DRSC/TRiP Functional Genomics Resources

powered by:
logo

back to: DIOPT - Ortholog Prediction Tool / DIOPT for Diseases and Traits


Protein Alignment ctrip and Trip12

DIOPT Version :10

Sequence 1:NP_649496.3 Gene:ctrip / 40596 FlyBaseID:FBgn0260794 Length:3140 Species:Drosophila melanogaster
Sequence 2:XP_008765474.1 Gene:Trip12 / 316575 RGDID:1306607 Length:2071 Species:Rattus norvegicus


Alignment Length:2698 Identity:1031/2698 - (38%)
Similarity:1397/2698 - (51%) Gaps:692/2698 - (25%)


- Green bases have known domain annotations that are detailed below.


  Fly   499 GGERQQPQRATNNAK---------------KTKNNTPAVAAASTIKA-----TTTATTSSGYQQR 543
            ||..::.||.|..|:               |.|...|..:..|..||     .||:..|.|:..:
  Rat    10 GGSLRRSQRNTAGAQPQDDSIGGRSHLGQAKRKGYIPPESRKSNFKAPKVQSNTTSELSRGHLSK 74

  Fly   544 AAPHGQGAAPGAGGGGPRATRSSNSNSSNNVVDYSIMPHLTTVATTTPHALTPQQHQQQRQPPQP 608
                                ||.:|:|:      .|:|.     ...|......:.|:..|.|:.
  Rat    75 --------------------RSCSSSSA------VIVPQ-----PEDPDRANTSERQKTGQVPKK 108

  Fly   609 PSHQ------QQQVHQQQQPPQLLPTHQFAHLSSFVTPTAAAAAAAAAAHYPPASAAAAYFAQQQ 667
            .:.:      ....::...|........|.|:.|.           :..:.||:.:         
  Rat   109 DNSRGVKRSASPDYNRTNSPSSAKKPRAFQHIESL-----------SETNKPPSKS--------- 153

  Fly   668 HHQHQHQHQQQHVQQAQAPQPHYYHSSVAVLHQPPPHHFTSTGAGPPPALFQQQAPPQLTRYTPA 732
              :.:|..|:|.::.||.|.....|:.            .|..||...:..:::......:....
  Rat   154 --KKRHLDQEQQLKSAQLPSTSKAHTR------------KSVAAGSSRSQKRKRTESSCVKSGSG 204

  Fly   733 TATTAATFVPPQQQQVVYNPQQQQHSSLRRSSRGKTGSCVSSAAAAQQQQHHQQQQHSSAAAAVQ 797
            :.:|.|       ::....|.:....|...:..|.:....||:||:.          ||:::||.
  Rat   205 SESTGA-------EERSAKPTKLASKSATSAKAGCSTITDSSSAAST----------SSSSSAVA 252

  Fly   798 QQLLPPPGTYQYQQVGGNTVVVAVRHQQQLQQQQQQQQQLALHHQHQQQQHQQQQQQHQQQQH-- 860
            .              ..:||....|.:|...|.:.::.:.|.....::...:::|.:......  
  Rat   253 S--------------ASSTVPAGARVKQGKDQNKARRSRSASSPSPRRSSREKEQSKTGGSSKFD 303

  Fly   861 ---QQQQRATLVQPGFLFSYRSNQPQQQQQPAQQIHQGPKVTHSSAASDALTYSLMAQQPPSGPP 922
               :...:.:|  |....|...:...:..:|      ||....:..||...:....::.||:..|
  Rat   304 WAARFSPKVSL--PKTKLSLPGSSKSETSKP------GPSGLQAKLASLRKSTKKRSESPPAELP 360

  Fly   923 --HAGGQQITPGANSANLSIVAAALSAARDVGGGSDGGGSAGGATPATGASASSVGNTSAVGASS 985
              ....:|.|.|         :.|.::.|..|.|..|...|    ......|...||...|.:|:
  Rat   361 SLRRSTRQKTTG---------SCASTSRRGSGLGKRGAAEA----RRQEKMADPEGNQETVNSSA 412

  Fly   986 SSNSSAGQAASSNSNNVTATGSGSAPGGGPTSTGTTSGTQHGSGSGAAAAVDSESDDSEVGRLQA 1050
            :....|.|.|:::|:...|.|.            ||||             :|||||||:|||||
  Rat   413 ARTDEAPQGAAASSSVAGAVGM------------TTSG-------------ESESDDSEMGRLQA 452

  Fly  1051 LLEARGLPPHLFGALGPRVTHILHRTIGNSSSSKANQLLQGLQSHDESQQLQAAIEMCQMLVMGN 1115
            |||||||||||||.||||::.:.|||||:.:||||.|||||||:.||||||||.|||||:|||||
  Rat   453 LLEARGLPPHLFGPLGPRMSQLFHRTIGSGASSKAQQLLQGLQASDESQQLQAVIEMCQLLVMGN 517

