DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment na and Cacna1c

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_001096981.2 Gene:na / 45338 FlyBaseID:FBgn0002917 Length:2233 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_063141552.1 Gene:Cacna1c / 24239 RGDID:2245 Length:2215 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:2351 Identity:502/2351 - (21%)
Similarity:876/2351 - (37%) Gaps:729/2351 - (31%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly   150 PHGHPHSYPHLRHSQPASASQFSFNPSPGSSPGNGLGLGARQDAASALNSPTTIVNSGSGSGGGS 214
            |.|..:..|...|:...:.:.....|....:||..|...|..|||.....        .||.|.:
  Rat    45 PGGSNYGSPRPAHANMNANAAAGLAPEHIPTPGAALSWQAAIDAARQAKL--------MGSAGNA 101

  Fly   215 SVAFGMQPQQQQQSLAGGGG-----GGSSATAAPSSGGGHNNGAGLGPVVGGGGGGLNLLGGLGG 274
            :::.....|:::|..    |     ||::||..|.:                      ||     
  Rat   102 TISTVSSTQRKRQQY----GKPKKQGGTTATRPPRA----------------------LL----- 135

  Fly   275 MGGMGGGAAAAGMGICGGISSTVGSAAITGV--PPIGLGI-ATGIGNKIMLGRKQSLKGGEPFLA 336
                           |..:.:.:..|.|:.|  .|..:.| .|...|.:.|...      .||  
  Rat   136 ---------------CLTLKNPIRRACISIVEWKPFEIIILLTIFANCVALAIY------IPF-- 177

  Fly   337 DYGPEESLN-ESADIEWVNKLWVRRLMRLCALVSLTSVSLNTPKTFERYPSLQFITFASDTAVTL 400
               ||:..| .::::|.|..|::                                         :
  Rat   178 ---PEDDSNATNSNLERVEYLFL-----------------------------------------I 198

  Fly   401 LFTAEMIAKMHIRGVLHGEVPYLKDHWCQFDASMVSFLWISIILQIFE-VLEIVPKFSYLSIM-- 462
            :||.|...|:...|:|.....||::.|...|       :|.:::.:|. :||...|....:.:  
  Rat   199 IFTVEAFLKVIAYGLLFHPNAYLRNGWNLLD-------FIIVVVGLFSAILEQATKADGANALGG 256

  Fly   463 -------RAPRPLIMIRFLRVFLKFSMPKSRI--NQIFKRSSQQIYNVTLFFLFFMSLYGLLGVQ 518
                   :|.|...::|.||  |...:|..::  |.|.| :...:.::.|..||.:.:|.::|::
  Rat   257 KGAGFDVKALRAFRVLRPLR--LVSGVPSLQVVLNSIIK-AMVPLLHIALLVLFVIIIYAIIGLE 318

  Fly   519 -FFGELKNHCVMNNTEYDLYKRPILTINSLAIPDTFCSMDPDSGYQCSPGMVCMKMDFLSSYVIG 582
             |.|::...|      |:  :..|:.:.:...|.. |:::...|.||..|.||..         |
  Rat   319 LFMGKMHKTC------YN--QEGIIDVPAEEDPSP-CALETGHGRQCQNGTVCKP---------G 365

  Fly   583 FNG-------FEDIATSIFTVYQAASQEGWVFIMYRAIDS----LPAWRAAFYFSTMIFFLAWLV 636
            ::|       |::.|.::.||:|..:.|||..::|...|:    || |   .||.:::.|.::.|
  Rat   366 WDGPKHGITNFDNFAFAMLTVFQCITMEGWTDVLYWMQDAMGYELP-W---VYFVSLVIFGSFFV 426

  Fly   637 KNVFIAVITETFNEIRVQFQQMWGARGHIQKTAASQILSGNDTGW-----RLVTID--------- 687
            .|:.:.|::..|::.|.:.:    |||..||....|.|..:..|:     :...||         
  Rat   427 LNLVLGVLSGEFSKEREKAK----ARGDFQKLREKQQLEEDLKGYLDWITQAEDIDPENEDEGMD 487

