DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment CHD7 and Chd7

DIOPT Version :10

Sequence 1:XP_011515855.1 Gene:CHD7 / 55636 HGNCID:20626 Length:3027 Species:Homo sapiens
Sequence 2:NP_001101376.2 Gene:Chd7 / 312974 RGDID:1311921 Length:2985 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:3030 Identity:2836/3030 - (93%)
Similarity:2903/3030 - (95%) Gaps:48/3030 - (1%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MADPGMMSLFGEDGNIFSEGLEGLGECGYPENPVNPMGQQMPIDQGFASLQPSLHHPSTNQNQTK 65
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||
  Rat     1 MADPGMMSLFGEDGNIFSEGLEGLGECGYPENPVNPMGQQMPIDQGFPSLQPSLHHPSPNQNQTK 65

Human    66 LTHFDHYNQYEQQKMHLMDQPNRMMSNTPGNGLASPHSQYHTPPVPQVPH-GGSGGGQMGVYPGM 129
            ||||||||||| |||||||||||||.:.|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
  Rat    66 LTHFDHYNQYE-QKMHLMDQPNRMMGSAPGNGLASPHSQYHTPPVPQVPHGGGSGGGQMGVYPGM 129

Human   130 QNERHGQSFVDSSSMWGPRAVQVPDQIRAPYQQQQPQPQPPQPAPSGPPAQGHPQHMQQMGSYMA 194
            ||:||||||||..||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||:|
  Rat   130 QNDRHGQSFVDGGSMWGPRAVQVPDQIRAPYQQQQ-----PQPAPSGPPAQGHPQHMQQMGSYLA 189

Human   195 RGDFSMQQHGQPQQRMSQFSQGQEGLNQGNPFIATSGP-GHLSHVPQQSPSMAPSLRHSV-QQFH 257
            |||||||   ||||||||||||||||:||:|||||||| |||||:|||||::||||||.| ||||
  Rat   190 RGDFSMQ---QPQQRMSQFSQGQEGLSQGSPFIATSGPGGHLSHMPQQSPNIAPSLRHPVQQQFH 251

Human   258 HHPSTALHGESVAHSPRFSPNPPQQGAVRPQTLNFSSRSQTVPSPTINNSGQYSRYPYSNLNQGL 322
            |||: |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||.|||.||||||
  Rat   252 HHPA-ALHGESVAHSPRFSPNPPQQGAVRPQTLNFSSRSQTVPSPTVNNSGQYSPYPYRNLNQGL 315

Human   323 VNNTGMNQNLGLTNNTPMNQSVPRYPNAVGFPSNSGQGLMHQQPIHPSGSLNQMNTQTMHPSQPQ 387
            ||:|||||||||||:|||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||
  Rat   316 VNSTGMNQNLGLTNSTPMNQSVPRYPNAVGFPSNSGQGLMLQQPIHSSGSLNQMNTQTMHPSQPQ 380

Human   388 GTYASPPPMSPMKAMSNPAGTPPPQVRPGSAGIPMEVGSYPNMPHPQPSHQPPGAMGIGQRNMGP 452
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   381 GTYASPPPMSPMKAMSNPAGTPPPQVRPGSAGIPMDVGSYPNMPHPQPSHQPPGAMGIGQRNMGP 445

Human   453 RNMQQSRPFIGMSSAPRELTGHMRPNGCPGVGLGDPQAIQERLIPGQQHPGQQPSFQQLPTCPPL 517
            ||:||.|||:||||.||||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||.||||||||||
  Rat   446 RNIQQPRPFMGMSSTPRELTGHMRPNGCPGVGLADAQAIQERLIPGQQHPGQQPPFQQLPTCPPL 510

Human   518 QPHPGLHHQSSPPHPHHQPWAQLHPSPQNTPQKVPVHQHSPSEPFLEKPVPDMTQVSGPNAQLVK 582
            |||||| |||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||
  Rat   511 QPHPGL-HQSSPPHPHHQPWAQLHPSPQNTPQKVPVRQHSPSEPFLEKPVPDMTQVSGQNAQLVK 574

