DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment trio and Kalrn

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_651960.2 Gene:trio / 43974 FlyBaseID:FBgn0024277 Length:2263 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_038944566.1 Gene:Kalrn / 84009 RGDID:621865 Length:2989 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:2352 Identity:1015/2352 - (43%)
Similarity:1465/2352 - (62%) Gaps:226/2352 - (9%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     2 DGQRARDLLTLLQERVVFLTGGRDRRGGPLLCFPATPRRDRLKPEDLRRLLSYLISIPSDAAKNL 66
            ||.:|.|:|.:|:|:|.|::||||:||||:|.|||....||::.||||:|::||.|:||:.....
  Rat    31 DGLKASDVLPILKEKVAFVSGGRDKRGGPILTFPARSNHDRIRQEDLRKLVTYLASVPSEDVCKR 95

  Fly    67 GFTVIIDMRGNGNCSTNVKTILKVLQEHFSANIHNVVIIKPDNFWQKQRASISSHKYKFETTTVS 131
            ||||||||||:.  ...:|.:||.|||.|.|.||..:|||||||||||:.:..|.|:.|||:.||
  Rat    96 GFTVIIDMRGSK--WDLIKPLLKTLQEAFPAEIHVALIIKPDNFWQKQKTNFGSSKFIFETSMVS 158

  Fly   132 IESLNKIVESHQLTGDFEGQQLYDHQQWTDARLAIEDFFWQAGDMADRIDDLQEDLNRNDFAEDV 196
            :|.|.|:|:..|||.:|:|...|:|::|.:.||::|:||..|..:..|::||||.|.|.:|..||
  Rat   159 VEGLTKLVDPSQLTEEFDGSLDYNHEEWIELRLSLEEFFNSAVHLLSRLEDLQEMLARKEFPVDV 223

  Fly   197 PLARHAIDHHNEMRKKITKLPIEDLDMQGKKLLAKINAMAPPGGQAPTNSGGPDMDSGPSSAGQQ 261
            ..:|..||.|.:::||:.|.|:|:||.:|::||..|..           |.|        .:|:.
  Rat   224 EGSRRLIDEHTQLKKKVLKAPVEELDREGQRLLQCIRC-----------SDG--------FSGRN 269

  Fly   262 SQPSQQSRSVGGNPDMSAAVNKALRQIELIHTGQEKLLMLWQHKKVKLDQCFQWRLFEQDCEKMF 326
            ..|        |:.|..:.|.|....::.:|:.::.|..:|..:|:|||||||.||||||.||||
  Rat   270 CIP--------GSADFQSLVPKITSLLDKLHSTRQHLHQMWHVRKLKLDQCFQLRLFEQDAEKMF 326

  Fly   327 DWILHNRDVFQMSYVEIGHNYSVAKSLQDEHQKFAVASMNVSVNIDRILAVAARLIESQHYAAQH 391
            |||.||:::|..|:.|||.:|..|..||.:|..||:.|||..|||:||::||:||.|:.|||:|.
  Rat   327 DWISHNKELFLQSHTEIGVSYQHALDLQTQHNHFAMNSMNAYVNINRIMSVASRLSEAGHYASQQ 391

  Fly   392 IKTLAQRLDRTWKDFAAGLDERTAVLQLSVLFHHKAEQYCNSVASWAAACQASQPLPSDIQSLET 456
            ||.::.:||:.||.|||.||||:.:|.:|.:||.||||:.:.|.:|...| :...|||::|.||.
  Rat   392 IKQISTQLDQEWKSFAAALDERSTILAMSAVFHQKAEQFLSGVDAWCKMC-SEGGLPSEMQDLEL 455

  Fly   457 AIRTHQSLYEAMCQAYTEVHSTSKKLLYQLDHLVQVCNQPPPPGVPDHRKNSNNGSFNKYERQNP 521
            ||..||||||.:.||||||....|.||       .|..:|..||      ||        |....
  Rat   456 AIHHHQSLYEQVTQAYTEVSQDGKALL-------DVLQRPLSPG------NS--------ESLTA 499

