Protein Alignment CG42816 and ldd

DIOPT Version :10

• Sequence 1: NP_730301.3
• Gene: CG42816 / 39977
• FlyBaseID: FBgn0261998
• Length: 1459
• Species: Drosophila melanogaster
• Sequence 2: NP_001285513.1
• Gene: ldd / 318066
• FlyBaseID: FBgn0083956
• Length: 1998
• Species: Drosophila melanogaster
• Alignment Length: 1550
• Identity: 356/1550 - (22%)
• Similarity: 634/1550 - (40%)
• Gaps: 341/1550 - (22%)

  Fly    47 KDLPSP----PIFKSDNSSTLQDVGIMIIVIIIFFVVVSLTKSIVEEKELQLKVTLNLMGVGSCL 107
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  Fly   611 KQFPYPAFLNDVFKR-GLYLAQGVQVAYLLGLVVFVALSVRERI-WMRESRNSMLMRSMGLKAHS 673

  Fly   108 QWVAWYIQTF----IIFLIGSSIITLFWKLVLPNSEISFMPFTHWSMALFVLLVLSHCTICFSFL 168
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  Fly   674 ELVAWALMSFLELCVIFALISGVL----------YSGGILGYTNWFFMMFYCLSFGLCLISFCYM 728

  Fly   169 MSSLISTTYRISLVTFLALIATYLPFLILHSKGCSEGLNVFLSLFLLSGLQVLVVGICMWEDYGE 233
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  Fly   729 CTNFFNSANIGAVASALLFFISLCPFII-----------VLMFDAKLSVFESFLVDLSFTTAFAK 782

  Fly   234 GLQWGNLFETSWPGGTLSVGYILLVMILASFLSLLLCLYLEKIRPGPYGVPQPWHFPCTRCCSTE 298
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  Fly   783 G--WGELIRMELQQEGLTVRHLIQVGPARSECAMALLMFL------------------------L 821

  Fly   299 SLLPYSRLFNRIFGI-YSAAPDEERPDLQLIEPDPVDKIAGVQIRGLSKTFGKMEVVKNVSFDMF 362
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  Fly   822 DLLLYA-----VIGLAYQRYKKTDNYSFVKVSRSQLDGKLGASLVNVSKLYGSKCAVSNLSLDFA 881

  Fly   363 EGQITVLMGHNGAGKTTLISMLAGFISPTSGTALINGFDIRQERRQAQRCIGLCPQQNVLFKHLS 427
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  Fly   882 RNQVSCLLGRNGAGKSTLIKLLTGQIRQSSGKVLLAG----------EHQVGVCWQDNILIPTLT 936

  Fly   428 SVSHIQLFSRLR----GLRGA-EVKSEVQNYLKKLNLQEKKRLAARNLSGGTQRRLSVACSLCGG 487
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  Fly   937 AREHLQLYAQIKIPPGGSGGVEEIRSEVAQTLQSLNFGKHESYPSWQLSGGYRRRLCVAIAFIAS 1001

  Fly   488 VKVLICDEPSTGLDPSARRELWRLILEAKEGCTILLTTHQLDDGEVLGDRVVIISDGQLRCIGSL 552
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  Fly  1002 PSVVILDEPCNGVDAKARKDIWQLIERLRQGRAVIFATHFMDEAKYLSDSLVIMRNGRIIAQHSR 1066

  Fly   553 PFLKKQVDASCLITCEARKRC-DLEKLTSLISR-----------HVGTIQPFSIKGRDVCYKLPL 605
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  Fly  1067 DSLQR----LCTSNYSIRLRCADATGVTFVIQKAQQLLPQTQVTHSG--------AADYPHSLTI 1119

  Fly   606 SKSKYFSSL------FRD-LESQMNILGVRGFSL-SSVSLEEIFMSFGAEDLNSRQSGGAEKRDD 662
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  Fly  1120 NAS-YAEHLTPGAVEFLELLQSQVTAGSISDVELTTSSSLEQEF-----EQLNRNGEDAGPRRPA 1178

  Fly   663 DDRDDDEENE--VQDGNVRSCKKQWRAMMTKKVMALYDNKVYFLLLLLTPIVYYITTLMMATKPH 725
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  Fly  1179 SDRSGVVAGPAMITDEPPTAC-KQFRLLMGKRLRHLSRNYRLLLYVLLLPALFELCAMWFV---- 1238

  Fly   726 HSGRPTFNISDYGVDKFTILLSVPVSKS-------YTEERRADSIASLI----------KGKLKL 773
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  Fly  1239 -----SYRLED---DFDTVL---PLSRSLYPQTAQFLSHERATSFSEKLYPQLRTSCDHLGECRV 1292

