Protein Alignment Smg6 and smg6

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_651321.1
• Gene: Smg6 / 42994
• FlyBaseID: FBgn0039260
• Length: 948
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001410781.1
• Gene: smg6 / 100334020
• ZFINID: ZDB-GENE-081107-52
• Length: 1562
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 1041
• Identity: 262/1041 - (25%)
• Similarity: 447/1041 - (42%)
• Gaps: 207/1041 - (19%)

  Fly    16 IGTLPKR----LQNKIAASCSHAAAAATTTKALETENAENAEPVATTANASR-------PVEILS 69
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Zfish   613 VGSPPVRQGEFFQNQQAAAMAY----------YKFQNSDNPYCYPVSANSPNTPPRYPYPYQIPY 667

  Fly    70 NASTGGGKPDAQSKQPVLDTSGKMAWEGGIPGILRVTTSVAGDVNRNGQGQGKNKSGNSARRRGR 134
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Zfish   668 QIPGSNGMYPASAMTSFYGPYG----QGG-PGYPSPTVSAL--TPEEAEVQTRGELGKFLRL--A 723

  Fly   135 KDKEHATQSPVTRTRLTTEHPDWFEPLLGLPHAKNIVHLYDQLMVLNQRNLILINWKNFCYIHDQ 199
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Zfish   724 DSQELQLSNLLSRERLSQE---------GL---ERMAQLRAELLTI------------------- 757

  Fly   200 LQDAFKQLLLEQLKFVCEHKVDVFFWKLLFYNV----RNYLKRQQTD---QAHTHTLLLIEQAIK 257
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Zfish   758 ----YERVILTDIEFSDSQNVDQTLWKNVFYQVIERFRQLLKDQNSDTAPQIKTMLMTILEEGAV 818

  Fly   258 FYRMLYDKLMA----------KCVASSRCDSALKVV------AQRLLICLGDLTRYRVNHVKATD 306
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Zfish   819 FFDSLLQKLQSVFQFKLQDYMDCMA-IRARPLRKTVKYALISAQRCMICQGDIARYREQASESAN 882

  Fly   307 YMEAARYYQRAQELVPGNGAPFNQLAVISIYHHKRFDAVYYYVRSLLTSNSIQSAKESLLDLFDE 371
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Zfish   883 YGKARSWYLKAQQIAPKNGRPYNQLALLAVYTKRKLDAVYYYMRSLAASNPILTAKESLMSLFEE 947

  Fly   372 IRRKYEETE--MKQ-------SPMHYAAGSKNQKSKQMRKEVWIYPDGIRRLHR-TDDKGNKAKG 426
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Zfish   948 AKRKADQVERRLKQDSDGSAHGPKGHTGGRRGEDA--ARVEIWIRPSEVSGTSRPTGSESGKDSE 1010

  Fly   427 NKATMAEVNRYEEMPPEEILPRIVSLYLYLLGKLYTGTDVDSLYPLLRKLQIQIGVALRHE-NLL 490
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Zfish  1011 QDGELGALS------ASDLNKRFILSFLHAHGKLFTKVGMESFPAVANRVLLEFRALLQHSPSPL 1069

  Fly   491 SRSKLLKIVALNLFVVEHNKPKT-----SRREMRYHSFNFANSFFGLMMKKTNQLLAGFVEDSTN 550
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Zfish  1070 GSTRMLQIITINMFTIYNAQIRAKGQGETRSALEEQAISLGLAMFGLLVQRCTELL-----KETP 1129

  Fly   551 VQCLP------------EEDFATVNTY-------LQFVNVYVRWLSISLDVWEPVRSEEHSFIDC 596
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Zfish  1130 TEPIPAEELGEFDEMDDEEGMVRVSVFPHDLRELLPSMKVWSDWMLGHPEKWNPPPCSMQGSPDV 1194

  Fly   597 W---AELTILFEYI---ECLM------GKHKLEKNEILLDEDVALRGFTPLGRETLSMDYLKRGS 649
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Zfish  1195 WQCLADLCNSFSRVYHGEVLLYKADADGEGDEELRVLQLEEDKMLSGFVPLLAAPQDACYTDQGT 1259

  Fly   650 ER--LQFFERVRRIGQFQEYYVQHQE-----------ALQQPLESSFTVEHLNAAMKNALENYD- 700
            :.  ....:||..:..|.|.....:|           ::..||..|...|:      .|.|..|
Zfish  1260 DAAIAADCKRVTVLKYFLEALCGQEEPLLAFKGGKYISMAAPLTPSINTEN------KAQEQEDD 1318

  Fly   701 --AESCGLAANVSKIQCKAVEELLCRSTDSDVSELCKLKKELEAKARVKQICTSKLEDILKFVDT 763
              .|...|:|:..:|.    .|:....::.|:.||...:..|..|...:|....|::.:|: ...
Zfish  1319 VIVEESSLSASEGEID----GEMEGDGSEDDIRELRARRHALAHKLAQQQKRRDKIQAVLQ-TGG 1378

  Fly   764 KIYIEVRPRYLLPDTNCFIDCLEDFEKLSTEFKRYTLIIPLTVVKELDGLSKGVKLDSYRSSKQT 828
            ::.|||||.||:||||.|||.||...|| .....|.|::||.|:.|||||:||     ..|.:..
Zfish  1379 QLEIEVRPFYLVPDTNGFIDHLEGLRKL-LACGTYILVVPLIVITELDGLAKG-----QDSREGV 1437

  Fly   829 QRIHHFDEVSSRAKKSLEFIKSA----KGNVKCATTKGSFVNASVFALVEE--EYLSNDDKILAT 887
            ....|..:|..||:.::.|::.|    ..:::..|::|:.:.:..|...:.  :..:|||.||:.
Zfish  1438 GNGAHARQVQDRARAAVMFLEKAFESRDPSIRALTSRGNTLESIAFRSEDTSGQKGNNDDVILSC 1502

  Fly   888 AMAVSKTAKTEQCTD-----------GKCFIQTELVLITTDRNLRVKALSRNLAVSALDEFLQWA 941
            .:        ..|.|           |...::.|:||:|.|||||||||:||:.|..:..||.||
Zfish  1503 CL--------HYCQDKAKDFMPAERNGPVRLRREVVLLTDDRNLRVKALTRNVPVRDIPAFLIWA 1559

  Fly   942 K 942
            |
Zfish  1560 K 1560

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Smg6	NP_651321.1	EST1	219..298	CDD:463062	32/101 (32%)
		EST1_DNA_bind	310..639	CDD:431239	95/375 (25%)
		PIN_Smg6-like	767..941	CDD:350233	66/190 (35%)
smg6	NP_001410781.1	PTZ00121	<168..>514	CDD:173412
		EST1	773..878	CDD:463062	34/105 (32%)
		EST1_DNA_bind	886..1245	CDD:431239	93/371 (25%)
		TPR repeat	900..928	CDD:276809	15/27 (56%)
		PIN_Smg6-like	1382..1559	CDD:350233	66/190 (35%)