DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment CG31213 and Abca1

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_732473.2 Gene:CG31213 / 42382 FlyBaseID:FBgn0051213 Length:1809 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_038965774.1 Gene:Abca1 / 313210 RGDID:631344 Length:2263 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:2035 Identity:481/2035 - (23%)
Similarity:830/2035 - (40%) Gaps:520/2035 - (25%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly    20 KLQLTNWVELVMIIFLSALMPIFFSIGTKVAKSIFPPDIEMEKSPGPKSVNTSLFV--DLYFTPN 82
            ||...:|....::.||              ||:  |.|::        |.|.|::.  :.:...|
  Rat   452 KLDGLDWTAQDIMAFL--------------AKN--PEDVQ--------SPNGSVYTWREAFNETN 492

  Fly    83 NGILEQLITQLANISEFKSVEVFDTNSELY---LQLMINRNA-IGIAFPSEWYDIKSCPEVLNLT 143
            ..|  |.|::.........:|...|...|.   ::|:..|.. .||.|.....|....|..:...
  Rat   493 QAI--QTISRFMECVNLNKLEPIPTEVRLINKSMELLDERKFWAGIVFTGITPDSVELPHHVKYK 555

  Fly   144 IFMPL-SIKR------------------KDFKYFESGFLLLQERISKIFIFFKNAGNGKIPRVLM 189
            |.|.: :::|                  :|.:|...||..||:.:.:..|... .|..|...|.:
  Rat   556 IRMDIDNVERTNKIKDGYWDPGPRADPFEDMRYVWGGFAYLQDVVEQAIIRVL-TGTEKKTGVYV 619

  Fly   190 NHFPYPSYVPNHYAE-SAKAMTYMTLISFFLPCITIAKYVVAEKERHQKAVLTAMGFSNSIHWLA 253
            ...|||.||.:.:.. .:::|.....:::......|.|.:|.|||...|..:..||..|.|.|.:
  Rat   620 QQMPYPCYVDDIFLRVMSRSMPLFMTLAWIYSVAVIIKSIVYEKEARLKETMRIMGLDNGILWFS 684

  Fly   254 WYTKSMLLLLLCLLIMISIFSIGLIYEFSSLVCLMTIFLVYIHSLVLFAFFISSFFSRSLSAVVA 318
            |:..|::.||:...:::.|..:|.:..:|....:.....|:....:|..|.||:.|||:..|...
  Rat   685 WFISSLIPLLVSAGLLVIILKLGDLLPYSDPSVVFVFLSVFAVVTILQCFLISTLFSRTNLAAAC 749

  Fly   319 TILMYFSTALPFLIVGAENSSV--AAQTAASIGLNSALFYILDSVAVMEMQSVGAQWYTIDNTAS 381
            ..::||:..||:::..|....|  :.:..||:....|..:..:..|:.|.|.:|.||   ||...
  Rat   750 GGIIYFTLYLPYVLCVAWQDYVGFSIKIFASLLSPVAFGFGCEYFALFEEQGIGVQW---DNLFK 811

  Fly   382 S-----GYKLSIVGYMLIMISISWIELLICLYIEAVRTGEFEVPQPWSYPFQRRYWCPLRYGSSV 441
            |     |:.|:.  .:.:|:..::|..::..|||||..|::.:|:||.:|..:.||    :|..:
  Rat   812 SPVEEDGFNLTT--SVSMMLFDTFIYGVMTWYIEAVFPGQYGIPRPWYFPCTKSYW----FGEEI 870

  Fly   442 ---FHQGALLPLAGKNSEGNLPAAHPTRQPIIYLDDRTQENFQRVNISKKIGIEVRSLSKTF--G 501
               .|.|:    :.|.:........||.                    .|:|:.:::|.|.:  |
  Rat   871 DEKSHPGS----SQKGASEICMEEEPTH--------------------LKLGVSIQNLVKVYRDG 911

  Fly   502 FRNVVKDLFFNVYENEITALVGHKGSGKTTIIMMLCGILQPTTGTVLINGYDIVTEAKVAKSSLG 566
            .:..|..|..|.||.:||:.:||.|:||||.:.:|.|:..||:||..|.|.||.:|....:.:||
  Rat   912 MKVAVDGLALNFYEGQITSFLGHNGAGKTTTMSILTGLFPPTSGTAYILGKDIRSEMNSIRQNLG 976

  Fly   567 ICPQHSVIFKGMSARDHIYFFSRVKGYNKTEAMMESNIYISKLGLVDSQ-KWDAMRLSPGNQRRL 630
            :||||:|:|..::..:||:|::|:||.::.....|.......:||..|: |....:||.|.||:|
  Rat   977 VCPQHNVLFDMLTVEEHIWFYARLKGLSEKHVKAEMEQMALDVGLPPSKLKSKTSQLSGGMQRKL 1041

