DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment CG31213 and Abca8

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_732473.2 Gene:CG31213 / 42382 FlyBaseID:FBgn0051213 Length:1809 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_001417137.1 Gene:Abca8 / 303637 RGDID:1307069 Length:1620 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:1850 Identity:431/1850 - (23%)
Similarity:766/1850 - (41%) Gaps:400/1850 - (21%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     9 QKYRLLLWKDIKLQLTNWVELVMIIFLSALMP------IFFSIGTKVAKSIFPPDIEMEKSPGPK 67
            ||..|..|:..:..|..|:..::::......|      .|.|:.||....:             .
  Rat    17 QKNLLKKWRLRRETLMEWMSSLLLLLFLCWYPHGHEATDFSSVPTKDLGRV-------------D 68

  Fly    68 SVNTSLFVDLYFTPNNGILEQLITQLANISEFKSVEVFDTNSELYLQLMINRNAIGIAFPSEWYD 132
            |...|.|: :.:||......|::.::|.:                 ..|..|..:|:.......:
  Rat    69 SFTQSGFM-IGYTPVTSTTRQIMEKVAAV-----------------PFMAGRKVLGLLDEENIRE 115

  Fly   133 I-KSCPEVLNLTIF---------------MPLSIKRKD-----FKYFESGFLLLQERISKIFIFF 176
            : :|..||:.: ||               :|.|.:..|     |:.:|....|:.....|.|:..
  Rat   116 LTESHQEVIRV-IFSDTFSYHLKFQFGQRIPKSREHGDHEAHCFEMYEDVDCLISIFWKKGFVAL 179

  Fly   177 KNAGNGKIPRVLMNHFPYPSYVPNHYAESAKAMT---------------YMTLISFFLPCITIAK 226
            :.|.|..|.....||    |.:....:.|.|.|.               ..|.|..|.|......
  Rat   180 QAAINAAIIETTTNH----SVMEKLLSVSGKFMKIHPFVRQEGILTDFFIFTCIVSFSPITYFVS 240

  Fly   227 YVVAEKERHQKAVLTAMGFSNSIHWLAW---YTKSMLLLLLCLLIMISIFSIGLIYEFSSLVCLM 288
            ..||.:.:..|.::..||..:|..||:|   |...:.::.|.|.::|......::   :|...:.
  Rat   241 ISVARERKKMKGLMMMMGLRDSAFWLSWGLLYAGFVFVMALSLALVIKSVQFLIL---TSFTVVF 302

  Fly   289 TIFLVYIHSLVLFAFFISSFFSRS-LSAVVATILMYFSTALPFLIVGAENSSVAAQTAASIGLNS 352
            ::||:|..|::..||.:|....:| |:.:...:|..|..:|.|.   |....:.|....::.|.|
  Rat   303 SLFLLYGLSMISLAFLMSVLVRKSVLTGLTVFLLTIFWGSLGFT---ALYRYLPAPLEWTLSLFS 364

  Fly   353 ALFYILDSVAVMEMQSVGAQWYTIDNT-----ASSGYKLSIVGYMLIMISISWIELLICLYIEAV 412
            ...:.|....::.:.      |.:::.     |.|...::...:||...::  :.|.:.:|.|.|
  Rat   365 PFAFTLGMAQLLRVD------YDLNSNAPPDPAGSSNLIAATNFMLAFDAL--LYLALTMYFEKV 421

  Fly   413 RTGEFEVPQPWSYPFQRRYWCPLRYGSSVFHQGAL--LPLAGKNSEGNLPAAHPTRQPIIYLDDR 475
            ...|:...:...:..:..:|...|..:.|..:..:  .||:|.:.|...|..|            
  Rat   422 LPNEYGHQRSPLFFLKPSFWVQPRKPAHVILEDGIDPAPLSGGSFEPVSPEFH------------ 474

  Fly   476 TQENFQRVNISKKIGIEVRSLSKTFGFR----NVVKDLFFNVYENEITALVGHKGSGKTTIIMML 536
                       .|..|.:|::||.:..:    ..:|||..::||.:||||:||.|:||:|::.:|
  Rat   475 -----------GKESIRIRNISKEYKGKPSKIEALKDLTLDIYEGQITALLGHSGAGKSTLLNIL 528

