DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment PCDH9 and pcdh9

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_982354.1 Gene:PCDH9 / 5101 HGNCID:8661 Length:1237 Species:Homo sapiens
Sequence 2:XP_031752970.1 Gene:pcdh9 / 100489504 XenbaseID:XB-GENE-980876 Length:1295 Species:Xenopus tropicalis


Alignment Length:1295 Identity:1136/1295 - (87%)
Similarity:1182/1295 - (91%) Gaps:58/1295 - (4%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MDLRDFYLLAALIACLRLDSAIAQELIYTIREELPENVPIGNIPKDLNISHINAATGTSASLVYR 65
            |:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|.|||||
 Frog     1 MNLRDFYLLAALIACLRLDSAIAQELIYTIREELPENVPIGNIPKDLNISHINAATGSSTSLVYR 65

Human    66 LVSKAGDAPLVKVSSSTGEIFTTSNRIDREKLCAGASYAEENECFFELEVVILPNDFFRLIKIKI 130
            |||||||:||||||||||||||||.||||||||||:|.::|||||||||||||||||||||||||
 Frog    66 LVSKAGDSPLVKVSSSTGEIFTTSTRIDREKLCAGSSNSDENECFFELEVVILPNDFFRLIKIKI 130

Human   131 IVKDTNDNAPMFPSPVINISIPENTLINSRFPIPSATDPDTGFNGVQHYELLNGQSVFGLDIVET 195
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   131 IVKDTNDNAPMFPSTVINISIPENTLINSRFPIPSAVDPDTGFNGVQHYELLNGQSVFGLDIVET 195

Human   196 PEGEKWPQLIVQQNLDREQKDTYVMKIKVEDGGTPQKSSTAILQVTVSDVNDNRPVFKEGQVEVH 260
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||.|||||
 Frog   196 PEGEKWPQLIVQQNLDREQKDTYVMKIKVEDGGTPQKSSTAILQVTVSDVNDNKPVFKESQVEVH 260

Human   261 IPENAPVGTSVIQLHATDADIGSNAEIRYIFGAQVAPATKRLFALNNTTGLITVQRSLDREETAI 325
            ||||||:||||:|||||||||||||||:|||||||..|||||||||||||||||||.|||||||:
 Frog   261 IPENAPIGTSVVQLHATDADIGSNAEIKYIFGAQVTSATKRLFALNNTTGLITVQRPLDREETAV 325

Human   326 HKVTVLASDGSSTPARATVTINVTDVNDNPPNIDLRYIISPINGTVYLSEKDPVNTKIALITVSD 390
            ||:||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||
 Frog   326 HKLTVLATDGSSTPARATVTINVTDVNDNPPNIDLRYIISPINGTVYLSEKDPINTKIALITVSD 390

Human   391 KDTDVNGKVICFIEREVPFHLKAVYDNQYLLETSSLLDYEGTKEFSFKIVASDSGKPSLNQTALV 455
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||:|:|||||||||||
 Frog   391 KDTDVNSKVICFIEREVPFHLKAVYDNQYLLETSSLLDYEGIKEFSFKIVAADTGKPSLNQTALV 455

Human   456 RVKLEDENDNPPIFNQPVIELSVSENNRRGLYLTTISATDEDSGKNADIVYQLGPNASFFDLDRK 520
            ||:|||||||||||:||||||||||||||||||||:||:|||||||:||||||||||||||||||
 Frog   456 RVELEDENDNPPIFSQPVIELSVSENNRRGLYLTTVSASDEDSGKNSDIVYQLGPNASFFDLDRK 520

Human   521 TGVLTASRVFDREEQERFIFTVTARDNGTPPLQSQAAVIVTVLDENDNSPKFTHNHFQFFVSENL 585
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog   521 TGVLTASRVFDREEQERFIFTVTARDNGTPPLQSQAAVIVTVLDENDNSPKFTHNHFQFFVSENL 585

Human   586 PKYSTVGVITVTDADAGENKAVTLSILNDNDNFVLDPYSGVIKSNVSFDREQQSSYTFDVKATDG 650
            ||||||||||.||:||||||||||||||||:|||||||||:|||||||||||||||||||||.||
 Frog   586 PKYSTVGVITATDSDAGENKAVTLSILNDNENFVLDPYSGLIKSNVSFDREQQSSYTFDVKAVDG 650

Human   651 GQPPRSSTAKVTINVMDVNDNSPVVISPPSNTSFKLVPLSAIPGSVVAEVFAVDVDTGMNAELKY 715
            ||||||||||||||:||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||
 Frog   651 GQPPRSSTAKVTINIMDANDNSPVVISPPSNTSFKLVPLSAIPGSVVAEVFAVDTDTGMNAELKY 715

