Protein Alignment Root and Crocc

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_651216.2
• Gene: Root / 42860
• FlyBaseID: FBgn0039152
• Length: 2048
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_017448904.1
• Gene: Crocc / 313663
• RGDID: 1305364
• Length: 2015
• Species: Rattus norvegicus
• Alignment Length: 2003
• Identity: 558/2003 - (27%)
• Similarity: 987/2003 - (49%)
• Gaps: 251/2003 - (12%)

  Fly    87 DPSALLRQNQELRQRLADESHSYRRRLDTYKQAQHNQANLVSRLQSKIQQYRQRCSDLEERMHET 151
            :|..|:||:.|||::|.:|..||||:|..|::.|..||.||.|||:||.||:::||::|:::.|
  Rat   135 EPRGLVRQSVELRRQLQEEQASYRRKLQAYQEGQQRQAQLVQRLQAKILQYKKQCSEMEKQLLE- 198

  Fly   152 IKPTAGVGPKLTTGPTNQVLCSTSLTLGQSSLPCSSSLDSPPPSCSRDYVDDVLVTGGGAGAAEL 216
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  Rat   199 ----------------------RSTELEQQRLRDTEH--------SQD-LDRALL---------- 222

  Fly   217 CRKLEEEHQRCEQIVAQNSALRQQLEESNRTNEALTNDLQKLTNDWASLRDELLIKEDEFKEEEQ 281
              :||||.||...:...|..||:||:::|..|:.|:.|:.|:|:||.....||..:|..::.||:
  Rat   223 --RLEEEQQRSASLAQVNDMLREQLDQANLANQTLSEDICKVTSDWTRSCKELEQREATWRREEE 285

  Fly   282 AFKDYYNSEHNRLLKMWREVVAVKRSFKEMQTAMKAEVAKMGQEINCVGKDINGSNATVAFAVQQ 346
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  Rat   286 SFNAYFSSEHSRLLLLWRQVMGLRRMASEVKMGTERDLLQLGGELVRTSRAVQEVGLGLSASLQR 350

  Fly   347 AKRAADDELKQSQRSNDELQNQ----------LATLKVQYE------SAR------------HEI 383
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  Rat   351 AESRAEAALEKQKLLQAQLEEQLRAKLLREKDLAQLQVQSDLDKADLSARVTELALSVEHLQNQN 415

  Fly   384 MERDQRLLELMNQLKKLEDRCAQAESQAALASRYSDEIERLNNSMREIAQAVVQDAE------NA 442
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  Rat   416 TEKDQVNRTLSDKLEALES--LRLQEQTTLD---TEDGEGLQQTLRDLAQAALSDTESGVQLSNS 475

  Fly   443 DREADAEVTGGVMQHMHLTRDAASVVGGAGGAGST-----AGGGGKSPRRNSTRASQAFAEGTIS 502
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  Rat   476 ERTAD-------------TSD-GSFRGLFGQRTPTPPRHSSPGRGRSPRRGLSPACS--DSSTLT 524

  Fly   503 AVQAALHKYQLALHDMQVKFQNTSETLRTTKAQLETSEGTKQLLTTKMQQL-------------- 553
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  Rat   525 LIHSALHKRQLQVQDMRGRYEASQDLLGSVRKQLSDSEGERRGLEEQLQRLRDQTATSVQAQEDA 589

  Fly   554 ---TEKLDSSNSKLSELLQERESLQRGLDDIRVQKQQSEMGRADINSAFENLSSDYEKMQLNCGK 615
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  Rat   590 QREAQRLRSANEILS---REKGNLSHSL---QVAQQQA-----------EDLRQELEKLQAAQEE 637

  Fly   616 LQKRIDSMEEDKKAVELEIQRILKDKNITELNLRSEEDRSSRLREETISLREELNRVSLNRDLLE 680
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  Rat   638 LRRQHTQLEDQQEDTVQEGARARRELERSHRQLEQLEVKRSGLTKELVEVREALSCAVLQRDVLQ 702

  Fly   681 QQRIESDNLINLLEKQKSDLEYDLDKLLLEKCDLQEKHEKLSNNSCSTSDELKSVQNCLQEAQEE 745
            .::.|....:...|..::.||..:.||..|:..|::...|:|..:.|.:.:...:...:.:.:||
  Rat   703 TEKAEVAEALTKAEAGRAQLELSVTKLRAEEASLRDSLSKMSALNESLAQDKLELNRLIAQLEEE 767

