Protein Alignment RpII140 and Polr2b

DIOPT Version :9

• Sequence 1: NP_001287323.1
• Gene: RpII140 / 41721
• FlyBaseID: FBgn0262955
• Length: 1176
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_722493.2
• Gene: Polr2b / 231329
• MGIID: 2388280
• Length: 1174
• Species: Mus musculus
• Alignment Length: 1173
• Identity: 1009/1173 - (86%)
• Similarity: 1104/1173 - (94%)
• Gaps: 1/1173 - (0%)

  Fly     2 MYDNEEELYEEENAEEISHELWQEACWIVINAYFDEKGLVRQQLDSFDEFIQMSVQRIVEDSPAI 66
            |||.:|::..:|:.:||:.:||||||||||::|||||||||||||||||||||||||||||:|.|
Mouse     1 MYDADEDMQYDEDDDEITPDLWQEACWIVISSYFDEKGLVRQQLDSFDEFIQMSVQRIVEDAPPI 65

  Fly    67 ELQAEAQHTSGEVETPPRFSLKFEQIYLSKPTHWEKDGSPSPMMPNEARLRNLTYSAPLYVDITK 131
            :|||||||.|||||.|||:.|||||||||||||||:||:||||||||||||||||||||||||||
Mouse    66 DLQAEAQHASGEVEEPPRYLLKFEQIYLSKPTHWERDGAPSPMMPNEARLRNLTYSAPLYVDITK 130

  Fly   132 TKNVEGLDPVETQHQKTFIGKIPIMLRSTYCLLSQLTDRDLTELNECPLDPGGYFIINGSEKVLI 196
            |...||.:.::||||||||||||||||||||||:.||||||.|||||||||||||||||||||||
Mouse   131 TVIKEGEEQLQTQHQKTFIGKIPIMLRSTYCLLNGLTDRDLCELNECPLDPGGYFIINGSEKVLI 195

  Fly   197 AQEKMATNTVYVFSMKDGKYAFKTEIRSCLEHSSRPTSTLWVNMMARGSQNIKKSAIGQRIIAIL 261
            |||||||||||||:.||.|||:..|.|||||:|||||||:||:|:|||.|..|||||||||:|.|
Mouse   196 AQEKMATNTVYVFAKKDSKYAYTGECRSCLENSSRPTSTIWVSMLARGGQGAKKSAIGQRIVATL 260

  Fly   262 PYIKQEIPIMIVFRALGFVADRDILEHIIYDFDDPEMMEMVKPSLDEAFVVQEQNVALNFIGARG 326
            ||||||:||:|||||||||:||||||||||||:|||||||||||||||||:|||||||||||:||
Mouse   261 PYIKQEVPIIIVFRALGFVSDRDILEHIIYDFEDPEMMEMVKPSLDEAFVIQEQNVALNFIGSRG 325

  Fly   327 ARPGVTKDKRIKYAKEILQKEMLPHVGVSDFCETKKAYFLGYMVHRLLLASLGRRELDDRDHYGN 391
            |:|||||:||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||
Mouse   326 AKPGVTKEKRIKYAKEVLQKEMLPHVGVSDFCETKKAYFLGYMVHRLLLAALGRRELDDRDHYGN 390

  Fly   392 KRLDLAGPLLAFLFRGLFKNLMKEVRMYTQKFIDRGKDFNLELAIKTNIITDGLRYSLATGNWGD 456
            ||||||||||||||||:||||:||||:|.||||||||||||||||||.||:|||:||||||||||
Mouse   391 KRLDLAGPLLAFLFRGMFKNLLKEVRIYAQKFIDRGKDFNLELAIKTRIISDGLKYSLATGNWGD 455

  Fly   457 QKKAHQARAGVSQVLNRLTFASTLSHLRRVNSPIGRDGKLAKPRQLHNTLWGMLCPAETPEGAAV 521
            |||||||||||||||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||||:||||||||.||
Mouse   456 QKKAHQARAGVSQVLNRLTFASTLSHLRRLNSPIGRDGKLAKPRQLHNTLWGMVCPAETPEGHAV 520

  Fly   522 GLVKNLALMAYISVGSQPSPILEFLEEWSMENLEEIAPSAIADATKIFVNGCWVGIHRDPEQLMA 586
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:|:||||||||||||||||||:||||||.
Mouse   521 GLVKNLALMAYISVGSQPSPILEFLEEWSMENLEEISPAAIADATKIFVNGCWVGIHKDPEQLMN 585

  Fly   587 TLRKLRRQMDIIVSEVSMIRDIRDREIRIYTDAGRICRPLLIVENGSLLLKKTHVEMLKERDYNN 651
            |||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||...|||||.|::.||||:|||
Mouse   586 TLRKLRRQMDIIVSEVSMIRDIREREIRIYTDAGRICRPLLIVEKQKLLLKKRHIDQLKEREYNN 650

