DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment Mhcl and Myo18b

DIOPT Version :9

Sequence 1:NP_732109.2 Gene:Mhcl / 41955 FlyBaseID:FBgn0026059 Length:2194 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_006249639.1 Gene:Myo18b / 304551 RGDID:1594542 Length:2551 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:2369 Identity:699/2369 - (29%)
Similarity:1118/2369 - (47%) Gaps:403/2369 - (17%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly     4 FMKKSAGDEDKERRKREKKLRKEA-----------------KGTSGGPGMGGVTGVTGSMSTDEL 51
            |:|:...:.:||  .:|.:.||||                 ..|:..|..|..|....|.:|.: 
  Rat    37 FIKQLVRETEKE--SKEARRRKEAGLTSPEVETPAVPTNQSNKTNNVPKPGSQTSQDSSSTTHD- 98

  Fly    52 LRLDEVRRSLKIRGRR------------------KEKEKLPSGITADYSADFFAALNADANGGSN 98
                    |..|.|::                  :.:|..|:|..|..:..|       ..|...
  Rat    99 --------SADIPGKQPPEPGDKDSTPVTSTSGERPQESGPTGTPAKRTLPF-------RKGVRR 148

  Fly    99 GGA---VGAADPEQDRGNEEI----VASVMTHIESRASNGAGVSVNYSEVTHSLLSGGLKNRFLP 156
            |..   |...|||..:..::|    |::..|...::.|.|.                        
  Rat   149 GDVLLMVAKLDPELAKAEQKIQPRDVSTDKTPAPAKDSGGT------------------------ 189

  Fly   157 PIPPKPPKRGILKG-------SRSNMTNVHEEISFAGSAGGAGGTPEMLLRNTFQNESLYEGAAR 214
                   |:|::.|       |.|..|...          |.|.|          .:|:..|..:
  Rat   190 -------KKGMITGTSCDPQASMSEKTRTR----------GVGDT----------GQSIKGGKCQ 227

  Fly   215 GAGSIGS--------------NSSQHGTSFTSVESLRSDGEQTG--GQQRAMTLPANARYGALPQ 263
            |....||              |:.:|||        ||..::.|  |||..    |....|..|:
  Rat   228 GTEGKGSRDPQTKGQKEGESQNTEEHGT--------RSQTQEAGNKGQQGT----AEKEGGGPPK 280

  Fly   264 GNSQ-------GSHLHVLTSPSPSADSLTDTTNSSFATPPFSLSPVGESQGIDRWARVHAFEDVE 321
            ...:       |:.:..|..|.|.....:.....|....|.|.:.|.||:..|     ...||.:
  Rat   281 KMEKEDGPKVAGAEVRPLEPPVPLRKWGSSLGRRSKWDSPQSKNRVTESRRKD-----EKTEDKQ 340

  Fly   322 LPLPPVQLVKLPPPRQLVIRRQ------------KSPRQ--DFGFSLRKAICLDRTESLTSPIFR 372
            .|    :..|:...:.|.:.|.            :||.:  ..|...:|.:..::|..|      
  Rat   341 SP----KEEKMEDKQSLAVDRSCGQPAEPTGQQPESPAKMGKVGRPQKKLVTPEKTREL------ 395

  Fly   373 PVIFAEPGAGGGATGLLPGDRLIKVNGTPVGELPREIIIEMIRNSGEAVTVEVQPVAELVELSKR 437
            |.:.||..:...:.....|   |...||                |.||...|.||.:.:    :.
  Rat   396 PEVAAETQSPEESCKARDG---IATEGT----------------SAEAAKREGQPESRM----QG 437

  Fly   438 CMAPSTATVEEIDHSITNGNCNTLRRSA----------SKRFKRQSRHENGNGGGEEGGAKGVGH 492
            ...|...| ||:|  :|.......|.|.          .|..:.:...::.:.||:.|.:.....
  Rat   438 AEEPRVHT-EEVD--VTEPQAEGRRESVPETGMERPSMQKPMEEKQILQDPDRGGQSGDSDQAFE 499

  Fly   493 D--LEADVADASQPERVWLVHRGGFTAAIRLP----TAS--SGRDEENKLSLRLLHNGEQLT--V 547
            |  .||        ::||||.:..||.|..|.    ||.  :||       :||..:.::..  |
  Rat   500 DRWYEA--------QKVWLVQKDRFTLATVLKPDEGTADLPAGR-------VRLCIDADRTVTEV 549