  Fly  1116 EDTLAGFPIKQVVPALIQLLRMEHNFDIMNNACRALAYMLEALPRSSGTVVEAVPVFLEKLQVIQ 1180
            |:||.|||:|.||||||.||:|||||||||:|||||.||:|||||||..||:|:|||||||||||
  Rat   518 EETLGGFPVKSVVPALITLLQMEHNFDIMNHACRALTYMMEALPRSSAVVVDAIPVFLEKLQVIQ 582

  Fly  1181 CMDVAEQSLSALEILSRRHNKAILQANGISACLTYLDFFSIVAQRAALAIAANCCLNMHPEEFHF 1245
            |:|||||:|:|||:|||||:||||||.|::.||.||:||||.|||.|||||||||.::.|:||||
  Rat   583 CIDVAEQALTALEMLSRRHSKAILQAGGLADCLLYLEFFSINAQRNALAIAANCCQSITPDEFHF 647

  Fly  1246 VAESLPLLARLLSQQDKKCIESVCSAFCRLVESFQHDGQRLQQIASPDLLKNCQQLLLVTPAILN 1310
            ||:|||||.:.|:.||||.:||.|..|.|||::|||:...|||:||.|||.|.||||:|||.||:
  Rat   648 VADSLPLLTQRLTHQDKKSVESTCLCFARLVDNFQHEENLLQQVASKDLLTNVQQLLVVTPPILS 712

  Fly  1311 TGTFTAVVRMLSLMCCSCPDLAISLLRNDIAATLLYLLTGNAEPAAASATHVELISRSPSELYEL 1375
            :|.|..||||.||||.:||.||:.|::.:||.||.:||.|.:.  .:....::|:.|||.|||||
  Rat   713 SGMFIMVVRMFSLMCSNCPTLAVQLMKQNIAETLHFLLCGASN--GSCQEQIDLVPRSPQELYEL 775

  Fly  1376 TCLIGELMPRLPLDGIFAVDSLLDRPTLNTQDQVHWQWRDDRGSWHNYSTIDSRLIE-AANQSSE 1439
            |.||.||||.||.:||||||::|.:......|...||||||||.||.|:.||||:|| ||:|..|
  Rat   776 TSLICELMPCLPKEGIFAVDTMLKKGNAQNTDGAIWQWRDDRGLWHPYNRIDSRIIEVAAHQVGE 840

  Fly  1440 DEISLSTFGRTYTVDFHAMQQINEDTGTTRPVQRRLNHNYVAPMSAGQDLTTTSAGSAAAGGAST 1504
            |||||||.||.||:||::||||||||||.|.:||:.|     |::                    
  Rat   841 DEISLSTLGRVYTIDFNSMQQINEDTGTARAIQRKPN-----PLA-------------------- 880

  Fly  1505 SAAAAAASSNNNNNNNNNPPGNSVNLNQVKRRPSLDARIACLKEERGLAADFIKHIFNVLYEVYS 1569
                           |.|..|.|    .:|:.   |||...:||:..||..|||.:|.|||||||
  Rat   881 ---------------NTNTSGYS----DLKKD---DARAQLMKEDPELAKSFIKTLFGVLYEVYS 923

  Fly  1570 SSAGPNVRYKCLRALLRMVYYATPELLRQVLKYQLVSSHIAGMLGSNDLRIVVGALQMAEILMRQ 1634
            |||||.||:|||||:||::|:|..|||:.|||...||||||.||.|.||:|||||||||||||::
  Rat   924 SSAGPAVRHKCLRAILRIIYFADAELLKDVLKNHAVSSHIASMLSSQDLKIVVGALQMAEILMQK 988

  Fly  1635 LPDVFGTHFRREGVIYQFTQLTDPNNPICANPSPKPLSATATPTANAGGSQSAPASANSLQVNPF 1699
            |||:|..:||||||::|...|.:..:.:           |:.|.|...||.|.            
  Rat   989 LPDIFSVYFRREGVMHQVKHLAESESLL-----------TSPPKACTNGSGSL------------ 1030

  Fly  1700 FMDSAPGLSSASTTPSSSKHQSYSVKSFSHAMNALTASAKGTPSGALDATSSSTTAGGYNYSSSA 1764
                      .||||:||                      ||.:.|.:|                
  Rat  1031 ----------GSTTPASS----------------------GTATAATNA---------------- 1047

  Fly  1765 PSSSSGAPAAYFVTQQGDPRQYVHFQQPAVPAPPPQQELLPSGVQQQGQQVPQVIYQPHHQQPAH 1829
             |:..|:|:..            |.:..::       :|.|.|                      
  Rat  1048 -SADLGSPSLQ------------HSRDDSL-------DLSPQG---------------------- 1070

