DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment PolQ and Polq

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_524333.1 Gene:PolQ / 41571 FlyBaseID:FBgn0002905 Length:2059 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:NP_001099348.1 Gene:Polq / 288079 RGDID:1309795 Length:2547 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:2540 Identity:742/2540 - (29%)
Similarity:1107/2540 - (43%) Gaps:755/2540 - (29%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly   211 ISAWNLPMSIQAEYKKKGVVDMFDWQVECLSKPRLLFEHCNLVYSAPTSAGKTLVSEILMLKTVL 275
            ::.|.||.::..:|...||..||:||.|||...::| |..|||||||||||||||:|:|:||.||
  Rat    72 LANWGLPKAVLEKYHNFGVKKMFEWQAECLLLGQVL-EGKNLVYSAPTSAGKTLVAELLILKRVL 135

  Fly   276 ERGKKVLLILPFISVVREKMFYMQDLLTPAGYRVEGFYGGYTPPGGFESLHVAICTIEKANSIVN 340
            |..||.|.||||:||.:||.:|:|.|....|.:|:|:.|..:|.|.|.||.||:||||:||.::|
  Rat   136 ETRKKALFILPFVSVAKEKKYYLQSLFQEVGIKVDGYMGSTSPTGRFSSLDVAVCTIERANGLIN 200

  Fly   341 KLMEQGKLETIGMVVVDEVHLISDKGRGYILELLLAKILYMSRRN-----------GLQIQVITM 394
            :|:|:.|::.:|.|||||:|::.|..|||:|||||.|:.:::|::           ...:|::.|
  Rat   201 RLIEENKMDLLGTVVVDELHMLGDSHRGYLLELLLTKVCFVTRKSASCQADSASALACAVQIVGM 265

  Fly   395 SATLENVQLLQSWLDAELYITNYRPVALKEMIKVGTVIYDHRLKLVRDVAKQKVL-LKGLENDSD 458
            ||||.|:||:.|||:||||.|::|||.|.|.||||..|||..:||||:.  |.:| :||   |.|
  Rat   266 SATLPNLQLVASWLNAELYHTDFRPVPLLESIKVGNSIYDSSMKLVREF--QPLLQVKG---DED 325

  Fly   459 DVALLCIETLLEGCSVIVFCPSKDWCENLAVQLATA---IHVQ----IKSE----TVLGQRLRTN 512
            .:..||.||:.:..||:||||||.|||.:|..:|..   :|.|    :||.    .:|.|     
  Rat   326 HIVSLCYETVRDNHSVLVFCPSKKWCEKVADIIAREFYNLHHQPEGLVKSSEFPPVILDQ----- 385

  Fly   513 LNPRAIAEVKQQLRDIPTGLDGVMSKAITYACAFHHAGLTTEERDIIEASFKAGALKVLVATSTL 577
               :::.||..||:..|:|||.|:...:.:..||||||||.|||||||.:|:.|.::||.|||||
  Rat   386 ---KSLLEVIDQLKRSPSGLDSVLKNTVPWGVAFHHAGLTFEERDIIEGAFRQGLIRVLAATSTL 447

  Fly   578 SSGVNLPARRVLIRSPLFGGKQMSSLTYRQMIGRAGRMGKDTLGESILICNEINARMGRDLVVSE 642
            |||||||||||:||:|:|||:.:..|||:||:|||||.|.||:|||||:|.......|..|:...
  Rat   448 SSGVNLPARRVIIRTPVFGGQPLDILTYKQMVGRAGRKGVDTMGESILVCKNSEKSKGIALLQGS 512

  Fly   643 LQPITSCLDMDG--STHLKRALLEVISSGVANTKEDIDFFVNCTLLSAQKAFHAKE-----KPPD 700
            |:|:.|||...|  ::.:.||:||:|.||||:|.:|:..:..||.|:|.    .||     :...
  Rat   513 LEPVHSCLQSQGEVTSTMIRAILEIIVSGVASTSQDMQTYAACTFLAAD----VKEGKQGIQRNR 573

  Fly   701 EESDANYINDALDFLVEYEFVR-LQRNEERETAVYVATRLGAACLASSMPPTDGLILFAELQKSR 764
            ::.....::..:.:|:|.||:: .:.::.....||..|.||:|.|:||:.|||.|.:||:||::.
  Rat   574 DDVQRGAVDACVTWLLENEFIQAAEPSDGTGGKVYHPTHLGSATLSSSLSPTDTLDIFADLQRAM 638