  Fly   522 AADYSEGASHVLAVIHQILSHHRTLEAKWHQERLRLHQTLALRLFQEDVKQVLDWLKNHGEVFLR 586
            .|:||:....||.|:|::|.|.|.||:.|...::||||.|.|.:||:||:|||||::||||.||.
  Rat   500 TANYSKAVHQVLDVVHEVLHHQRRLESIWQHRKVRLHQRLQLCVFQQDVQQVLDWIENHGEAFLS 564

  Fly   587 KNTGIGRNFHKARVYQTSHDNFENVAQNTYSNAQKLLAAADELARSGEADPNEIYSVARELELQV 651
            |:||:|::.|:||..|..||:||.||||||:||.|||.||::||::||.||.|||..||.||:::
  Rat   565 KHTGVGKSLHRARALQKRHDDFEEVAQNTYTNADKLLEAAEQLAQTGECDPEEIYKAARHLEVRI 629

  Fly   652 GSFAERVEQRRRRLDMAVIFYTHEKDVTAWIDKLRTDVSTDETRLSQENLEGIERILQQYQRDQQ 716
            ..|..|||||:..|||:|.|:||.|::..|::.|:.:|..|   :..::::.::.:::|:|: ||
  Rat   630 QDFVRRVEQRKLLLDMSVSFHTHTKELWTWMEDLQKEVLED---VCADSVDAVQELIKQFQQ-QQ 690

  Fly   717 ESSVNVCLTTISQGEALLQEMRS--------LEYAD---------NTGSIAALEATLEKLNKQKV 764
            .::::..|..|.:||.|:|::||        .|..|         ::.||:.:|:.|::|:..:|
  Rat   691 TATLDATLNVIKEGEDLIQQLRSAPPSLGEPTEARDSAVSNNKTPHSSSISHIESVLQQLDDAQV 755

  Fly   765 ELEELWSARKFRADLILRLRYFERDARLLSVQMEMWSEEL--QHADL-SRDYQKAEQLIRMHNES 826
            ::|||:..||.:.|:.|:||.||:....::.:::.|:|:|  |..|. :.|...|||.::.|.|.
  Rat   756 QMEELFHERKIKLDIFLQLRIFEQYTIEVTAELDAWNEDLLRQMNDFNTEDLTLAEQRLQRHTER 820

  Fly   827 VTEIQNATYEVVQQGQDLLQLF---ENAGFISMADATHTAQARIEYLLDFLREREIDLEEMSEAK 888
            ...:.|.|:||:||||||.|..   :.:|...:.:......|:::.||:||.|::.:||..:|..
  Rat   821 KLAMNNMTFEVIQQGQDLHQYIMEVQASGIELICEKDVDLAAQVQELLEFLHEKQHELELNAEQT 885

  Fly   889 RAKLEQAVQLCQFQNDANQVISWIRNGEAMLVASFVTPNSLQEAEQLRKGHEQFQIAIE------ 947
            ..:|||.:||...|.:..||:.||||||:||.||.|..:||.|||||::.|||||:|||      
  Rat   886 HKRLEQCLQLRHLQAEVKQVLGWIRNGESMLNASLVNASSLSEAEQLQREHEQFQLAIESLFHAT 950

  Fly   948 ---KTHTSAVQVKYRADALINANHYDPLSIDEISDDVTKKWQQLVTYAEERHKLVTASINFYKTA 1009
               |||.||:||:.:|:||:.|.|||..:|.|.::.|...||||:...|:|.|||.||:.||||:
  Rat   951 SLQKTHQSALQVQQKAEALLQAGHYDADAIRECAEKVALHWQQLMLKMEDRLKLVNASVAFYKTS 1015

  Fly  1010 EQVCSVLDSLEREYKREDDWCDGGGGSDK------AQAIVQLISKHQEQKEAFLKACTLARRTAE 1068
            |||||||:|||:||:|::|||   ||.||      ...::.|:|||.|||||||||||||||.||
  Rat  1016 EQVCSVLESLEQEYRRDEDWC---GGRDKLGPAAEMDHVIPLLSKHLEQKEAFLKACTLARRNAE 1077

