Protein Alignment PolA1 and rev3

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_536736.2
• Gene: PolA1 / 42553
• FlyBaseID: FBgn0259113
• Length: 1488
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_594068.1
• Gene: rev3 / 2543358
• PomBaseID: SPAC688.10
• Length: 1480
• Species: Schizosaccharomyces pombe
• Alignment Length: 1409
• Identity: 304/1409 - (21%)
• Similarity: 546/1409 - (38%)
• Gaps: 298/1409 - (21%)

  Fly    89 YSDGEEDRKDSKKKKGVAPNSKKRPRENEKPVTGKASIKNLFSNAVPKKMDVKTSVKDDDILADI 153
            :|....||.....::|...|...:..|:..|...:..:.:......|..:| .:.:|.||:|:..
pombe   134 FSPKNRDRLVDLFRQGAILNKVIQVYESHLPYLLQFMVDHNLYGCAPIDLD-DSIIKRDDLLSFC 197

  Fly   154 LGEIKEEPAA------TSEK-------AEKVIAPAKISVTSR----KFDAA----AAKEYMNSFL 197
            ..|:...|.|      .||:       .....:|..:.|||.    |.:|:    .:.:..|||.
pombe   198 NVEVHVSPNAILNACWLSERNIHTDLYETHASSPNSLLVTSLAEIWKSEASRRNLTSSDETNSFS 262

  Fly   198 N------NIKVQEQERKKAEASSDNE-----MLERILKPK---AAVPNTKVAFFSSPTIKKEPMP 248
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pombe   263 KLHQSQFGLKEESSHEPRSSQHWKNEVAMKDLLKNLIKSKLESSSDVNTPLIF--------DPWP 319

  Fly   249 EKTPAKKA--TEDPFSDNEMDFSCLDDDENQFDVEKTQQTEKVSQTKTAAEKTSQSKVAEKSAPK 311
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pombe   320 ELPTIYSAIHTKDYVRPSQNDISV-----SQISVD-----EKIC---TSYESLPKIQLEQNTAPV 371

  Fly   312 KETTGSPKESESEDISRLLNN--WESICQMDDD-----FEKSVLTTEQDSTISSDQQLRFWYWEA 369
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pombe   372 IESSFEQLDSELE---RILGDTLFDSFPYVEPNVDRSKFPKSPLNSSQEVTIHSSQDRQ----SP 429

  Fly   370 YEDPVK-MPGEVFLFG---RTADGKSVCLRVQNINRVLYLLPRQFLLDPISKEPTKQKVTVADIY 430
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pombe   430 PSSPLKDVPSQINPFSPSLRLKGGSPITKREIEFCRD---LPNR----PTSSEPNQGDTRKAGKR 487

  Fly   431 KEF-----DSEVANQLKLEF---FRSRKVTKSFAHHAIGIEVPQSCDYL---------------E 472
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pombe   488 LKYSRNLDDYHICTQIPEDYSPKFLSQH--ESFVYK----QQPPSTDDLYGTMKKLKIPFSIPTN 546

  Fly   473 VHYDGKKPLPNLSADKKYNSIAHI-FGATTNALERFLLDRKIK-----GPCWLQVTGFK------ 525
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pombe   547 VHYSSEKDIPSYS--QEYLGKSHYPIGVSSRYLPEFQSDGSVSEKVRLNP--LKLSNFHGERTWQ 607

  Fly   526 -VSPTPMSWCNTEVTLTEPKNVELVQDK------------GKPAPPPPLTLLSLNV----RTSMN 573
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pombe   608 YIKPAPLA-----VDLSNLESKEAVSEEIQSPQRLSRSKVFRKDPYSCVRILALELFCCSHGGLT 667

  Fly   574 PKTSRNEI-CMI---------SMLTHNRF-HIDRPAPQPAFNRHMCALTRPAVVSWPLDLNFEMA 627
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pombe   668 PDPTKDSIECCFWAYQEDVNSSMIDRVGFIVVDKSASNSSFGR-----------SFP-------- 713

  Fly   628 KYKSTTVHKHDSERALLSWFLAQYQKIDADLIVTFDSMDCQLNV------------ITDQIVALK 680
               |.||...:||..|::..:...:::|..::..::..:.....            :.:|:..||
pombe   714 ---SCTVLVVNSELELINEVIGLNRQLDPTIVCGYEVHNSSWGYLIERASYRFNYDLPEQLSRLK 775

  Fly   681 IPQWSRMGRLRLSQSFGKRLLEHFVGRMVCDVKRSAEECIRARSYDLQTLCKQVLKLKESERMEV 745
            ....:...:...:..:......:.|||.|.::.|.....:...:|.|:.:   ||.:.:.:....
pombe   776 CTSKANFAKKENAWKYTTTSSINIVGRHVLNIWRILRGEVNLLNYSLENV---VLNIFKKQTPYY 837

