DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment ATM and atm

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_000042.3 Gene:ATM / 472 HGNCID:795 Length:3056 Species:Homo sapiens
Sequence 2:XP_002934974.3 Gene:atm / 100490767 XenbaseID:XB-GENE-493810 Length:3060 Species:Xenopus tropicalis


Alignment Length:3077 Identity:1993/3077 - (64%)
Similarity:2442/3077 - (79%) Gaps:38/3077 - (1%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


Human     1 MSLVLNDLLICCRQLEHDRATERKKEVEKFKRLIRDPETIKHLDRHSDSKQGKYLNWDAVFRFLQ 65
            |||.|::||:||||:|.|:||||:||:|||:||:||.||::.||::||.:|.|.||||.||||||
 Frog     1 MSLALHELLLCCRQIETDKATERRKEIEKFRRLLRDSETVQQLDQNSDKRQAKQLNWDTVFRFLQ 65

Human    66 KYIQKETECLRIAKPNVSASTQASRQKKMQEISSLVKYFIKCANRRAPRLKCQELLNYIMDTVKD 130
            ||:.||.|.::.|||:||.:||::|:||||:|||:||.||:|||:|.|||||.|||.::.:||:|
 Frog    66 KYVYKEMESIKSAKPSVSQTTQSTRRKKMQDISSVVKDFIRCANKRGPRLKCTELLLHVSNTVRD 130

Human   131 SSNGAIYGADCSNILLKDILSVRKYWCEISQQQWLELFSVYFRLYLKPSQDVHRVLVARIIHAVT 195
            .:..:.||||.|:||||||||||||||||:.|||.:|.::||.|||||...|:|:|||||||.:|
 Frog   131 PTTCSAYGADYSSILLKDILSVRKYWCEITSQQWEDLVTLYFSLYLKPESTVNRLLVARIIHTLT 195

Human   196 KGCCSQTDGLNSKFLDFFSKAIQCARQEKSSSGLNHILAALTIFLKTLAVNFRIRVCELGDEILP 260
            :|||.|||||:|.|..||||.::..|.|::..||:.||:||.:||.:.:.|.|:|||.||:::..
 Frog   196 RGCCQQTDGLHSLFFQFFSKTMKRVRDERNPPGLDQILSALNVFLTSASGNCRMRVCRLGEDLFL 260

Human   261 TLLYIWTQHRLNDSLKEVIIELFQLQIYIHHPKGAKTQEKGAY--ESTKWRSILYNLYDLLVNEI 323
            |:|.|||..|..|:|||.|:|.|:|.:.|||||||||.::|||  :..:|:..||||||.|||||
 Frog   261 TVLRIWTIQRPKDALKEEIVEFFRLLLRIHHPKGAKTVDEGAYAFDPDRWKRNLYNLYDTLVNEI 325

Human   324 SHIGSRGKYSSGFRNIAVKENLIELMADICHQVFNEDTRSLEISQ-SYTTTQRESSDYSVPCKRK 387
            |.||||||||||.||||.||||||||||||||:|.|||:.|:|:| ::..||||.|  ..|.||:
 Frog   326 SQIGSRGKYSSGSRNIAAKENLIELMADICHQLFTEDTQVLDITQAAFLVTQREPS--GAPSKRR 388

Human   388 KIELGWEVIKDHLQKSQNDFDLVPWLQIATQLISKYPASLPNCELSPLLMILSQLLPQQRHGERT 452
            :|||||||::|:||||..|||::|||||||.||::||.|||:.||:|||.:|.|||.|||.|||.
 Frog   389 RIELGWEVLRDNLQKSHKDFDIIPWLQIATCLIARYPVSLPSNELTPLLTVLHQLLAQQRRGERA 453

Human   453 PYVLRCLTEVALCQDKRSNLESSQKSDLLKLWNKIWCITFRGISSEQIQAENFGLLGAIIQGSLV 517
            .||||||.|||:||.::::::.:.||||.|||:|||.:|.|.|||.|.:.|:|.|||:|:||.|:
 Frog   454 AYVLRCLKEVAVCQKQKTDVKITPKSDLYKLWSKIWAVTLRSISSPQTEEESFALLGSILQGGLI 518