  Fly  1830 LVLASTSSGAASSSSSSSSSSSASALQHKMTDMLKRKAPPKRKSQSGGRAKSRQEDAAVAPAGSG 1894
                                        :::|:||||..|||    |.|.               
  Rat  1071 ----------------------------RLSDVLKRKRLPKR----GPRR--------------- 1088

  Fly  1895 PGGAPPSSSGSAMHELLSRATSLGSGNGGRSTPNSGGGSGSSKSRFNAGNSSNAGSSKSSFLASL 1959
            |..:||.......::..|..|:                                .|.||||||||
  Rat  1089 PKYSPPRDDDKVDNQAKSPTTT--------------------------------QSPKSSFLASL 1121

  Fly  1960 NPARWGRQTHQNHHHHHQQSQQQHHGLSKDSGNSNSTGSGSGAGLAYTVSQHGAGSGAGGLNAAA 2024
            ||..|||.:.|:                    |||:......||::             ||..||
  Rat  1122 NPKTWGRLSAQS--------------------NSNNIEPARTAGVS-------------GLARAA 1153

  Fly  2025 VAASISKSISHANLLAAANRERARQWVREQAVDFVKRYTEQEAKRSKAASESGATQSGSSGVGLS 2089
            ...:||.           |||:.:.|::|||..||:||...|                      :
  Rat  1154 SKDTISN-----------NREKIKGWIKEQAHKFVERYFSSE----------------------N 1185

  Fly  2090 STGNTPLSTAGSTNVLERLSSILFKLNGSYHDCLDALLELKTILLESDISPFEVNHSGLIKAMLN 2154
            ..|:.|     :.|||:||.:...:||.......:.|:|:::|:.|||:|.||:.|||.:|.:|.
  Rat  1186 MDGSNP-----ALNVLQRLCAATEQLNLQVDGGAECLVEIRSIVSESDVSSFEIQHSGFVKQLLL 1245

  Fly  2155 YMT--SETGLVERDARLRSFMHVFAGLPL---EPL--LQNVGQMPTIEPIAFGAFVAKLNGCVTQ 2212
            |:|  ||...|.|:.||:.|:|||...||   ||:  ::.||..|.:      |.|.|:|.|::|
  Rat  1246 YLTSKSEKDAVSREIRLKRFLHVFFSSPLPGEEPVGRVEPVGHAPLL------ALVHKMNNCLSQ 1304

  Fly  2213 LEQFPVKVHDFPAGPG-------GRSNQSALRFFNTHQLKCNLQRHPQCNNLRQWKGGTVKIDPL 2270
            :|||||||||||:|.|       .|.:| ||:|||||||||.|||||.|.|::|||||.||||||
  Rat  1305 MEQFPVKVHDFPSGNGSGGSFSLNRGSQ-ALKFFNTHQLKCQLQRHPDCANVKQWKGGPVKIDPL 1368

  Fly  2271 AMVQAIERYLVVRG---YGGIR---ADSDDD-SEEDMDDNVAAVVLSQASFRHKLQFTIGDHVLP 2328
            |:||||||||||||   ||.:|   .||||| |:|::|:::||..|:..:.||:|||.||:|:||
  Rat  1369 ALVQAIERYLVVRGIFRYGRVREDDEDSDDDGSDEEIDESLAAQFLNSGNVRHRLQFYIGEHLLP 1433

  Fly  2329 YNMTVYQAVKQFSPLVSEQPETDNESETLLGNASIWVQQHTIHYRPVEEEVTSGAAAGAASSSSS 2393
            |||||||||:|||....::.|:.::....||.|.||.:.|||.|:||.|:         ..||..
  Rat  1434 YNMTVYQAVRQFSVQAEDERESTDDESNPLGRAGIWTKTHTIWYKPVRED---------EESSKD 1489

  Fly  2394 CSSGVQKQQSSSSSASSCVNATSSCSSSSGVASGGGSLTKKAHKSSSKFMRKKTELWHEGIAPVV 2458
            |..|.:.:..::.:.:|..||                             :|..||||:|:.|.|
  Rat  1490 CVGGKRGRAQTAPTKTSPRNA-----------------------------KKHDELWHDGVCPSV 1525

  Fly  2459 ISALKPFLSSSLPADVVTVQDASLDALCMLRVIHALNRHWDHLYGCVVRQNIIPQSDFIHPKIMA 2523
            .:.|:.:|..: |.:.:|.:|.|||.:.:|||:||::|:|.:||...:.:.|||.|:||:.|:.|
  Rat  1526 ANPLEVYLIPT-PPENITFEDPSLDVILLLRVLHAISRYWYYLYDNAMCKEIIPTSEFINSKLTA 1589

