Protein Alignment SMC1 and smc1b

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_651211.2
• Gene: SMC1 / 42853
• FlyBaseID: FBgn0040283
• Length: 1238
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_068073614.2
• Gene: smc1b / 797354
• ZFINID: ZDB-GENE-091217-1
• Length: 1234
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 1228
• Identity: 468/1228 - (38%)
• Similarity: 753/1228 - (61%)
• Gaps: 28/1228 - (2%)

  Fly    26 FLEYIEMENFKSYRGHIVVGPLKQFNAVIGPNGSGKSNFMDAISFVMGEKTSSLRVKRLNDLIHG 90
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Zfish     3 FLKQLDVENFKSWRGKQTIGPFKRFNCIIGTNGSGKSNVMDALGFVMGERAANLRVKHTRDLIHG 67

  Fly    91 SSIGKPVSRSCYVTAKFVLNEERHMDFQRAVIGGSSEYRINGESVSSSTYLNKLEKIGINVKAKN 155
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Zfish    68 AHIGNPVSTFASVTMIYCGDNDEEMTFSRRISGESSEYLVNGKHVTLAKYTGELQKIGIVVKAKN 132

  Fly   156 FLVFQGAVENIAMKTPKERTALFEEISGSGLLKDDYNRLKQEMIVAEEETQFTYQKKKGIAAERK 220
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Zfish   133 CLVYQGAVESIAMMNAKERTKMFERISGSGDLNIEYDTKLAVLQKAKEDTQFHFNRKKAATAEKK 197

  Fly   221 EAKHEKMEADRYTRLQNEYNEKQVEYQLFRLFHVERDIRKFTSDLEVRQQEVKAVEQRK---EAA 282
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Zfish   198 QVFKDKTEAQRYQSLVDDLRECKLQLTLFQLFHNEKSIDAQSASLGDMQ---AAAAQQKISLDAW 259

  Fly   283 DEILREKKKDAGKITRDLAKIDQEIREFETQMNKRRPLYIKAKEKVTHCKKKLISLQKTLETARE 347
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Zfish   260 EQTVKTQKKEHGRLNRELQQLEKEIRSQEQILNQQRPQYIKAKVNTSHHEQKVQEAHRSLQKYQN 324

  Fly   348 ADNAHQSDIRKLEKQLADVEALKKRFEDEIENESQRRGKSVNMEEGLVQEYDRLKQEAEATATQY 412
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Zfish   325 LQAKKVQELEELKRELTELERAWKTSERQMEEEEARRGAGVQLQESQLERYKELKELARRNGAIL 389

  Fly   413 RSELDSVNREQKSEQDTLDGETNRRASVEESFKKLTLQREEAVKRRDKLMDHIKSSQAALEEQNR 477
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Zfish   390 NQSAEKLHWEVKADREKLQFDLRRKSEIQGNIKHSQTHLEDISRRAEKLEEYVNTTTQTLEEQRQ 454

  Fly   478 IKDELRRDVGTSKEKIAEKQRELEDVRDQLGDAKSDKHEDARRKKKQEVVELFKKQVPG-VYDRM 541
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Zfish   455 QEEQLSEELAKGLLRMEEVNVELAQVLTKLQNARLDSQENRRQQKRDEVLESLRRLYPDTVYGRL 519

  Fly   542 INMCQPTHKRYNVAVTKVLGKFMEAIIVDTEKTARHCIQILKEQMLEVETFLPLDYLQVKPLKER 606
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Zfish   520 VELCQPIHKKYQLAVTKVFGKNMNAIVVTSAYVAHDCIRYLKEERAEPETFLPIDYIDVPILNER 584

  Fly   607 LRNISDPRNVRLVFDVLKFE---PQEIERAVLFATGNALVCETPEDAMKVAYEIDRSRFDALALD 668
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Zfish   585 LREV---QGAKMVVDVVQCSQNAPQ-LKRVIQYVCGNSLVCETLKDARRIAFD-GPERLQTVALD 644

  Fly   669 GTFYQKSGLISGGSHDLARKAKRWDEKHMAQLKMQKERLQEELKELVKKSRKQSELATVESQIKG 733
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Zfish   645 GTLFRKSGVISGGSSDLSKKARRWEEKDMNKLKEEKDKLSSEMRALMKLKRKEVDLKQIRAQSQG 709

  Fly   734 LENRLKYSMVDLES-SKKSISQYDNQLQQVQSQLDEFGPKILEIER-RMQNREEHIQEIKENMNN 796
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Zfish   710 NQTRLKYANTELDSIRKKSIPAAQIEISKLRSELSNLEAQI-EIQTGSMELKDSEMKAVKDKIHQ 773

  Fly   797 VEDKVYASFCRRLGVKNIRQYEERELVMQQERARKRAEFEQQIDSINSQLDFEKQKDTK--KNVE 859
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Zfish   774 MEDLVFADFCAEIGVANIREYEQDYLRLQQELEKKRLQFESQQTRLSTQLEYEQAQLGKLVKLMK 838

  Fly   860 RWERSVQDEEDALEGLKLAEARYLKEIDEDKEKMEKFKQDKQAKKQAVDDMEEDISKARKDVANL 924
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Zfish   839 KIEETIEKEKNIIISLKEGEDNILIAVEQTQSNLLKLNNQHSEKTHLVNNAKTELDKALTGLQER 903

  Fly   925 AKEIHNVGSHLSAVESKIEAKKNERQNILLQAKTDCIVVPLLRGSLDDAVRQSDPDVPSTSAAME 989
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Zfish   904 NKVLMKLQKQTISTDAALEHLRLTKHNLLLTCKIDGLPLTLISGALDD-ISEIQLDSESQSVSTL 967

  Fly   990 NIIE------VDYSSLPREYTKLKDDSAFKKTHEMLQKDLQSKLDVLERIQTPNMKALQKLDAVT 1048
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Zfish   968 DIFEREAQMVFDFSALDNSLKMLTEESEVEAMLEKLKEGVSSLESMIMMSRAPNLKALDKIREVK 1032

  Fly  1049 EKVQSTNEEFENARKKAKRAKAAFERVKNERSSRFVACCQHISDAIDGIYKKLARNEAAQAYIGP 1113
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Zfish  1033 DSYREVLDAFDISTITTKKRNQEFEQVKAKRFHLFSQCFEHVSVVIDQIYKKLCRNASAQAILSA 1097

  Fly  1114 DNPEEPYLDGINYNCVAPGKRFQPMNNLSGGEKTIAALALLFSTHSFHPAPFFVLDEIDAALDNT 1178
            :||.||||||||||||||||||..|:|||||||.||||||:|:.|||.|||||||||:|||||||
Zfish  1098 ENPNEPYLDGINYNCVAPGKRFMAMDNLSGGEKAIAALALVFAIHSFRPAPFFVLDEVDAALDNT 1162

  Fly  1179 NIGKVASYIRDHT-TNLQTIVISLKEEFYGHADALVGITPGEGDCLVSNVYIMDLTTF 1235
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Zfish  1163 NIGKVTGFFRMMSRESCQIIVISLKEEFYSRADALLGVYSMFDECMFSRLLTLDLTPY 1220

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
SMC1	NP_651211.2	SMC_N	26..1222	CDD:481474	463/1213 (38%)
smc1b	XP_068073614.2	None