  Fly   537 CGILQPTTGTVLI--NGYDIVTEAKVAKSSLGICPQHSVIFKGMSARDHIYFFSRVKGYNKTEAM 599
            .|:..||.|:|.|  |....:.:.:......|:|||.:|.|..::.|:::..|::::|....|..
  Rat   529 SGLSVPTKGSVTIYNNRLSEMADLESVFRISGVCPQSNVQFDFLTVRENLRLFAKIRGVPPQEVE 593

  Fly   600 MESNIYISKLGLVDSQKWDAMRLSPGNQRRLSLACALCAGSKVILCDEPSSGLDPIGRHELMRFL 664
            .|....:.:|.:.:.|...|..||.|.:|:|:...|:...|::.|.|||::||||..||.:...|
  Rat   594 KEVQRVLLELEMKNIQDILARNLSGGQKRKLTFGTAILGDSQIFLLDEPTAGLDPFSRHRVWNLL 658

  Fly   665 QKEKHGRTILMTTQQLEEGEILADRIAIMNDGQILCYGTLGYLKQLPFTSYTLSCQMAPNSKADN 729
            ::.|..|.:|.:||.::|.:|||||...::.|::.|.|:..:||:.....|.||.|:......:|
  Rat   659 KERKADRVVLFSTQFMDEADILADRKVFISRGKLKCAGSSLFLKKKWGVGYHLSLQLKEVCVPEN 723

  Fly   730 LTDLVRLYMTTTTSPVFHGVDVSYKLPRSQIDRFPEFFQQLEENKKSLNVVSFGVSDSTLDGIYL 794
            :|.||:.::............:.|.||.....||||..|.| ::...|.:.|:|||.:||:.::|
  Rat   724 ITSLVKQHIPEAKLSAERERTLVYTLPLETTYRFPELCQSL-DSCPGLGIDSYGVSMTTLNEVFL 787

  Fly   795 SLDYGQGSSRLRGGADPGVNDKVEFGVQTDKAIRTKDRANNSLVRYQHQVDPPNETILNTKTPIN 859
            .|   :|.|.:.   :|.| |.|..| ||:::..|:     .|:..:..:    .|:..||....
  Rat   788 KL---EGKSAIE---EPEV-DIVGEG-QTERSGDTE-----RLMEMEQTL----STLTETKKKTG 835

  Fly   860 PIEIWRPIDREKGSCMAQWQAMFIKKKNYTASRALIFILILIIPLFYYIIVLGTAASEKCAHRTD 924
            .:.:|    |::...:|:.:.:.:|.:..|....|:.:.:.:.||.:..|.:....|   |:..|
  Rat   836 SLALW----RQQTCAIAKARLLKLKHERKTLLSVLLVLGVALCPLLFESIKMKILQS---AYTWD 893

  Fly   925 KQP----VLPLSLDYYSYDDMIILLEVDKQLYKSEGEAYVQLVKEPATVESVDSIFSHLLKAPPI 985
            ..|    :.|....:.....::|:.:.:..:     :.::|.|:.......||:           
  Rat   894 LSPHSYFLAPGQQPHGMLTQLLIINKTEASI-----DDFIQSVERQNIALEVDA----------- 942

  Fly   986 IRRDIKRKYVCGA-------SFNNASTITAWFNSDAFE--------HSAPIALNLVYNALGKAVF 1035
                      .||       |||.|.|::....:.:|.        :..|:.::::.|.|...| 
  Rat   943 ----------SGARDGTDDPSFNGALTVSGGEKNHSFSLACNTKRLNCFPVLMDVLSNGLLGMV- 996

  Fly  1036 EDQDFSILVNRGDLHDFIWLNNASSMRRRYKRQNDPDYTDYSDYEIQEYDVVVKPNSSSTSGQHN 1100
                                  ..|.|.|         ||.|.|.:.|.                
  Rat   997 ----------------------KPSARIR---------TDRSTYFVDEI---------------- 1014

  Fly  1101 KSNPGDDNIITVQMSIIEAASTLYNEKGKRKQLFGTLIIIT------AYIALCLSIFSIFVTKER 1159
             :||                         .:||..|...:|      .|||:.    |:...|.:
  Rat  1015 -TNP-------------------------LQQLGKTTFWLTLTSACPPYIAMS----SVTDYKNK 1049