  Fly   765 RSFVLESELHAVYLVTPYSVCYQLQDIDWLLYVHMWEKLSSPMKKVGELVGVRDAFLYKALRG-- 827
            :.||||::||.||||||  |......|||..:..:||||.:.||:|.|||||.:.||.:.::|  
  Rat   639 KGFVLENDLHIVYLVTP--VFEDWTSIDWYRFFCLWEKLPTSMKRVAELVGVEEGFLARCVKGKV 701

  Fly   828 --QTKLDYKQMQIHKRFYIALALEELVNETPINVVVHKYKCHRGMLQSLQQMASTFAGIVTAFCN 890
              :|:..::||.|||||:.:|.|.:|::|.|:..:..||.|:||.:|||||.|:.:||::|.|.|
  Rat   702 VARTERQHRQMAIHKRFFTSLVLLDLISEIPLKEINQKYGCNRGQIQSLQQSAAVYAGMITVFSN 766

  Fly   891 SLQWSTLALIVSQFKDRLFFGIHRDLIDLMRIPDLSQKRARALFDAGITSLVELAGADPVELEKV 955
            .|.|..:.|::|||:.||.|||.|:|.||:|:..|:.:|||.|:.:|..::.:||.||.||:|..
  Rat   767 RLGWHNMELLLSQFQKRLTFGIQRELCDLIRVSSLNAQRARFLYASGFLTVADLARADTVEVEAA 831

  Fly   956 LYNSISFDSAKQHDHENADEAAKRNVVRNFYITGKAGMTVSEAAKLLIGEARQFVQHEIGLGTIK 1020
            |.:::.|.||::...|..:.|.:|..:|..::.||: ::..|||.|::.||:..:|.::....::
  Rat   832 LKDALPFKSARKAVDEEEEAAEERRSMRTIWVAGKS-LSAREAAALIVEEAKVILQQDLIEMGVQ 895

  Fly  1021 WTQTQAGVEIASRAIHDGGEVDLHMSLEEEQPPVKRKLSIEENGT----ANSQKNPRLETVVD-- 1079
            | ...:.:..::.::..|.||..|....:.:...||..|...|..    :|.:::|.....:|  
  Rat   896 W-GPHSPLSSSTHSLTSGSEVKEHTFKSQTKSSHKRLASKSRNSMRVSGSNGKQSPEAGQGLDEC 959

  Fly  1080 -----------------TQRGYKVDKNIA---NQSKMNPNLKE---------------------- 1102
                             |...|:..|..:   |:..:..:|||                      
  Rat   960 RERPDSLCKFQGNHEIQTPSVYRARKRTSLGVNKEMLRTSLKEGKPSTKEVLQTLSFEKTRKAAL 1024

  Fly  1103 ----IDAQN--------KARR---------NSTAHMDNL-------NPISNDP------------ 1127
                ..|.|        |.|:         :|..|.|:|       :.:..||            
  Rat  1025 SFSSEQANNSFPSGRDRKYRKKSWGSSPMSDSVMHRDDLQGQTMCKSTLCEDPQKSLEEQNTEYR 1089

  Fly  1128 -----------CQNNVNVKTAQP-----------------------IISNLNDIQ---------- 1148
                       |......||:.|                       :..|.|.::          
  Rat  1090 SPGLFAKNVSFCAKEKCNKTSFPLQMQQPCLRRKPESGAAVDHSVAVSQNKNVVEQPPGAPRDRR 1154

  Fly  1149 ---------------KQGSQIEKMKINPATVVCSPQLANEEKPSTSQSARRKLVNEGMAERRRVA 1198
                           :.|::.:....:|.    |..|.|..:..|:...|:|.:.||.|....|.
  Rat  1155 GLAAHGRAEVNEVLTENGTESQLHDTHPV----SQCLENHSEKQTNTCTRQKTLTEGQAGISHVT 1215

  Fly  1199 -----LMKIQ----QRTQKENQSKDQP---------IQASRS------------NQLSSP----- 1228
                 |..|:    :...||:.|...|         .:|.:|            |.|:||     
  Rat  1216 RGSNDLTPIRCERLKLNSKEHDSNPCPQALGTNAGRTEAPQSSEALGQAGGQCENLLNSPGIQEK 1280