  Fly  1069 TFLKYANRSQ----QCYQYKGNCEGHVKSKLDKLLTQENQVLDYWTLRKKSLDQCQQFVLFERSA 1129
            .||||.:|:.    ....:....|..||:.|.:||.:||:||.:|||:|:.||||||:|:|||||
  Rat  1078 VFLKYIHRNNVSMPSVASHTRGPEQQVKAILSELLQRENRVLHFWTLKKRRLDQCQQYVVFERSA 1142

  Fly  1130 KQAIEWIHNTGEAYLSSRSNLVGISKEETEGLLKEHNEFRSTAKETRERVKLLIQLADSLVEKGH 1194
            |||::||..|||.|||:.:: .|.:.|||:.||||:.|||..||:|:|:||||||||||.|||||
  Rat  1143 KQALDWIQETGEYYLSTHTS-TGETTEETQELLKEYGEFRVPAKQTKEKVKLLIQLADSFVEKGH 1206

  Fly  1195 AHASDIKQWVASVDQRYKDFSNRMDSYCEQLEKSLGMSQQQLLLGSDGNSS-----ISSSSGDRH 1254
            .||::|::||.:||:.|:|||.||..|...|||:||::       ::.|..     |.:|..|| 
  Rat  1207 IHATEIRKWVTTVDKHYRDFSLRMGKYRYTLEKALGVN-------TEDNKDLELDIIPASLSDR- 1263

  Fly  1255 SDPTLEAKLNSSNKENKEINEEKRKSARRKEFIMAELMQTERAYVNDLATCIKCFLEEFRAG-KS 1318
                 |.||..:   |.|:|||||||||:||||||||:|||:|||.||..|::.:|.|..:| :.
  Rat  1264 -----EVKLRDA---NHEVNEEKRKSARKKEFIMAELLQTEKAYVRDLHECLETYLWEMTSGVEE 1320

  Fly  1319 VPSALIGQEDVIFGNIKEIHHFHQKIFLRELEKYETMPEDVGHCFVTWASKFDMYVHYCKNKPTS 1383
            :|..::.:|.:|||||:||:.||..|||:||||||.:||||||||||||.||.|||.||||||.|
  Rat  1321 IPPGILNKEHIIFGNIQEIYDFHNNIFLKELEKYEQLPEDVGHCFVTWADKFQMYVTYCKNKPDS 1385

  Fly  1384 NNLLVQHGGSFFEELQRRLEVDHPLPAYLIKPVQRITKYQLLLKDLLSCCEESHGEIKEGLEVML 1448
            |.|:::|.|:||:|:|:|..:.:.:.:||||||||:||||||||:||:||||..||:|:||||||
  Rat  1386 NQLILEHAGTFFDEIQQRHGLANSISSYLIKPVQRVTKYQLLLKELLTCCEEGKGELKDGLEVML 1450

  Fly  1449 NVPKKANDAMHLSLLENCDVSVDKLGEVVLQDAFQAWDTKQIIRKGRERRVFLFELYLLFAKEVK 1513
            :||||||||||:|:||..|.::|..||::||||||.||.|.:|||||||.:||||:.|:|:||:|
  Rat  1451 SVPKKANDAMHVSMLEGFDENLDVQGELILQDAFQVWDPKSLIRKGRERHLFLFEISLVFSKEIK 1515

  Fly  1514 ESN-VVKYQFKSKLMTTDMGITEHIEGDETKFAVWTGRSPMLSDCRIVLKATSLETKQIWVKKLR 1577
            :|: ..||.:|:||:|:::|:|||:|||..|||:|:||:|. ||.:.||||:::||||.|:|.:|
  Rat  1516 DSSGHTKYVYKNKLLTSELGVTEHVEGDPCKFALWSGRTPS-SDNKTVLKASNIETKQEWIKNIR 1579

  Fly  1578 EVMQETC--FSGT---SLTLPKSPAKHSGSSQRSS-RDLDEQLT-ENDHDRCSLASFGSGNTTDS 1635
            ||:||..  ..|.   .:.|||:|||...:|:|.. .|.|.|.. .:..|..|:||..|.||.:|
  Rat  1580 EVIQERIIHLKGALKEPIQLPKTPAKLRNNSKRDGVEDGDSQGDGSSQPDTISIASRTSQNTVES 1644

