Protein Alignment Nmdar1 and GluRIIA

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_730940.1
• Gene: Nmdar1 / 40665
• FlyBaseID: FBgn0010399
• Length: 997
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_523484.2
• Gene: GluRIIA / 33788
• FlyBaseID: FBgn0004620
• Length: 907
• Species: Drosophila melanogaster
• Alignment Length: 928
• Identity: 196/928 - (21%)
• Similarity: 384/928 - (41%)
• Gaps: 195/928 - (21%)

  Fly    34 DNPSTYNIGGVLSNSDSEEHFSTTIKHLNFDQQYVPRKVTYYD------KTIR--MDKNPIKTVF 90
            |:.:...:|.:...::.|       ..|:|||.:  |:|....      .||:  |..|....:.
  Fly    27 DDRNEITVGAIFYENEKE-------IELSFDQAF--REVNNMKFSELRFVTIKRYMPTNDSFLLQ 82

  Fly    91 NVCDKLIENRVYAVVVSHEQTSGDLSPAAVSYTSGFYSIPVIGISSR-DAAFSDKNIHVSFLRTV 154
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  Fly    83 QITCELISNGVAAIFGPSSKAASDI-VAQIANATG---IPHIEYDLKLEATRQEQLNHQMSINVA 143

  Fly   155 PPYYHQADVWLEML-SHFAYTKVIIIH------------------SSD----------TDGRAIL 190
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  Fly   144 PSLSVLSRAYFEIIKSNYEWRTFTLIYETPEGLARLQDLMNIQALNSDYVKLRNLADYADDYRIL 208

  Fly   191 GRFQTTSQTYYDDVDVRATVELIVEFEPK-LESFTEHLIDMKTAQ--SRVYLMYASTEDAQVIFR 252
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  Fly   209 --WKETDETFHEQ-------RIILDCEPKTLKELLKVSIDFKLQGPFRNWFLTHLDTHNSGL--R 262

  Fly   253 DAGEYNMTGEGHVWIVTEQALFSN---------NTPDGVLGLQ-----LEHAHSDKGHIRDSVYV 303
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  Fly   263 DI--YNEDFKANITSVRLKVVDANPFERKKTRLTKVDQILGNQTMLPIL---------IYDAVVL 316

  Fly   304 LASAIKEMISNETIAEAP-KDCGDSAVNWESGKRLFQYLKSRNITG-----ETGQVAFDDNGDRI 362
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  Fly   317 FASSARNVIAAMQPFHPPNRHCGSSS-PWMLGAFIVNEMKTISEDDVEPHFKTENMKLDEYGQRI 380

  Fly   363 YAGYDVINIREQQKKHVVGKFSYDSMRAKMRMRINDSEIIW-PGKQRRKPEGIMIPTHLRLLTIE 426
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  Fly   381 HFNLEI-----------------------YKPTVNEPMMVWTPDNGIKK----------RLLNLE 412

  Fly   427 -------------EKPFVYVRRMGDDEFRCEPDERPCPLFNNSDATANEFCCRGYCIDLLIELSK 478
                         .|.:..|....:..|..:.|...   |...:.      ..||.:||:.:||:
  Fly   413 LESAGTTQDFSEQRKVYTVVTHYEEPYFMMKEDHEN---FRGREK------YEGYAVDLISKLSE 468

  Fly   479 RINFTYDLALSPDGQFGHYILRNNTGAMTLR-KEWTGLIGELVNERADMIVAPLTINPERAEYIE 542
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  Fly   469 LMEFDYE-----------FMIVNGNGKYNPETKQWDGIIRKLIDHHAQIGVCDLTITQMRRSVVD 522

  Fly   543 FSKPFKYQGITILE-KKPSRSSTLVSFLQPFSNTLWILVMVSVHVVALVLYLLDRFS-------- 598
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  Fly   523 FTVPFMQLGISILHYKSPPEPKNQFAFLEPFAVEVWIYMIFAQLIMTLAFVFIARLSYREWLPPN 587

  Fly   599 PFGRFKLSHSDSNE-EKALNLSSAVWFAWGVLLNSGIGEGTPRSFSARVLGMVWAGFAMIIVASY 662
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  Fly   588 P------AIQDPDELENIWNVNNSTWLMVGSIMQQGC-DILPRGPHMRILTGMWWFFALMMLSTY 645

  Fly   663 TANLAAFLVLERPKTKLSGINDARLRNTMENLTCATVKGSSVDMYF--RRQVELSNMYRTMEANN 725
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  Fly   646 TANLAAFLTSNKWQSSIKSLQDL---IEQDKVHFGSMRGGSTSLFFSESNDTDYQRAWNQMKDFN 707

  Fly   726 ----YATAEQAIQDVKKGK-LMAFIWDSSRLEYEASKDCELVTAGELFGRSGYGIGLQKGSPWTD 785
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  Fly   708 PSAFTSTNKEGVARVRKEKGGYAFLMETTSLTYNIERNCDLTQIGEQIGEKHYGLAVPLGSDYRT 772

  Fly   786 AVTLAILEFHESGFMEKLDKQWIFHGHVQQNCELF-EKTPNTLGLKNMAGVFILVGVGIAGGVGL 849
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  Fly   773 NLSVSILQLSERGELQKMKNKWWKNHNV--TCDSYHEVDGDELSIIELGGVFLVLAGGVLIGVIL 835

  Fly   850 IIIEVIYKKHQVKKQKRL 867
            .|.|.::....|..::|:
  Fly   836 GIFEFLWNVQNVAVEERV 853

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Nmdar1	NP_730940.1	PBP1_iGluR_NMDA_NR1	37..405	CDD:380602	77/429 (18%)
		PBP2_iGluR_NMDA_Nr1	417..818	CDD:270437	102/431 (24%)
		CaM_bdg_C0	854..882	CDD:402271	2/14 (14%)
GluRIIA	NP_523484.2	PBP1_iGluR_Kainate	33..405	CDD:380605	78/430 (18%)
		PBP2_iGluR_Kainate	426..796	CDD:270432	97/399 (24%)
		Lig_chan	555..828	CDD:459656	65/284 (23%)