DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment SMC1 and SMC1

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_651211.2 Gene:SMC1 / 42853 FlyBaseID:FBgn0040283 Length:1238 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_311953.3 Gene:SMC1 / 1273015 VectorBaseID:AGAMI1_004144 Length:1244 Species:Anopheles gambiae


Alignment Length:1233 Identity:843/1233 - (68%)
Similarity:1014/1233 - (82%) Gaps:19/1233 - (1%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    24 TAFLEYIEMENFKSYRGHIVVGPLKQFNAVIGPNGSGKSNFMDAISFVMGEKTSSLRVKRLNDLI 88
            :|||:.||:||||||||...:||||:|:||||||||||||||||||||||||||||||::|.:||
Mosquito     7 SAFLQCIEVENFKSYRGRTTIGPLKRFSAVIGPNGSGKSNFMDAISFVMGEKTSSLRVRKLTELI 71

  Fly    89 HGSSIGKPVSRSCYVTAKFVLNEERHMD----FQRAVIGGSSEYRINGESVSSSTYLNKLEKIGI 149
            :|:|||:|:|....|.|:|::..|...:    |||:||..||||||||..||...||.:||||||
Mosquito    72 NGASIGRPISNRASVMARFIIKTEAEGEVEKTFQRSVINASSEYRINGSVVSPQHYLAELEKIGI 136

  Fly   150 NVKAKNFLVFQGAVENIAMKTPKERTALFEEISGSGLLKDDYNRLKQEMIVAEEETQFTYQKKKG 214
            |||||||||||||||.||:|..|||||||||||||||||:||||||.||.:||||||||||||:|
Mosquito   137 NVKAKNFLVFQGAVETIAIKNAKERTALFEEISGSGLLKEDYNRLKHEMQMAEEETQFTYQKKRG 201

  Fly   215 IAAERKEAKHEKMEADRYTRLQNEYNEKQVEYQLFRLFHVERDIRKFTSDLEVRQQEVKAVEQRK 279
            ||||||||:.||.|||||..|:.|.:||||.:|||:|:|.|::.::...|...:|||:..:|:||
Mosquito   202 IAAERKEARLEKQEADRYASLKQECSEKQVHFQLFKLYHNEKEAKRLKEDQISKQQELNIIEKRK 266

  Fly   280 EAADEILREKKKDAGKITRDLAKIDQEIREFETQMNKRRPLYIKAKEKVTHCKKKLISLQKTLET 344
            |.|||:|:||||:.||:||::||.:|||||.|.:|:||.|::|||||||.|.:|||....||||.
Mosquito   267 EEADEVLKEKKKEVGKMTREMAKKEQEIREVEAEMSKRHPMFIKAKEKVAHTQKKLDGALKTLEQ 331

  Fly   345 AREADNAHQSDIRKLEKQLADVEALKKRFEDEIENESQRRGKSVNMEEGLVQEYDRLKQEAEATA 409
            ||.||.|||:||:||..:|.:||..:..||:|:..||::||.:|::|..||||||||||:|:||:
Mosquito   332 ARRADEAHQADIKKLVDELQEVEVKRAAFENEVAGESKKRGSNVHLERDLVQEYDRLKQKADATS 396

  Fly   410 TQYRSELDSVNREQKSEQDTLDGETNRRASVEESFKKLTLQREEAVKRRDKLMDHIKSSQAALEE 474
            ::|...||||||||||:||.||.|.|::|.:||::||:..::.||:||::||:||||:|:..|||
Mosquito   397 SKYLIHLDSVNREQKSDQDRLDSEINKKAQIEENYKKIESEKNEALKRQEKLIDHIKTSRLGLEE 461

  Fly   475 QNRIKDELRRDVGTSKEKIAEKQRELEDVRDQLGDAKSDKHEDARRKKKQEVVELFKKQVPGVYD 539
            |.|||.||.:|||||||:|.|.|.||::||:||||||.|||||||||||||||||||.:||||||
Mosquito   462 QKRIKAELSQDVGTSKERIHELQSELDNVREQLGDAKIDKHEDARRKKKQEVVELFKLEVPGVYD 526

  Fly   540 RMINMCQPTHKRYNVAVTKVLGKFMEAIIVDTEKTARHCIQILKEQMLEVETFLPLDYLQVKPLK 604
            |||||||||||||||||||||||:|||||||||||||.|||||||:||:|||||||||||.||||
Mosquito   527 RMINMCQPTHKRYNVAVTKVLGKYMEAIIVDTEKTARRCIQILKEKMLDVETFLPLDYLQKKPLK 591