  Fly  1636 DNKLGNQEATWVVADYIATSGSNELSVSKGQQVEIVEPPTAGEPDFCLVRLNPQHDDAAVQEGLV 1700
            |...|..|.|.|:.|:.| :.|:|||:..||.||::|.|:. .|.:||||..   :.:..|||||
  Rat  1645 DKLSGGCELTVVLQDFSA-AHSSELSIQVGQTVELLERPSE-RPGWCLVRTT---ERSPPQEGLV 1704

  Fly  1701 PVSVL---------------KPPPGSHKHGSGTAANAASSAGSQKSDMQDQSNRSKADALSSSTK 1750
            |.|.|               .....|:.|.||.....:.|..:.:|.....|..|     |...|
  Rat  1705 PSSTLCISHSRSSVEMDCFFPLVKDSYSHSSGENGGKSESVANLQSQPSLNSIHS-----SPGPK 1764

  Fly  1751 RRGFSGRNWLPL-MNRKGTDKPPSSKPLVKKPSEKNLRTPQKHAEELAEQQNQQPGASPATVLPS 1814
            |...:.:.||.. :.|..:.|...:   :||  :|.:|..:|.    .:..:.:||..   ..|.
  Rat  1765 RSTNTLKKWLTSPVRRLNSGKADGN---IKK--QKKVRDGRKS----FDLGSPKPGDE---TTPQ 1817

  Fly  1815 SQFPSSTQHPGGAGAGDYEPDEEVGLELPPPMK-----PIQE--PHLIANGPPAFAKDAKESSGN 1872
            .   .|.......|.|:.|||||....||||||     |.|:  ..|:|         |:::..:
  Rat  1818 G---DSADEKSKKGWGEDEPDEESHTPLPPPMKIFDNDPTQDEMSSLLA---------ARQAPTD 1870

  Fly  1873 MASPGKMDGNPLSEIEEIVKTTTEQHESNSRVDGG---GGVENASTNGHGRSHDNNDESHTAVSD 1934
            :.:...:    :|.||::||       |...::||   |.:::.:...:..........:.....
  Rat  1871 VPTAADL----VSAIEKLVK-------SKLTLEGGSYRGSLKDPTVCLNEGMAPPTPPRNLEEEQ 1924

  Fly  1935 KAAALKKRQCVFAELMSTEEAYVQDLHEIVNGYMTEINNTNSDIPMPEDLKGGKMKLVFNNIKDI 1999
            ||.||:.|..|..||:.||:.||:||..:|.|:|..|....    :|||:: ||.|:||.||..|
  Rat  1925 KAKALRGRMFVLNELVQTEKDYVKDLGIVVEGFMKRIEEKG----VPEDMR-GKEKIVFGNIHQI 1984

  Fly  2000 YEWHRDFFLRALRNCQKSPADLGPLIKRSATKFALYYTYCSNKPLSEYIVSAHYQYFDSIRQKLG 2064
            |:||:||||..|..|.:....|..|..:...|..:|..||.|||.|||||:.:..||:.::|::.
  Rat  1985 YDWHKDFFLAELEKCIQEQDRLAQLFIKHERKLHIYVWYCQNKPRSEYIVAEYDAYFEEVKQEIN 2049

  Fly  2065 HRLDLSNLIIKPVQRITKYELLIKEIIKATEGAGLYKEVPMLQEAYQQMKVVVKTVNDMMVVLRS 2129
            .||.||:.:|||:||||||:||:|:.::.:|.|||  |...:::|.:.|.:|.|..||||.:.| 
  Rat  2050 QRLTLSDFLIKPIQRITKYQLLLKDFLRYSEKAGL--ECSDIEKAVELMCLVPKRCNDMMNLGR- 2111

  Fly  2130 LQDFDGEITAQGSLLMQGPMNCV-VDAAQKHR--ELQVFLFQQIIIFADIEKTKNQYASPIFKYR 2191
            ||.|:|.:||||.||.|.....: :||..:.|  |.:||||:||:||:::  .:....:|.:.::
  Rat  2112 LQGFEGTLTAQGKLLQQDTFYVIELDAGMQSRTKERRVFLFEQIVIFSEL--LRKGSLTPGYMFK 2174