Human   518 EVDREFWKLFTGSACRPSCPAVCCLTLALTTSIVPGTVKMGIEQNMCEVN--RSFSLKESIMKWL 580
            ..|.:|||:|:|:|.:||.|.|.||.:|||:..:|..|.:|.:..|.|.|  || ||||.|:|||
 Frog   519 PADTDFWKIFSGAAAKPSSPGVHCLAVALTSCCLPEHVSVGFDNPMHEANGTRS-SLKEEIIKWL 582

Human   581 LFYQLEGDLENSTEVPPILHSNFPHLVLEKILVSLTMKNCKAAMNFFQSVPECEHHQKDKEELSF 645
            ||..|:.::|::.|:.|::..:|.:..|:|||||||||:.:|||.||.|:.:|.|.:|: .:.||
 Frog   583 LFGHLDDEMEDTNELSPVISKDFSYPALQKILVSLTMKDSRAAMKFFTSLSQCSHIKKE-NDASF 646

Human   646 SEVEELFLQTTFDKMDFLTIVRECGIEKHQSSIGFSVHQNLKESLDRCLLGLSEQLLNNYSSEIT 710
            ::.|||:|.|:|.::.....|.....:::.||...:|:..::|.|::.||.:|||.||:||||.|
 Frog   647 ADTEELYLHTSFSEIPGGPHVGPMDADRNGSSPCLTVNLAIREKLEQDLLTVSEQQLNSYSSEAT 711

Human   711 NSETLVRCSRLLVGVLGCYCYMGVIAEEEAYKSELFQKAKSLMQCAGESITLFKNKTNEEFRIGS 775
            ....||||:.||.||||||.|..:|.||:|.||.||||||.|||||||||...|.|.||:.:|.|
 Frog   712 PPVNLVRCACLLTGVLGCYRYADIITEEDALKSNLFQKAKMLMQCAGESIAFLKAKLNEDTKISS 776

Human   776 LRNMMQLCTRCLSNCTKKSPNKIASGFFLRLLTSKLMNDIADICKSLASFIKKPFDRGEVESMED 840
            |..::..|..|:.||.|.||....:.|||||||.:::||:.||.|.|.:......:.|| ..:.|
 Frog   777 LAVLLTQCVACVCNCAKNSPMWFLTDFFLRLLTPRMLNDLTDISKHLLTNTGGSVEAGE-HDLID 840

Human   841 DTNGNLMEVEDQSSMNLFNDYPDSSVSDANEPGESQSTIGAINPLAEEYLSKQDLLFLDMLKFLC 905
            ||:.. ||.|||.:::||:|:..:..::..|.||.|:..||::||:||:|:|.:.:.|.:|:|||
 Frog   841 DTDSR-METEDQGAVDLFDDHCVAEPAENMEFGELQNVTGAVSPLSEEHLTKPEAVLLQILEFLC 904

Human   906 LCVTTAQTNTVSFRAADIRRKLLMLIDSSTLEPTKSLHLHMYLMLLKELPGEEYPLPMEDVLELL 970
            ||.:.||.:||:||.:|.|||||.|||::.|:..|.||||::|.||.|||..:.|||:::::.||
 Frog   905 LCTSAAQNHTVNFRPSDTRRKLLALIDNNALDINKPLHLHVFLQLLNELPKADVPLPVDEIITLL 969

Human   971 KPLSNVCSLYRRDQDVCKTILNHVLHVVKNLGQSNMDSENTRDAQGQFLTVIGAFWHLTKERKYI 1035
            |||:.|||.||||||||..||..:|.||..|||..||::.|.|||.|.|.||.|||.|||:.||.
 Frog   970 KPLNEVCSSYRRDQDVCAVILKKLLPVVSCLGQEPMDTDETYDAQEQLLNVIQAFWILTKDGKYT 1034