  Fly   746 NADDLLEMYEKGESITK--LISLTMQDNSYLLRLMCELNIMPLALQITNICGNTMTRTLQGGRSE 808
            |..|.:.:::......|  |::..:....|.|.::....|:....:...|.|......:..|...
pombe   838 NQADKVHLWQSSRFHEKQILLNYMLNRTRYCLEILSACAIVTKIREQARIIGIDFMSVISRGSQF 902

  Fly   809 RNEFLLLHAFHEKNYIVPDKKPVSKRSGAGDTDATLSGADATMQTKKKAAYAGGLVLEPMRGLYE 873
            :.|.::......:|||.|  .|.:|:                 ..::.|..|..||:||...||.
pombe   903 KVESIMFRIAKPENYIFP--SPSAKQ-----------------VAEQNALEALPLVMEPKSDLYN 948

  Fly   874 KYVLLMDFNSLYPSIIQEYNICFTTVQQPVD-----------------------ADELPTLPD-- 913
            ..|:::||.|||||||..||:|::|...||.                       .:::...|:
pombe   949 NPVVVLDFQSLYPSIIIAYNLCYSTCLGPVKIVNGKVKLGFMFHSSNPNIVNLIKNDVYISPNGY 1013

  Fly   914 ----SKTEPGILPLQLKRLVESRKEVKKLMAAPDLSPELQMQYHIRQMALKLTANSMYGCLGFAH 974
                ......:|...|:.|:|:|..||:.|...| |..:....:.||:||||.||..||....:.
pombe  1014 AYVKENVRKSLLAKMLEELIETRNMVKRGMKDCD-SDYVNKVLNSRQLALKLIANVTYGYTSASF 1077

  Fly   975 S-RFFAQHLAALVTHKGREILTNTQQLVQKMNY---DVVYGDTDSLMINTNITDYDQVYKIGHNI 1035
            | |.....:|..:...|||||:.:.:.:..:::   .|||||||||.:.......:|.:.||..:
pombe  1078 SGRMPCSEIADTIVETGREILSYSLEYINTLDFCHAKVVYGDTDSLFVELPGATKEQAFDIGQQL 1142

  Fly  1036 KQSVNKLY-KQLELDIDGVFGCLLLLKKKKYAAIKL-SKDSKGNLRREQEHKGLDIVRRDWSQLA 1098
            ..::...: ..:.|..:.::....||.||:|...|. |...|..:   .|.||::.||||.:.:.
pombe  1143 ANNITSRFPSPIRLKFEKIYFPCFLLAKKRYVGFKFESVSQKAPI---FEAKGIETVRRDGTPVQ 1204

  Fly  1099 VMVGKAVLDEVLSEKPLEEKLDAVHAQLEKIKTQIAEGVVPLPLFVITKQLTRTPQEYANSASLP 1163
            ..:.:..|:.:...|    .|..|..:.:.:..||..|.||:..|..:|::..  ::|...::.|
pombe  1205 QQLLRRCLEILFKTK----DLSTVKKEFQNVCYQIMSGNVPVMDFCFSKEVRL--EKYKELSTAP 1263

  Fly  1164 HVQVALR--MNRERNRRYKKGDMVDYVI--CLDGTTNAAMQRAYHLDELKTSEDKKLQLDTNYYL 1224
            ...|..|  |.::..|..:.|:.|.|:|  ...|||.|  .|:...:|..:|...  |||.|||:
pombe  1264 PGAVMARRLMTKDPRREPQYGERVPYLIIAAAPGTTLA--NRSVAPEEFLSSSFS--QLDINYYI 1324

  Fly  1225 GHQIHPVVTRMVEVLEGTDASRIAECLGMDPTKFRQNAQRTQRENTEQSEGESLLKT--TLQLYR 1287
            .:.:.|.:.|.:.:|..:..|...|          ....||..:.||..:|....||  |..:.:
pombe  1325 NNSLIPPLDRFLNLLGASAQSWYHE----------MPKPRTSLKLTETVKGGIQKKTLDTFLMEK 1379

  Fly  1288 LCEPFRFQCVTCKTEQLMASAYRPGPSNSHIAVLQQCAKSECQT 1331
            ||.    .|:....|.:      |...||   :...|.|:.|.|
pombe  1380 LCS----SCLKNNIEII------PDKINS---LCSDCLKNPCAT 1410

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
PolA1	NP_536736.2	pol2	52..1237	CDD:273159	282/1311 (22%)
		zf-DNA_Pol	1286..1459	CDD:462651	11/46 (24%)
rev3	NP_594068.1	PTZ00166	36..>210	CDD:240301	16/76 (21%)
		DNA_polB_zeta_exo	648..873	CDD:99821	39/249 (16%)
		POLBc_zeta	899..1344	CDD:99917	126/477 (26%)
		zf-C4pol	1381..1457	CDD:464119	10/43 (23%)