  Fly  1229 -----VNRTP----ANRW-----------TQSE-----------------------------NPN 1244
                 .|:|.    ||:.           ||||                             .|:
  Rat  1281 TSAHATNKTEHSHVANQAFCDFGDSLYLDTQSEEIIEQMATKNATQGAEAAGITEEGSATQNEPH 1345

  Fly  1245 NEMNNSQLP-------------------------RRNPRN---QSPVPNANRTA----------- 1270
            :......:|                         ||.|.:   .||.|....:|           
  Rat  1346 STTGGQHIPGAANTDHVDRKNTESVKENPEKNIDRRTPHSLIFHSPTPQGGNSACFKENEHSVTD 1410

  Fly  1271 -----------------------SRKVSNAEED------LFMAD---------DSFMLNTGL--- 1294
                                   .|..:..||:      |.|:|         |||.....|   
  Rat  1411 SQLNSFLQGLETQDKPIIPLAPQMRTSTGVEEESLPETSLNMSDSILFDSFGEDSFGQRQSLDVK 1475

  Fly  1295 --------------------------------------AAALTAAESKIAS-------------- 1307
                                                  ..|..:.||.|.|              
  Rat  1476 AKQPLLSEMTPNHFHNPPYPQEDPVMTPHMSEPQGTLERMACLSGESIIFSEIDSAQVIEALDNM 1540

  Fly  1308 ---------------------------CTEADVI------PSSQPKEPEV--IGALTPHASRLKR 1337
                                       |.:.:|:      .||:||..|:  ..:.|..|:....
  Rat  1541 AAFYMQENCNPITLKTEPRDLAALGNECPQGEVVRGEQHEGSSKPKFMEINQDNSFTWSAASFNL 1605

  Fly  1338 SDQLRSQRIQSPSPTPQREIEIDLESKN----ESNGVSSMEISDMSM------------------ 1380
            |.:|  |||.....||:...|.:|...:    |.|...|.|..||:.                  
  Rat  1606 SPEL--QRILDKVSTPRENEEPELMHADLSCFEENSTESHERQDMNSDLGTVQRTSFLPSNGVKS 1668

  Fly  1381 -------------------------ENPLMKNPLHLNASHIMSCSK------------------- 1401
                                     :|.|:. |..|.||...|.||                   
  Rat  1669 RTEGLESKAKHGGASSALPHKAAADDNGLIP-PTPLPASASASASKLALPEILGTSVKHQKASCL 1732

  Fly  1402 ---------------------------VD--------------ETASSFSSIDIIDVCGHRNAFQ 1425
                                       ||              :.:.|..|:.||||...:..||
  Rat  1733 FDSPSDNQNQDLSQELRDSLKDSDGSVVDTSFFLQSQDGLLLTQASCSSESLAIIDVASDQILFQ 1797

  Fly  1426 AAIIEINNATRLGFSVG---LQAQAGKQKPLIGSNLLINQVAAAENREAAARERVLFQVDDTNF- 1486
            ..:.|.....|...|:.   :.:....:...||..|  .||.:.:  ||:        |:|..| 
  Rat  1798 TFVKEWQCQKRFSISLACEKMTSSTSSKTATIGGRL--KQVNSPQ--EAS--------VEDDGFP 1850

  Fly  1487 --------ISGVSFCLADNVAYYWNMQIDERAAYQG---VPTPLKVQELCNLMARKDLTLVMHDG 1540
                    :.|::.|.....|||.::|.:::.:...   .|.||            |.||.:.:.
  Rat  1851 VHGSDCAVVVGLAVCWGGKDAYYLSLQKEQKQSEMSPSLAPPPL------------DATLTVKER 1903

  Fly  1541 KEQLK-MLRKAIPQLKRI--------------------SAKLEDAKVANWLLQPD-KTVNFLNMC 1583
            .|.|: .|:|...|.:.:                    ....||.|||.|||.|| |.....::.
  Rat  1904 MEYLQSCLQKKSDQERSVVTYDFIQTYKVLLLSCGISLEPSYEDPKVACWLLDPDSKEPTLHSIV 1968