Human   583 SDDYLPSIEQQPQQKKKKKKNNHIVAEDPSKGFGKDDFPGGVDNQELNRNSLDGSQEEKKKKKRS 647
            ||||||||||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||||:|||||.||||.||:||.
  Rat   575 SDDYLPSIEQQPQQKKKKKKNNHIAAGDPSKGFGKDDFPGGVDNQELSRNSLDASQEETKKRKRP 639

Human   648 KAKKDPKEPKEPKEKKEPKEPKTPKAPKIPKEPKEKKAKTATPKPKSSKKSSNKKPDSEASALKK 712
            |.||||||.|||:||   ||||||||||.||||||:||||.||||||||||||||||||||||||
  Rat   640 KVKKDPKELKEPREK---KEPKTPKAPKTPKEPKERKAKTVTPKPKSSKKSSNKKPDSEASALKK 701

Human   713 KVNKGKTEGSENSDLDKTPPPSPPPEEDEDPGVQKRRSSRQVKRKRYTEDLEFKISDEEADDADA 777
            |||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   702 KVNKGKTEGSENSDLDKTPPPSPGPEEDEDPGVQKRRSSRQVKRKRYTEDLEFKISDEEADDADA 766

Human   778 AGRDSPSNTSQSEQQESVDAEGPVVEKIMSSRSVKKQKESGEEVEIEEFYVKYKNFSYLHCQWAS 842
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||:|||||||||||||||||||
  Rat   767 AGRDSPSNTSQSEQQESVDAEGPVVEKIMSSRLVKKQKESGEEVEVEEFYVKYKNFSYLHCQWAS 831

Human   843 IEDLEKDKRIQQKIKRFKAKQGQNKFLSEIEDELFNPDYVEVDRIMDFARSTDDRGEPVTHYLVK 907
            :|||||||||||||||||:||||:||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   832 VEDLEKDKRIQQKIKRFKSKQGQSKFLSEIEDDLFNPDYVEVDRIMDFARSTDDRGEPVTHYLVK 896

Human   908 WCSLPYEDSTWERRQDIDQAKIEEFEKLMSREPETERVERPPADDWKKSESSREYKNNNKLREYQ 972
            ||||||||||||.|||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   897 WCSLPYEDSTWELRQDLDQAKIEEFEKLMSREPETERVERPPADDWKKSESSREYKNNNKLREYQ 961

Human   973 LEGVNWLLFNWYNMRNCILADEMGLGKTIQSITFLYEIYLKGIHGPFLVIAPLSTIPNWEREFRT 1037
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat   962 LEGVNWLLFNWYNMRNCILADEMGLGKTIQSITFLYEIYLKGIHGPFLVIAPLSTIPNWEREFRT 1026

Human  1038 WTELNVVVYHGSQASRRTIQLYEMYFKDPQGRVIKGSYKFHAIITTFEMILTDCPELRNIPWRCV 1102
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1027 WTELNVVVYHGSQASRRTIQLYEMYFKDPQGRVIKGSYKFHAIITTFEMILTDCPELRNIPWRCV 1091

Human  1103 VIDEAHRLKNRNCKLLEGLKMMDLEHKVLLTGTPLQNTVEELFSLLHFLEPSRFPSETTFMQEFG 1167
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1092 VIDEAHRLKNRNCKLLEGLKMMDLEHKVLLTGTPLQNTVEELFSLLHFLEPSRFPSETTFMQEFG 1156

Human  1168 DLKTEEQVQKLQAILKPMMLRRLKEDVEKNLAPKEETIIEVELTNIQKKYYRAILEKNFTFLSKG 1232
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1157 DLKTEEQVQKLQAILKPMMLRRLKEDVEKNLAPKEETIIEVELTNIQKKYYRAILEKNFTFLSKG 1221

