Protein Alignment Grik and GluRIIB

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_001262788.1
• Gene: Grik / 42476
• FlyBaseID: FBgn0038840
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_523485.3
• Gene: GluRIIB / 33789
• FlyBaseID: FBgn0020429
• Length: 913
• Species: Drosophila melanogaster
• Alignment Length: 939
• Identity: 281/939 - (29%)
• Similarity: 456/939 - (48%)
• Gaps: 96/939 - (10%)

  Fly    19 LTSLLLAFPGCRGERT---NVGLVYENTDPDLEKIFHLAISKANEENEDLQLHGVSVSIEPGNSF 80
            |..|.||......|.|   .:|.::.:|:..|...|..|:.:.|..|..|:|..:...:...:|.
  Fly     7 LVLLALAIASGANEDTLVIKIGAIFFDTEMKLADAFSAALEEVNAINPALKLDAIKRYVTVDDSI 71

  Fly    81 ETSKKLCKMLRQNLVAVFGPTSNLAARHAMSICDAKELPFLDTRWD--------FGAQLPTINLH 137
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  Fly    72 VLQDISCDLIGSGVAAIFGPSSKTNSDIVEVLCNMTGIPHLQFDWHPQQSNRERMNHQL-TVNVA 135

  Fly   138 PHPATLGVALRDMVVA--LGWESFTIIYESGEYLPTVRELL---QMYGTAGPTVTVRRYELDLNG 197
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  Fly   136 PMELFLSAAFSDILASKTFDWKSFTIAYERSSHLIRLQHILAWKQLH-KAG----IKMQEFERGD 195

  Fly   198 NYRNVLRRIRNADDFSFVVVGSMA-TLPEFFKQAQQVGLVTSDYRYIIGNLDWHTMDLEPY--QH 259
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  Fly   196 DYRILWKRINNARE-KFVLLDCPSDILVDVINASIGYNMTGSFNHLFLTNLDTHLSGIDGFYSRD 259

  Fly   260 AGTNITGLRLVSPDSEQVQEVAKALYESEEPFQNVSCPLTNSMA--LVYDGVQLLAETYKHVNFR 322
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  Fly   260 FTVAVAAVRIRT-------YVPPPVHDEIDVFDNSVDTRFSSLGSQLVYDSIVLFYNALLEISQR 317

  Fly   323 P----VALSCNDDSAWDKGYTLVNYMKSLTLNGLTGP-----IRFDYEGLRTDFKLEVIELAVSG 378
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  Fly   318 PGFYIPNFSCG-RGFWQPGPRLVEQMKQITPKMVKPPFKTQRLQINADGQREDFNLEVYNPIIDR 381

  Fly   379 MQKIGQWSGE---DGFQENRPAPAHSLEPDMRSLVNKS--------FVVITAISEPYGMLKETSE 432
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  Fly   382 VTHI--WNKEFQLVDFEKLRENSTQALK--QKRLQNKEDFSQKPIRYTVATRVGKPYFSWREEPE 442

  Fly   433 KL--EGNDQFEGFGIELIDELSKKLGFSYTWRLQEDNKYGGIDPKTGEWNGMLREIIDSRADMGI 495
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  Fly   443 GVHYEGNERFEGYAVDLIYMLAQECKFDFNFEPVRDNKYGSYDANTDEWDGIIRQLIDNNAQIGI 507

  Fly   496 TDLTMTSERESGVDFTIPFMSLGIGIL-FRKPMKEPPK--LFSFMSPFSGEVWLWLGLAYMGVSI 557
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  Fly   508 CDLTITQARRSVVDFTVPFMQLGISILSYKEP---PPKADIYAFLNPYNAEVWLFVMIAMMITAF 569

  Fly   558 SMFVLGRLSPAEWDNPYPCIEEPTELENQFSFANCLWFSIGALLQQGSELAPKAYSTRAVAASWW 622
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  Fly   570 ALIFTGRIDQYEWDQPVENVNREMERQNIWHLSNALWLVLGSMLNQGCDLLPRGLPMRLLTAFWW 634

  Fly   623 FFTLILVSSYTANLAAFLTVESLVTPINDADDL-SKNKGGVNYGAKIGGATFNFFKESNYPTYQR 686
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  Fly   635 IFALLISQTYIAKLAAFITSSKIAGDIGSLHDLVDQNK--VQFGTIRGGATSVYFSESN-DTDNR 696

  Fly   687 M--YEFMRDNPQYMTNTNQEGVDRVENS--NYAFLMESTTIEYITERRCTLTQVGALLDEKGYGI 747
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  Fly   697 MAWNKMLSFKPDAFTKNNEEGVDRVKLSKGTYAFLMETTNLQYYVQRNCELTQIGESFGEKHYGI 761

  Fly   748 AMRKNWPYRDTLSQAVLEMQEQGLLTKMKTKWWQEKRGGGACSDADEDSGAVALEISNLGGVFLV 812
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  Fly   762 AVPLNADFRSNLSVGILRLSERGELFKLRNKWFNSNESTCDSNVPTIDDG--QFDMDSVGGLFVV 824

  Fly   813 MGVGSFFGIFVSLLEMV-----LGVKERSDENQVSFKTELLDEIRFILQCSGNTKAVKYPKNSSR 872
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  Fly   825 LIVGVVVGLVIGVAEFLWHVQRISVKEKIPP-MLALKAEFYFVIRFWL--------TRKPLHTYR 880

  Fly   873 SNASSKSKGSSMSVDSLPEDTSEADASGK 901
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  Fly   881 QSRDSTSTGYS----SLEQITSASSAKKK 905

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Grik	NP_001262788.1	PBP1_iGluR_Kainate	35..395	CDD:380605	88/389 (23%)
		Periplasmic_Binding_Protein_Type_2	411..781	CDD:473866	153/387 (40%)
GluRIIB	NP_523485.3	PBP1_iGluR_Kainate	26..387	CDD:380605	85/377 (23%)
		PBP2_iGluR_Kainate	422..795	CDD:270432	151/378 (40%)