Protein Alignment UPF1 and upf1

DIOPT Version :10

• Sequence 1: XP_016882594.1
• Gene: UPF1 / 5976
• HGNCID: 9962
• Length: 1137
• Species: Homo sapiens
• Sequence 2: XP_002938872.2
• Gene: upf1 / 100135270
• XenbaseID: XB-GENE-6258022
• Length: 1100
• Species: Xenopus tropicalis
• Alignment Length: 1139
• Identity: 1069/1139 - (93%)
• Similarity: 1077/1139 - (94%)
• Gaps: 41/1139 - (3%)

Human     1 MSVEAYGPSSQTLTFLDTEEAELLGADTQGSEFEFTDFTLPSQTQTPPGGPGGPGGGGAGGPGGA 65
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog     1 MSVEAYGPSSQTLTFLDTEEAELLGADTQGSEFEFTDFTLPSQTQT------------------- 46

Human    66 GAGAAAGQLDAQV-GPEGILQNGAVDDSVAKTSQLLAELNFEEDEEDTYYTKDLPIHACSYCGIH 129
             .|.:..|||.|| ||:|:||||.|||.|.||||||.||||||||||||||||||:|||||||||
 Frog    47 -QGQSQNQLDGQVNGPDGMLQNGTVDDGVGKTSQLLGELNFEEDEEDTYYTKDLPVHACSYCGIH 110

Human   130 DPACVVYCNTSKKWFCNGRGNTSGSHIVNHLVRAKCKEVTLHKDGPLGETVLECYNCGCRNVFLL 194
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   111 DPACVVYCNTSKKWFCNGRGNTSGSHIVNHLVRAKCKEVTLHKDGPLGETVLECYNCGCRNVFLL 175

Human   195 GFIPAKADSVVVLLCRQPCASQSSLKDINWDSSQWQPLIQDRCFLSWLVKIPSEQEQLRARQITA 259
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   176 GFIPAKADSVVVLLCRQPCASQSSLKDINWDSSQWQPLIQDRCFLSWLVKIPSEQEQLRARQITA 240

Human   260 QQINKLEELWKENPSATLEDLEKPGVDEEPQHVLLRYEDAYQYQNIFGPLVKLEADYDKKLKESQ 324
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   241 QQINKLEELWKENPSATLEDLEKPGVDEEPQHVLLRYEDAYQYQNIFGPLVKLEADYDKKLKESQ 305

Human   325 TQDNITVRWDLGLNKKRIAYFTLPKTDSGNEDLVIIWLRDMRLMQGDEICLRYKGDLAPLWKGIG 389
            ||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||
 Frog   306 TQDNITVRWDLGLNKKRIAYFTLPKTDS-----------DMRLMQGDEICLRYKGDLAPLWKGIG 359

Human   390 HVIKVPDNANLTQHTDYGDEIAIELRSSVGAPVEVTHNFQVDFVWKSTSFDRMQSALKTFAVDET 454
            ||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   360 HVIKVPDN--------YGDEIAIELRSSVGAPVEVTHNFQVDFVWKSTSFDRMQSALKTFAVDET 416

Human   455 SVSGYIYHKLLGHEVEDVIIKCQLPKRFTAQGLPDLNHSQVYAVKTVLQRPLSLIQGPPGTGKTV 519
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   417 SVSGYIYHKLLGHEVEDVIIKCQLPKRFTAQGLPDLNHSQVYAVKTVLQRPLSLIQGPPGTGKTV 481

Human   520 TSATIVYHLARQGNGPVLVCAPSNIAVDQLTEKIHQTGLKVVRLCAKSREAIDSPVSFLALHNQI 584
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   482 TSATIVYHLARQGNGPVLVCAPSNIAVDQLTEKIHQTGLKVVRLCAKSREAIDSPVSFLALHNQI 546

Human   585 RNMDSMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLMNADVICCTCVGAGDPRLAKMQF 649
            |||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   547 RNMESMPELQKLQQLKDETGELSSADEKRYRALKRTAERELLMNADVICCTCVGAGDPRLAKMQF 611

Human   650 RSILIDESTQATEPECMVPVVLGAKQLILVGDHCQLGPVVMCKKAAKAGLSQSLFERLVVLGIRP 714
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   612 RSILIDESTQATEPECMVPVVLGAKQLILVGDHCQLGPVVMCKKAAKAGLSQSLFERLVVLGIRP 676

Human   715 IRLQVQYRMHPALSAFPSNIFYEGSLQNGVTAADRVKKGFDFQWPQPDKPMFFYVTQGQEEIASS 779
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   677 IRLQVQYRMHPALSAFPSNIFYEGSLQNGVTAADRVKKGFDFQWPQPDKPMFFYVTQGQEEIASS 741

Human   780 GTSYLNRTEAANVEKITTKLLKAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGSLHTKLYQEVEIAS 844
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   742 GTSYLNRTEAANVEKITTKLLKAGAKPDQIGIITPYEGQRSYLVQYMQFSGSLHTKLYQEVEIAS 806

Human   845 VDAFQGREKDFIILSCVRANEHQGIGFLNDPRRLNVALTRARYGVIIVGNPKALSKQPLWNHLLN 909
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   807 VDAFQGREKDFIILSCVRANEHQGIGFLNDPRRLNVALTRARYGVIIVGNPKALSKQPLWNHLLN 871

Human   910 YYKEQKVLVEGPLNNLRESLMQFSKPRKLVNTINPGARFMTTAMYDAREAIIPGSVYDRSSQGRP 974
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   872 YYKEQKVLVEGPLNNLRESLMQFSKPRKLVNTINPGARFMTTAMYDAREAIIPGSVYDRSSQGRP 936

Human   975 SSMYFQTHDQIGMISAGPSHVAAMNIPIPFNLVMPPMPPPGYFGQANGPAAGRGTPKGKTGRGGR 1039
            |:||||||||||||.:|||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||..||||
 Frog   937 SNMYFQTHDQIGMIGSGPSHVTAMNIPIPFNLVMPPMPPPGYFGQANGPAPGRGMPKGKATRGGR 1001

Human  1040 QKNR-FGLPGPSQTNLPNSQASQDVASQPFSQGALTQGYISMSQPSQMSQPGLSQPELSQDSYLG 1103
            ||.| .||||.||.|:|||||||||.|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog  1002 QKQRGIGLPGMSQGNMPNSQASQDVVSQPFSQGPLTQGYISMSQPSQMSQPGLSQPELSQDSYLG 1066

Human  1104 DEFKSQIDVALSQDSTYQGERAYQHGGVTGLSQY 1137
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog  1067 DEFKSQIDVALSQDSTYQGERAYQHGGVTGLSQY 1100

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
UPF1	XP_016882594.1	UPF1_Zn_bind	121..272	CDD:401391	150/150 (100%)
		TIGR00376	370..919	CDD:273041	539/548 (98%)
		DEXXQc_UPF1	489..722	CDD:350797	231/232 (100%)
upf1	XP_002938872.2	UPF1_Zn_bind	102..253	CDD:401391	150/150 (100%)
		TIGR00376	329..881	CDD:273041	550/570 (96%)
		DEXXQc_UPF1	451..684	CDD:350797	231/232 (100%)