  Fly   652 YSWQVLVASGVVEYIDTLEEETVMIAMSPYDLKQDKDYAYCTTYTHCEIHPAMILGVCASIIPFP 716
            ||||.|||||||||||||||||||:||:|.|| |:|:.|||:|||||||||:|||||||||||||
Mouse   651 YSWQDLVASGVVEYIDTLEEETVMLAMTPDDL-QEKEVAYCSTYTHCEIHPSMILGVCASIIPFP 714

  Fly   717 DHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVYITNFHVRMDTLAHVLYYPMKPLVTTRSMEYLRFRELPAGINSI 781
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Mouse   715 DHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVYITNFHVRMDTLAHVLYYPQKPLVTTRSMEYLRFRELPAGINSI 779

  Fly   782 VAILCYTGYNQEDSVILNASAVERGFFRSVFYRSYKDSENKRVGDQEENFEKPHRGTCQGMRNAH 846
            |||..|||||||||||:|.|||:|||||||||||||:.|:|:..||||.||||.|.||||||:|.
Mouse   780 VAIASYTGYNQEDSVIMNRSAVDRGFFRSVFYRSYKEQESKKGFDQEEVFEKPTRETCQGMRHAI 844

  Fly   847 YDKLDDDGIIAPGIRVSGDDVVIGKTITLPENDDELDSNTKRFSKRDASTFLRNSETGIVDQVML 911
            |:||||||:||||:|||||||:||||:|||||:|||:|..:|::|||.|||||.||||||||||:
Mouse   845 YEKLDDDGLIAPGVRVSGDDVIIGKTVTLPENEDELESTNRRYTKRDCSTFLRTSETGIVDQVMV 909

  Fly   912 TLNSEGYKFCKIRVRSVRIPQIGDKFASRHGQKGTCGIQYRQEDMAFTCEGLAPDIIINPHAIPS 976
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||:.||||||||||||
Mouse   910 TLNQEGYKFCKIRVRSVRIPQIGDKFASRHGQKGTCGIQYRQEDMPFTCEGITPDIIINPHAIPS 974

  Fly   977 RMTIGHLIECLQGKLGSNKGEIGDATPFNDAVNVQKISTFLQEYGYHLRGNEVMYNGHTGRKINA 1041
            ||||||||||||||:.:|||||||||||||||||||||..|.:||||||||||:|||.|||||.:
Mouse   975 RMTIGHLIECLQGKVSANKGEIGDATPFNDAVNVQKISNLLSDYGYHLRGNEVLYNGFTGRKITS 1039

  Fly  1042 QVFLGPTYYQRLKHMVDDKIHSRARGPVQILVRQPMEGRARDGGLRFGEMERDCQISHGAAQFLR 1106
            |:|:|||||||||||||||||||||||:|||.|||||||:||||||||||||||||:||||||||
Mouse  1040 QIFIGPTYYQRLKHMVDDKIHSRARGPIQILNRQPMEGRSRDGGLRFGEMERDCQIAHGAAQFLR 1104

  Fly  1107 ERLFEVSDPYRVHICNFCGLIAIANLRNNTFECKGCKNKTQISQVRLPYAAKLLFQELMSMNIAP 1171
            |||||.||||:||:||.||::||||.|.:|:||:||:||||||.||:|||.||||||||||:|||
Mouse  1105 ERLFEASDPYQVHVCNLCGIMAIANTRTHTYECRGCRNKTQISLVRMPYACKLLFQELMSMSIAP 1169

  Fly  1172 RLM 1174
            |:|
Mouse  1170 RMM 1172

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
RpII140	NP_001287323.1	PRK08565	28..1176	CDD:236291	996/1147 (87%)
Polr2b	NP_722493.2	PRK08565	27..1172	CDD:236291	995/1145 (87%)
		RNA_pol_B_RPB2	39..1172	CDD:238353	985/1133 (87%)
		RNA_pol_Rpb2_4	567..629	CDD:282431	58/61 (95%)
		RNA_pol_Rpb2_5	653..700	CDD:282432	38/47 (81%)

Information from Original Tools

Tool	Simple Score	Weighted Score	Original Tool Information
			BLAST Result	Score	Score Type	Cluster ID
Compara	1	0.930	-	-		C167837041
Domainoid	1	1.000	715	1.000	Domainoid score	I114
eggNOG	1	0.900	-	-		E1_COG0085
Hieranoid	1	1.000	-	-
Homologene	1	1.000	-	-		H722
Inparanoid	1	1.050	2082	1.000	Inparanoid score	I44
Isobase	1	0.950	-	0	Normalized mean entropy	S153
OMA	1	1.010	-	-		QHG62192
OrthoDB	1	1.010	-	-		D42570at2759
OrthoFinder	1	1.000	-	-		FOG0000346
OrthoInspector	1	1.000	-	-		oto92077
orthoMCL	1	0.900	-	-		OOG6_100190
Panther	1	1.100	-	-	LDO	PTHR20856
Phylome	1	0.910	-	-
RoundUp	1	1.030	-	avgDist	Average_Evolutionary_Distance	R1184
SonicParanoid	1	1.000	-	-		X610
SwiftOrtho	1	1.000	-	-
TreeFam	1	0.960	-	-
	18	17.750