DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment rdog and cft-1

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_651678.1 Gene:rdog / 43450 FlyBaseID:FBgn0039644 Length:1374 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_504463.1 Gene:cft-1 / 178939 WormBaseID:WBGene00000477 Length:1247 Species:Caenorhabditis elegans


Alignment Length:1367 Identity:320/1367 - (23%)
Similarity:596/1367 - (43%) Gaps:190/1367 - (13%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    12 KNPFTKANFFSQWSFWWMRDLFKRGLQGPLTDEELYQHRKTLDSERVTNKFAELWEDELKRSNPS 76
            :|...|::|.|:.....:..|.::.....:|.::|....:...|.||.:.|.  |:   ||    
 Worm    21 ENEQAKSSFASKLLELPVSKLLQKCRSSTITVDDLPILEEKQCSNRVMSGFK--WK---KR---- 76

  Fly    77 VVRMILRAYGKIFVPMGLAFSISETICKSLMPLFLGGLVGYFATNQTDISENTAYLYAMGIVICM 141
            |:..||..:.|.|.. ..||.:..........|.|..|:        |.:|.:|.|:...|:..:
 Worm    77 VIFSILMKFWKSFAG-AFAFRMCAIFADYASILLLKYLI--------DSAEISATLFNFFIIAVL 132

  Fly   142 LVPVITFHPFIF--YIFQVG---TKLRLALSGLIYRKVLQVSKSSSNDGLRGRAINILSNDLGRF 201
            ::..:.....:.  :.:.||   .::...|:.:|.:|.|.:: |.:.|..|.:...:|:......
 Worm   133 ILFFMQLKSLLLGVHTYLVGEDSVEMVTVLNNIIVKKALHLT-SENTDWNRSKISKLLTTHSEAV 196

  Fly   202 DVALCFLHDTWKGPMESILIGFLMYREIGISAVIGVSFM----LSFIPLQAWAAKKAAYYRQMTA 262
            ...|.::|.:....:|..:..|.::..:|...:|.|..:    ..|..:.::..||:.   ::..
 Worm   197 SNGLAYVHHSCSALIELTIALFWIWETLGTRTIIVVLIVALVYAVFNIIDSYVYKKSL---KVQL 258

  Fly   263 ERTDMRVKLMNEIIQGIQVIKMYAWEKSFARVIAEVRLKEVKAIRGTAYIHAALGCTSMISPLSV 327
            :..|.||:....::..::.|||::||..|.:.:..:|.||:...|.|..|::.:...::.||..:
 Worm   259 KCRDERVEFEKTVLNSMETIKMFSWEPHFWKKLKSMRGKELSVFRKTLSINSFMHSLNVTSPFVI 323

  Fly   328 -FLALCSY--VYLGDPLTAQKVYTVSSYFNMLNDSMVTFWPMSITFIAEALVSAKRCKDFLLDGD 389
             |::...|  .|....|..:..:.:.:.||.:...:....| |:..:.:||.||.....||:   
 Worm   324 TFVSFAVYGLQYEISALRFEDAFVLIAIFNYMRRPLHVIIP-SLEIVDKALHSATIINQFLI--- 384

  Fly   390 KAEVPINLEANQQTGKNKRKISKKD-KQKNVELNGSLLSNGQVHHNRLRDYDPEATKKCVVLKNV 453
                          .|...||:.|. .|..||                .|.|       :.:.|.
 Worm   385 --------------VKQSPKINTKTAPQPPVE----------------PDLD-------IKILNA 412

  Fly   454 SASWDTSDGHANCAIEDFSTDIKDQTLAAVVGPVGAGKSSFLNVLLGEVGIDKGEAMVHGKISYA 518
            :.||:..|...|    |....:|.....|.:|....||||.|..:.||:.:.||...|...||:|
 Worm   413 NFSWNGKDDTLN----DVCVHVKKGEKHAFIGFPLCGKSSLLFSITGELKMTKGNMWVSKGISFA 473

  Fly   519 SQESWVFEGTIRDNIVFVEDYNERRYKKVVKVCGLERDMELLPRGDLTVVGERGVSLSGGQKARV 583
            ....::|..::::||:|..||.:.:|.||:..|.|::|:..|||.:.||:|::|..|:..|||::
 Worm   474 PASPYIFSQSLKENILFGNDYVKSKYDKVIMACDLKKDIFSLPRCEATVLGDKGYVLTSTQKAQI 538

  Fly   584 SLARAVYRKADIYLLDDPLSAVDTHVGKHIFDRCIRD--FLSNKIRILVTHQVQYL--FDVEHLL 644
            ||||.:|..||||.||.....:|......||.|.:.:  :|.:|..||.|:.::.:  |.:.|:|
 Worm   539 SLARCLYEDADIYALDKAFGPMDRTTSNKIFTRVLGENGYLRDKTVILATNNIELIKTFTMVHVL 603