  Fly   688 --------------DNKHGGLA--------------PET-------------------------- 698
                          |.|.|..|              .||                          
  Rat   488 EDKPRNRGAPAGLHDQKKGKFAWFSHSTETHVSMPTSETESVNTENVAGGDIEGENCGARLAHRI 552

  Fly   699 -------------------CHAILRSPYFRMLVMSVILANGIVTATMTFKHDGRPRDVFYERYYY 744
                               |.|.::|..|..||:.::..|   |.|:..:|..:|       ::.
  Rat   553 SKSKFSRYWRRWNRFCRRKCRAAVKSNVFYWLVIFLVFLN---TLTIASEHYNQP-------HWL 607

  Fly   745 IELVFT------CLLDLETLFKIYCLGWRGYYKHSIHKFELLLAAGTTLHIV----PMFYPSGLT 799
            .|:..|      .|...|.|.|:|.||.:.|:....::|:..:..|..|..:    .:..|.|::
  Rat   608 TEVQDTANKALLALFTAEMLLKMYSLGLQAYFVSLFNRFDCFIVCGGILETILVETKIMSPLGIS 672

  Fly   800 YFQVLRVVRLIKAS---PMLEGFVYKIFGPGKKLGSLIIFTMCLLIISSSISMQLFCFLCDF--- 858
            ..:.:|::|:.|.:   ..|...|..:....:.:.||::.....:||.|.:.||||....:|   
  Rat   673 VLRCVRLLRIFKITRYWNSLSNLVASLLNSVRSIASLLLLLFLFIIIFSLLGMQLFGGKFNFDEM 737

  Fly   859 ----TKFESFPEAFMSMFQILTQEAWVEVMDETMIRTSKTLTP--LVAVYFILYHLFVTLIVLSL 917
                :.|::||::.:::|||||.|.|..||.:.::.......|  ||.:|||:..:....|:|::
  Rat   738 QTRRSTFDNFPQSLLTVFQILTGEDWNSVMYDGIMAYGGPSFPGMLVCIYFIILFICGNYILLNV 802

  Fly   918 FVAVILDNL----------ELDEDIKKLKQLKFREQSAEIKETLPFRLRIFEKFPDSPQMTILHR 972
            |:|:.:|||          :.:|:.|:.|:|. |..|.|.|:      .:.||            
  Rat   803 FLAIAVDNLADAESLTSAQKEEEEEKERKKLA-RTASPEKKQ------EVMEK------------ 848

  Fly   973 IPNDFMLPKVRESFMKHFVIELETEDSLVENCKRPMSECWESNVVFRKQKPVRIMNKTAKVRAAG 1037
                   |.|.||                                  |::.:.:.:.||      
  Rat   849 -------PAVEES----------------------------------KEEKIELKSITA------ 866

  Fly  1038 SSLRKLAITHIINDSNNQRLMLGDSAMLPVVGTKGGGGLKSQGTITHSKPWRVDQKKFGSRSIRR 1102
                                   |....|..                         |.....::.
  Rat   867 -----------------------DGESPPTT-------------------------KINMDDLQP 883

  Fly  1103 SVRSGSIKLKQTYEHLMENGDIAAAPRANSGRARPHDLDIKLLQAKRQQAEMRRNQREEDLRENH 1167
            |                ||.|  .:|.:|...|...|         .::.||....|...|.|.|
  Rat   884 S----------------ENED--KSPHSNPDTAGEED---------EEEPEMPVGPRPRPLSELH 921

  Fly  1168 ------PFFD-TPLFLVPRESRFRKICQKIVHARYDARL--------------KDPLTGKERKVQ 1211
                  |..: :..|:....:|||..|.:||:......|              :||       ||
  Rat   922 LKEKAVPMPEASAFFIFSPNNRFRLQCHRIVNDTIFTNLILFFILLSSISLAAEDP-------VQ 979