Human  1233 GGQANVPNLLNTMMELRKCCNHPYLINGAEEKILEEFKETHNAESPDFQLQAMIQAAGKLVLIDK 1297
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:.|||:|||||||||||||||||||||
  Rat  1222 GGQANVPNLLNTMMELRKCCNHPYLINGAEEKILEEFKDAHNADSPDFQLQAMIQAAGKLVLIDK 1286

Human  1298 LLPKLKAGGHRVLIFSQMVRCLDILEDYLIQRRYPYERIDGRVRGNLRQAAIDRFSKPDSDRFVF 1362
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1287 LLPKLKAGGHRVLIFSQMVRCLDILEDYLIQRRYPYERIDGRVRGNLRQAAIDRFSKPDSDRFVF 1351

Human  1363 LLCTRAGGLGINLTAADTCIIFDSDWNPQNDLQAQARCHRIGQSKSVKIYRLITRNSYEREMFDK 1427
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1352 LLCTRAGGLGINLTAADTCIIFDSDWNPQNDLQAQARCHRIGQSKSVKIYRLITRNSYEREMFDK 1416

Human  1428 ASLKLGLDKAVLQSMSGRENATNGVQQLSKKEIEDLLRKGAYGALMDEEDEGSKFCEEDIDQILL 1492
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1417 ASLKLGLDKAVLQSMSGRENATNGVQQLSKKEIEDLLRKGAYGALMDEEDEGSKFCEEDIDQILL 1481

Human  1493 RRTHTITIESEGKGSTFAKASFVASGNRTDISLDDPNFWQKWAKKAELDIDALNGRNNLVIDTPR 1557
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1482 RRTHTITIESEGKGSTFAKASFVASGNRTDISLDDPNFWQKWAKKAELDIDALNGRNNLVIDTPR 1546

Human  1558 VRKQTRLYSAVKEDELMEFSDLESDSEEKPCAKPRRPQDKSQGYARSECFRVEKNLLVYGWGRWT 1622
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||:||||||||||||||||||||||||
  Rat  1547 VRKQTRLYSAVKEDELMEFSDLESDSEEKPCIKPRRPQDKTQGYARSECFRVEKNLLVYGWGRWT 1611

Human  1623 DILSHGRYKRQLTEQDVETICRTILVYCLNHYKGDENIKSFIWDLITPTADGQTRALVNHSGLSA 1687
            ||||||||||||||.|||||||.|||||||||:||||||||||||||||||||||||:|||||||
  Rat  1612 DILSHGRYKRQLTEHDVETICRAILVYCLNHYRGDENIKSFIWDLITPTADGQTRALLNHSGLSA 1676

Human  1688 PVPRGRKGKKVKAQSTQPVVQDADWLASCNPDALFQEDSYKKHLKHHCNNSGNNATDQLYVLASC 1752
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.               
  Rat  1677 PVPRGRKGKKVKAQSMQPVVQDADWLASCNPDALFQEDSYKKHLKHHCNK--------------- 1726

Human  1753 DLEQVIQPLEDSLSWVLLRVRMLYYLRQEVIGDQADKILEGADSSEADVWIPEPFHAEVPADWWD 1817
                           ||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1727 ---------------VLLRVRMLYYLRQEVIGDQAEKILEGADSSEADVWIPEPFHAEVPADWWD 1776

Human  1818 KEADKSLLIGVFKHGYEKYNSMRADPALCFLERVGMPDAKAIAAEQRGTDMLADGGDGGEFDRED 1882
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1777 KEADKSLLIGVFKHGYEKYNSMRADPALCFLERVGMPDAKAIAAEQRGTDMLADGGDGGEFDRED 1841

Human  1883 EDPEYKPTRTPFKDEIDEFANSPSEDKEESMEIHATGKHSESNAELGQLYWPNTSTLTTRLRRLI 1947
            |||||||||.|||||||||||||.||||:|||..:||||||||||||||||||||:|||||||||
  Rat  1842 EDPEYKPTRAPFKDEIDEFANSPPEDKEDSMEAQSTGKHSESNAELGQLYWPNTSSLTTRLRRLI 1906