  Fly   645 LMGSGKIMAQGSYQELQRSRQFQFLEQTQHDESGIDTHSVSSYLSRSDSEKSMEHQHNQLLRP-- 707
              .:|||...|||.        |.||.::         .:|..|::|..:|.:|.:::....|  
 Worm   604 --KNGKIETSGSYD--------QILECSE---------IMSDLLNQSRIDKIIEEKYSDEKPPRK 649

  Fly   708 ----DEHVEDVNQEQQTVGSI-----KMHVYASYIKALDSTFLLGIVISLFVCARIMLTGVDYFL 763
                |:.|....:::|::...     ...||..|.:: .|.......|.|.:|..:......::|
 Worm   650 TVMFDDKVLKKRKKKQSMEDTAPVFENRSVYPFYFRS-GSFIFTAFYIVLLICRFVFQALAFFWL 713

  Fly   764 SRWV--IWEEQIAVNRTTTLLNETDTTIANDTLPINATDPYIAPLLASDIQAGIRQELVLFYATI 826
            |.|:  :|::                 :..:..|                |....|.:..|..:.
 Worm   714 SFWLDPVWKK-----------------VECENCP----------------QYVFIQTMSFFAISA 745

  Fly   827 LGATLIVYLIRTFGFFKMCLRISLHLHDRLFRGITRASMYFFNTNSSGRILNRFSKDIRTVDTDL 891
            :.:|::.|   || |....::.|..|:..:...|....|.|.:..:...::|..:.|:..|||..
 Worm   746 IISTMLSY---TF-FVLTNVQTSRKLYQHITSAIFAVPMIFLSPTNKESLMNMITSDLDIVDTQF 806

  Fly   892 P---HTLLDCLAFIIDVSGVVIIVAIANYWLLIPAAIIGVILGMIRYLYVNTSRSVKRLESISRS 953
            |   ....:|...|:.:..:| .|.:..:.:.:.|.:| .::|::|| ::.....:..||...|.
 Worm   807 PLFFKFSFECTLHILMIFAIV-CVNVPVFAIFVVAFLI-FLVGLLRY-FLPALHKISSLEEQKRD 868

  Fly   954 PVFSLTNQTFQGLTTIRAL-QAQSALEQEFHEYQNTNTSAWFLF------LSCTRAFALWSD--- 1008
            .....:.:.|:....:|.. :.:..|.:       |:.:|..|.      .|..|..:|.::   
 Worm   869 LFLCGSIEDFEARIMVRTFGKTRQTLAK-------TSVNADILTRCRMARYSTLRWISLRTEFIS 926

  Fly  1009 --VLCIVYMTAVTFSFLLLKDEFDSGDVGLAILHSTTMTGMCQWGMRQTAELENQMTSVERVLEY 1071
              ::|:.:..|   |..|..|...:....|::.....::.:....:|.|..||:....|:|:...
 Worm   927 NLMICMCFFIA---SICLKVDYIGNAQFALSVASILCISELVSTFIRTTCILESLTPHVQRISNV 988

  Fly  1072 TEQPSEALLETPEKFKPKSEWPSKGRIEFINFKLRYSPKEAPVLKDLNFTIEPREKIGIVGRTGA 1136
            .|.|.|.::   :|...:..||..|:||..|..: ::.|...|:||::..||.|||:||:|:.|:
 Worm   989 REYPKEPMI---DKCTIRDSWPDDGKIEIKNLNV-FANKYRHVIKDVSLVIEEREKLGIIGKVGS 1049

  Fly  1137 GKSSIIQSIFRL--ACNEGMIRIDDVDIEHIGLHDLRSQVSIIPQDPVLFSGTLRYNLDPMDERS 1199
            |||.:.:::..:  |..|..|.:||:||..:.:..|||::::|||...:||.|||.|:||..:.:
 Worm  1050 GKSQLAKTLVMMSSADKESHIVVDDLDIFEMSVKTLRSRITVIPQKAKIFSDTLRSNIDPCCQFA 1114

  Fly  1200 DEEMWKALGDVELRSYVSTLIGGLNCRMYDGGSNFSVGQRQLVCLARAILRHNKILIMDEATANV 1264
            |.::|.|:...:||.||.:|..||:..:  .....|..|:..|.:.||:|:..:|.::|::|..:
 Worm  1115 DSDIWLAIEACQLREYVKSLPDGLHQMV--SPEKMSNEQKCQVNVCRALLKGGQIFVIDQSTKMM 1177

  Fly  1265 DPETDKLIQQTIRSKFAHCTVLTIAHRLHTVMDSDRVLVMDAGEVRELGHPYELLQRTGGYLRQL 1329
            ......|:.:.||:.....|.:.|......|...|||:|::.|.:.....|..|:...|...:.|
 Worm  1178 KEPIKSLVNEAIRNSLKQSTTIWIGEDFSDVEHCDRVVVIENGVILTTDTPQNLISEFGSLQKCL 1242

  Fly  1330 VD 1331
            ::
 Worm  1243 LN 1244

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
rdogNP_651678.1 MRP_assoc_pro 14..1323 CDD:188098 317/1355 (23%)
cft-1NP_504463.1 MRP_assoc_pro 67..1236 CDD:188098 309/1311 (24%)

Return to query results.
Submit another query.