  Fly  1160 VEHFKMQQEIYGVTLFYFWSTHFVGDFLIYAIYMGALTIAIYHFTIWYQVVVMLLLIGFACLPFV 1224
            |   ..|..:.|:    |.|.::.|..|:        .|.:|.|...: :.:|..|:||.....:
  Rat  1050 V---WFQLRVSGL----FPSAYWFGQALV--------DIPLYCFVFLF-MSLMDYLLGFPDATLI 1098

  Fly  1225 -------------YLCSLLFSLPNIAF--------AGIFAI--LVMTGGMLFSFMYMLTLITDVN 1266
                         |..||:|....|:|        :||:::  .::|   :||.:.||   .|.|
  Rat  1099 VITHVLQIPCSVGYAISLIFLTYVISFISRKGKKNSGIWSLCFYIIT---MFSVVAML---LDFN 1157

  Fly  1267 FTTVFAILPMYVGTFGLFKCLAWREYCNREVLPPIEELDCKFGNCNVFC-ACKPERTWMEVWLL- 1329
               |.|||                 ||...:|||...:.|...:.::|. ....|.:.:|.:|: 
  Rat  1158 ---VDAIL-----------------YCIIFLLPPSTLIGCLILSMHLFIYRISREESIVEPFLVF 1202

  Fly  1330 MVHCLVWFIFL-------WFSNFGYEIG-----YRFKPKLSNRIWHNNEKHIRVLDEE------R 1376
            ::..|..|||:       |  .||.:..     :|..|:  |...|.|.:.....||:      |
  Rat  1203 LIPLLHVFIFIFTLRCLEW--KFGKKTMRKDPIFRISPR--NNDVHQNPEEPEGEDEDVQMERMR 1263

  Fly  1377 RVGLIPKYEHEDYPIIVDQ-VTKNYC----------RAKNAVQLVSFAIRPGDTFGLLGAQGAGK 1430
            ....:.....::.|:||.. :.|.|.          :||.|.:.|||.:|.|:..||||..||||
  Rat  1264 TASALASTSFDEKPVIVASCLRKEYAGKWKHCLSKKKAKIATRNVSFCVRKGEILGLLGHNGAGK 1328

  Fly  1431 TSIFQMIAGETSMSHGNIYVRGHSLREHRNAAKMEVGFCPQGDNAPKYLTGRQLLRIHCLLHGVP 1495
            ::..:||:|:|..:.|.:.::|    .....|...:|:|||.:.....||.::.|.:...:.|:.
  Rat  1329 STSLKMISGDTKSTAGQVLLKG----SREGDALGFLGYCPQENALWPNLTVKEHLEVFATVLGLS 1389

  Fly  1496 KDHIKAVSEQMAIEFNFKDQLDRPIHTYSGGKKRKLNIALAI-DSGSVLCLDDTNGSVDHATQRF 1559
            |.|......::|.....:|||..|:.|.|.|.||||...|:| .:.|:|.||:.:..:|...|:.
  Rat  1390 KSHAAVTITRLADALQLQDQLKSPVKTLSEGVKRKLCFVLSILGNPSILLLDEPSTGLDPEGQQQ 1454

  Fly  1560 IWRKLEA-VKRSGRPVLLTTQSMEEANAVCSRVAFLVAGEMMFIGSLQQVRSEVSNTIVIRLRVN 1623
            ||:.:.| :|.:.|..||||..|.||.|:|.|||.||:|.:..|||:|.::|:.....::.::| 
  Rat  1455 IWQAIRAIIKNTDRGALLTTHYMAEAEALCDRVAILVSGRLRCIGSIQHLKSKFGKDYLLEMKV- 1518

  Fly  1624 PSDGKLKRRFQQLIADMAELFPLATLHEALETCLIYHINI-NVTTLANLFYQMEKIRNEGLLEDY 1687
                |...:.:.|..::..|||.|...|.....::|.:.: :|..|:..|:::||::....||:|
  Rat  1519 ----KTLEQVELLNTEVLRLFPQAARQERYSPLMVYKLPVEDVQPLSQAFFKLEKVKQTFDLEEY 1579

  Fly  1688 SITQVSLDEIYRILNDEE--DPNLVDLDST 1715
            |::|.:|::::..|:.|:  |....:|||:
  Rat  1580 SLSQSTLEQVFLELSKEQEMDGFEEELDSS 1609

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
CG31213NP_732473.2 rim_protein <118..1698 CDD:130324 406/1714 (24%)
Abca8NP_001417137.1 None

Return to query results.
Submit another query.