  Fly   746 RKKL--RIQSVDQCNEIGELKKELAILDKARLELETDNLSAGEKLKCLQLEKEKILQDLACVTRD 808
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  Rat   768 KAALLGRQQQAEHATSLAVEKQER--LEQLRLEQEVERQGLEGSLCVAEQAREALGQQILVLRSE 830

  Fly   809 RGDIHNQLTAMCRKKEALNEELMRTRQRLEQTTETNSRLNRNLEEMVKDVEEKQVVIDLHEKDTH 873
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  Rat   831 RSHLQEQVAQLSRQLNGRDQELDQALRESQRQVEALERAAREKEAMAKERAGLAVQLAAAEREGR 895

  Fly   874 RLNELLAALRSEKESLESVLFDTNTSLEATEERRSQLERDLQEALVREESLKNHVARLQKELEQC 938
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  Rat   896 TLSEETIRLRLEKEALESSLFDVQRQLAQLEARREQLEADSQALLLAKETLTGELAGLRQQVTAT 960

  Fly   939 QRKA---QETKTQ-LLNAARAAESDFNQKIA----NLQAC--AEEAAKRHGEEILQLRNALEKRM 993
            :.||   :|..|| |:.|.|..::...::.|    :||..  .:|||.|   |:...|..|:.::
  Rat   961 EEKAALDKELMTQKLVQAERETQASLREQRAAHEEDLQRLQREKEAAWR---ELQAERAQLQGQL 1022

  Fly   994 QQALQALQTAKDDEIEKLQERLATLQAHLESLVQQHEEALIRAESEKQQALLIAHRDKQAVAERL 1058
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  Rat  1023 QQEREELLARMEAEKEELSEEIAALQ-------QERDEGLLLAESEKQQALSLKESEKTALSEKL 1080

  Fly  1059 EAVSRDLKTEQESLDRSRREANARDEKQRAAIAQLKDEMVQMRTKEEEHKIKLEECIRKQELQLS 1123
            ......|......::|.:|:|.:|.|:.|..:..|..|:..:|.:.||......:.:::.:.|..
  Rat  1081 MGTRHSLAAISLEMERQKRDAQSRQEQDRNTVNALTSELRDLRAQLEEATAAHAQQVKELQEQTG 1145

  Fly  1124 SLREERESLCRVSEELKMEIRLKEDRMESTNNELQDALRKSKEGEGFIDSLRKELTDCRRQLADS 1188
            :|..:||:..|.:|||:.::||.||..:....||.:|.||.::.:...::.|:|.::.||.|::.
  Rat  1146 NLGRQREACMREAEELRTQLRLLEDTRDGLRRELLEAQRKVRDSQDSSEAHRQEASELRRSLSEG 1210

  Fly  1189 NIERDKYSGSNKELRDHVKRVESAKREQARAIEEALQKISNLEDTKNSLENERTRLSTILKETEN 1253
            ..||:....||:|||..||:.||.:.....|.|:..||::.||:.:.|:..|...|...|:|.|.
  Rat  1211 TKEREALRRSNEELRTAVKKAESERISLKLANEDKEQKLALLEEARMSVAKEAGELRASLQEVER 1275

  Fly  1254 HFTKTTQDLNATKAQLQKAQVEFAQKDEG--GKE---LQCKLVAEVELKERAQQELCQIKKQLSD 1313
            ...:..::|     |..:.|::....|.|  |:|   ||.:|......::.:::|:..:::::..
  Rat  1276 SRLEARREL-----QELRRQMKTLDSDNGRLGRELADLQSRLALGERTEKESRREVLGLRQKVLK 1335

  Fly  1314 LEANLCATRQELGRARCQNNQEEHRFHAREQELAQRLEEGRGREKRLEDQKHNLEVCLADATQQI 1378
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  Rat  1336 GESSLEALKQELQGSQRKLQEQEAEFRARERGLLGSLEEARGAEKKLLDSARSLELRLEGVRAET 1400

  Fly  1379 QELKARLGGAEGRIRALDEQLSCVELHKRDTEQKLSSVVHTLRRIAGIQVDGSVNLSHRLLSPSR 1443
            .||..||..||||.:.|:.:|:.||..:|..|.:|..:...|||..|:   |.|:     .||:|
  Rat  1401 SELGLRLSAAEGRAQGLEVELARVEAQRRVAEAQLGGLRSALRRGLGL---GRVS-----SSPAR 1457

