Protein Alignment cdm and Tnpo3

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_650682.1
• Gene: cdm / 42171
• FlyBaseID: FBgn0261532
• Length: 971
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001100057.1
• Gene: Tnpo3 / 296954
• RGDID: 1308938
• Length: 923
• Species: Rattus norvegicus
• Alignment Length: 971
• Identity: 207/971 - (21%)
• Similarity: 409/971 - (42%)
• Gaps: 145/971 - (14%)

  Fly    24 QAITHE-----------WLTDAEASPQAWQFSWQLMQLGKSQEVQFFGAITLHSKLMKHWHEVPP 77
            ||:.|:           ||.:.:.|..||:.|.||:|:.:..|..:|.|.|:..|:...::|:|.
  Rat    16 QALYHDPDPSGKERASFWLGELQRSVHAWEISDQLLQIRQDVESCYFAAQTMKMKIQTSFYELPT 80

  Fly    78 ENREELKQKILESIVRFAGGPKIVLNRLCISLGAYIVHMLGEWPGAIEEVINTFQNQRMPNVSAD 142
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  Rat    81 DSHASLRDSLLTHIQNLKDLSPVIVTQLALAI-ADLALQMPSWKGCVQTLVEKYSN--------D 136

  Fly   143 V-QLWIMLEVLTAIPEEAQVIHTSVKRVVL--RAEIAKRVQLVIHTVERYLKLQMNRVWDAEAYS 204
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  Rat   137 VTSLPFLLEILTVLPEE---VHSRSLRIGANRRTEIIEDLAFYSSTV---VSLLMTCVEKAGTDE 195

  Fly   205 NM-NRAVKCVGTWIKNIGYTIEGCVT---ITAVLLEVVHKCYWPCIHAGDGCMTADENELAESCL 265
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  Rat   196 KMLMKVFRCLGSWF-NLGVLDSNFMANNKLLALLFEVLQQ----------DKTSSNLHEAASDCV 249

  Fly   266 KTMVNIIIQPDCHNYPKTAFVLIKMFLDSLSEITKTEWKRENDNEDIIVHIYMLFVSSVERHSTL 330
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  Rat   250 CSALYAIENVET-NLP----LAMQLFQGVLTLETAYHMAVAREDLDKVLNYCRIFTELCE---TF 306

  Fly   331 LLSGITSADPELSILVHRIVQEILHCTDKPGIYPVEESCSTMALAFWYMLQDEVFAMSNDEQKHK 395
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  Rat   307 LEKIVCTPGQGLGDL--RTLELLLICAGHPQYEVVE-----ISFNFWYRLGEHLY-KTNDEVIHS 363

  Fly   396 CWE-YIKPLYAHLTRILVRKSE-QPDEKSLAKWSSDDLECFRCYRQDISDTFMYCYDVLNDYILE 458
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  Rat   364 IFKAYIQ----RLLHALARHCQLEPDHEGVPE-ETDDFGEFR----------MRVSDLVKDLIF- 412

  Fly   459 ILAAMLDEAIADL-----QRHPTHWTKLEACIYSFQSVAEHFGGEEKRQIPRLMRVLAEIPY--E 516
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  Rat   413 LIGSM--ECFAQLYSTLKEGNPP-WEVTEAVLFIMAAIAKSVDPENN---PTLVEVLEGVVHLPE 471

  Fly   517 KLNVKLLGTALETMGSYCNWLMENPAYIPPAINLLVRGL-NSSMSAQATLGLKELCRDCQLQLKP 580
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  Rat   472 TVHTAVRYTSIELVGEMSEVVDRNPQFLDPVLGYLMKGLCEKPLASAAAKAIHNICSVCRDHMAQ 536

  Fly   581 YADPLLNACHASLNTGRMKNSDSVRLMFSIGKLMSLLRPEEIPKYLDIIVSPCFEELQAICQADS 645
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  Rat   537 HFNGLLEIAH-SLDSFMLSPEAAVGLLKGTALVLARLPLDKITECLSEL---CSVQVMALKKLLS 597

  Fly   646 KTPAARIR---TIFRLNMISTLFSSLNTDVDEQATDQPIVQPVLLVMQRTMPIFKRIAEMWVEEI 707
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  Rat   598 QEPSNGISSDPTVF-LDRLAVIFRHTNPIVENGQT-----HPCQKVIQEIWPVLSETLNKHRADN 656

  Fly   708 DVLEAACSAMKHAITNLRSSFQPMLQDLCLFIVASFQTRCCAPTLEISKTAIVMFFKDEGCKPLM 772
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  Rat   657 RIVERCCRCLRFAVRCVGKGSAALLQPLVTQMVNVYHVHQHSCFLYLGSILVDEYGMEEGCRQGL 721

  Fly   773 QQLLREFIQHSFKLFESTPEQN-FSNISDTMETFFGCLTQIIKKIPQVLEDKTLAYDRLVF---- 832
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  Rat   722 LDMLQALCIPTFQLLE---QQNGLQNHPDTVDDLFRLATRFIQRSP-----VTLLRSQVVIPILQ 778

  Fly   833 YAQRGMTLPESGAIRNSIQFLTHFVMQSRNHAH----------VTEVVLATGE----QTLYTAMM 883
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  Rat   779 WAIASTTLDHRDANSSVMRFLRDLIHTGVANDHEEDFEVRKELIGQVMDQLGQQLVSQLLHTCCF 843

  Fly   884 CVGYLTPRSQVDKFADILLAMNRKYAAEMAVWMK-SLMSTPNFPT--------QLITDADK 935
            |:    |...:...|::|..:.:........|:: ||...|...|        :.:||..|
  Rat   844 CL----PPYTLPDVAEVLWEIMQVDRPTFCRWLENSLKGLPKETTVGAVTVTHKQLTDFHK 900

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
cdm	NP_650682.1	IBN_N	29..93	CDD:197981	19/74 (26%)
		Xpo1	98..>220	CDD:462459	30/125 (24%)
		Importin_rep	418..454	CDD:436727	8/35 (23%)
		Importin_rep_3	838..912	CDD:465873	15/87 (17%)
Tnpo3	NP_001100057.1	IBN_N	33..96	CDD:197981	19/62 (31%)
		Xpo1	121..249	CDD:462459	36/152 (24%)