Human  1036 FSVRMALVNCLKTLLEADPYSKWAILNVMGKDFPVNEVFTQFLADNHHQVRMLAAESINRLFQDT 1100
            ..||.:||||:|.|||.||.||||||.|..:|.||.::|..||||.|||||.....||:|||||.
 Frog  1035 AVVRASLVNCMKALLEVDPQSKWAILTVDDQDVPVRDIFPAFLADCHHQVRFHTTVSISRLFQDV 1099

Human  1101 KGDSSRLLKALPLKLQQTAFENAYLKAQEGMREMSHSAENPETL-DEIYNRKSVLLTLIAVVLSC 1164
            |.      :||||:|||.||:|.|||.|||||.:|.|:.:|:.| ||.:||:|.||.||:::|.|
 Frog  1100 KA------QALPLQLQQKAFDNVYLKVQEGMRYLSRSSCDPDELPDETWNRRSTLLMLISMILRC 1158

Human  1165 SPICEKQALFALCKSVKENGLEPHLVKKVLEKVSETFGYRRLEDFMASHLDYLVLEWLNLQDTEY 1229
            ||:||||||||:|:|||||||:|.|::|.|.:||...|||.::||||||||||:||||.::.:.|
 Frog  1159 SPVCEKQALFAICQSVKENGLDPQLIRKELGRVSAALGYRGVKDFMASHLDYLILEWLRMKVSGY 1223

Human  1230 NLSSFPFILLNYTNIEDFYRSCYKVLIPHLVIRSHFDEVKSIANQIQEDWKSLLTDCFPKILVNI 1294
            :||:||:|||||:::.:|||||||||:|||||||.|:|||::|..|:||||.||.||||:|||||
 Frog  1224 SLSTFPYILLNYSSLNEFYRSCYKVLVPHLVIRSEFEEVKALATCIEEDWKLLLDDCFPRILVNI 1288

Human  1295 LPYFAYE-GTRDSGMAQQRETATKVYDMLKSENLLGK-QIDHLFISNLPEIVVELLMTLHEPANS 1357
            ||||..| ...|..|||:||.||||||:|..|:.||| |||:||..|||||||||||||||.::|
 Frog  1289 LPYFVSECAADDEEMAQKREVATKVYDLLLDESCLGKQQIDNLFFRNLPEIVVELLMTLHETSSS 1353

Human  1358 SASQSTDLCDFSGDLDPAPNPPHFPSHVIKATFAYISNCHKTKLKSILEILSKSPDSYQKILLAI 1422
            ||.:..|:..|:|:||||||||:|||.|||||..|||:|||:|:||::.||||:|||:|||||||
 Frog  1354 SAREDPDVIQFAGELDPAPNPPYFPSSVIKATLHYISSCHKSKMKSLVTILSKTPDSFQKILLAI 1418

Human  1423 CEQAAETNNVYKKHRILKIYHLFVSLLLKDIKSGLGGAWAFVLRDVIYTLIHYINQRPS-CIM-D 1485
            |.:||||||||||||||.||||||:|||.:||.|||.||||||||:|||:||:||.||: |.| |
 Frog  1419 CNEAAETNNVYKKHRILTIYHLFVNLLLLEIKDGLGNAWAFVLRDIIYTIIHHINSRPAPCKMDD 1483

Human  1486 VSLRSFSLCCDLLSQVCQTAVTYCKDALENHLHVIVGTLIPLVYEQVEVQKQVLDLLKYLVIDNK 1550
            ||.||..||.|||.:|||.|||:|.||||:|||||||:||||...|..:|::|.|||.:|||:||
 Frog  1484 VSTRSLLLCLDLLHRVCQAAVTHCGDALESHLHVIVGSLIPLANSQERIQEKVCDLLNFLVIENK 1548