  Fly   605 ERLRNISDPRNVRLVFDVLKFEPQEIERAVLFATGNALVCETPEDAMKVAYEIDRSRFDALALDG 669
            ||||||.:||||:|::|||||.|.|||.||||||.||||||||:|||||||||||||:|||||||
Mosquito   592 ERLRNIEEPRNVKLIYDVLKFSPPEIEPAVLFATNNALVCETPDDAMKVAYEIDRSRYDALALDG 656

  Fly   670 TFYQKSGLISGGSHDLARKAKRWDEKHMAQLKMQKERLQEELKELVKKSRKQSELATVESQIKGL 734
            |||||||:||||||||||||||||||||||||:|||::.|||||::||:|:|.||.||||||:||
Mosquito   657 TFYQKSGIISGGSHDLARKAKRWDEKHMAQLKLQKEKITEELKEVMKKTRRQGELTTVESQIRGL 721

  Fly   735 ENRLKYSMVDLESSKKSISQYDNQLQQVQSQLDEFGPKILEIERRMQNREEHIQEIKENMNNVED 799
            ||||||||.|||:|||:|::||.||:....:||:.||||.|||||||.|:..||:|||:||||||
Mosquito   722 ENRLKYSMNDLETSKKNINEYDRQLEDFTRELDQIGPKISEIERRMQQRDMKIQDIKESMNNVED 786

  Fly   800 KVYASFCRRLGVKNIRQYEERELVMQQERARKRAEFEQQIDSINSQLDFEKQKDTKKNVERWERS 864
            .|||.||.|:||.||||:||||||:|||||:||||||||||.||:.|:||:.|||.|||:||||:
Mosquito   787 DVYAEFCARIGVANIRQFEERELVLQQERAKKRAEFEQQIDRINNNLEFERSKDTSKNVQRWERA 851

  Fly   865 VQDEEDALEGLKLAEARYLKEIDEDKEKMEKFKQDKQAKKQAVDDMEEDISKARKDVANLAKEIH 929
            |||:||:||..|.||||..:||::||||:|..||:|.|.|..||.|||:::|||::|..||||:.
Mosquito   852 VQDDEDSLETFKQAEARQRQEIEKDKEKIELMKQEKAAHKTLVDQMEEEMAKARREVQALAKELA 916

  Fly   930 NVGSHLSAVESKIEAKKNERQNILLQAKTDCIVVPLLRGSLDDAVRQSDPDVPSTSAA------- 987
            .:...::.:||:||:.|::||.||:|||.:.|.:|||:||:||..:|.........|.       
Mosquito   917 AIHQSIANIESRIESMKSKRQTILMQAKMESIEIPLLQGSMDDIGQQQQGQGGGQGAGGQGGEYA 981

  Fly   988 --------MENIIEVDYSSLPREYTKLKDDSAFKKTHEMLQKDLQSKLDVLERIQTPNMKALQKL 1044
                    .|:.||:|||.|......|.|....||:.:.|.|:||||||.||:||||||||:|||
Mosquito   982 ADGGSAYERESRIEIDYSKLEHHLKNLSDPDQIKKSGDSLAKELQSKLDTLEKIQTPNMKAMQKL 1046

  Fly  1045 DAVTEKVQSTNEEFENARKKAKRAKAAFERVKNERSSRFVACCQHISDAIDGIYKKLARNEAAQA 1109
            |.||||:||||||||.||||||:||||||:|||||.:.|..||.|||||||.|||:|:|||||||
Mosquito  1047 DRVTEKIQSTNEEFEAARKKAKKAKAAFEKVKNERCTLFTNCCNHISDAIDAIYKQLSRNEAAQA 1111

  Fly  1110 YIGPDNPEEPYLDGINYNCVAPGKRFQPMNNLSGGEKTIAALALLFSTHSFHPAPFFVLDEIDAA 1174
            |:|||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||:.|||.|||||||||||||
Mosquito  1112 YLGPDNPEEPYLDGINYNCVAPGKRFQPMSNLSGGEKTIAALALLFAIHSFQPAPFFVLDEIDAA 1176

  Fly  1175 LDNTNIGKVASYIRDHTTNLQTIVISLKEEFYGHADALVGITPGEGDCLVSNVYIMDLTTFED 1237
            ||||||||||||||:.||||||||||||||||.|||.|:||.|...:||||...|.||..:.|
Mosquito  1177 LDNTNIGKVASYIREKTTNLQTIVISLKEEFYCHADVLIGICPYPAECLVSQTLIFDLEKYGD 1239

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
SMC1NP_651211.2 SMC_N 26..1222 CDD:481474 834/1214 (69%)
SMC1XP_311953.3 SMC_N 9..1217 CDD:481474 841/1226 (69%)

Return to query results.
Submit another query.