Domainoid 1 1.000 622 1.000 Domainoid score I4796
eggNOG 00.000 Not matched by this tool.
HGNC 1 1.500 - -
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 1 1.000 - - H21375
Inparanoid 1 1.050 3950 1.000 Inparanoid score I274
Isobase 00.000 Not matched by this tool.
NCBI 00.000 Not matched by this tool.
OMA 1 1.010 - - QHG52281
OrthoDB 1 1.010 - - D10241at32523
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0000268
OrthoInspector 1 1.000 - - oto112090
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_100419
Panther 1 1.100 - - LDO PTHR10037
Phylome 1 0.910 - -
RoundUp 1 1.030 - avgDist Average_Evolutionary_Distance R13952
SonicParanoid 1 1.000 - - X214
SwiftOrtho 00.000 Not matched by this tool.
TreeFam 00.000 Not matched by this tool.
1515.440

Return to query results.
Submit another query.