  Fly  1444 RFSPSRSCGD---------YDNRSTSQCPDGPI------DVDPDLVRKGVRNLMHQVAQLEREKD 1493
            . :|:...||         |..||....| ||:      |:||:.||..:|:.:.::...:||:|
  Rat  1458 E-APAGGSGDGLSSPSPLEYSPRSQPPSP-GPVASPAPPDLDPEAVRDALRDFLQELRSAQRERD 1520

  Fly  1494 DYKSQLGAAKKQLQDAADQQLRCDAKLGKLQAMLRNLQEEKSNLETDRKMKISAIQA----LEEK 1554
            :.:.|.....:||.:...::....::..:||..:  .:.|::....||  ::|..||    .||.
  Rat  1521 ELRVQTSTLSQQLAEMEAERDHAASRAKQLQKAV--AESEEAWRSADR--RLSGAQAELALQEES 1581

  Fly  1555 LKHRNDECQMLRERLAQTEMQLAATSEENGQNEERLEKSRQQCSKLDNEKRQLQEELAKVEGRAS 1619
            ::....||:...:::|..|..|.||..|...::|::.|.:....||:::||:|:|.|...|.|:.
  Rat  1582 VRRSRRECRATLDQMAVLERSLQATESELRASQEKVNKMKATEVKLESDKRRLKEVLDASESRSI 1646

  Fly  1620 KLELQRVAMEGDLTRLQMALQEKDCSIRQMAERLENQNRALTQLEDRCTALKSTVDQLKERLQKS 1684
            ||||||.|:||:|.|.::.|.:::...:.:.:|:::..|.:...|.:...|:.||::|...|.|.
  Rat  1647 KLELQRRALEGELQRSRLGLGDREAHAQALQDRVDSLQRQVADSEVKAGTLQLTVERLSGALAKV 1711

  Fly  1685 AVSETQLRGEIKTLQKELSEQGHCSQANEDKLKLVQKSLQTAENEKRILTERLDSAQTNLNELRR 1749
            ..||..||.::::|...|::......:::||...:||:|.|.|:::::|.||||:|:..|:|.||
  Rat  1712 EESEGTLRSKVQSLTDALAQSSASLTSSQDKNLYLQKALSTCEHDRQVLQERLDAARQALSEARR 1776

  Fly  1750 SQQAQLDGNQRLQEQVTDLEVQRSALESQL----RIAKWNQESGGDKDLTNGNGGGNGEEELSRQ 1810
            ...:..:..|.|:.::.:||:||...|.||    ::.:..||               ||....|.
  Rat  1777 QSSSLGEQVQTLRGELANLELQRGDAEGQLQQLQQVLRQRQE---------------GEAVALRS 1826

  Fly  1811 LKSSQREKSELRSKLQTLQDKVKQLECDR-----------KSKFSGGNAYDRAEKSNSFYGGAAE 1864
            ::..|.|:..|:.:|.:||..:.|||.::           |.:.:.....|:.|:..      ..
  Rat  1827 VQKLQEERRLLQERLGSLQRALAQLEAEKRELERSALQLDKDRVALRKTLDKVEREK------LR 1885

  Fly  1865 SGEFDSNRYDVGGGNAGGGSFNCGLDHSVIEQETRDLRLKVRRLETLLAEKESELARCKARMNDS 1929
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  Rat  1886 SHE-DTLRLNAERGRLDRTLTGAELDLAEAQQQIQHLEAQV--VEVL--ERNHSPVQVEA---DE 1942

  Fly  1930 AKCHDGLDGDRYRSAQMHAEKLLDAREQSHRQQVLRLENQIS--MLREQLAQE 1980
            .......:.:|.||||:..|:.|:|||::|||:|..||.|:.  .|||....|
  Rat  1943 QHLELQQEVERLRSAQVRTERTLEARERAHRQRVSGLEEQVQGPFLREGAGME 1995

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Root	NP_651216.2	Rootletin	110..330	CDD:464459	67/219 (31%)
		Gp58	<336..>604	CDD:369586	79/323 (24%)
		SMC_prok_B	503..1314	CDD:274008	227/844 (27%)
		SMC_prok_B	991..>1779	CDD:274008	243/811 (30%)
Crocc	XP_017448904.1	Smc	<73..>480	CDD:440809	111/393 (28%)
		Rootletin	158..334	CDD:464459	67/219 (31%)
		Smc	<532..>1072	CDD:440809	152/568 (27%)
		SMC_prok_B	1118..1851	CDD:274008	222/766 (29%)
		Smc	<1721..>1984	CDD:440809	77/291 (26%)