Human  1551 DNENLYITIKLLDPFPDHVVFKDLRITQQKIKYSRGPFSLLEEINHFLSVSVYDALPLTRLEGLK 1615
            ||||||.||.|||||||..:||:||...||.|||:||||||:||.:|||||:.|:|||||||||.
 Frog  1549 DNENLYHTITLLDPFPDIPLFKNLRQAHQKTKYSKGPFSLLKEIQNFLSVSICDSLPLTRLEGLN 1613

Human  1616 DLRRQLELHKDQMVDIMRASQDNPQDGIMVKLVVNLLQLSKMAINHTGEKEVLEAVGSCLGEVGP 1680
            |||:|||.|||||.:::|..|..|||.::..||||||||||.|::.:..|||||||||||||:||
 Frog  1614 DLRKQLEQHKDQMKELVRDCQGTPQDSVIASLVVNLLQLSKNAVHQSNGKEVLEAVGSCLGELGP 1678

Human  1681 IDFSTIAIQHSKDASYTKALKLFEDKELQWTFIMLTYLNNTLVEDCVKVRSAAVTCLKNILATKT 1745
            |||||||:||..|:.|.||.|:||:||||...:|||.:||.|.:.|::|||||.|||||||||||
 Frog  1679 IDFSTIALQHKNDSVYFKADKVFEEKELQCVLVMLTLINNALTDHCIQVRSAAATCLKNILATKT 1743

Human  1746 GHSFWEIYKMTTDPMLAYLQPFRTSRKKFLEVPRFDKENPFEGLDDINLWIPLSENHDIWIKTLT 1810
            |..|||..|...:|||.|.||||..:||||||....:....|.|||..:|||.:.||:.|||.||
 Frog  1744 GTMFWEACKDKGEPMLLYFQPFRVPKKKFLEVEEIQRAGAMESLDDPCIWIPQNGNHESWIKHLT 1808

Human  1811 CAFLDSGGTKCEILQLLKPMCEVKTDFCQTVLPYLIHDILLQDTNESWRNLLSTHVQGFFTSCLR 1875
            |..|:|||.|.|:|.||||:||||.|:||.|:|||:|:|||.|.|.:||.|||.:||.|||||.:
 Frog  1809 CTLLESGGVKSEVLLLLKPLCEVKADYCQAVVPYLLHNILLNDPNNTWRALLSKNVQRFFTSCCQ 1873

Human  1876 HFSQTSRSTTPANLDSESEHFFRCCLDKKSQRTMLAVVDYMRRQKRPSSGTIFNDAFWLDLNYLE 1940
            ....:|||.|||:.||||:...|..:|..|:||||:|::|:|:|:||..||.|:|.|||||||||
 Frog  1874 SLPTSSRSATPASSDSESDVLARGAIDIASRRTMLSVIEYLRKQRRPVPGTAFDDNFWLDLNYLE 1938

Human  1941 VAKVAQSCAAHFTALLYAEIYADKKSMDDQEKRS---------LAFEEGSQSTTISSLSEKSKEE 1996
            ||...||||||||||||:||||||...|.:::.|         |.||||||:..|:.||||||||
 Frog  1939 VAMAVQSCAAHFTALLYSEIYADKIKQDGEQRASTNRSNARKCLKFEEGSQTLDITGLSEKSKEE 2003

Human  1997 TGISLQDLLLEIYRSIGEPDSLYGCGGGKMLQPITRLRTYEHEAMWGKALVTYDLETAIPSSTRQ 2061
            |||||||||::||||||||||||||||||||.|:.|:|||||||.|||||||||||..:|..|||
 Frog  2004 TGISLQDLLMDIYRSIGEPDSLYGCGGGKMLHPLARIRTYEHEAKWGKALVTYDLEMNLPLVTRQ 2068

Human  2062 AGIIQALQNLGLCHILSVYLKGLDYENKDWCPELEELHYQAAWRNMQWDHCTSVSKEVEGTSYHE 2126
            |||:|||||.||.||||.||:||::||.:|..|::|:|:||||||||||.|:....|..|..|||
 Frog  2069 AGIMQALQNFGLSHILSSYLRGLEHENAEWTSEMQEIHFQAAWRNMQWDDCSQTKNETCGPGYHE 2133