  Fly   548 DEDDVEKQNSPALDLVEDICELKYLNEASVLHCLRQRYASNLIHTKAGPTLLVVNPMAPLSLYSE 612
            ||:.|.:.|...||..||:..|..:||:|||:.|.:||.:.|.||.:||.|:.:.|.......|.
  Rat   550 DEEQVHRANPSELDQAEDLAFLVSVNESSVLNTLLKRYQAQLPHTCSGPDLIALQPQTTTVPSSG 614

  Fly   613 KVVSMFRGCKTEDMPPHVYSLAQTAYRSLVETRRDQSLIFMGRSGSGKSTSFKHALNYLALAAGA 677
            ||.   || :.:.:|.||.||||.||.:|:..|||||::.:||||:||:|..:..|.:|...||:
  Rat   615 KVP---RG-RQDGLPAHVTSLAQRAYWALLSQRRDQSIVALGRSGAGKTTCCEQVLEHLVGMAGS 675

  Fly   678 YNNFINAEKVNALCTILEAFGNTKTCLNSNATRMTQLLSLDFDQTGQIASASLQVLLPERQRAGR 742
            .:..::.||:.|..|:|:|||...|..:..|||...::||||:.||::.:|.||.:|.|..|..|
  Rat   676 VDGRVSVEKLRATFTVLQAFGCVSTSHSRRATRFAMVMSLDFNATGRVTAAQLQSMLLENSRVAR 740

  Fly   743 RLGHEHSFHIMTRLLAGAAGLLQKELHLENITSEDSHPFISLSQKLEDRHRAANDFMRTVQAFET 807
            :...|.:|.:.::||||....|:.||:|..: :|.|...:.|..|.||:.:||..|.:...|.|.
  Rat   741 QPQGEGNFEVFSQLLAGLDVDLRTELNLHQM-AESSAFGMGLWSKPEDKQKAATAFSQLRGAMEL 804

  Fly   808 LNIDAKAVRGIWSILAAIYHLGIAGVTKLGTGSTARTQFANPTAARKASGLLGVNLEDLSSAAF- 871
            |.|.....|.||.:||||||||.||..|:|     |.||.....|..|:..||.:.|:|::|.| 
  Rat   805 LGILEGEQRAIWRVLAAIYHLGAAGACKVG-----RKQFMRFEWANHAAEALGCDYEELNTATFK 864

  Fly   872 -----------------GLTQPNAPNGGLSPSKSPTSDTGHEWAWECLEALVIGLYSEALAAVVA 919
                             || |.|....||..       ||    .||:|.:..|||.|...|||:
  Rat   865 HHLRQIIEQMTSGPQRQGL-QDNEACSGLKM-------TG----VECVEGMASGLYQELFVAVVS 917

  Fly   920 LINRQICTSSHTIASIMLIDTPGFQNPASCGQQVGATLADLRHNYLQERLQMLFHHTTLVAPRDR 984
            ||||...:...::||||::||||||||...|:...||..:|.:||.|||||:||:|.|.|:..:|
  Rat   918 LINRSFSSQHLSMASIMVVDTPGFQNPRHQGKDRAATFEELCYNYAQERLQLLFYHRTFVSTLER 982

  Fly   985 YAQELVEIEMDLASECHPGPLISLIDKAP-QNHVVRSSQRDLREHDRRGMLWLLDEEAIYPNSND 1048
            |.:|.:.:..|| .|..||..::::|:.| |.|:  ::.|.:  .|..|:.|:||||.....|:|
  Rat   983 YREEGIPVPFDL-PESSPGTTVAVVDQNPSQVHL--TAGRGI--EDAAGLFWVLDEEVRVEGSSD 1042

  Fly  1049 DTFLERLFSHYGDR----EHHSLLRKCAGPRQFVLHHLQGTNPVLYAVDGWVRHSREHPGIRNAV 1109
            ...||||.:.:..:    |....:|.|..|....|.|..|.:||.|.:.||:|.::.:.....|.
  Rat  1043 SVVLERLHAGFEKKASGAEEPPSMRTCEQPLNCELFHQLGRDPVRYDLTGWLRRAKPNLSALEAP 1107

  Fly  1110 SLLQDSSREEINRLYIGSLTRGSGAMVFCGSFAGLEGT--QSLRRVSSIRRSFTT--AGVKRNSI 1170
            .:||.|.|||:..|:   ..|.....| |...||||||  |:|.|...:||:|.:  |.|||.:.
  Rat  1108 QILQQSKREELQSLF---QARAKLPPV-CLMVAGLEGTSQQALHRGRVVRRAFASSLAAVKRKAP 1168

  Fly  1171 MLQVKFTVDGIIDTLRRTGTHFVHCYL---LQHNAGKHTKYTANGSPSSAAGQV--SSEEEMVNV 1230
            ..|:|..:|.:|..|||:..||:||.:   ::..||:.|.     :||...|..  ::|....::
  Rat  1169 CAQIKLQMDALISLLRRSQLHFIHCLVPTTVETKAGQGTP-----TPSQPGGDQGGANEPPAPDI 1228