  Fly   631 SLACALCAGSKVILCDEPSSGLDPIGRHELMRFLQKEKHGRTILMTTQQLEEGEILADRIAIMND 695
            |:|.|...||||::.|||::|:||..|..:...|.|.:.||||:::|..::|.:||.|||||::.
  Rat  1042 SVALAFVGGSKVVILDEPTAGVDPYSRRGIWELLLKYRQGRTIILSTHHMDEADILGDRIAIISH 1106

  Fly   696 GQILCYGTLGYLKQLPFTSY---------------------TLSC--QMAPNSKA---------- 727
            |::.|.|:..:||....|.|                     |:||  ::.|...|          
  Rat  1107 GKLCCVGSSLFLKNQLGTGYYLTLVKKDVESSLSSCRNSSSTVSCLKKVVPELPAAGQSGGRGGE 1171

  Fly   728 -----------DNLTDLVRLYMTTTTSPVFHGVDVSYKLP--RSQIDRFPEFFQQLEENKKSLNV 779
                       ..:::|:|.:::........|.:::|.||  .::...|.|.|.::::....|.:
  Rat  1172 VQRLVALTQDVSAISNLIRKHVSEARLVEDIGHELTYVLPYEAAKEGAFVELFHEIDDRLSDLGI 1236

  Fly   780 VSFGVSDSTLDGIYLSLDYGQG-SSRLRGGADPGVNDKVEFGVQTDKAI----RTKDRANNSLVR 839
            .|:|:|::||:.|:|.:....| .:....|..|...::..||   ||..    .|:|.|      
  Rat  1237 SSYGISETTLEEIFLKVAEESGVDAETSDGTLPARRNRRAFG---DKQSCLHPFTEDDA------ 1292

  Fly   840 YQHQVDPPNETILNTKTPINPIEIWRPIDRE---------KGSCMAQ-------------WQAMF 882
                || ||::.|:            |..||         |||...:             |:.:.
  Rat  1293 ----VD-PNDSDLD------------PESRETDLLSGMDGKGSYQLKGWKLTQQQFVALLWKRLL 1340

  Fly   883 I---KKKNYTASRAL--IFILI-----LIIPLFYYIIVLGTAASEKCAHRTDKQPVLPLSLDYYS 937
            |   .:|.:.|...|  :|:.|     ||:|.|                  .|.|  .|.|..:.
  Rat  1341 IARRSRKGFFAQIVLPAVFVCIALVFSLIVPPF------------------GKYP--NLELQPWM 1385

  Fly   938 YDDMIILLEVDKQLYKSEGEAYVQLVKEPA----------------------------------- 967
            |::....:..|........|....|.|:|.                                   
  Rat  1386 YNEQYTFVSNDAPEDMGTQELLNALTKDPGFGTRCMEGNPIPNTPCLVGEEDWTTGPVPQTLMDL 1450

  Fly   968 ------TVE--------SVDSIFSHLLKAPP---------------------------------- 984
                  |::        |.|.|...|...||                                  
  Rat  1451 FQNGNWTMKNPSPSCQCSSDKIKKMLPVCPPGAGGLPPPQRKQKTADILQNLTGRNISDYLVKTY 1515

  Fly   985 --IIRRDIKRK----------YVCGAS----------FNNA------------------------ 1003
              ||.:.:|.|          :..|.|          .|||                        
  Rat  1516 VQIIAKSLKNKVWVNEFRYGGFSLGVSDSQALPPSQEVNNAIKQMKKLLKLTKDSSADRFLSSLG 1580

  Fly  1004 ---------STITAWFNSDAFEHSAPIALNLVYNALGKAVFEDQDFSILVNRGDLHDFIWLNNAS 1059
                     :.:..|||:..: |:....||::.||:                             
  Rat  1581 RFMTGLDTKNNVKVWFNNKGW-HAISSFLNVINNAI----------------------------- 1615

  Fly  1060 SMRRRYKRQNDPDYTDYSDYEIQEYDVVVKPNSSSTSGQHNKSNPGDDNIITVQMSIIEAASTLY 1124
             :|...::..:|     |.|.|..::..:                   |:...|:|.:...:|..
  Rat  1616 -LRANLQKGENP-----SQYGITAFNHPL-------------------NLTKQQLSEVALMTTSV 1655

  Fly  1125 NEKGKRKQLFGTLIIITAYIALCLSI----FSIFVTKERVEHFKMQQEIYGVTLFYFWSTHFVGD 1185
            :            ::::..:...:|.    |.:|:.:|||...|..|.|.||....:|.::||.|
  Rat  1656 D------------VLVSICVIFAMSFVPASFVVFLIQERVSKAKHLQFICGVKPVIYWLSNFVWD 1708