  Fly  2192 SHIQLNHMQMKELGD---CRFQI--RSTDPKIPEMTIICQAASQENYAGWRDMLNKILQQQNDLI 2251
            ..|::|::.::|..|   |:|.:  |.|..:     :|.|||:.:....|...:|::|:.|.|.:
  Rat  2175 RSIKMNYLVLEEDVDDDPCKFALMNRETSER-----VILQAANPDIQQAWVQDINQVLETQRDFL 2234

  Fly  2252 FMLSNPLSTKNK 2263
            ..|.:|:..:.|
  Rat  2235 NALQSPIEYQRK 2246

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
trioNP_651960.2 SEC14 13..152 CDD:214706 75/138 (54%)
SPEC 314..>468 CDD:238103 83/153 (54%)
SPEC 563..778 CDD:238103 97/231 (42%)
SPEC 782..997 CDD:238103 93/229 (41%)
SPEC 897..1119 CDD:238103 125/240 (52%)
SPEC 1125..1226 CDD:197544 60/100 (60%)
RhoGEF 1287..1456 CDD:279015 106/169 (63%)
PH1_Kalirin_Trio_like 1462..1584 CDD:270060 69/122 (57%)
PH 1495..1580 CDD:278594 47/85 (55%)
SH3_Kalirin_1 1643..1707 CDD:212786 28/78 (36%)
RhoGEF 1945..2122 CDD:279015 75/176 (43%)
PH2_Kalirin_Trio_p63RhoGEF 2130..2260 CDD:270061 43/137 (31%)
KalrnXP_038944566.1 SEC14 42..180 CDD:214706 75/139 (54%)
SPEC 193..413 CDD:238103 103/246 (42%)
SPEC 314..539 CDD:238103 116/246 (47%)
SPEC 540..769 CDD:238103 97/232 (42%)
SPEC 894..1132 CDD:238103 125/240 (52%)
SPEC 1138..1238 CDD:197544 60/100 (60%)
RhoGEF 1287..1457 CDD:238091 106/169 (63%)
PH1_Kalirin_Trio_like 1464..1586 CDD:270060 69/122 (57%)
SH3_Kalirin_1 1652..1711 CDD:212786 28/63 (44%)
SH3-RhoG_link 1708..1892 CDD:406906 49/223 (22%)
RhoGEF 1935..2104 CDD:395496 75/175 (43%)
PH2_Kalirin_Trio_p63RhoGEF 2109..2243 CDD:270061 44/141 (31%)
SH3_Kalirin_2 2327..2385 CDD:212787
Ig strand A 2466..2469 CDD:409353
I-set 2474..2568 CDD:400151
Ig strand A' 2482..2485 CDD:409353
Ig strand B 2491..2498 CDD:409353
Ig strand C 2504..2512 CDD:409353
Ig strand C' 2515..2517 CDD:409353
Ig strand D 2523..2532 CDD:409353
Ig strand E 2534..2538 CDD:409353
Ig strand F 2547..2555 CDD:409353
Ig strand G 2558..2568 CDD:409353
FN3 2572..2663 CDD:238020
STKc_Kalirin_C 2693..2940 CDD:271017
Blue background indicates that the domain is not in the aligned region.


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 00.000 Not matched by this tool.
Domainoid 1 1.000 235 1.000 Domainoid score I2286
eggNOG 1 0.900 - - E1_KOG4240
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 00.000 Not matched by this tool.
Inparanoid 1 1.050 1737 1.000 Inparanoid score I62
OMA 1 1.010 - - QHG46230
OrthoDB 1 1.010 - - D4513at33208
OrthoFinder 1 1.000 - - FOG0002562
OrthoInspector 1 1.000 - - otm46332
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_103664
Panther 00.000 Not matched by this tool.
Phylome 1 0.910 - -
SonicParanoid 1 1.000 - - X1686
SwiftOrtho 1 1.000 - -
TreeFam 00.000 Not matched by this tool.
1211.780

Return to query results.
Submit another query.