Human  1948 TAYQRSYKRQQMRQEALMKTDRRRRRPREEVRALEAEREAIISEKRQKWTRREEADFYRVVSTFG 2012
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  1907 TAYQRSYKRQQMRQEALMKTDRRRRRPREEVRALEAEREAIISEKRQKWTRREEADFYRVVSTFG 1971

Human  2013 VIFDPVKQQFDWNQFRAFARLDKKSDESLEKYFSCFVAMCRRVCRMPVKPDDEPPDLSSIIEPIT 2077
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||:||||||:|:|||||
  Rat  1972 VIFDPVKQQFDWNQFRAFARLDKKSDESLEKYFSCFVAMCRRVCRMPAKPEDEPPDLASLIEPIT 2036

Human  2078 EERASRTLYRIELLRKIREQVLHHPQLGERLKLCQPSLDLPEWWECGRHDRDLLVGAAKHGVSRT 2142
            |||||||||||||||||||||||||||.:||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  2037 EERASRTLYRIELLRKIREQVLHHPQLSDRLKLCQPSLDLPEWWECGRHDRDLLVGAAKHGVSRT 2101

Human  2143 DYHILNDPELSFLDAHKNFAQNRGAGNTSSLNPLAVGFVQTPPVISSAHIQDERVLEQAEGKVEE 2207
            |||||||||||||||||:|||||||....|||.||:||.|.||||:|||..:|:|:||||||.||
  Rat  2102 DYHILNDPELSFLDAHKSFAQNRGASTVPSLNTLAMGFGQAPPVIASAHAHEEKVMEQAEGKAEE 2166

Human  2208 PENPAAKEKCEGKEEEEETDGSGKESKQECEAEASSVKNELKGVEVGADTGSKSISEKGSEEDEE 2272
            .|:..|||:.:|||||||. |..|:|:|||||||||||.||||||...|.||||:||||||||||
  Rat  2167 CEHSPAKERSDGKEEEEEA-GGAKDSRQECEAEASSVKGELKGVEGSGDPGSKSVSEKGSEEDEE 2230

Human  2273 EKLEDDDKSEESSQPEAGAVSRGKNFDEESNASMSTARDETRDGFYMEDGDPSVAQLLHERTFAF 2337
            ||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  2231 EKLEDDDKSEESSQPEAGAVSRGKTFDEESNASMSTARDETRDGFYMEDGDPSVAQLLHERTFAF 2295

Human  2338 SFWPKDRVMINRLDNICEAVLKGKWPVNRRQMFDFQGLIPGYTPTTVDSPLQKRSFAELSMVGQA 2402
            ||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||:|||.|:|||||||||||||||||.||
  Rat  2296 SFWPKDRVMINRLDNICEAVLKGKWPINRRQMFDFQGLVPGYPPSTVDSPLQKRSFAELSMVSQA 2360

Human  2403 SISGSEDITTSPQLSKEDALNLSVPRQRRRRRRKIEIEAERAAKRRNLMEMVAQLRESQVVSENG 2467
            |:|.||||||||||||:|||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  2361 SVSASEDITTSPQLSKDDALNLSVPRQRRRRRRKVEIEAERAAKRRNLMEMVAQLRESQVVSENG 2425

Human  2468 QEKVVDLSKASREATSSTSNFSSLSSKFILPNVSTPVSDAFKTQMELLQAGLSRTPTRHLLNGSL 2532
            ||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||
  Rat  2426 QEKVVDLSKASREATSSTSNFSSLTSKFILPNVSTPVSDAFKTQMELLQAGLSRTPTRHVLNGSL 2490