  Fly   774 IVVSEQIKDYVDDKWKSREGRREINFVSMAIDTGDRTGLIG-----WVGPRHYVHAAPMILNLVY 833
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  Fly  1293 FNTSQQSYDWVLNSWGEYSERRYGGY-----------GLNGSGATVWYNNKGY-HSMMAWLNDLN 1345

  Fly   834 NALAQELIG-PKISIEVTSVPFTLRKKE---DFLISNNGDIPIYVIGYVSIAMIIFSSAV--IQE 892
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  Fly  1346 SELLRTTMNDSESSILTLNEPWKLGFAELSTSSILRQAGDGSMVFILLIAFGLVVASGSVYLVNE 1410

  Fly   893 RVSHMKMLQEVSGLEMITYWLSHLAFDMVVFFILVLALLLPLYGYAPWYLLLCVLFF-------- 949
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  Fly  1411 RVNGEKLQQRLCGVSAVTYWLVALVWD---YLVMVLGLIV---------CLVVILMFGMPVFVDR 1463

  Fly   950 ---TGLAGLIFIYFL-----ISMLSATFLAVSMILLSVIIGSL--------ILMILGALA----- 993
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  Fly  1464 QQLVGIIGLSLAFSFACVPSVHVAEKIFSDSSIAIVSIFCANLIVPLVTMGIILILGVVGDGPAW 1528

  Fly   994 -----------LIFKMVYVAIYVANMHPLIAGYNCIQKCFHYMSLCGSY----------ISEAQN 1037
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  Fly  1529 DDWRHALNQAFLIFP----------IHALGDG---------FLELCKNYMVALVFRRYDIDSYKH 1574

  Fly  1038 PLSENLTSDEMYCINPLAFLEPRCVCVNPMTWPDMLVMLGTAIILFLLIMFFEYGSCVWYRCKGC 1102
            ||:.:|.....                      ..|:::|.|.::..:::.:.....:|.|.:..
  Fly  1575 PLASDLLGRHF----------------------TALLLVGVAALIINVLIEWHLLRRLWQRVERL 1617

  Fly  1103 --CPYSSKGSIEDPKVSREAEKIRAMDADQIGT--RALVVNGVSKK-------YGCDQLAVNNIS 1156
              |.|           .||.:|:..:....|.:  ::.|..|.:.:       |.....||.|::
  Fly  1618 LDCTY-----------RRELDKLGQLKLVNIQSIFKSCVDTGEAVRAENLWLAYRRGHYAVRNVN 1671

  Fly  1157 FALKPSHCVGLLGPNGAGKTTTFKMIVGEHSIDKGNIYISGYSMRMKRNKAMKELGYCPQSDSFF 1221
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  Fly  1672 FSVQRGECFGLLGKNGAGKSTIFKLLTGQLQPDVGQIYFE-----------QPGISYCPQSNPLD 1725

  Fly  1222 EFLTGRQLLKVFLLIWGFPSKDLNKRCEKLADQFGFRKHLDKKITYYSGGTKRKINAAV-ACGAN 1285
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  Fly  1726 PLLTTTECIRFYGRLRGI--RDLDQFLDRVLDTYELRPYKDVQVRNLSGGNRRKLTVAVTCCGCT 1788

  Fly  1286 SLICLDEPSAGVDPASRRHVWTIINEVAQQGKAVLLTSHNMDEINALCSKSVILVDGSIYAMGSV 1350
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  Fly  1789 PTVLMDEPTSDMDPVTRDMVYATIEQLLLARRAVVLTSHSVSEIEHLCQRVAVLRAGQVIASDSP 1853

  Fly  1351 QHVKNKIAKGMTLKLVVNVQPDNMVAMLTKIEDDIYMTYPNAELKEKYEFSGRLTFQISKDTS-- 1413
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  Fly  1854 QRLKSE--HGGYYAVTCFCGPAQQ-AILSR---SLNQRLPGARDLQHYAHSLRFLVRVRSPGSLG 1912

  Fly  1414 ----WSEIFEYVEGNRSSWHLED-------YSLSQPSLEDAFEEIAEERRKKKSN 1457
                .||:|..         |.|       :|||:...|..||.|.:......||
  Fly  1913 DAPLLSELFAI---------LCDVCVNVARFSLSRCRFETVFERILDSSESNGSN 1958

Known Domains

Gene	Sequence	Domain	Region	External ID	Identity
CG42816	NP_730301.3	rim_protein	<81..1451	CDD:130324	345/1504 (23%)
ldd	NP_001285513.1	rim_protein	179..1867	CDD:130324	333/1444 (23%)