  Fly  1212 YKSLHNFLGLVTYLDWVMIFATTLSCISMMFETPNYRVMDHPTLQIAEYGFVIFMSLELALKILA 1276
            :.|..|.  ::.|.|   |..||:..|.:..:          .|..|:|.|....:||:.||:.|
  Rat   980 HTSFRNH--ILFYFD---IVFTTIFTIEIALK----------ILGNADYVFTSIFTLEIILKMTA 1029

  Fly  1277 DGLFFTPKAYIKDVAAALDVFIYVVSTSFLCW----MPLNIPTNSAAQLLMILRCVRPLRIFTL- 1336
            .|.|....::.::....||  :.|||.|.:.:    ..:|:     .::|.:||.:||||.... 
  Rat  1030 YGAFLHKGSFCRNYFNILD--LLVVSVSLISFGIQSSAINV-----VKILRVLRVLRPLRAINRA 1087

  Fly  1337 --VPHMRKVVYELCRGFKEILLVSTLLILLMFIFASYGVQLYGGRLARCNDPTISRREDCVGVFM 1399
              :.|:.:.|:...|....|::|:|   ||.|:||..||||:.|:|..|:|.:.....:|.|.: 
  Rat  1088 KGLKHVVQCVFVAIRTIGNIVIVTT---LLQFMFACIGVQLFKGKLYTCSDSSKQTEAECKGNY- 1148

  Fly  1400 RRVFVTKMKLTPGPDESYPAMLVPRVWANPRRFNFDNIGDAMLTLFEVLSFKGWLDVRDVLIKAV 1464
                     :|....|....::.||.|.| .:|:|||:..||:.||.|.:|:||   .::|.:::
  Rat  1149 ---------ITYKDGEVDHPIIQPRSWEN-SKFDFDNVLAAMMALFTVSTFEGW---PELLYRSI 1200

  Fly  1465 -------GPVH------AVYIHIYIFLGCMIGLTLFVGVVIANYSENKGTALLTVDQRRWCDLKK 1516
                   ||::      :::..|||.:.....:.:|||.||..:.| :|.     .:.:.|:|.|
  Rat  1201 DSHTEDKGPIYNYRVEISIFFIIYIIIIAFFMMNIFVGFVIVTFQE-QGE-----QEYKNCELDK 1259

  Fly  1517 R--------LKIAQPL--HLPPRPDGRKIRAFTYDITQHIIFKRVIAVVVLINSMLLSITWIKGE 1571
            .        || |:||  ::|......|:    :.:.....|:.::.|::|:|::.|::... |:
  Rat  1260 NQRQCVEYALK-ARPLRRYIPKNQHQYKV----WYVVNSTYFEYLMFVLILLNTICLAMQHY-GQ 1318

  Fly  1572 VHTERLV--IVSAVLTFVFVVEVVMKNIAFTPRGYWQSRRNRYDLLVTVAGVIWIILQTI----- 1629
            ....::.  |::.:.|.:|.||:::|.|||.|:.|:....|.:|.|:.|..::.|.:..:     
  Rat  1319 SCLFKIAMNILNMLFTGLFTVEMILKLIAFKPKHYFCDAWNTFDALIVVGSIVDIAITEVHPAEH 1383

  Fly  1630 ------------LRNDLSYFFGFMVVILRFFTITGKHTTLKMLMLTVGVSVCKSF----FIIFGM 1678
                        .|..:::|..|.|  :|...:..:...::.|:.|    ..|||    ::...:
  Rat  1384 TQCSPSMSAEENSRISITFFRLFRV--MRLVKLLSRGEGIRTLLWT----FIKSFQALPYVALLI 1442

  Fly  1679 FLLVFFYALAGTILFGTVKYGE--GIGRRANFGSPVTGVAMLFRIVTGEDWNKIMHDCM------ 1735
            .:|.|.||:.|..:||.:...:  .|.|..||.:....|.:|||..|||.|..||..||      
  Rat  1443 VMLFFIYAVIGMQVFGKIALNDTTEINRNNNFQTFPQAVLLLFRCATGEAWQDIMLACMPGKKCA 1507