  Fly  2524 KANRQLQDPLVIMTGNLPQWLPQIGMACPFLFPFETRHLLFYATSFDRDRALQRLLDTTPDLNAA 2588
            ||||||||||||||||:|.||.::|..|||.|||:||.:|||.|:||||||:||||||.|::|.:
  Rat  1590 KANRQLQDPLVIMTGNIPTWLTELGKTCPFFFPFDTRQMLFYVTAFDRDRAMQRLLDTNPEINQS 1654

  Fly  2589 ESSE-RVAPRLDRRKRAISRTEILKQAEHILQDFGHSKALLEIQYENEVGTGLGPTLEFYALVSA 2652
            :|.: ||||||||:||.::|.|:|||||.::||.|.|:|:||||||||||||||||||||||||.
  Rat  1655 DSQDSRVAPRLDRKKRTVNREELLKQAESVMQDLGSSRAMLEIQYENEVGTGLGPTLEFYALVSQ 1719

  Fly  2653 ELQRTDLGLWNGSDSYKQNSVTIVDVVKANSAVLHIEDALEATTTDQNTPAVAGASLVSSSTTTT 2717
            ||||.|||||.|.:      ||:                                          
  Rat  1720 ELQRADLGLWRGEE------VTL------------------------------------------ 1736

  Fly  2718 TTTAQQHQHPPTRSSSRSHVLRSGAGQQPVEHSSSSAGANENALNMVIAQQFSDTNSANPAAIDN 2782
                                             |:..|:.|.                       
  Rat  1737 ---------------------------------SNPKGSQEG----------------------- 1745

  Fly  2783 PSSTTTATTVVQHNTTTNNSSIITTTTTTSYVHAVHGLFPLPLGKSSKLPQMTKAKAKFKFLGKF 2847
                                        |.|:..:.|||.||.|:::|...:.|.|.||:||||.
  Rat  1746 ----------------------------TKYIQNLQGLFALPFGRTAKPAHIAKVKMKFRFLGKL 1782

  Fly  2848 MAKAVMDSRMLDLPFSLPFYRWLVSEEHSIGLADLMRVAPEVQNTLVRLQDLVRQREYILSDPNI 2912
            ||||:||.|::|||..||||:|::.:|.|:...||..:.|.|..::..|:|:|||::.:..|.:.
  Rat  1783 MAKAIMDFRLVDLPLGLPFYKWMLRQETSLTSHDLFDIDPVVARSVYHLEDIVRQKKRLEQDKSQ 1847

  Fly  2913 DAMEKTEKIEQLDLDGCPIADLGLDFVLPGHANIELCRGGRDTPVTVHNLHQYISLVTYWFLIEG 2977
            ........:|.|.::||.:.||||||.|||..||||.:||:|.|||:|||.:|:.||.:|.|.||
  Rat  1848 TKESLQYALETLTMNGCSVEDLGLDFTLPGFPNIELKKGGKDIPVTIHNLEEYLRLVIFWALNEG 1912

  Fly  2978 VQKQFEALREGFDSVFPIQRLRMFYPEELECVFCGSGSEQQHSRWEIKMLQESCRTDHGFHQDSQ 3042
            |.:||::.|:||:||||:..|:.||||||:.:.|||.::    .|:.|.|.|.||.|||:..||:
  Rat  1913 VCRQFDSFRDGFESVFPLSHLQYFYPEELDQLLCGSKAD----TWDAKTLMECCRPDHGYTHDSR 1973

  Fly  3043 AIQYLYEILASYNRDEQRAFLQFVTGSPRLPTGGFKALTPPLTIVRKTLDENQNPNDYLPSVMTC 3107
            |:::|:|||:|::.::||.||||||||||||.|||::|.|||||||||.:..:||:|:|||||||
  Rat  1974 AVKFLFEILSSFDNEQQRLFLQFVTGSPRLPVGGFRSLNPPLTIVRKTFESTENPDDFLPSVMTC 2038

  Fly  3108 VNYLKLPDYSSREVMRQKLKVAANEGSMSFHLS 3140
            |||||||||||.|:||.||.:||.||..|||||
  Rat  2039 VNYLKLPDYSSIEIMRDKLLIAAREGQQSFHLS 2071

Known Domains:


Indicated by green bases in alignment.

GeneSequenceDomainRegion External IDIdentity
ctripNP_649496.3 Extensin_2 <688..731 CDD:252669 4/42 (10%)
SRP1 1087..>1312 CDD:227396 164/224 (73%)
WWE 1409..1481 CDD:128922 48/72 (67%)
HECTc <2818..3138 CDD:474882 170/319 (53%)
Trip12XP_008765474.1 SRP1 489..>714 CDD:227396 164/224 (73%)
WWE 810..874 CDD:460715 45/63 (71%)
HECTc 1669..2069 CDD:238033 225/535 (42%)

Return to query results.
Submit another query.