Human  2127 SLYNALQSLRDREFSTFYESLKYARVKEVEEMCKRSLESVYSLYPTLSRLQAIGELESIGELFSR 2191
            |||.|:|||||:||..|:|.:||||||||||:|:.||||||||||.|.||||||||.|:||:.||
 Frog  2134 SLYRAVQSLRDKEFCGFHEHIKYARVKEVEELCRGSLESVYSLYPALCRLQAIGELASVGEMCSR 2198

Human  2192 SVTHRQLSEVYIKWQKHSQLLKDSDFSFQEPIMALRTVILEILMEKEMDNSQRECIKDILTKHLV 2256
            |:|...|.:.|::||:.||.||||||.|.||:::||:||||.|:::|.....:|.:|:|||||||
 Frog  2199 SITDHGLMDTYLRWQRQSQFLKDSDFEFLEPVLSLRSVILETLLQEEKKQPSQESLKNILTKHLV 2263

Human  2257 ELSILARTFKNTQLPERAIFQIKQYNSVSCGVSEWQLEEAQVFWAKKEQSLALSILKQMIKKLDA 2321
            :||.:||:..||||||:|:|||||:|....|||||||||||:||.|:|.|||..||||||.||:.
 Frog  2264 DLSRIARSAGNTQLPEKAMFQIKQHNPSPFGVSEWQLEEAQIFWDKEEPSLARVILKQMINKLEL 2328

Human  2322 SC--AANNPSLKLTYTECLRVCGNWLAETCLENPAVIMQTYLEKAVEVAGNYDGESSDELRNGKM 2384
            :.  ..|:.:|:|.|.||||:|||||||||||:|.||||.|||||||||...|| :.::|:.|:|
 Frog  2329 NSFETENDSTLRLLYAECLRLCGNWLAETCLESPTVIMQNYLEKAVEVAEYPDG-AGEKLQEGRM 2392

Human  2385 KAFLSLARFSDTQYQRIENYMKSSEFENKQALLKRAKEEVGLLREHKIQTNRYTVKVQRELELDE 2449
            |||||||||||.|||||:|||||||||||||||::|||||||:::||:|||||||||||||||||
 Frog  2393 KAFLSLARFSDAQYQRIDNYMKSSEFENKQALLRKAKEEVGLMKQHKVQTNRYTVKVQRELELDE 2457

Human  2450 LALRALKEDRKRFLCKAVENYINCLLSGEEHDMWVFRLCSLWLENSGVSEVNGMMKRDGMKIPTY 2514
            .|:.||:|||||||||||||||:||:||||||||:|||||||||||.|||||.||::|..:||::
 Frog  2458 CAILALREDRKRFLCKAVENYISCLVSGEEHDMWIFRLCSLWLENSAVSEVNSMMRQDAQRIPSH 2522

Human  2515 KFLPLMYQLAARMGTKMMGGLGFHEVLNNLISRISMDHPHHTLFIILALANANRDEFLTKPEVAR 2579
            ||||||||||||||||.||.||||:||||||.|||||||||||||||||||||:|:.|.|||..:
 Frog  2523 KFLPLMYQLAARMGTKKMGNLGFHDVLNNLIGRISMDHPHHTLFIILALANANKDDQLMKPEAVK 2587

Human  2580 RSRITKNVPKQSSQLDEDRTEAANRIICTIRSRRPQMVRSVEALCDAYIILANLDATQWKTQRKG 2644
            |.|:|||.|||.|||||||.|||..|:.||:.:|..|||.||.||||||.|||:||.|||:||..
 Frog  2588 RGRLTKNAPKQISQLDEDRMEAARHIVDTIKKQRTNMVRDVERLCDAYITLANMDANQWKSQRNA 2652

