Protein Alignment Grik and GLR3.3

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_001262788.1
• Gene: Grik / 42476
• FlyBaseID: FBgn0038840
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_174978.1
• Gene: GLR3.3 / 840859
• AraportID: AT1G42540
• Length: 933
• Species: Arabidopsis thaliana
• Alignment Length: 988
• Identity: 208/988 - (21%)
• Similarity: 400/988 - (40%)
• Gaps: 179/988 - (18%)

  Fly    13 FPLGFILTSLLLAFPGCRGERTNVGLVYENTDPDLEKIFHLAISKANEE---NEDLQLHGVSVSI 74
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plant     8 FFLSFLCSGLFRRTHSEKPKVVKIGSIF-SFDSVIGKVAKIAIDEAVKDVNSNPDI-LSGTKFSV 70

  Fly    75 EPGNS----FETSKKLCKMLRQNLVAVFGPTSNLAARHAMSICDAKELPFLDTRWDFGAQLPTIN 135
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plant    71 SMQNSNCSGFMGMVEALRFMEKDIVGIIGPQCSVVAHMISHMANELRVPLL----SFAVTDPVMS 131

  Fly   136 LHPHPATLGV---------ALRDMVVALGWESFTIIYESGEY-----------LPTVRELLQMYG 180
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plant   132 PLQFPYFIRTTQSDLYQMDAIASIVDFYGWKEVIAVFVDDDFGRNGVAALNDKLASRR--LRITY 194

  Fly   181 TAG--PTVTVRRYELDLNGNYRNVLRRIRNADDFSFVVVGSMATLP-EFFKQAQQVGLVTSDYRY 242
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plant   195 KAGLHPDTAVNKNEI------MNMLIKIMLLQP-RIVVIHVYSELGFAVFKEAKYLGMMGNGYVW 252

  Fly   243 IIGNLDWHTMDLE-----PYQHAGT--NITGLRLVSPDSEQVQEVAKALYESEEPFQNVSCPLTN 300
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plant   253 IA--TDWLSTNLDSSSPLPAERLETIQGVLVLRPHTPDSDFKRE----FFKRWRKMSGASLALNT 311

  Fly   301 SMALVYDGVQLLA----ETYK---HVNF----------RPVALSCNDDSAWDKGYTLVNYMKSLT 348
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plant   312 YGLYAYDSVMLLARGLDKFFKDGGNISFSNHSMLNTLGKSGNLNLEAMTVFDGGEALLKDILGTR 376

  Fly   349 LNGLTGPIRFDYEGLRTDFKLEVIELAVSGMQKIGQWSGEDGFQENRP-------APAHSLEPDM 406
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plant   377 MVGLTGQLQFTPDRSRTRPAYDIINVAGTGVRQIGYWSNHSGLSTVLPELLYTKEKPNMSTSPKL 441

  Fly   407 RSLV--NKSFVVITAISEPYGML------------------KETSEKLEGND-QFEGFGIELIDE 450
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plant   442 KHVIWPGETF------TKPRGWVFSNNGKELKIGVPLRVSYKEFVSQIRGTENMFKGFCIDVFTA 500

  Fly   451 LSKKLGFSYTWRLQEDNKYGGIDPKTGEWNGMLREIIDSRADMGITDLTMTSERESGVDFTIPFM 515
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plant   501 AVNLLPYAVPVKF---IPYGN-GKENPSYTHMVEMITTGNFDGVVGDVAIVTNRTKIVDFTQPYA 561

  Fly   516 SLGIGILFRKPMKEPPKL----FSFMSPFSGEVWLWLGLAYMGVSISMFVLGRLSPAEWDNP--Y 574
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plant   562 ASGLVVV--APFK---KLNSGAWAFLRPFNRLMWAVTGCCFLFVGIVVWILEHRTNDEFRGPPKR 621

  Fly   575 PCIEEPTELENQFSFANCLWFSIGALLQQGSELAPKAYST--RAVAASWWFFTLILVSSYTANLA 637
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plant   622 QCV-------------TILWFSFSTMFFAHRE---NTVSTLGRLVLIIWLFVVLIINSSYTASLT 670

  Fly   638 AFLTVESLVTPINDADDLSKNKGGVNYGAKIGGATFNFFK-ESNYP--------TYQRMYEFMRD 693
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plant   671 SILTVQQLSSPIKGIESLRERDDPIGY--QVGSFAESYLRNELNISESRLVPLGTPEAYAKALKD 733

  Fly   694 NPQYMTNTNQEGVDRVENSNYAFLMESTTIEYITERRCTLTQVGALLDEKGYGIAMRKNWPYRDT 758
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plant   734 GP------SKGGV-------AAIVDERPYVELFLSSNCAYRIVGQEFTKSGWGFAFPRDSPLAID 785

  Fly   759 LSQAVLEMQEQGLLTKMKTKWWQEKRGGGACSDADEDSGAVALEISNLGGVFLVMGVGSFFGIFV 823
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plant   786 LSTAILELAENGDLQRIHDKWLMK----NACTLENAELESDRLHLKSFWGLFLICGVACLLALFL 846

  Fly   824 SLLEMVLGVKERSDENQVSFKTELLDEIRFILQCSGNTKAVKYPKNSSRSNASSKSKGSS--MSV 886
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plant   847 YFVQIIRQLYKKPTDDAIARDQQQNHD-------SSSMRSTRLQRFLSLMDEKEESKHESKKRKI 904

  Fly   887 DSLPEDTSEADAS 899
            |....|||.:..|
plant   905 DGSMNDTSGSTRS 917

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Grik	NP_001262788.1	PBP1_iGluR_Kainate	35..395	CDD:380605	87/413 (21%)
		Periplasmic_Binding_Protein_Type_2	411..781	CDD:473866	94/405 (23%)
GLR3.3	NP_174978.1	PBP1_GABAb_receptor_plant	30..423	CDD:380645	87/413 (21%)
		GluR_Plant	464..807	CDD:270404	90/382 (24%)