DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Cftr and Cftr

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_651269.1 Gene:Cftr / 42928 FlyBaseID:FBgn0039207 Length:1402 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_006236159.2 Gene:Cftr / 24255 RGDID:2332 Length:1665 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1593 Identity:439/1593 - (27%)
Similarity:735/1593 - (46%) Gaps:320/1593 - (20%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     9 RKNPRQHANIISQLIFAWAIPLLYRGSRRGLNTDDLTQCLKEDRSEQLGDRLEDQWFKELERSHR 73
            :|:|.:.|:.||:|.|:|..|:|.:|.|..|...|:.|....|.::.|.::||.:|    :|...
  Rat   191 QKSPLEKASFISKLFFSWTTPILRKGYRHHLELSDIYQAPSSDSADHLSEKLEREW----DREQA 251

  Fly    74 KKQKPHLRNALFRCFLGPTIINGLICFIYIVIKTLIPAVLAQLLIQFQKTPVAQLRNIDVNDISI 138
            .|:||.|.:||.|||:...:..|::.::..|.|.:.|.:|.:::..:                  
  Rat   252 SKKKPQLIHALRRCFVWRFVFYGVLLYLGEVTKAVQPVLLGRIIASY------------------ 298

  Fly   139 SDSLNRTARAIPNYVLSQAVANSSGSPGDALFPKSLDKAGPLEPIQPPVEEVDHNATAVRSILDQ 203
             |..|...|:|..|:                                                  
  Rat   299 -DPDNTEERSIAIYL-------------------------------------------------- 312

  Fly   204 TVEHMWNDMNSLGAVL--VLSTLF---CCFLLHHVDLRQRLMGARMRIACCSLIYRKTLRLSMKT 263
                      .:|..|  ::.||.   ..|.|||:       |.:||||..||||:|||:||.:.
  Rat   313 ----------GIGLCLLFIVRTLLLHPAIFGLHHI-------GMQMRIAMFSLIYKKTLKLSSRV 360

  Fly   264 AGQTPAGYLINLLSNDVNRLDYGFIFMHWIWIMPLQAMLTCYLIWLNIGIPAIVGVVGLLLKTVP 328
            ..:...|.||:||||::|:.|.|....|:|||.|||.:|...|:|..:...|..| :|||:..|.
  Rat   361 LDKISIGQLISLLSNNLNKFDEGLALAHFIWIAPLQVVLLMGLLWDLLQFSAFCG-LGLLIVLVI 424

  Fly   329 VQTALSKVTSVLRMRIAERTDARVGIMNELVQGIQVIKMYAWEKPFQAVVAEARRSEIKQIRYAS 393
            .|..|.|:....|.:.|.:.:.|:.|.:|::..|..:|.|.||...:.::...|..|:|..|.::
  Rat   425 FQAILGKMMVKYRDKRAAKINERLVITSEVIDNIYSVKAYCWESAMEKIIESLREEELKMTRRSA 489

  Fly   394 YLRGFYLSTMVFTERSTLYITLAAAALMGQTITADFVFSAASYYNILQLVAAIWYPLAVSFGAEA 458
            |:|.|..|...|:....:::::....::...:... :|:..|:..:|::.....:|.||....::
  Rat   490 YMRFFTSSAFFFSGFFVVFLSVLPYTVINGIVLRK-IFTTISFCIVLRMSVTRQFPTAVQIWYDS 553

  Fly   459 LVSLRRIQDFLMLEGREERTQGLTHKRDQEGGDSRAVTIKDINASWD------IEKPQ------K 511
            |..:|:|||||..:..:.....|..         ..:.::::.|.|:      :||.|      |
  Rat   554 LGMIRKIQDFLQTQEYKVLEYNLMF---------TGLVMENVTAFWEEGFQELLEKVQLNNDDRK 609

  Fly   512 T-------------------LQSINLQIEKGQLCAVIGPVGAGKSSILQLLLGELPVIDGGVFIQ 557
            |                   |::|||.|:||::.|:.|..||||:|:|.|:||||...:|.:...
  Rat   610 TSNGENHLSFSHLCLVGNPVLKNINLNIKKGEMLAITGSTGAGKTSLLMLILGELEASEGIIKHS 674

  Fly   558 GDLSYAAQEPWLFTGSVRNNILFGEEFDRKRYQEVTRCCALSTDFQQLPNGDKTLVGERGASLSG 622
            |.:|:::|..|:..|:::.||:||..:|..||:.|.:.|.|..|..:....|.|::||.|.:|||
  Rat   675 GRVSFSSQISWIMPGTIKENIIFGVSYDEYRYKSVVKACQLQEDITKFAEQDNTVLGEGGVTLSG 739

  Fly   623 GQRARISLARAVYKPAQIYLMDDPLSAVDAHVGRHLFDEVIGPRGRLAQLKA--TRILVTHQVHF 685
            ||||||||||||||.|.:||:|.|...:|......:|:..:      .:|.|  ||||||.::..
  Rat   740 GQRARISLARAVYKDADLYLLDSPFGYLDVLTEEQIFESCV------CKLMASKTRILVTSKMEQ 798

  Fly   686 LSEADVIVIVDQGRILRQGTYQELINSDLDFARLL------------------------------ 720
            |.:||.|:|:.:|.....||:.||.:...||:..|                              
  Rat   799 LKKADKILILHEGSSYFYGTFSELQSLRPDFSSKLMGYDTFDQFTEERRSSILTETLRRFSVDDA 863