Human  2645 INIPADQPITKLKNLEDVVVPTMEIKVDHTGEYGNLVTIQSFKAEFRLAGGVNLPKIIDCVGSDG 2709
            |.||:|||||||..|.|||:||||||||.:|:|.|||||.|||.|||||||:|||||||||||||
 Frog  2653 IPIPSDQPITKLNKLHDVVIPTMEIKVDPSGKYENLVTIVSFKPEFRLAGGLNLPKIIDCVGSDG 2717

Human  2710 KERRQLVKGRDDLRQDAVMQQVFQMCNTLLQRNTETRKRKLTICTYKVVPLSQRSGVLEWCTGTV 2774
            |||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||..||||||||||||||||||||
 Frog  2718 KERRQLVKGRDDLRQDAVMQQVFQMCNTLLQRNSETRKRKLTIRRYKVVPLSQRSGVLEWCTGTV 2782

Human  2775 PIGEFLVNNEDGAHKRYRPNDFSAFQCQKKMMEVQKKSFEEKYEVFMDVCQNFQPVFRYFCMEKF 2839
            ||||:|||.::||||||||.|:.:.|||:||||||:..|||||:.|:|:.:||:|||||||||||
 Frog  2783 PIGEYLVNEKEGAHKRYRPRDYGSLQCQRKMMEVQRGRFEEKYQTFLDISENFRPVFRYFCMEKF 2847

Human  2840 LDPAIWFEKRLAYTRSVATSSIVGYILGLGDRHVQNILINEQSAELVHIDLGVAFEQGKILPTPE 2904
            ||||:|||||||||||||||||||||:||||||||||||:|:|||||||||||||||||||||||
 Frog  2848 LDPAMWFEKRLAYTRSVATSSIVGYIVGLGDRHVQNILIDEESAELVHIDLGVAFEQGKILPTPE 2912

Human  2905 TVPFRLTRDIVDGMGITGVEGVFRRCCEKTMEVMRNSQETLLTIVEVLLYDPLFDWTMNPLKALY 2969
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:||.|||||||||||||||||||||||||
 Frog  2913 TVPFRLTRDIVDGMGITGVEGVFRRCCEKTMEVMRNNQEALLTIVEVLLYDPLFDWTMNPLKALY 2977

Human  2970 LQQRPEDETELHPTLNADDQECKRNLSDIDQSFNKVAERVLMRLQEKLKGVEEGTVLSVGGQVNL 3034
            |||   ||.:.:.||..||.||.||..| .||.||||||||:||||||||||||.|||||||||.
 Frog  2978 LQQ---DEVDFNATLGGDDPECNRNSCD-SQSVNKVAERVLLRLQEKLKGVEEGMVLSVGGQVNH 3038

Human  3035 LIQQAIDPKNLSRLFPGWKAWV 3056
            |||||:||||||||||||||||
 Frog  3039 LIQQAMDPKNLSRLFPGWKAWV 3060

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
ATMNP_000042.3 TAN 8..165 CDD:463317 101/156 (65%)
Interaction with ABL1. /evidence=ECO:0000269|PubMed:9168117 1373..1382 7/8 (88%)
FAT 2097..2489 CDD:396714 269/393 (68%)
PIKKc_ATM 2683..2962 CDD:270715 246/278 (88%)
G-loop. /evidence=ECO:0000255|PROSITE-ProRule:PRU00269 2692..2698 4/5 (80%)
Catalytic loop. /evidence=ECO:0000255|PROSITE-ProRule:PRU00269 2867..2875 7/7 (100%)
Activation loop. /evidence=ECO:0000255|PROSITE-ProRule:PRU00269 2887..2911 23/23 (100%)
FATC 3026..3055 CDD:460514 26/28 (93%)
Microbody targeting signal, atypical. /evidence=ECO:0000269|PubMed:26344566 3046..3048 1/1 (100%)
atmXP_002934974.3 TAN 8..165 CDD:463317 101/156 (65%)
FAT 2103..2497 CDD:396714 269/394 (68%)
TEL1 <2463..3059 CDD:227365 490/599 (82%)
PIKKc_ATM 2691..2970 CDD:270715 246/278 (88%)

Return to query results.
Submit another query.