Protein Alignment Nopp140 and srp40

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_001262195.1
• Gene: Nopp140 / 40433
• FlyBaseID: FBgn0037137
• Length: 773
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_595878.1
• Gene: srp40 / 2539687
• PomBaseID: SPBC1711.05
• Length: 451
• Species: Schizosaccharomyces pombe
• Alignment Length: 657
• Identity: 153/657 - (23%)
• Similarity: 247/657 - (37%)
• Gaps: 245/657 - (37%)

  Fly    11 IVLEYLQSKD-KNLAKVFQQKTKAASVAKSSPKLS--------EILQFYQTKSPKKIPAIKATAG 66
            ::..:||... ...|:.|.::|....:||...|.:        |.|.:..|:...|....|.:..
pombe    13 LIYHFLQENGYVKTAQTFLKETGDKDLAKGKVKKNLLDLLSQKEFLPYLTTEDVGKHKKTKESLE 77

  Fly    67 DSSEDSDSDSESDAAPKKP-ATAPALTNGKAVKKAASSTSEDSDSEEEKKPAAKATPAKAVGKKA 130
            .|::||...|:..|.|:|. :::.|..:|.:..::.||:||...|.|:...::.::.:     ::
pombe    78 KSNDDSQKISKKGAPPEKAHSSSEASGSGSSSDESDSSSSESESSSEDNDSSSSSSDS-----ES 137

  Fly   131 KSSSEDSSSEEEAPKKAAPVKAPPAKAAPAKKVESSSEDSSSEEEPAKPAVKATTTKVAPAKKAD 195
            :||||||.|                        .|||.||.||               :.::.:|
pombe   138 ESSSEDSDS------------------------SSSSSDSESE---------------SSSEGSD 163

  Fly   196 SSSEESSSDEETKPAAKPVAKAAPAKKAASSSEESDSDDEPAAKKPAVQPAAKPAPKAAASSSED 260
            |||..|||:.|:.......:.::...::.||||:|||                      :|||.|
pombe   164 SSSSSSSSESESSSEDNDSSSSSSDSESESSSEDSDS----------------------SSSSSD 206

  Fly   261 SSSEEEVKPAAKSAAKLAPAKKGASSSDDSSSEDEAPKKAATLAKPISKAAPTKKADSSTEDSSS 325
            |.||...:.:..|::       .:||..:|||||              ..:.:..:||.:|.||.
pombe   207 SESESSSEGSDSSSS-------SSSSESESSSED--------------NDSSSSSSDSESESSSE 250

  Fly   326 EDDAPKKVAPAKATPAKAIPAKKAASSDDSSSEEEAPKKAAPANATPARAPPAKKAASSDDSSSE 390
            :.|                     :||..|.||.|:..|.:.              :||:.|.||
pombe   251 DSD---------------------SSSSSSDSESESSSKDSD--------------SSSNSSDSE 280

  Fly   391 EEAPKKAAPAKATPAKATPAKKAASSDDSSSEEEAPKKAAAPAKATPAKKAKSSSEDSDSDEEEA 455
            ::                     :|||.|.||.|                  ||||||||
pombe   281 DD---------------------SSSDSSDSESE------------------SSSEDSDS----- 301

  Fly   456 PKKPAAKAVAKAASSEDSDSSEDEKPAKAAPKALAKSAKAASSDSDDSSDEETPAVKPAVKKTAA 520
                       .:||.|||||              .|::..:|::|.::..|..|
pombe   302 -----------TSSSSDSDSS--------------SSSEDGNSNTDTTTSGEVSA---------- 331

  Fly   521 PAKKADSSSDESDSGEESGEVKPNSATNGNEKTAQKRKFSGGDQDEATPNKKYNN-----FVKSG 580
                  .||..|.|.|||..||...::..::|:. |||.   :.||::.:.|.:.     |.:.|
pombe   332 ------QSSTNSTSSEESTSVKDEDSSKIHDKSL-KRKH---EDDESSTSTKSSRTTKTPFTRVG 386

  Fly   581 EQQKNDFTSTP--NNTFSRNHNMNNSGGGSGRRSPFRRVRTEDVVVDSRVQDMSFEAKENDFKKH 643
            :..:.||.|..  :|:|    |..:..|....|         |::|   .:...|..::|. ||.
pombe   387 DPSQWDFASPALRDNSF----NFEDDYGTLANR---------DLIV---TRGKGFRQEKNK-KKR 434

  Fly   644 NNGRGGR 650
            .:.||||
pombe   435 GSYRGGR 441

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
Nopp140	NP_001262195.1	None
srp40	NP_595878.1	LisH	7..38	CDD:128913	5/24 (21%)
		SRP40_C	381..451	CDD:461525	20/78 (26%)