  Fly  1186 FLIYAIYMGALTIAIYHFTIWYQ-----------VVVMLLLIGFACLPFVYLCSLLFSLPNIAFA 1239
            ...|.:   ..|:.:..|..:.|           :.::|||.|::..|.:|..|.:|.:|:.|:.
  Rat  1709 MCNYVV---PATLVVIIFICFQQKSYVSSTNLPVLALLLLLYGWSITPLMYPASFVFKIPSTAYV 1770

  Fly  1240 GIFAILVMTG--GMLFSFMYMLTLIT-----DVN--FTTVFAILPMYVGTFGLFKCLAWREYCNR 1295
            .:.::.:..|  |.:.:|  :|.|.|     |:|  ..:||.|.|.:....||...:.     |:
  Rat  1771 VLTSVNLFIGINGSVATF--VLELFTNNKFNDINDILKSVFLIFPHFCLGRGLIDMVK-----NQ 1828

  Fly  1296 EVLPPIEELDCKFGNCNVFCACKPERTWMEVWLLMVHCLVWFIFLWFSNFGYEIGYRF--KPK-L 1357
            .:...:|    :||..........:.....::.:.|..:|:|:....      |.|||  :|: :
  Rat  1829 AMADALE----RFGENRFVSPLSWDLVGRNLFAMAVEGVVFFLVTVL------IQYRFFIRPRPV 1883

  Fly  1358 SNRIWHNNEKHIRVLDEERRV----GLIPKYEHEDYPIIVDQVTKNYCR-AKNAVQLVSFAIRPG 1417
            ..|:...|::...|..|.:|:    |       ::..:.:.::||.|.| .|.||..:...|.||
  Rat  1884 KARLPPLNDEDEDVRRERQRILEGGG-------QNDILEIKELTKIYRRKRKPAVDRICVGIPPG 1941

  Fly  1418 DTFGLLGAQGAGKTSIFQMIAGETSMSHGNIYVRGHSLREHRNAAKMEVGFCPQGDNAPKYLTGR 1482
            :.|||||..||||||.|:|:.|:|:::.|:..:..:|:..:.:.....:|:|||.|...:.||||
  Rat  1942 ECFGLLGVNGAGKTSTFKMLTGDTAVTRGDALLNKNSILSNIHEVHQNMGYCPQFDAITELLTGR 2006

  Fly  1483 QLLRIHCLLHGVPKDHIKAVSEQMAIEFNFKDQLDRPIHTYSGGKKRKLNIALAIDSG-SVLCLD 1546
            :.|....||.|||:..:..|.|....:.......::....||||.||||:.|:|:..| .|:.||
  Rat  2007 EHLEFFALLRGVPEKEVGKVGEWAIRKLGLVKYGEKYASNYSGGNKRKLSTAIALIGGPPVVFLD 2071

  Fly  1547 DTNGSVDHATQRFIWRKLEAVKRSGRPVLLTTQSMEEANAVCSRVAFLVAGEMMFIGSLQQVRSE 1611
            :....:|...:||:|....::.:.||.|:||:.||||..|:|:|:|.:|.|....:||:|.:::.
  Rat  2072 EPTTGMDPKARRFLWNCALSIIKEGRSVVLTSHSMEECEALCTRMAIMVNGRFRCLGSVQHLKNR 2136

  Fly  1612 VSN--TIVIRLRVNPSDGKLKRRFQQLIADMAELFPLATLHEALETCLIYHININVTTLANLFYQ 1674
            ..:  |||:|:..:..|.|..:.|..|      .||.:.|.|.....|.|.:..::::||.:|..
  Rat  2137 FGDGYTIVVRIAGSNPDLKPVQEFFGL------AFPGSVLKEKHRNMLQYQLPSSLSSLARIFSI 2195

  Fly  1675 MEKIRNEGLLEDYSITQVSLDEIY-RILNDE-EDPNLVDLDSTHNSEVLEDIRDTTRDTTRGTTR 1737
            :.:.:....:||||::|.:||::: ....|: :|.:|.|| |.|.::.:.|:             
  Rat  2196 LSQSKKRLHIEDYSVSQTTLDQVFVNFAKDQSDDDHLKDL-SLHKNQTVVDV------------- 2246

  Fly  1738 DTNLVSDEGIQKEKVKRKKV 1757
               .|....:|.||||...|
  Rat  2247 ---AVLTSFLQDEKVKESYV 2263

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
CG31213NP_732473.2 rim_protein <118..1698 CDD:130324 446/1869 (24%)
Abca1XP_038965774.1 rim_protein 1..2238 CDD:130324 472/1992 (24%)

Return to query results.
Submit another query.