  Fly  1231 PLLRSQLRGSQVLEAARLHRLGFPESVPLLEFVRRFGLLAGDLASNKDV---------SVEQILA 1286
            |.||.||.||.:|||.||||.|:.|.:.|.:|.|||..|...|....|:         :||::|.
  Rat  1229 PALRVQLAGSHILEALRLHRAGYAEHMGLAQFRRRFQALDPALLKRLDLTSEGLDERKAVEELLQ 1293

  Fly  1287 VNELDVASYRIGPSQILFRSGVLSELEAKRDVLLSDRIIQLQAFCRGYLARKKMSQRRVQELAVR 1351
            ..:|:..:..:|.||:..::||:|.||.:|:.|:|..|:..||.|||:|:|::..:.:::.||..
  Rat  1294 TLDLEKKAVAVGHSQVFLKAGVVSRLERQREKLVSRNIVLFQAACRGFLSRQEYKKLKIRRLAAL 1358

  Fly  1352 CIQRNVKAFLAVRDWPWWRLLVRVTPLLNVHRTEEQLKTANEELLMLRAKLEKIECDRSEVKAEN 1416
            |||:|:..||.|:|||||.||..:.|||:...:.|||:...|||.:||.||:..|..|||::...
  Rat  1359 CIQKNLTVFLKVKDWPWWGLLASLRPLLSSTLSTEQLRAKEEELTLLRQKLQNSENSRSELRQSA 1423

  Fly  1417 QKLEAKLSELTVDLAEERSTAHIATERLEAETAERLKLEKELGDQTNKVKNLQETTEKLEMELIC 1481
            ..||:|:::||.:||:||....:|.:.||:|.||||:..:|:.:...|.:.:|:....::.:|..
  Rat  1424 DLLESKIADLTSELADERFKGDVACQALESERAERLQALREVQELKAKYQQVQDALGGVQKQLEE 1488

  Fly  1482 AKSDLNGISEDEDAENEDGVGGGV--YKLKYERVARELEFTKRRLHTQHEHDLEQLVALKKHLEM 1544
            |:..:      :.|..|:...||.  ::::.:....|.:|.::||. |.|..|:..:..:..||.
  Rat  1489 AQQRI------QTANLEEKPTGGADEWQMRLDCAQLENDFLRKRLQ-QCEERLDSEMKARTELEQ 1546

  Fly  1545 KLSD---AYEEVVEQRQVVGQWKRKAQKMTNEMNDLRMLLEEQNARNNLLEKKQRKFDAE-CQSL 1605
            ||.:   ||||.   ::...|.:||...:|.::.|.|:|||.|.:||:.|||:|:|||.: .|:|
  Rat  1547 KLGELQSAYEEA---KKTAHQLRRKCHHLTWDLEDTRVLLENQQSRNHDLEKRQKKFDLQLAQAL 1608

  Fly  1606 QDAVRQERQAKERYGREKDVLQAEKFTLEQTLADTRLDLEFKEEKLASLQRELEEMTFGGGTEEE 1670
            .::: .|:..:|:..||...::.|...|:|       .||.||::.:.|:.|:|.:.   |.:.|
  Rat  1609 GESM-FEKSLREKVSRENSGVRWELGQLQQ-------QLEQKEQEASKLKEEVERLQ---GQKRE 1662

  Fly  1671 F-----------AQLRRSKNETERRAKEQEEELDEMAGQIQLLEQAKLRLEMTLETMRKEARRES 1724
            .           |.|:....|.|..|.|||:...:....|:.|||.:.|.|:.:|.|::..:::.
  Rat  1663 LLNCASVGNQGVASLKERVWELESNALEQEKVRSQQENTIKQLEQLRQRFELEIERMKQMHQKDR 1727

  Fly  1725 QQRDEELEEVRGNGYKKIKALECQLETEHEERTLLLREKHELERRLSSMEDR-DRVDRDAEEALN 1788
            :.::||||:||.:..|:::.||.|||.|:||:...|.|||:||..:.::.|: ...|.|.|    
  Rat  1728 EDQEEELEDVRQSCQKRLRQLEMQLEQEYEEKQAALHEKHDLEGLIGTLCDQIGHRDFDVE---- 1788

  Fly  1789 QKLRRDLRKYKALLKDAQTQLERLK--ADTPGKTLIRQLRNQLEDAESARSLAMKARQTAEAELT 1851
            ::||||||:..|||.|.|..|..::  ..:..|..:.::.:|||.:|:....|:|.::...|:|.
  Rat  1789 KRLRRDLRRTHALLSDVQLLLATIEDSKTSISKEELEKVHSQLEQSEAKCEDALKTQKVLTADLE 1853