Human  2533 VDGEPPMKRRRGRRKNVEGLDLLFMSHKRTSLSAEDAEVTKAFEEDIETPPTRNIPSPGQLDPDT 2597
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||
  Rat  2491 VDGEPPMKRRRGRRKNVEGLDLLFMSHKRTPLSAEDAEVTKAFEEDIETPPIRNIPSPGQLDPDT 2555

Human  2598 RIPVINLEDGTRLVGEDAPKNKDLVEWLKLHPTYTVDMPSYVPKNADVLFSSFQKPKQKRHRCRN 2662
            ||||||||||||||||:||||||||:||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||
  Rat  2556 RIPVINLEDGTRLVGEEAPKNKDLVDWLKLHPMYTVDMPSYVPKNADVLFSPFQKPKQKRHRCRN 2620

Human  2663 PNKLDINTLTGEERVPVVNKRNGKKMGGAMAPPMKDLPRWLEENPEFAVAPDWTDIVKQSGFVPE 2727
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  2621 PNKLDINTLTGEERVPVVNKRNGKKMGGAMAPPMKDLPRWLEENPEFAVAPDWTDIVKQSGFVPE 2685

Human  2728 SMFDRLLTGPVVRGEGASRRGRRPKSEIARAAAAAAAVASTSGINPLLVNSLFAGMDLTSLQNLQ 2792
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  2686 SMFDRLLTGPVVRGEGASRRGRRPKSEIARAAAAAAAVASTSGINPLLVNSLFAGMDLTSLQNLQ 2750

Human  2793 NLQSLQLAGLMGFPPGLATAATAGGDAKNPAAVLPLMLPGMAGLPNVFGLGGLLNNPLSAATGNT 2857
            ||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  Rat  2751 NLQSLQLAGLMGFPPGLATAATAGGDAKGPAAVLPLMLPGMAGLPNVFGLGGLLNNPLSAATGNT 2815

Human  2858 TTASSQGEPEDSTSKGEEKGNENEDENKDSEKSTDAVSAADSANGSVGAATAPAGLPSNPLAFNP 2922
            |||||||||||.|||.|||||:|||||:||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
  Rat  2816 TTASSQGEPEDGTSKAEEKGNDNEDENRDSEKSTDAVSAADSANGSVGAATAPAALPSNPLAFNP 2880

Human  2923 FLLSTMAPGLFYPSMFLPPGLGGLTLPGFPALAGLQNAVGSSEEKAADKAEGGPFKDGETLEGSD 2987
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||.||||||||||
  Rat  2881 FLLSTMAPGLFYPSMFLPPGLGGLTLPGFPALAGLQNAVGASEEKAADKAEGGPCKDGETLEGSD 2945

Human  2988 AEESLDKTAESSLLEDEIAQGEELDSLDGGDEIENNENDE 3027
            |||:||||.|||:||||:|||||||||:||||||||.|||
  Rat  2946 AEENLDKTIESSILEDEVAQGEELDSLEGGDEIENNGNDE 2985

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
CHD7XP_011515855.1 Atrophin-1 197..>578 CDD:460830 351/382 (92%)
CD1_tandem_CHD5-9_like 796..861 CDD:349315 61/64 (95%)
CD2_tandem_CHD5-9_like 879..936 CDD:349310 54/56 (96%)
PLN03142 967..>1566 CDD:215601 595/598 (99%)
BRK 2593..2634 CDD:462196 37/40 (93%)
BRK 2672..2716 CDD:197800 43/43 (100%)
Chd7NP_001101376.2 Med15 <2..>318 CDD:312941 293/325 (90%)
Atrophin-1 194..>567 CDD:460830 347/377 (92%)
CD1_tandem_CHD5-9_like 785..849 CDD:349315 60/63 (95%)
CD2_tandem_CHD5-9_like 868..925 CDD:349310 54/56 (96%)
PLN03142 956..>1555 CDD:215601 595/598 (99%)
BRK 2551..2592 CDD:462196 37/40 (93%)
BRK 2630..2674 CDD:197800 43/43 (100%)

Return to query results.
Submit another query.