  Fly  1584 QTFAPECTGLANLCGSGRGYSSYGLDTSSAILPRIRTAIESCVTLHILQG-----QTENLSRIGN 1643
            .:|.|....|.....:|.|..|.||:.::....|.|.::||.:..:.:..     |.|||..|  
  Rat  1969 TSFLPHELALLEGIETGPGIQSLGLNVNTDHSGRYRASVESVLIFNSMNQLNSMLQKENLHDI-- 2031

  Fly  1644 GDLLKFFHDIEMPIQLTLCQMEL--VGFPAQKQRLQQLYQRMVAVMKKVETKIYEQHGSRFNLGS 1706
                  |..:|||.|..|..:||  :||...:...|:  ..|.|.:..:||:.|:..|..|:..|
  Rat  2032 ------FCKVEMPSQYCLALLELNGIGFSTAECETQK--HIMQAKLDAIETQAYQLAGHSFSFTS 2088

  Fly  1707 SQAVAKVLGLH--------------RKAKG----------------RVTTSRQVLEKLNS--PIS 1739
            :..:|:||.|.              ||..|                |.:||:.:|.||..  |:.
  Rat  2089 ADDIAQVLFLELKLPPNGEMKTQGGRKTLGSTRRGTESDRKLRLGRRFSTSKDILNKLKDLHPLP 2153

  Fly  1740 HLILGYRKLSGLLAKSIQPLME------CCQADRIHGQSITYTATGRISMTEPNLQNVAKEFSIQ 1798
            .|||.:|::|..:.|.:.||..      ..:.:||:..|.::||||||:.||||:|||.::|.|:
  Rat  2154 GLILEWRRISNAITKVVFPLQREKHLNPFLRMERIYPVSQSHTATGRITFTEPNIQNVPRDFEIK 2218

  Fly  1799 VGSDV-------------------------VH------------------ISCRSPFMPTDESRC 1820
            :.:.|                         :|                  :|.|..|:|. ....
  Rat  2219 MPTLVRESPPSQASGKGQLAMARQNQKVYGLHPGQRTVLEKTSDRGVPFSVSMRHAFVPF-PGGL 2282

  Fly  1821 LLSADFCQLEMRILAHMSQDKALLEVMKSSQDLFIAIAAHWNKIEESEVTQDLRNSTKQVCYGIV 1885
            :|:||:.|||:|||||:|:|..|::|:.|..|:|.:|||.|..||...|..:||...||:||||:
  Rat  2283 ILAADYSQLELRILAHLSRDCRLIQVLNSGADVFRSIAAEWKMIEPDAVGDNLRQQAKQICYGII 2347

  Fly  1886 YGMGMRSLAESLNCSEQEARMISDQFHQAYKGIRDYTTRVVNFARSKGFVETITGRRRYLENINS 1950
            ||||.:||.|.:...|.:|....|.|...||||..:....|...|..||||||.||||||..|..
  Rat  2348 YGMGAKSLGEQMGIKENDAACYIDSFKSRYKGINHFMRDTVKNCRRDGFVETILGRRRYLPGIKD 2412

  Fly  1951 DVEHLKNQAERQAVNSTIQGSAADIAKNAILKMEKNIERY---------REKLALGDNSVDL--- 2003
            :..:.|..|||||:|:|:|||||||.|.|.:.::|.:|.:         ||.:...|.:..|   
  Rat  2413 NNPYHKAHAERQAINTTVQGSAADIVKVATVNIQKQLETFHPTFKSHGHRESMLQSDRAGLLPKR 2477

  Fly  2004 --------------VMHLHDELIFEVPTGKAKKIAKVLSLTMENCVKLSVPLKVKLRIGRSWGEF 2054
                          ::.|||||::||......::|:::...||..:||||.||||::||.||||.
  Rat  2478 KVKGMFCPMRGGFFILQLHDELLYEVAEEDVVQVAQIVKNEMECAIKLSVKLKVKVKIGASWGEL 2542

  Fly  2055 KEVSV 2059
            |:..|
  Rat  2543 KDFDV 2547

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
PolQNP_524333.1 BRR2 216..779 CDD:440817 274/593 (46%)
DNA_pol_A_theta 1668..2053 CDD:176475 165/491 (34%)
PolqNP_001099348.1 BRR2 77..660 CDD:440817 279/602 (46%)
DnaQ_like_exo 1844..2044 CDD:447876 53/219 (24%)
DNA_pol_A_theta 2050..2542 CDD:176475 166/494 (34%)

Return to query results.
Submit another query.