  Fly   721 ----ERPKEE-----EEGENSRN---------------QTSPLSVNSLESDD---EDIPFIDGVK 758
                .:.|:.     |.||..:|               |.:|||:.. ||||   ..:..:...:
  Rat   864 STTWNKAKQSFRQTGEFGEKRKNSILSSFSSVKKISIVQKTPLSIEG-ESDDLQERRLSLVPDSE 927

  Fly   759 DGYQQL---------------RKQS---------SSVHGS------------------------- 774
            .|...|               |:||         |||..|                         
  Rat   928 HGEAALPRSNMITAGPTFPGRRRQSVLDLMTFTPSSVSSSLQRTRASIRKISLAPRISLKEEDIY 992

  Fly   775 ---KSLDST-QLDDNVDEDDLAEAQASGGIS-PRV--WYEY-----FHAGSTLLSFSFMVFVMVM 827
               .|.||| .:.:.::|:||.|......:. |.|  |..|     .|.|    .|:.:::.:::
  Rat   993 SRRLSQDSTLNITEEINEEDLKECFFDDMVKIPTVTTWNTYLRYFTLHRG----LFAVLIWCVLV 1053

  Fly   828 SQVVCSSSDFFANIWTQQEHQRSQGE--------------ATFSTFECMYIYGALIIAVVIMTTF 878
            ..|..::|.|.  :|..:.:..:.|.              .:.|.:...|||..:...::.::.|
  Rat  1054 FLVEVAASLFV--LWLLKNNPVNGGNNGTKIANTSYVVVITSSSFYYIFYIYVGVADTLLALSLF 1116

  Fly   879 RGFLFFKICMHASKVLHDRMFACILHATMRFFDTTPSGRILNRFSKDMGAIDELLPRAMMDFIQI 943
            ||.......:.|||:||.:|...||||.|..|:...:|.||||||||:..:|:.||..:.||||:
  Rat  1117 RGLPLVHTLITASKILHRKMLHSILHAPMSTFNKLKAGGILNRFSKDIAILDDFLPLTIFDFIQL 1181

  Fly   944 ALVMFGILIVIGILNPVLVAAMLVVAVVDVLILKLYLRPSQDLKRLEGICRSPVFSHLSASLTGL 1008
            ..::.|.:||:..|.|.:..|.:....|.:|:...:|..||.||:||...|||:|:||..||.||
  Rat  1182 LFIVVGAIIVVSALQPYIFLATVPGLAVFILLRAYFLHTSQQLKQLESEGRSPIFTHLVTSLKGL 1246

  Fly  1009 AIIRSRQLQDVVAKEFDLLQDVHSSVWQLTMAVNTTLGLWLDCVSCIFLTSVTFSFIISSETTYS 1073
            ..:|:.:.|......|....::|::.|.:.:|......:.:|.:..:|...|||..|:::... .
  Rat  1247 WTLRAFRRQTYFETLFHKALNLHTANWFMYLATLRWFQMRIDMIFVLFFIVVTFISILTTGEG-E 1310

  Fly  1074 GNVGLAIAQAMILTGMVQYGVRQVAESLQQMTSVERVLQYTELEQEPAL---------GEKTPP- 1128
            |..|:.:..||.:...:|:.|....::...|.||.||.::.:::.|.::         .|.:|. 
  Rat  1311 GTTGIILTLAMNIMSTLQWAVNSSIDTDSLMRSVSRVFKFIDIQTEESICTKIMKELHSEDSPNA 1375

  Fly  1129 -----------QQWPTRGQVEFRNMSCRYDPNGSPVLRNLNLTIEAGWKVGIVGRTGAGKSSLIG 1182
                       ..||:.|::..::::.:|..:|:.:|.|::.:|..|.:||::||||:|||:|:.
  Rat  1376 LVIKNEHVKKCDTWPSGGEMVVKDLTVKYVDDGNAILENISFSISPGQRVGLLGRTGSGKSTLLS 1440

  Fly  1183 ALFRLAHIEGEIFIDGIETGTISLEILRTRISIIPQDPVLFSATIRYNLDPFERYTDAELWSALE 1247
            |..|:.:|:|||.|||:...:::|:..|....:|.|...:||.|.|.||||..::.|.|:|...:
  Rat  1441 AFLRMLNIKGEIQIDGVSWNSMTLQEWRKAFGVITQKVFIFSGTFRQNLDPNGKWRDEEIWKVAD 1505

  Fly  1248 DVELRKAI---PG-LDYMVTERGGNFSVGQRQLLCLARAILRNNKVLVLDEATANVDPQTDALIQ 1308
            .|.|:..|   || |::.:.:.|...|.|.:||:||||::|...|:::|||.:||:||.|..:|:
  Rat  1506 QVGLKSVIEQFPGQLNFTLVDGGYVLSHGHKQLMCLARSVLSKAKIILLDEPSANLDPITYQVIR 1570

  Fly  1309 RTIRIKFKQCTVLTVAHRLHTVMDSDRIIVMDAGVAVEFDVPYLLLKKSQGHLRQMVEATGGESE 1373
            |.:|..|..|||:...||:..::|..|.:|::.|...:::....||.:.....|.:     ..||
  Rat  1571 RVLRQAFAGCTVVLCEHRIEAMLDCQRFLVIEQGNVWQYESLQALLSEKSVFQRAL-----SSSE 1630

  Fly  1374 ALKKTASDSHKRMQRERDE----RDRDQDESQE 1402
            .: |.....|...|:.|.:    ::..::|.||
  Rat  1631 KM-KLFHGRHSSKQKPRTQITAVKEETEEEVQE 1662

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
CftrNP_651269.1 MRP_assoc_pro 12..1356 CDD:188098 428/1538 (28%)
CftrXP_006236159.2 None

Return to query results.
Submit another query.