Protein Alignment Grik and grid1b

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_001262788.1
• Gene: Grik / 42476
• FlyBaseID: FBgn0038840
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: XP_009304811.1
• Gene: grid1b / 557511
• ZFINID: ZDB-GENE-121214-84
• Length: 1048
• Species: Danio rerio
• Alignment Length: 865
• Identity: 241/865 - (27%)
• Similarity: 414/865 - (47%)
• Gaps: 104/865 - (12%)

  Fly    35 NVGLVYENTDPDLEKIFHLAISKANEENEDLQLHGVSVS---IEPGNSFETSKKLCKMLRQNLVA 96
            ::|.::|......:::|.||||..:..::.||...::.|   |||.|.|:..::.|:::.|.::|
Zfish    25 HIGAIFEENAARDDEVFQLAISDLSLNDDILQSEKITHSIKYIEPNNPFQAVQEACELMTQGILA 89

  Fly    97 VFGPTSNLAARHAMSICDAKELPFLDTRWDF-GAQLPTINLHPH------------PATLGVALR 148
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Zfish    90 LVTSTGCASASALQSLTDAMHIPHLYVQRNAEGSPRTACQLNPSPDGERYTLAARPPVRLGDVML 154

  Fly   149 DMVVALGWESFTIIYESGEYLPTVRELLQMYGTAGPTVTVRRYELDLNG---------------N 198
            .:|..|.|:.|.:.|:|...:..::..|......|..|:::|.:.:::|               .
Zfish   155 TLVGELRWQKFIVFYDSDYDIRGLQVFLDQTSRQGLDVSLQRVDRNISGVFSSLFTSMRTEELNR 219

  Fly   199 YRNVLRRIRNADDFSFVVVGSMATLPEFFKQAQQVGLVTSDYRYIIGNLDWHTMDLEPYQHAGT- 262
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Zfish   220 YRDTLRRA--------ILLLSPRGAQVFIHQAVETNLASKDSHWVFVNEEISDTEILELAHSSLG 276

  Fly   263 NITGLRLVSP---DS-----EQVQEVAKALYESEEPFQNVSCPLTNSMALVYDGVQLLAET-YKH 318
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Zfish   277 RMTVVRQIFPLWRDSSVSCMRNSHRISSLLCDPQEGYLQ---SLEVSNLYLYDSVLMLANAFYRK 338

  Fly   319 VNFRP----VALSC--NDDSAWDKGYTLVNYMKSLTLNGLTGPIRFDYEGLRTDFKLEVIELAVS 377
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Zfish   339 LEDRKWHSMASLNCIRKSTKPWNGGWSMLETIQKGRITGLTGIMDFMENGSNSHVQFEILGTSFS 403

  Fly   378 -----GMQKIGQWSGEDG----FQENRPAPAHSLEPDMRSLVNKSFVVITAISEPYGMLKETSEK 433
                 .::::..|....|    .:|:|      :|..|:.:..|   |:|.:.:|:.|:   :|.
Zfish   404 ETFGKDIKRLATWDSVHGLNGSLKESR------IENGMQGVTVK---VVTLLEDPFVMV---AEN 456

  Fly   434 LEGN-DQFEGFGIELIDELSKKLGFSYTWRLQEDNKYGGIDPKTGEWNGMLREIIDSRADMGITD 497
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Zfish   457 ILGQPKRYKGFSIDVLEALAKILGFKYDIYQVADSKYGS-QLSNGSWNGMIGELINKRADLAVSA 520

  Fly   498 LTMTSERESGVDFTIPFMSLGIGILFRKPMKEPPKLFSFMSPFSGEVWLWLGLAYMGVSISMFVL 562
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Zfish   521 ITITPERENVVDFSKRYMDYSVGILHRKP-EEKINIFSLFAPFDLAVWACIAAAIPVVGVLIFLL 584

  Fly   563 GRLSPAEWDNPYPCIEEPTELENQFSFANCLWFSIGALLQQGSELAPKAYSTRAVAASWWFFTLI 627
            .|:......|| |.....:.:.|  |..:.:|...||.:|||.:....:.:.|.|..|||.||||
Zfish   585 TRMQMLRSQNP-PGAHHASSMSN--SLHSAIWIVYGAFVQQGGDSVVGSVALRIVMGSWWLFTLI 646

  Fly   628 LVSSYTANLAAFLTVESLVTPINDADDLSKNKGGVNYGAKIGGATFNFFK-ESNYP-----TYQR 686
            :.|||||||||||||..:...|....||::.. ...||.....|.:::|| :...|     ||..
Zfish   647 VCSSYTANLAAFLTVSRMDNTIRTFQDLARQM-DFAYGTVRDSAVYDYFKAKGTNPLEQDSTYAE 710

  Fly   687 MYEFMRDN--PQYMTNTNQEGVDRVENSNYAFLMESTTIEY--ITERRCTLTQVGALLDEKGYGI 747
            ::..:..|  ..:..::..||:.:.:...||||.:...:||  :|:..||:|..|..:..|||||
Zfish   711 LWRTISKNNGQDFSVSSPSEGIRKAKKGPYAFLWDMAVVEYAALTDDDCTITVSGNSMSSKGYGI 775

  Fly   748 AMRKNWPYRDTLSQAVLEMQEQGLLTKMKTKWWQEKRGGGACSDADEDSGAV----ALEISNLGG 808
            ||:...||||.:||.:||:||:|.|..:|.|||...   |.| |.:..|.|.    :|::.:..|
Zfish   776 AMQHGSPYRDLISQKILELQEKGDLDVLKQKWWPRT---GRC-DLNSHSNAQPDGRSLKLHSFAG 836

  Fly   809 VFLVMGVGSFFGIFVSLLEM 828
            ||.::..|......|:.|||
Zfish   837 VFCILAAGLLLACLVAALEM 856

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Grik	NP_001262788.1	PBP1_iGluR_Kainate	35..395	CDD:380605	86/415 (21%)
		Periplasmic_Binding_Protein_Type_2	411..781	CDD:473866	137/380 (36%)
grid1b	XP_009304811.1	PBP1_iGluR_delta_1	25..426	CDD:380615	85/411 (21%)
		Periplasmic_Binding_Protein_Type_2	437..809	CDD:473866	137/383 (36%)