  Fly  1852 EVQAMFDESHRARNDAEERANAAHRDRAELQAQIEENEEELGELMKKYSATVKQLNTEQINVSEA 1916
            .:.:..:...|:::..:|:......:||:|..:|:|::::|..||:|:...:.|...:...:.|.
  Rat  1854 SMHSELENVTRSKSLVDEQLYRLQFERADLLKRIDEDQDDLNGLMQKHKDLIAQSAADIGQIQEL 1918

  Fly  1917 EFKLNEMEAERNNLKEQVAELQHRLDNVENLGDPSMAMMSKRLELRTKELESRLELEQATRARLE 1981
            :.:|.|.:.|:..|.||:...|.|:..:|. .....|::| |.|....:|||:.|.::....|.|
  Rat  1919 QLQLEEAKKEKQKLWEQLQVAQLRIQYLEQ-STVERAIVS-RQEAIICDLESKTEFQKVQMKRFE 1981

  Fly  1982 VQVNRHKEALEKLQNEVTQSKMREMQAQDVIKKSQKSLRDMREEFHAVSSREQESLTRRKDLEKK 2046
            |.|.|.::::.|:..|::::...|.|.::..:..|:.|.:::.|...:..||:|:..|..::||.
  Rat  1982 VLVIRLRDSMIKMGEELSRAVKAEAQQRENSQYYQQRLEELKAEMQELVQREEEASRRCMEMEKY 2046

  Fly  2047 VEQMESEGAALKNDLRLALQRIADLQQAMEEEGEEELSESDESLSSVGSISDLEDR--------- 2102
            ||::.:....|:.||..:::||||||.|:     ||::.||....||.:..|...|         
  Rat  2047 VEELAAVRQTLQTDLETSIRRIADLQAAL-----EEVASSDSDTESVQTAVDCSSRSGKEGDNVS 2106

  Fly  2103 ---LRPVHVKRSSQQS-LNGSIGGGGGSVVSSTRTVVFEKDDNSPRITVTS-------PSSPHIH 2156
               .:|    .||.|| ::.|:.....||...:|........:|||::..:       |:|..:|
  Rat  2107 VISSQP----ESSLQSWMSCSLSLATDSVRIPSRQSAISSSLHSPRVSEEAGDSERPRPASTVLH 2167

  Fly  2157 KLALAAKAIPANKPDTKPAASTRMELTVP 2185
            ....|.:       ||..|.|..:...:|
  Rat  2168 GDWDAPR-------DTAGAGSVSLHPVLP 2189

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
MhclNP_732109.2 PDZ_signaling 339..426 CDD:238492 18/100 (18%)
MYSc 556..1317 CDD:214580 296/801 (37%)
MYSc_Myo18 575..1305 CDD:276837 283/770 (37%)
GBP_C <1540..1750 CDD:303769 71/224 (32%)
COG1340 1565..1833 CDD:224259 93/282 (33%)
coiled coil 1723..1734 CDD:293879 4/10 (40%)
Myo18bXP_006249639.1 MYSc 558..1324 CDD:214580 296/801 (37%)
MYSc_Myo18 577..1312 CDD:276837 283/770 (37%)
KASH_CCD 1390..1579 CDD:291334 59/198 (30%)
GBP_C <1683..1766 CDD:303769 30/82 (37%)
coiled coil 1737..1751 CDD:293879 5/13 (38%)
Rab5-bind 1788..2082 CDD:286404 84/304 (28%)
DUF3585 <1889..2033 CDD:304905 36/145 (25%)


Information from Original Tools:


Tool Simple Score Weighted Score Original Tool Information
BLAST Result Score Score Type Cluster ID
Compara 00.000 Not matched by this tool.
Domainoid 00.000 Not matched by this tool.
eggNOG 1 0.900 - - E2759_KOG0161
Hieranoid 1 1.000 - -
Homologene 00.000 Not matched by this tool.
Inparanoid 00.000 Not matched by this tool.
OMA 00.000 Not matched by this tool.
OrthoDB 1 1.010 - - D23517at33208
OrthoFinder 00.000 Not matched by this tool.
OrthoInspector 1 1.000 - - otm46111
orthoMCL 1 0.900 - - OOG6_105087
Panther 1 1.100 - - LDO PTHR45615
Phylome 1 0.910 - -
SonicParanoid 1 1.000 - - X3038
SwiftOrtho 1 1.000 - -
TreeFam 00.000 Not matched by this tool.
98.820

Return to query results.
Submit another query.