Human   716 TIVSGNNKGLFRIDPVTGNITLEEKPAPTDVGLHRLVVNISDLGYPKSLHTLVLVFLYVNDTAGN 780
            ||||||||||||||||||||||||||:..||||||||||||||||||.||||||||||||:||||
 Frog   716 TIVSGNNKGLFRIDPVTGNITLEEKPSAADVGLHRLVVNISDLGYPKPLHTLVLVFLYVNETAGN 780

Human   781 ASYIYDLIRRTMETPLDRNIGDSSQPYQNEDYLTIMIAIIAGAMVVIVVIFVTVLVRCRHASRFK 845
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||||
 Frog   781 ASYIYDLIRRTMETPLDRNIGDSSQPYQNEDYLTIMIAIVAGAMVVIVVIFVTVLVRCRHASRFK 845

Human   846 AAQRSKQGAEWMSPNQENKQNKKKKRKKRKSPKSSLLNFVTIEESKPDDAVHEPINGTISLPAEL 910
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
 Frog   846 AAQRSKQGAEWMSPNQENKQNKKKKRKKRKSPKSSLLNFVTIEESKPDDTVHEPINGTISLPAEL 910

Human   911 EEQSIGRFDWGPAPPTTFKPNSPDLAKHYKSASPQPAFHLKPDTPVSVKKHHVIQELPLDNTFVG 975
            |||.|||||||..||||||||||||||||||||||..||||.|||||||||||||||||||||||
 Frog   911 EEQGIGRFDWGTTPPTTFKPNSPDLAKHYKSASPQSTFHLKADTPVSVKKHHVIQELPLDNTFVG 975

Human   976 GCDTLSKRSSTSSDHFSASECSSQGGFKTKGPLHTRQ---------------------------- 1012
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||                            
 Frog   976 GCDTLSKRSSTSSDHFSASECSSQGGFKTKGPLHTRQNPTPGTGGKTLSPCRVPCGLPSGVPTVH 1040

Human  1013 CNS--------HSKSD--NIPVTPQKCPS--------STGFHIQEN------------EESHYES 1047
            ||.        |:.||  .:.......||        :..|.::..            :.|..:|
 Frog  1041 CNCLACTATLLHTPSDYGKLIYRTDAAPSLATDTFSPTLVFSVRGQDLPLHEILSASCDNSAMQS 1105

Human  1048 QRRVTFHLPDGSQESCSDSGLGDHEPVGSGTLISHPLPLVQPQDEFYDQASPDKRTEADGNSDPN 1112
            ||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 Frog  1106 QRRVTFHLPDGSQESCSDSGLGDHDPVGSGTLISHPLPLVQPQDEFYDQASPDKRTEADGNSDPN 1170

Human  1113 SDGPLGPRGLAEATEMCTQECLVLGHSDNCWMPPGLGPYQHPKSPLSTFAPQKEWVKKDKLVNGH 1177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||:|:.||:|||||
 Frog  1171 SDGPLGPRGLAEATEMCTQECLVLGHSDNCWMPPGLGPYQQPKSPLSTFAPQKDWLTKDRLVNGH 1235

Human  1178 TLTRAWKEDSNRNQFNDRKQYGSNEGHFNNGSHMTDIPLANLKSYKQAGGATESPKEHQL 1237
            ||||.||||||:||||||.||||::|||.:|:|.:|||||.||.|||..||.:||||.||
 Frog  1236 TLTRNWKEDSNKNQFNDRNQYGSSDGHFTSGNHTSDIPLATLKPYKQVSGAVDSPKEQQL 1295

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
PCDH9NP_982354.1 Cadherin_repeat 29..138 CDD:206637 100/108 (93%)
Cadherin_repeat 146..248 CDD:206637 100/101 (99%)
Cadherin_repeat 258..354 CDD:206637 86/95 (91%)
Cadherin_repeat 370..465 CDD:206637 88/94 (94%)
Cadherin_repeat 473..568 CDD:206637 91/94 (97%)
Cadherin_repeat 576..671 CDD:206637 87/94 (93%)
Cadherin_repeat 687..776 CDD:206637 83/88 (94%)
Protocadherin 777..1000 CDD:462451 214/222 (96%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 849..882 32/32 (100%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 984..1035 36/96 (38%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1055..1084 27/28 (96%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1097..1122 24/24 (100%)
Disordered. /evidence=ECO:0000256|SAM:MobiDB-lite 1186..1237 34/50 (68%)
pcdh9XP_031752970.1 Cadherin_2 28..117 CDD:462413 80/88 (91%)
Cadherin_repeat 146..248 CDD:206637 100/101 (99%)
Cadherin_repeat 258..354 CDD:206637 86/95 (91%)
CA 387..467 CDD:214520 74/79 (94%)
Cadherin_repeat 473..568 CDD:206637 91/94 (97%)
Cadherin_repeat 576..671 CDD:206637 87/94 (93%)
Cadherin_repeat 687..774 CDD:206637 81/86 (94%)
Protocadherin 777..1000 CDD:462451 214/222 (96%)

Return to query results.
Submit another query.