  Fly  1736 --VQPPYCTLGNNYWETDCGNFTASLIYFCTFYVIITYIVLNLLVAIIMENFSLFYSNEEDALLS 1798
              .:|...|.|    ||.||: :.::.||.:||::..::::||.||:||:||.  |...:.::|.
  Rat  1508 PESEPSNSTEG----ETPCGS-SFAVFYFISFYMLCAFLIINLFVAVIMDNFD--YLTRDWSILG 1565

  Fly  1799 YADIRNFQNTWNIVDIHQRG-------VIPVRRVKFIL---RLLKGRLECDPQKDRLLFKYMCYE 1853
            ...:..|:..|...|...:|       |..:||::..|   :|...|:.|    .||:...|   
  Rat  1566 PHHLDEFKRIWAEYDPEAKGRIKHLDVVTLLRRIQPPLGFGKLCPHRVAC----KRLVSMNM--- 1623

  Fly  1854 LDKLHNGEDVTFHDVINMLSYRSVDIRKALQLEELLAREEFEYLV-------------------- 1898
              .|::...|.|:..:..|...::.|:....||:  |.||...::                    
  Rat  1624 --PLNSDGTVMFNATLFALVRTALRIKTEGNLEQ--ANEELRAIIKKIWKRTSMKLLDQVVPPAG 1684

  Fly  1899 --EEEVAKMTIRTWLEGCLKKIRAQNAS------KQQN--SLIAGLRATNE-QPVMRPNIQEDKA 1952
              |..|.|......::...:|.:.:...      .|:|  ||.||||..:: .|.:|..|..|..
  Rat  1685 DDEVTVGKFYATFLIQEYFRKFKKRKEQGLVGKPSQRNALSLQAGLRTLHDIGPEIRRAISGDLT 1749

  Fly  1953 PLGAVDKSAISTISGAV-------AGAC---------PPTSDAFSPTFSSTE--NEEKDGSSSAV 1999
            ....:||:....:|.|.       ||..         ..:...|..||::..  :..|.|::.|.
  Rat  1750 AEEELDKAMKEAVSAASEDDIFRRAGGLFGNHVSYYQSDSRSNFPQTFATQRPLHINKTGNNQAD 1814

  Fly  2000 VQLPHSE---------TSIAGTGSSA---TGAATATG-----------TSSGLGVGPP-----TV 2036
            .:.|..|         :|.:.|||:|   ....||.|           .|:..|.|||     .|
  Rat  1815 TESPSHEKLVDSTFTPSSYSSTGSNANINNANNTALGRFPHPAGYSSTVSTVEGHGPPLSPAVRV 1879

  Fly  2037 QSTA-----RHVMTVGKRGYALNRS---DSTGSSAGRKFLAPTSSDPQQRST----LSDKERLHI 2089
            |..|     :...:...:|..:::.   |.|.||..........|:|...||    ..|.|...:
  Rat  1880 QEAAWKLSSKRCHSRESQGATVSQDMFPDETRSSVRLSEEVEYCSEPSLLSTDILSYQDDENRQL 1944

  Fly  2090 TSQQRKKNSMTTLP-----HAGQLGQ--------LAKQRGGGGEATKSSSFFAQLNSEIGQFHYP 2141
            |..:..|..:...|     .:..||:        |.:|:..||:.::.::....|      .|:.
  Rat  1945 TCLEEDKREIQPSPKRSFLRSASLGRRASFHLECLKRQKDQGGDISQKTALPLHL------VHHQ 2003

  Fly  2142 TINAAAAAAAL 2152
            .:..|..:..|
  Rat  2004 ALAVAGLSPLL 2014

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
naNP_001096981.2 Ion_trans 361..654 CDD:459842 66/316 (21%)
Ion_trans 705..927 CDD:459842 64/253 (25%)
Ion_trans 1224..1497 CDD:459842 81/292 (28%)
Ion_trans 1545..1793 CDD:459842 75/280 (27%)
Cacna1cXP_063141552.1 None

Return to query results.
Submit another query.